ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51696

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 13, 5, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C4 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.018 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.003, 0.025, 0.048, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N7 A 0, -0.002, 0.027, 0.055, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.027 std_dev=0.028
C8 A 0, -0.002, 0.032, 0.067, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.032 std_dev=0.035
N1 B 0, 0.037, 0.233, 0.429, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.233 std_dev=0.196
C1' B 0, 0.025, 0.267, 0.510, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.267 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.021, 0.287, 0.553, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.287 std_dev=0.266
C2' B 0, 0.022, 0.317, 0.611, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.317 std_dev=0.295
O4' B 0, -0.004, 0.295, 0.595, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.295 std_dev=0.299
C6 B 0, 0.017, 0.329, 0.641, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.329 std_dev=0.312
O2' B 0, 0.024, 0.372, 0.720, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.372 std_dev=0.348
O2 B 0, 0.047, 0.403, 0.759, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.403 std_dev=0.356
N3 B 0, 0.006, 0.363, 0.719, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.363 std_dev=0.357
C5 B 0, 0.013, 0.390, 0.767, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.390 std_dev=0.377
C4 B 0, -0.002, 0.389, 0.779, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.389 std_dev=0.390
C3' B 0, -0.043, 0.379, 0.800, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.379 std_dev=0.421
C4' B 0, -0.039, 0.392, 0.823, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.392 std_dev=0.431
O4' A 0, -0.248, 0.247, 0.742, 2.657 max_d=2.657 avg_d=0.247 std_dev=0.495
C2' A 0, -0.264, 0.257, 0.779, 2.771 max_d=2.771 avg_d=0.257 std_dev=0.521
O4 B 0, -0.010, 0.518, 1.046, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.518 std_dev=0.528
C5' B 0, -0.076, 0.460, 0.995, 2.099 max_d=2.099 avg_d=0.460 std_dev=0.536
O2' A 0, -0.317, 0.342, 1.001, 3.053 max_d=3.053 avg_d=0.342 std_dev=0.659
C4' A 0, -0.337, 0.390, 1.117, 3.857 max_d=3.857 avg_d=0.390 std_dev=0.727
C3' A 0, -0.377, 0.396, 1.170, 4.316 max_d=4.316 avg_d=0.396 std_dev=0.773
O3' B 0, -0.179, 0.605, 1.389, 3.738 max_d=3.738 avg_d=0.605 std_dev=0.784
O3' A 0, -0.530, 0.539, 1.609, 6.201 max_d=6.201 avg_d=0.539 std_dev=1.070
O5' B 0, -0.351, 0.731, 1.813, 3.953 max_d=3.953 avg_d=0.731 std_dev=1.082
C5' A 0, -0.596, 0.669, 1.934, 6.745 max_d=6.745 avg_d=0.669 std_dev=1.265
P B 0, -0.468, 0.876, 2.219, 4.590 max_d=4.590 avg_d=0.876 std_dev=1.343
OP1 B 0, -0.308, 1.114, 2.537, 4.831 max_d=4.831 avg_d=1.114 std_dev=1.423
O5' A 0, -0.662, 0.794, 2.249, 7.661 max_d=7.661 avg_d=0.794 std_dev=1.455
OP2 B 0, -0.398, 1.129, 2.655, 5.159 max_d=5.159 avg_d=1.129 std_dev=1.527
P A 0, -0.932, 1.066, 3.064, 10.503 max_d=10.503 avg_d=1.066 std_dev=1.998
OP1 A 0, -1.058, 1.052, 3.162, 12.350 max_d=12.350 avg_d=1.052 std_dev=2.110
OP2 A 0, -0.927, 1.494, 3.914, 11.149 max_d=11.149 avg_d=1.494 std_dev=2.420

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.21 0.25 0.11
C2 0.02 0.00 0.22 0.25 0.02 0.31 0.01 0.52 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.22 0.30 0.49 0.58 0.82 0.60
