ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51697

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 9, 1, 2, 5, 3, 2, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, -0.002, 0.009, 0.021, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O2 B 0, 0.131, 0.319, 0.507, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.319 std_dev=0.188
C2 B 0, 0.078, 0.304, 0.530, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.304 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.086, 0.313, 0.541, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.313 std_dev=0.227
P A 0, 0.124, 0.381, 0.638, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.381 std_dev=0.257
O5' A 0, 0.085, 0.360, 0.635, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.360 std_dev=0.275
O4' A 0, -0.083, 0.218, 0.518, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.218 std_dev=0.301
N1 B 0, 0.099, 0.407, 0.716, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.407 std_dev=0.309
C4 B 0, 0.093, 0.404, 0.715, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.404 std_dev=0.311
C2' A 0, -0.076, 0.241, 0.558, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.241 std_dev=0.317
O4 B 0, 0.089, 0.447, 0.805, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.447 std_dev=0.358
OP1 A 0, 0.070, 0.429, 0.789, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.429 std_dev=0.360
C1' B 0, 0.108, 0.476, 0.843, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.476 std_dev=0.367
C5 B 0, 0.145, 0.516, 0.888, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.516 std_dev=0.371
C6 B 0, 0.144, 0.521, 0.897, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.521 std_dev=0.376
O4' B 0, 0.082, 0.535, 0.988, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.535 std_dev=0.453
OP2 A 0, 0.016, 0.472, 0.927, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.472 std_dev=0.456
C2' B 0, 0.112, 0.578, 1.044, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.578 std_dev=0.466
C4' A 0, -0.166, 0.370, 0.906, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.370 std_dev=0.536
O2' B 0, 0.103, 0.641, 1.179, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.641 std_dev=0.538
C4' B 0, 0.085, 0.654, 1.223, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.654 std_dev=0.569
O2' A 0, -0.135, 0.435, 1.006, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.435 std_dev=0.570
C3' B 0, 0.090, 0.663, 1.236, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.663 std_dev=0.573
OP1 B 0, 0.210, 0.783, 1.356, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.783 std_dev=0.573
C5' A 0, -0.150, 0.451, 1.052, 2.531 max_d=2.531 avg_d=0.451 std_dev=0.601
P B 0, 0.109, 0.710, 1.311, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.710 std_dev=0.601
C3' A 0, -0.205, 0.440, 1.085, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.440 std_dev=0.645
C5' B 0, 0.070, 0.741, 1.412, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.741 std_dev=0.671
O5' B 0, 0.042, 0.726, 1.409, 2.105 max_d=2.105 avg_d=0.726 std_dev=0.683
OP2 B 0, 0.163, 0.873, 1.582, 2.329 max_d=2.329 avg_d=0.873 std_dev=0.710
O3' B 0, 0.086, 0.797, 1.509, 2.487 max_d=2.487 avg_d=0.797 std_dev=0.711
O3' A 0, -0.448, 0.686, 1.820, 3.257 max_d=3.257 avg_d=0.686 std_dev=1.134

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.00 0.19 0.18 0.23 0.24
C2 0.03 0.00 0.22 0.21 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.26 0.09 0.14 0.15 0.16 0.19
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.08 0.20 0.12 0.09 0.18 0.22 0.09 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.54 0.42 0.57 0.55
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.24 0.01 0.33 0.01 0.33 0.34 0.28 0.17 0.38 0.37 0.22 0.02 0.01 0.02 0.21 0.19 0.07 0.16
C4 0.02 0.01 0.12 0.24 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.13 0.05 0.14 0.15 0.16 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.11 0.16 0.07 0.03 0.14 0.16 0.08 0.28 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01
