ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51686

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.009, 0.047, 0.086, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.003, 0.058, 0.112, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.058 std_dev=0.054
C2' A 0, -0.005, 0.053, 0.111, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.053 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.012, 0.074, 0.136, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.074 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.022, 0.095, 0.168, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.095 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.012, 0.089, 0.166, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.089 std_dev=0.077
O4' B 0, 0.006, 0.109, 0.212, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.109 std_dev=0.103
C6 B 0, 0.040, 0.145, 0.249, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.145 std_dev=0.104
N6 B 0, 0.044, 0.149, 0.254, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.149 std_dev=0.105
C5 B 0, 0.037, 0.145, 0.254, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.145 std_dev=0.108
N1 B 0, 0.044, 0.153, 0.262, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.153 std_dev=0.109
N7 B 0, 0.042, 0.152, 0.263, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.152 std_dev=0.111
C8 B 0, 0.043, 0.159, 0.275, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.159 std_dev=0.116
C2' B 0, 0.049, 0.167, 0.285, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.167 std_dev=0.118
C1' B 0, 0.044, 0.163, 0.282, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.163 std_dev=0.119
C4 B 0, 0.041, 0.160, 0.279, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.160 std_dev=0.119
C5' A 0, 0.049, 0.169, 0.290, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.169 std_dev=0.120
O3' A 0, 0.039, 0.159, 0.280, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.159 std_dev=0.121
N9 B 0, 0.042, 0.163, 0.284, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.163 std_dev=0.121
C2 B 0, 0.050, 0.173, 0.296, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.173 std_dev=0.123
O2' B 0, 0.053, 0.182, 0.310, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.182 std_dev=0.128
C4' B 0, 0.048, 0.177, 0.307, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.177 std_dev=0.129
N3 B 0, 0.052, 0.183, 0.315, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.183 std_dev=0.131
C3' B 0, 0.049, 0.183, 0.317, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.183 std_dev=0.134
O3' B 0, 0.052, 0.197, 0.341, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.197 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.063, 0.218, 0.372, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.218 std_dev=0.154
C5' B 0, 0.037, 0.215, 0.392, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.215 std_dev=0.177
O5' B 0, 0.030, 0.219, 0.407, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.219 std_dev=0.188
P A 0, 0.089, 0.305, 0.520, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.305 std_dev=0.216
OP2 A 0, 0.092, 0.318, 0.544, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.318 std_dev=0.226
OP1 A 0, 0.091, 0.324, 0.556, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.324 std_dev=0.233
P B 0, 0.011, 0.252, 0.493, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.252 std_dev=0.241
OP2 B 0, -0.006, 0.251, 0.507, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.251 std_dev=0.256
OP1 B 0, 0.044, 0.314, 0.584, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.314 std_dev=0.270

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07
C5' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.07 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03
N4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.05 0.07 0.06
O2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.02 0.07 0.06 0.10 0.08
O3' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.04
O5' 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.04 0.03 0.06 0.01 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.05 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.08 0.06 0.04 0.07 0.03 0.10 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.03 0.07 0.02 0.07 0.04 0.03 0.06 0.01 0.08 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.03 0.06 0.03 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05
C2 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.08 0.09 0.08
C2' 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05
C3' 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02
C4 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.07 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.01 0.06 0.08 0.07 0.08
C4' 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04
C5 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.04 0.09 0.02 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03
C5' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01
C6 0.06 0.08 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.09 0.03 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03
N1 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.06 0.06
N3 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.07 0.10 0.10 0.10
N4 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.09 0.02 0.06 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.09 0.11 0.10 0.11
O2 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.10 0.11 0.10
O2' 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.09 0.06 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.06 0.07 0.09 0.08
O3' 0.07 0.08 0.06 0.04 0.08 0.03 0.08 0.03 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02
O4' 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04
O5' 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02
OP1 0.05 0.01 0.06 0.07 0.03 0.07 0.04 0.09 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06 0.09 0.05 0.08 0.04 0.04 0.05
OP2 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.06 0.04 0.07 0.05 0.04 0.03 0.01 0.06 0.05 0.02 0.04 0.07 0.04 0.07 0.03 0.04 0.04
P 0.03 0.01 0.04 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.08 0.08 0.10 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.07 0.09 0.08
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.09 0.08
C5' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C6 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.08 0.08 0.10 0.09
C8 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.07 0.06
N1 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.08 0.09 0.10 0.09
N3 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09
N6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.07 0.08 0.07
N9 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
O5' 0.03 0.08 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.08 0.05 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.10 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08 0.07 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.09 0.03 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00