ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51685

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, -0.001, 0.006, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.001, 0.023, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.022
O4' A 0, -0.058, 0.198, 0.455, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.198 std_dev=0.256
C2' A 0, -0.055, 0.204, 0.464, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.204 std_dev=0.260
O2' A 0, -0.084, 0.274, 0.632, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.274 std_dev=0.358
C4' A 0, -0.076, 0.288, 0.651, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.288 std_dev=0.364
C3' A 0, -0.085, 0.320, 0.724, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.320 std_dev=0.404
N3 B 0, 0.034, 0.447, 0.861, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.447 std_dev=0.414
O5' A 0, -0.080, 0.400, 0.880, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.400 std_dev=0.480
C2 B 0, -0.001, 0.485, 0.970, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.485 std_dev=0.485
C4 B 0, 0.023, 0.538, 1.052, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.538 std_dev=0.515
P A 0, 0.047, 0.573, 1.100, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.573 std_dev=0.526
OP1 A 0, 0.170, 0.699, 1.228, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.699 std_dev=0.529
N1 B 0, -0.013, 0.520, 1.053, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.520 std_dev=0.533
C6 B 0, 0.003, 0.536, 1.069, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.536 std_dev=0.533
C5 B 0, 0.002, 0.594, 1.186, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.594 std_dev=0.592
O3' A 0, -0.129, 0.480, 1.089, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.480 std_dev=0.609
C5' A 0, -0.141, 0.477, 1.095, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.477 std_dev=0.618
N6 B 0, -0.022, 0.622, 1.267, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.622 std_dev=0.645
OP2 A 0, 0.141, 0.881, 1.621, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.881 std_dev=0.740
N9 B 0, -0.016, 0.726, 1.469, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.726 std_dev=0.743
N7 B 0, -0.049, 0.799, 1.647, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.799 std_dev=0.848
C1' B 0, -0.038, 0.818, 1.675, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.818 std_dev=0.856
C8 B 0, -0.060, 0.878, 1.816, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.878 std_dev=0.938
O4' B 0, -0.090, 0.896, 1.883, 2.270 max_d=2.270 avg_d=0.896 std_dev=0.986
C2' B 0, -0.095, 0.960, 2.015, 2.429 max_d=2.429 avg_d=0.960 std_dev=1.055
O2' B 0, -0.097, 1.039, 2.176, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.039 std_dev=1.137
C4' B 0, -0.200, 1.030, 2.261, 2.760 max_d=2.760 avg_d=1.030 std_dev=1.231
O5' B 0, -0.274, 0.999, 2.272, 2.795 max_d=2.795 avg_d=0.999 std_dev=1.273
C3' B 0, -0.192, 1.085, 2.362, 2.878 max_d=2.878 avg_d=1.085 std_dev=1.277
P B 0, -0.287, 1.007, 2.302, 2.835 max_d=2.835 avg_d=1.007 std_dev=1.294
C5' B 0, -0.280, 1.030, 2.340, 2.879 max_d=2.879 avg_d=1.030 std_dev=1.310
O3' B 0, -0.272, 1.301, 2.875, 3.515 max_d=3.515 avg_d=1.301 std_dev=1.573
OP2 B 0, -0.374, 1.236, 2.846, 3.510 max_d=3.510 avg_d=1.236 std_dev=1.610
OP1 B 0, -0.376, 1.332, 3.040, 3.743 max_d=3.743 avg_d=1.332 std_dev=1.708

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.34 0.11 0.13
C2 0.00 0.00 0.11 0.07 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.10 0.03 0.11 0.24 0.10 0.09
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.09 0.05 0.18 0.00 0.01 0.00 0.07 0.24 0.03 0.06
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.05 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.08 0.06
C4 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.22 0.22 0.19 0.17
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.23 0.05 0.08
C5 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.26 0.21 0.20 0.19
C5' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.16 0.00 0.21 0.00 0.19 0.10 0.11 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.13 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.01 0.23 0.22 0.13 0.12
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.13 0.27 0.09 0.09
N3 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.08 0.03 0.16 0.21 0.14 0.12
N4 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.03 0.23 0.25 0.23 0.21
O2 0.01 0.00 0.18 0.14 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.21 0.20 0.03 0.06 0.26 0.10 0.09
O2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.13 0.09 0.21 0.00 0.01 0.04 0.07 0.26 0.02 0.05
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.14 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.15 0.11
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.40 0.18 0.22
