ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51688

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
N4 A 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
N1 B 0, 0.000, 0.143, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C6 B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C2 B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C5 B 0, 0.000, 0.231, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.231 std_dev=0.231
N6 B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C4 B 0, 0.000, 0.287, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.287 std_dev=0.287
N7 B 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
N3 B 0, 0.000, 0.312, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.312 std_dev=0.312
C8 B 0, 0.000, 0.367, 0.733, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.367 std_dev=0.367
N9 B 0, 0.000, 0.377, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.377 std_dev=0.377
O4' B 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
C1' B 0, 0.000, 0.454, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.454 std_dev=0.454
O4' A 0, 0.000, 0.490, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.490 std_dev=0.490
C4' B 0, 0.000, 0.495, 0.991, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.495 std_dev=0.495
C5' B 0, 0.000, 0.566, 1.133, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C3' B 0, 0.000, 0.571, 1.142, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.571 std_dev=0.571
C2' B 0, 0.000, 0.583, 1.165, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.583 std_dev=0.583
C2' A 0, 0.000, 0.585, 1.169, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.585 std_dev=0.585
O2' B 0, 0.000, 0.621, 1.243, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.621 std_dev=0.621
C4' A 0, 0.000, 0.667, 1.333, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.667 std_dev=0.667
O3' B 0, 0.000, 0.669, 1.337, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.669 std_dev=0.669
O2' A 0, 0.000, 0.753, 1.506, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.753 std_dev=0.753
O5' B 0, 0.000, 0.774, 1.549, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.774 std_dev=0.774
C3' A 0, 0.000, 0.814, 1.627, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.814 std_dev=0.814
O3' A 0, 0.000, 1.105, 2.211, 2.211 max_d=2.211 avg_d=1.105 std_dev=1.105
C5' A 0, 0.000, 1.237, 2.474, 2.474 max_d=2.474 avg_d=1.237 std_dev=1.237
P B 0, 0.000, 1.261, 2.523, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.261 std_dev=1.261
OP2 B 0, 0.000, 1.279, 2.559, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.279 std_dev=1.279
OP1 B 0, 0.000, 1.635, 3.269, 3.269 max_d=3.269 avg_d=1.635 std_dev=1.635
OP2 A 0, 0.000, 2.106, 4.213, 4.213 max_d=4.213 avg_d=2.106 std_dev=2.106
O5' A 0, 0.000, 2.246, 4.492, 4.492 max_d=4.492 avg_d=2.246 std_dev=2.246
OP1 A 0, 0.000, 2.303, 4.606, 4.606 max_d=4.606 avg_d=2.303 std_dev=2.303
P A 0, 0.000, 2.355, 4.709, 4.709 max_d=4.709 avg_d=2.355 std_dev=2.355

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.68 0.32 0.08
C2 0.01 0.00 0.13 0.11 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.13 0.08 0.05 0.73 0.51 0.02
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 0.01 0.15 0.00 0.17 0.02 0.08 0.04 0.26 0.00 0.01 0.00 0.19 0.56 0.32 0.12
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.15 0.00 0.07 0.04 0.20 0.00 0.00 0.00 0.27 0.41 0.25 0.14
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.16 0.92 0.55 0.15
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.32 0.18 0.01
C5 0.01 0.01 0.15 0.13 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.16 0.04 0.27 1.06 0.47 0.29
C5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.11 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.17 0.15 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.17 0.07 0.28 1.05 0.40 0.30
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.84 0.42 0.14
N3 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.09 0.06 0.08 0.79 0.56 0.05
N4 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.16 0.90 0.59 0.13
O2 0.00 0.00 0.26 0.20 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.24 0.26 0.13 0.04 0.59 0.51 0.06
O2' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.03 0.12 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.00 0.03 0.10 0.51 0.23 0.09
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.03 0.01 0.16 0.00 0.17 0.00 0.09 0.05 0.26 0.00 0.00 0.01 0.26 0.24 0.16 0.12
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.13 0.03 0.01 0.00 0.08 0.58 0.26 0.01