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.05 0.07 0.09 0.12 0.16 0.23 0.06 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.33 0.11 0.20
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.17 0.00 0.16 0.02 0.19 0.13 0.23 0.23 0.19 0.14 0.10 0.02 0.01 0.01 0.19 0.24 0.14 0.15
C4 0.01 0.02 0.12 0.17 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.12 0.14 0.26 0.28 0.42 0.26
C4' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.14 0.00 0.09 0.01 0.13 0.19 0.23 0.29 0.11 0.15 0.06 0.13 0.02 0.00 0.01 0.18 0.15 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.11 0.04 0.35 0.39 0.47 0.38
C5' 0.04 0.52 0.07 0.02 0.24 0.01 0.19 0.00 0.26 0.33 0.41 0.48 0.23 0.28 0.12 0.07 0.08 0.01 0.01 0.27 0.18 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.19 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.15 0.10 0.33 0.37 0.53 0.38
C8 0.02 0.02 0.12 0.13 0.00 0.19 0.01 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.20 0.08 0.19 0.56 0.66 0.63 0.62
N1 0.02 0.00 0.16 0.23 0.01 0.23 0.01 0.41 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.19 0.22 0.39 0.46 0.69 0.48
N3 0.02 0.01 0.23 0.23 0.00 0.29 0.01 0.48 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.19 0.30 0.43 0.48 0.69 0.51
N6 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.16 0.15 0.06 0.38 0.44 0.58 0.45
N7 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.15 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.19 0.09 0.12 0.55 0.65 0.66 0.63
N9 0.01 0.02 0.02 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.05 0.01 0.27 0.33 0.34 0.26
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.13 0.13 0.14 0.07 0.15 0.20 0.19 0.24 0.16 0.19 0.09 0.00 0.05 0.10 0.13 0.31 0.12 0.15
O3' 0.10 0.22 0.02 0.01 0.12 0.02 0.11 0.08 0.15 0.08 0.19 0.19 0.15 0.09 0.05 0.05 0.00 0.06 0.17 0.28 0.31 0.17
O4' 0.00 0.30 0.01 0.01 0.14 0.00 0.04 0.01 0.10 0.19 0.22 0.30 0.06 0.12 0.01 0.10 0.06 0.00 0.07 0.22 0.38 0.15
O5' 0.11 0.49 0.21 0.19 0.26 0.01 0.35 0.01 0.33 0.56 0.39 0.43 0.38 0.55 0.27 0.13 0.17 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.21 0.58 0.33 0.24 0.28 0.18 0.39 0.27 0.37 0.66 0.46 0.48 0.44 0.65 0.33 0.31 0.28 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.82 0.11 0.14 0.42 0.15 0.47 0.18 0.53 0.63 0.69 0.69 0.58 0.66 0.34 0.12 0.31 0.38 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.60 0.20 0.15 0.26 0.05 0.38 0.02 0.38 0.62 0.48 0.51 0.45 0.63 0.26 0.15 0.17 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.12 0.30 0.37 0.21 0.37 0.23 0.36 0.20 0.16 0.15 0.16 0.29 0.66 0.28 0.29 0.38 0.51 0.55 0.51
C2 0.15 0.19 0.15 0.14 0.26 0.23 0.28 0.23 0.29 0.12 0.28 0.27 0.15 0.41 0.36 0.22 0.51 0.73 0.80 0.56
C2' 0.30 0.22 0.29 0.29 0.30 0.28 0.37 0.41 0.39 0.29 0.25 0.20 0.38 0.46 0.33 0.30 0.61 0.67 0.81 0.79
C3' 0.36 0.38 0.35 0.34 0.58 0.34 0.66 0.66 0.61 0.44 0.46 0.30 0.40 0.41 0.62 0.37 1.01 1.12 1.25 1.25
C4 0.20 0.12 0.19 0.22 0.21 0.25 0.26 0.24 0.27 0.14 0.17 0.18 0.19 0.53 0.27 0.23 0.31 0.45 0.57 0.38
C4' 0.17 0.21 0.18 0.23 0.54 0.27 0.60 0.63 0.45 0.24 0.36 0.15 0.22 0.53 0.64 0.19 1.01 1.24 1.21 1.24
C5 0.16 0.11 0.15 0.17 0.19 0.20 0.27 0.22 0.28 0.16 0.14 0.20 0.17 0.52 0.21 0.19 0.33 0.48 0.50 0.34
C5' 0.20 0.28 0.24 0.31 0.71 0.43 0.79 0.87 0.58 0.31 0.47 0.21 0.27 0.54 0.84 0.27 1.30 1.54 1.61 1.56
C6 0.12 0.13 0.11 0.12 0.20 0.17 0.33 0.17 0.31 0.14 0.15 0.27 0.13 0.44 0.23 0.16 0.44 0.64 0.61 0.45
