ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51690

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N4 A 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C2 B 0, 0.000, 0.077, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.077 std_dev=0.077
N3 B 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
C4' A 0, 0.000, 0.089, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.000, 0.102, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.102 std_dev=0.102
N1 B 0, 0.000, 0.113, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.113 std_dev=0.113
O2' A 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C6 B 0, 0.000, 0.140, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C4 B 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
OP2 A 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
C5' A 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O3' B 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
N6 B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C5 B 0, 0.000, 0.180, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.180 std_dev=0.180
P A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O2' B 0, 0.000, 0.187, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.187 std_dev=0.187
O3' A 0, 0.000, 0.188, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O5' A 0, 0.000, 0.203, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.203 std_dev=0.203
OP1 A 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C2' B 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C3' B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
N9 B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C1' B 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
N7 B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
C8 B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C4' B 0, 0.000, 0.309, 0.619, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.309 std_dev=0.309
O4' B 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
C5' B 0, 0.000, 0.362, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.362 std_dev=0.362
O5' B 0, 0.000, 0.407, 0.814, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.407 std_dev=0.407
P B 0, 0.000, 0.484, 0.968, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.484 std_dev=0.484
OP2 B 0, 0.000, 0.921, 1.843, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.921 std_dev=0.921
OP1 B 0, 0.000, 1.297, 2.593, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.297 std_dev=1.297

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.01 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.05 0.00 0.05
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.03 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03
N4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.06 0.03 0.06
O2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04
O5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.19 0.22 0.66 0.17
C2 0.03 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.07 0.13 0.06 0.08 0.02 0.01 0.07 0.10 0.05 0.04 0.05 0.02 0.22 0.10 0.63 0.11
C2' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.08 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.08 0.04 0.17 0.32 0.64 0.19
C3' 0.04 0.06 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.09 0.04 0.16 0.35 0.61 0.20
C4 0.06 0.01 0.06 0.04 0.06 0.05 0.08 0.14 0.05 0.10 0.01 0.01 0.05 0.10 0.08 0.04 0.04 0.07 0.22 0.04 0.58 0.10
C4' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.01 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.17 0.29 0.63 0.19
C5 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.12 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.04 0.04 0.06 0.20 0.11 0.59 0.12
C5' 0.03 0.06 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.07 0.04 0.01 0.06 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.10 0.03 0.16 0.30 0.63 0.19
C6 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.12 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.05 0.04 0.20 0.16 0.62 0.14
N1 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.11 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.06 0.01 0.20 0.17 0.64 0.15
N3 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.09 0.14 0.06 0.12 0.02 0.02 0.07 0.13 0.08 0.05 0.05 0.05 0.23 0.03 0.60 0.09
N4 0.08 0.02 0.07 0.04 0.06 0.07 0.07 0.14 0.04 0.12 0.00 0.01 0.04 0.10 0.10 0.04 0.04 0.11 0.21 0.03 0.54 0.08
O2 0.02 0.01 0.06 0.04 0.04 0.02 0.08 0.13 0.07 0.09 0.03 0.01 0.09 0.11 0.05 0.04 0.04 0.00 0.23 0.09 0.62 0.10
O2' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.10 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.19 0.30 0.61 0.17
O3' 0.07 0.10 0.05 0.05 0.08 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06 0.10 0.09 0.09 0.06 0.07 0.07 0.11 0.08 0.13 0.42 0.59 0.22
O4' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.19 0.22 0.65 0.17
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.03 0.15 0.29 0.61 0.20
OP1 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.15 0.31 0.58 0.19
OP2 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.04 0.17 0.22 0.55 0.15
P 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.00 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.15 0.27 0.60 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.08 0.47 0.16
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.15 0.26 0.45 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.22 0.09
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.11 0.00
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.16 0.24 0.52 0.16
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.30 0.06
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.30 0.55 0.17
C5' 0.04 0.07 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.09 0.07 0.11 0.12 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.26 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.19 0.33 0.51 0.16
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.18 0.24 0.66 0.19
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.18 0.31 0.47 0.15
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.22 0.46 0.15
N6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.20 0.37 0.49 0.15
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.19 0.31 0.62 0.18
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.15 0.19 0.56 0.17
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.17 0.08
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.11 0.01
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.55 0.19
O5' 0.08 0.15 0.06 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.19 0.18 0.18 0.14 0.20 0.19 0.15 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.08 0.26 0.07 0.14 0.24 0.18 0.30 0.26 0.33 0.24 0.31 0.22 0.37 0.31 0.19 0.12 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.47 0.45 0.22 0.11 0.52 0.30 0.55 0.16 0.51 0.66 0.47 0.46 0.49 0.62 0.56 0.17 0.11 0.55 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.15 0.09 0.00 0.16 0.06 0.17 0.01 0.16 0.19 0.15 0.15 0.15 0.18 0.17 0.08 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00