ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51689

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N4 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2' A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.000, 0.088, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.000, 0.096, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O3' A 0, 0.000, 0.113, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
OP1 B 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
N3 B 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
C2 B 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C6 B 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C5 B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
N6 B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
C4 B 0, 0.000, 0.213, 0.427, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.213 std_dev=0.213
P B 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
O5' A 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
N1 B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
N7 B 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
N9 B 0, 0.000, 0.263, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.263 std_dev=0.263
P A 0, 0.000, 0.288, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.288
C8 B 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
OP1 A 0, 0.000, 0.307, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.307 std_dev=0.307
C1' B 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
OP2 A 0, 0.000, 0.320, 0.640, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.320 std_dev=0.320
O5' B 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
O2' B 0, 0.000, 0.324, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C2' B 0, 0.000, 0.336, 0.673, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.336 std_dev=0.336
OP2 B 0, 0.000, 0.339, 0.677, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.339 std_dev=0.339
O4' B 0, 0.000, 0.354, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C5' B 0, 0.000, 0.394, 0.788, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.394 std_dev=0.394
C4' B 0, 0.000, 0.401, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C3' B 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
O3' B 0, 0.000, 0.505, 1.010, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.505 std_dev=0.505

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
N3 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.06
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01
O2' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.03 0.08 0.00 0.08 0.02 0.06 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.08 0.10 0.05 0.03 0.01 0.02
C2 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.08 0.04 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01
C2' 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.02 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.07 0.10 0.03 0.03 0.01 0.02
C3' 0.00 0.07 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.02 0.07 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02
C4 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02
C4' 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.02 0.07 0.05 0.06 0.03 0.01 0.07 0.07 0.08 0.07 0.01 0.03 0.03
C5 0.07 0.02 0.08 0.10 0.05 0.09 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.09 0.10 0.04 0.01 0.06 0.01
C5' 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.05 0.09 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04 0.02 0.08 0.09 0.07 0.09 0.01 0.02 0.03
C6 0.08 0.01 0.08 0.11 0.05 0.10 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.07 0.03 0.11 0.12 0.06 0.02 0.04 0.00
N1 0.05 0.03 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.09 0.03 0.02 0.02 0.00
N3 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02
N4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.07 0.03
O2 0.00 0.09 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.02 0.10 0.04 0.11 0.06 0.11 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01
O2' 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.10 0.02 0.03 0.02 0.02
O3' 0.03 0.08 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.11 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01
O4' 0.04 0.05 0.03 0.08 0.01 0.08 0.02 0.07 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.09 0.10 0.07 0.02 0.02 0.03
O5' 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.02 0.07 0.05 0.06 0.04 0.02 0.07 0.09 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00
OP1 0.00 0.04 0.00 0.09 0.03 0.09 0.04 0.11 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02 0.08 0.12 0.06 0.10 0.00 0.03 0.02
OP2 0.00 0.05 0.05 0.10 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.11 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01
P 0.00 0.05 0.02 0.10 0.04 0.08 0.05 0.09 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.11 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.14 0.06
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.03 0.12 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.19 0.11
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.14 0.08
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02
C5 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.04 0.13 0.08
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.12 0.08
C8 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.14 0.07
N1 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.03 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.04 0.13 0.09
N6 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.12 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.04 0.14 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.14 0.08
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.22 0.13
O3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.08 0.03
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.00
O5' 0.02 0.09 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.08 0.09 0.07 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.09 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.12 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.12 0.19 0.12 0.14 0.07 0.13 0.00 0.12 0.14 0.11 0.13 0.12 0.14 0.14 0.22 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.11 0.06 0.08 0.02 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.13 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00