O5' 0.06 0.05 0.19 0.27 0.16 0.00 0.27 0.01 0.28 0.14 0.08 0.16 0.04 0.10 0.26 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.68 0.73 0.56 0.41 0.92 0.32 1.06 0.11 1.05 0.84 0.79 0.90 0.59 0.51 0.24 0.58 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.51 0.32 0.25 0.55 0.18 0.47 0.07 0.40 0.42 0.56 0.59 0.51 0.23 0.16 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.02 0.12 0.14 0.15 0.01 0.29 0.01 0.30 0.14 0.05 0.13 0.06 0.09 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.10 0.02 0.03 0.11 0.12 0.12 0.18 0.12 0.11 0.10 0.09 0.13 0.12 0.10 0.00 0.06 0.07 0.36 0.70 0.56 0.63
C2 0.09 0.12 0.12 0.07 0.14 0.03 0.12 0.08 0.09 0.12 0.08 0.14 0.07 0.10 0.14 0.08 0.05 0.03 0.25 0.48 0.45 0.48
C2' 0.33 0.03 0.34 0.35 0.06 0.49 0.10 0.47 0.16 0.01 0.08 0.11 0.28 0.17 0.14 0.40 0.39 0.47 0.53 0.77 0.44 0.66
C3' 0.57 0.19 0.64 0.73 0.32 0.80 0.21 0.88 0.08 0.43 0.10 0.29 0.04 0.26 0.45 0.63 0.77 0.69 1.05 1.37 1.10 1.30
C4 0.05 0.16 0.11 0.07 0.10 0.04 0.06 0.10 0.06 0.04 0.11 0.16 0.01 0.02 0.08 0.07 0.08 0.06 0.27 0.49 0.51 0.51
C4' 0.28 0.07 0.36 0.48 0.17 0.52 0.17 0.64 0.10 0.30 0.06 0.11 0.07 0.25 0.24 0.32 0.53 0.39 0.88 1.40 1.20 1.26
C5 0.00 0.13 0.04 0.00 0.06 0.10 0.03 0.16 0.05 0.01 0.10 0.11 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.10 0.35 0.62 0.63 0.62
C5' 0.39 0.14 0.49 0.65 0.30 0.65 0.35 0.82 0.26 0.52 0.17 0.19 0.27 0.50 0.39 0.42 0.71 0.49 1.12 1.73 1.62 1.57
C6 0.01 0.11 0.01 0.04 0.06 0.13 0.04 0.20 0.07 0.00 0.09 0.09 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.12 0.40 0.70 0.67 0.68
N1 0.04 0.11 0.05 0.00 0.11 0.10 0.10 0.15 0.10 0.08 0.10 0.11 0.10 0.08 0.09 0.02 0.01 0.08 0.34 0.63 0.57 0.60
N3 0.10 0.15 0.15 0.11 0.15 0.01 0.10 0.06 0.08 0.09 0.09 0.18 0.04 0.07 0.13 0.11 0.11 0.02 0.22 0.43 0.44 0.45
N4 0.05 0.16 0.12 0.09 0.09 0.03 0.04 0.08 0.04 0.03 0.11 0.15 0.02 0.01 0.07 0.08 0.12 0.06 0.24 0.44 0.48 0.47
O2 0.14 0.08 0.14 0.09 0.14 0.00 0.12 0.04 0.08 0.15 0.05 0.12 0.07 0.12 0.17 0.10 0.06 0.02 0.19 0.40 0.36 0.40
O2' 0.05 0.09 0.07 0.04 0.16 0.18 0.31 0.11 0.31 0.36 0.19 0.04 0.42 0.45 0.15 0.19 0.11 0.16 0.06 0.37 0.07 0.17
O3' 0.70 0.24 0.82 0.94 0.37 1.02 0.21 1.13 0.06 0.46 0.11 0.37 0.11 0.23 0.52 0.84 1.01 0.84 1.23 1.64 1.08 1.48
O4' 0.03 0.05 0.07 0.17 0.00 0.22 0.06 0.34 0.04 0.11 0.01 0.05 0.07 0.13 0.03 0.03 0.21 0.13 0.60 1.06 0.96 0.97
O5' 0.61 0.49 0.74 0.91 0.68 0.82 0.85 0.99 0.79 0.96 0.61 0.50 0.89 1.06 0.73 0.58 0.95 0.65 1.42 1.94 2.09 1.86
OP1 0.96 1.01 1.03 1.12 1.10 1.05 1.27 1.14 1.28 1.23 1.14 0.98 1.40 1.37 1.08 0.90 1.13 0.97 1.52 1.93 2.04 1.87
OP2 0.08 0.26 0.20 0.43 0.01 0.41 0.14 0.64 0.04 0.34 0.16 0.20 0.15 0.39 0.12 0.09 0.50 0.21 1.00 1.70 1.70 1.51
P 0.53 0.43 0.65 0.82 0.61 0.74 0.82 0.92 0.78 0.89 0.58 0.43 0.94 1.02 0.66 0.50 0.86 0.58 1.33 1.87 2.01 1.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.10 0.14 0.14
C2 0.03 0.00 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.07 0.10 0.11 0.19 0.19
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.08 0.06 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.08 0.14 0.10 0.11
C4 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.11 0.14 0.20 0.20
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04 0.11 0.16 0.23 0.21
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.05 0.10 0.15 0.22 0.21
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.14 0.19 0.23 0.22
N1 0.04 0.00 0.04 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.07 0.10 0.14 0.21 0.21
N3 0.03 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.10 0.12 0.19 0.19
N6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.15 0.04 0.08 0.15 0.21 0.20
N7 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.12 0.20 0.25 0.23
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.12 0.15 0.19 0.19
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.13 0.03 0.05
O3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.02 0.11 0.00 0.13 0.04 0.13 0.08 0.15 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.18 0.33 0.25 0.26
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.16 0.15 0.17
O5' 0.09 0.10 0.00 0.08 0.11 0.01 0.11 0.01 0.10 0.14 0.10 0.10 0.08 0.12 0.12 0.05 0.18 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.10 0.11 0.07 0.14 0.14 0.00 0.16 0.08 0.15 0.19 0.14 0.12 0.15 0.20 0.15 0.13 0.33 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.19 0.00 0.10 0.20 0.00 0.23 0.01 0.22 0.23 0.21 0.19 0.21 0.25 0.19 0.03 0.25 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.19 0.01 0.11 0.20 0.00 0.21 0.01 0.21 0.22 0.21 0.19 0.20 0.23 0.19 0.05 0.26 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00