O5' 0.05 0.11 0.07 0.08 0.22 0.00 0.26 0.01 0.23 0.13 0.16 0.23 0.06 0.07 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.34 0.24 0.24 0.15 0.22 0.23 0.21 0.07 0.22 0.27 0.21 0.25 0.26 0.26 0.09 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.10 0.03 0.08 0.19 0.05 0.20 0.01 0.13 0.09 0.14 0.23 0.10 0.02 0.15 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.09 0.06 0.06 0.17 0.08 0.19 0.01 0.12 0.09 0.12 0.21 0.09 0.05 0.11 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.16 0.17 0.16 0.14 0.09 0.37 0.08 0.26 0.68 0.02 0.14 0.42 0.70 0.31 0.13 0.13 0.12 0.27 0.20 0.12 0.09
C2 0.47 0.17 0.46 0.45 0.27 0.41 0.44 0.39 0.27 0.81 0.02 0.08 0.38 0.75 0.54 0.40 0.44 0.43 0.50 0.43 0.07 0.28
C2' 0.13 0.11 0.13 0.13 0.11 0.07 0.31 0.07 0.23 0.61 0.04 0.11 0.36 0.61 0.26 0.09 0.10 0.09 0.31 0.27 0.02 0.17
C3' 0.07 0.11 0.06 0.06 0.04 0.15 0.23 0.13 0.18 0.44 0.04 0.12 0.31 0.49 0.12 0.11 0.07 0.17 0.10 0.04 0.12 0.00
C4 0.36 0.26 0.38 0.33 0.20 0.26 0.33 0.21 0.17 0.57 0.11 0.14 0.26 0.54 0.40 0.38 0.34 0.26 0.28 0.19 0.16 0.07
C4' 0.08 0.13 0.07 0.06 0.05 0.13 0.25 0.12 0.20 0.46 0.03 0.14 0.36 0.54 0.15 0.09 0.07 0.14 0.06 0.04 0.29 0.09
C5 0.15 0.29 0.17 0.12 0.09 0.07 0.24 0.04 0.13 0.40 0.14 0.24 0.27 0.45 0.20 0.18 0.12 0.08 0.05 0.04 0.39 0.14
C5' 0.13 0.19 0.10 0.12 0.07 0.21 0.12 0.22 0.09 0.26 0.08 0.20 0.26 0.36 0.06 0.14 0.14 0.23 0.10 0.21 0.47 0.23
C6 0.12 0.25 0.13 0.09 0.07 0.10 0.27 0.09 0.18 0.47 0.08 0.23 0.35 0.55 0.19 0.13 0.09 0.12 0.02 0.07 0.41 0.16
N1 0.24 0.19 0.23 0.21 0.15 0.14 0.38 0.12 0.25 0.69 0.03 0.16 0.39 0.70 0.35 0.19 0.19 0.16 0.27 0.19 0.16 0.07
N3 0.53 0.19 0.53 0.50 0.30 0.45 0.42 0.40 0.24 0.74 0.05 0.07 0.32 0.67 0.55 0.51 0.51 0.46 0.47 0.40 0.04 0.25
N4 0.39 0.27 0.44 0.37 0.21 0.31 0.27 0.25 0.11 0.48 0.15 0.11 0.17 0.43 0.38 0.47 0.41 0.29 0.28 0.20 0.15 0.08
O2 0.56 0.13 0.56 0.59 0.31 0.58 0.47 0.59 0.30 0.88 0.03 0.04 0.40 0.79 0.60 0.48 0.59 0.60 0.69 0.65 0.26 0.46
O2' 0.17 0.09 0.15 0.17 0.13 0.11 0.31 0.16 0.23 0.58 0.05 0.08 0.36 0.58 0.28 0.09 0.13 0.13 0.37 0.41 0.11 0.25
O3' 0.10 0.10 0.09 0.10 0.01 0.22 0.14 0.23 0.13 0.26 0.04 0.12 0.23 0.32 0.03 0.16 0.13 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.15 0.11 0.15 0.12 0.15 0.07 0.39 0.04 0.30 0.63 0.05 0.11 0.49 0.72 0.28 0.11 0.09 0.10 0.17 0.06 0.24 0.02
O5' 0.25 0.25 0.21 0.25 0.17 0.34 0.04 0.34 0.04 0.14 0.13 0.28 0.23 0.25 0.16 0.25 0.26 0.36 0.25 0.34 0.61 0.36
OP1 0.28 0.43 0.26 0.26 0.30 0.26 0.19 0.22 0.20 0.22 0.36 0.40 0.04 0.21 0.25 0.27 0.26 0.29 0.16 0.24 0.66 0.28
OP2 0.32 0.34 0.33 0.40 0.29 0.42 0.19 0.45 0.16 0.16 0.26 0.36 0.04 0.09 0.27 0.33 0.43 0.39 0.43 0.60 0.93 0.57
P 0.32 0.34 0.31 0.36 0.29 0.39 0.17 0.40 0.14 0.15 0.24 0.36 0.05 0.09 0.27 0.31 0.38 0.39 0.36 0.48 0.83 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.04 0.01
C2 0.00 0.00 0.20 0.16 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.23 0.10 0.07 0.05 0.14 0.07
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.13 0.21 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.10 0.04
C3' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.16 0.10 0.17 0.02 0.13 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.17 0.05
C4 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.06 0.06 0.04 0.13 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.06 0.20 0.05
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.06 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.04 0.07 0.08 0.22 0.07
C8 0.00 0.00 0.13 0.16 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.20 0.07 0.06 0.03 0.16 0.03
N1 0.00 0.00 0.13 0.10 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.15 0.08 0.07 0.07 0.19 0.08
N3 0.00 0.00 0.21 0.17 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.23 0.10 0.06 0.04 0.10 0.05
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.07 0.10 0.27 0.08
N7 0.00 0.00 0.10 0.13 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.17 0.03 0.06 0.06 0.23 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.04 0.10 0.01
O2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.14 0.19 0.03 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02
O3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.04 0.20 0.15 0.23 0.03 0.17 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.23 0.04
O4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.08 0.10 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.09 0.04
O5' 0.05 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.09 0.06 0.10 0.08 0.03 0.07 0.04 0.10 0.06 0.04 0.06 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.14 0.10 0.17 0.13 0.05 0.20 0.06 0.22 0.16 0.19 0.10 0.27 0.23 0.10 0.10 0.23 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.07 0.04 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.08 0.05 0.08 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00