C8 0.22 0.14 0.23 0.28 0.18 0.27 0.22 0.39 0.23 0.18 0.14 0.18 0.27 0.67 0.20 0.20 0.36 0.44 0.44 0.41
N1 0.12 0.19 0.11 0.11 0.20 0.18 0.32 0.19 0.31 0.12 0.23 0.31 0.13 0.40 0.27 0.18 0.53 0.77 0.76 0.57
N3 0.19 0.15 0.19 0.20 0.27 0.28 0.27 0.24 0.27 0.13 0.24 0.21 0.18 0.47 0.36 0.25 0.39 0.55 0.72 0.47
N6 0.10 0.13 0.09 0.11 0.29 0.15 0.37 0.15 0.31 0.14 0.17 0.30 0.13 0.41 0.31 0.15 0.45 0.66 0.57 0.45
N7 0.18 0.15 0.17 0.22 0.20 0.25 0.24 0.31 0.25 0.18 0.16 0.19 0.22 0.60 0.21 0.19 0.29 0.41 0.38 0.30
N9 0.24 0.11 0.24 0.29 0.20 0.29 0.23 0.32 0.23 0.16 0.14 0.16 0.25 0.63 0.25 0.25 0.31 0.42 0.49 0.40
O2' 0.29 0.16 0.31 0.35 0.22 0.37 0.25 0.39 0.29 0.21 0.20 0.17 0.38 0.51 0.27 0.31 0.52 0.62 0.77 0.71
O3' 0.49 0.49 0.52 0.55 0.68 0.54 0.76 0.88 0.72 0.55 0.56 0.39 0.56 0.52 0.72 0.51 1.26 1.47 1.50 1.58
O4' 0.28 0.14 0.35 0.47 0.39 0.47 0.42 0.61 0.27 0.15 0.23 0.19 0.35 0.78 0.49 0.32 0.74 0.91 0.78 0.86
O5' 0.34 0.23 0.40 0.51 0.51 0.63 0.58 0.92 0.37 0.20 0.30 0.37 0.46 0.70 0.67 0.40 1.23 1.34 1.53 1.42
OP1 0.44 0.30 0.52 0.65 0.62 0.73 0.66 0.94 0.39 0.23 0.38 0.49 0.66 0.96 0.83 0.45 1.36 1.52 1.83 1.60
OP2 0.78 0.69 0.95 1.04 0.96 1.17 0.99 1.42 0.78 0.68 0.77 0.77 1.03 0.98 1.15 0.85 1.73 1.72 2.05 1.90
P 0.40 0.19 0.52 0.69 0.57 0.86 0.63 1.16 0.38 0.16 0.29 0.40 0.60 0.84 0.78 0.52 1.51 1.57 1.85 1.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.26 0.01 0.00 0.43 0.37 0.40 0.29
C2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.29 0.01 0.06 0.64 0.66 0.69 0.58
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.02 0.08 0.17 0.10 0.01 0.07 0.17 0.00 0.07 0.04 0.01 0.51 0.35 0.47 0.37
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.15 0.00 0.19 0.03 0.18 0.09 0.12 0.14 0.02 0.01 0.16 0.01 0.09 0.25 0.24 0.21
C4 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.17 0.00 0.03 0.78 0.89 0.97 0.77
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.05 0.05 0.13 0.04 0.07 0.01 0.01 0.15 0.20 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.01 0.04 0.77 0.86 0.96 0.73
C5' 0.08 0.12 0.17 0.03 0.16 0.00 0.17 0.00 0.16 0.12 0.14 0.10 0.11 0.16 0.17 0.02 0.01 0.13 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01 0.06 0.70 0.72 0.79 0.60
N1 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01 0.01 0.62 0.60 0.63 0.51
N3 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.25 0.01 0.05 0.73 0.80 0.84 0.70
O2 0.03 0.00 0.17 0.14 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.39 0.01 0.10 0.56 0.57 0.60 0.52
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.16 0.13 0.12 0.11 0.10 0.08 0.21 0.30 0.00 0.09 0.18 0.09 0.42 0.31 0.45 0.33
O3' 0.26 0.29 0.07 0.01 0.17 0.04 0.12 0.16 0.10 0.19 0.25 0.39 0.09 0.00 0.18 0.20 0.37 0.55 0.52 0.58
O4 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.00 0.04 0.82 0.97 1.06 0.84
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.10 0.09 0.20 0.04 0.00 0.27 0.27 0.30 0.17
O5' 0.43 0.64 0.51 0.09 0.78 0.01 0.77 0.01 0.70 0.62 0.73 0.56 0.42 0.37 0.82 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.66 0.35 0.25 0.89 0.15 0.86 0.13 0.72 0.60 0.80 0.57 0.31 0.55 0.97 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.69 0.47 0.24 0.97 0.20 0.96 0.32 0.79 0.63 0.84 0.60 0.45 0.52 1.06 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.58 0.37 0.21 0.77 0.08 0.73 0.02 0.60 0.51 0.70 0.52 0.33 0.58 0.84 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00