C5 0.02 0.01 0.08 0.33 0.00 0.12 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.28 0.08 0.02 0.14 0.14 0.13 0.16
C5' 0.07 0.05 0.20 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.11 0.11 0.08 0.04 0.14 0.13 0.04 0.08 0.21 0.01 0.01 0.08 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.33 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.28 0.08 0.04 0.15 0.13 0.13 0.15
C8 0.01 0.01 0.09 0.34 0.00 0.16 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.26 0.19 0.07 0.15 0.15 0.14 0.17
N1 0.03 0.00 0.18 0.28 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.14 0.07 0.14 0.14 0.13 0.17
N3 0.03 0.00 0.22 0.17 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.30 0.09 0.15 0.16 0.18 0.21
N6 0.02 0.01 0.09 0.38 0.01 0.14 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.14 0.03 0.18 0.12 0.15 0.12
N7 0.01 0.01 0.05 0.37 0.00 0.16 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.31 0.21 0.04 0.17 0.13 0.14 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.22 0.00 0.08 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.07 0.01 0.14 0.16 0.17 0.21
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.20 0.28 0.28 0.08 0.28 0.26 0.23 0.14 0.32 0.31 0.18 0.00 0.04 0.19 0.38 0.25 0.63 0.44
O3' 0.29 0.26 0.03 0.01 0.13 0.01 0.08 0.21 0.08 0.19 0.14 0.30 0.14 0.21 0.07 0.04 0.00 0.20 0.17 0.46 0.35 0.30
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.19 0.20 0.00 0.08 0.07 0.19 0.08
O5' 0.19 0.14 0.54 0.21 0.14 0.01 0.14 0.01 0.15 0.15 0.14 0.15 0.18 0.17 0.14 0.38 0.17 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.15 0.42 0.19 0.15 0.08 0.14 0.08 0.13 0.15 0.14 0.16 0.12 0.13 0.16 0.25 0.46 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.16 0.57 0.07 0.16 0.14 0.13 0.21 0.13 0.14 0.13 0.18 0.15 0.14 0.17 0.63 0.35 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.19 0.55 0.16 0.19 0.01 0.16 0.02 0.15 0.17 0.17 0.21 0.12 0.14 0.21 0.44 0.30 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.13 0.09 0.17 0.12 0.19 0.14 0.16 0.09 0.11 0.14 0.18 0.13 0.21 0.15 0.12 0.25 0.11 0.18
C2 0.12 0.13 0.11 0.13 0.17 0.18 0.19 0.21 0.18 0.13 0.16 0.13 0.12 0.13 0.16 0.20 0.19 0.32 0.16 0.22
C2' 0.22 0.18 0.15 0.17 0.19 0.28 0.25 0.31 0.25 0.21 0.17 0.18 0.16 0.16 0.19 0.32 0.24 0.14 0.17 0.07
C3' 0.09 0.09 0.20 0.11 0.27 0.15 0.34 0.24 0.27 0.12 0.11 0.23 0.29 0.19 0.34 0.22 0.21 0.08 0.24 0.05
C4 0.12 0.09 0.10 0.11 0.09 0.18 0.15 0.21 0.16 0.11 0.09 0.14 0.12 0.10 0.09 0.21 0.17 0.25 0.13 0.15
C4' 0.16 0.18 0.34 0.27 0.11 0.12 0.16 0.09 0.10 0.10 0.11 0.33 0.41 0.36 0.18 0.09 0.13 0.30 0.12 0.25
C5 0.17 0.11 0.14 0.18 0.06 0.26 0.16 0.28 0.20 0.15 0.11 0.14 0.15 0.17 0.08 0.27 0.24 0.21 0.18 0.09
C5' 0.14 0.17 0.30 0.23 0.13 0.11 0.19 0.11 0.13 0.10 0.11 0.30 0.37 0.31 0.19 0.11 0.13 0.27 0.12 0.21
C6 0.20 0.09 0.17 0.23 0.11 0.31 0.12 0.34 0.17 0.14 0.11 0.12 0.19 0.23 0.17 0.31 0.29 0.22 0.21 0.09
C8 0.17 0.15 0.14 0.16 0.18 0.22 0.25 0.25 0.23 0.17 0.15 0.17 0.15 0.15 0.19 0.25 0.22 0.19 0.19 0.10
N1 0.17 0.09 0.15 0.20 0.18 0.27 0.18 0.29 0.17 0.11 0.15 0.11 0.17 0.20 0.20 0.27 0.25 0.28 0.18 0.16
N3 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.14 0.15 0.17 0.14 0.10 0.13 0.14 0.13 0.11 0.12 0.17 0.15 0.31 0.13 0.22
N6 0.25 0.11 0.24 0.31 0.13 0.38 0.11 0.43 0.20 0.17 0.13 0.13 0.25 0.32 0.22 0.36 0.39 0.17 0.30 0.10
N7 0.20 0.15 0.17 0.21 0.15 0.28 0.24 0.31 0.25 0.19 0.15 0.17 0.16 0.20 0.14 0.29 0.28 0.17 0.23 0.08
N9 0.12 0.11 0.11 0.10 0.15 0.17 0.20 0.20 0.19 0.12 0.11 0.15 0.14 0.11 0.17 0.20 0.16 0.23 0.14 0.14
O2' 0.14 0.16 0.16 0.14 0.11 0.15 0.08 0.14 0.09 0.12 0.16 0.22 0.19 0.17 0.13 0.15 0.13 0.41 0.15 0.30
O3' 0.55 0.55 0.78 0.66 0.15 0.45 0.09 0.31 0.21 0.43 0.40 0.78 0.92 0.79 0.09 0.35 0.31 0.50 0.22 0.41
O4' 0.19 0.19 0.32 0.27 0.08 0.15 0.11 0.13 0.08 0.13 0.11 0.31 0.37 0.33 0.15 0.11 0.18 0.37 0.18 0.33
O5' 0.10 0.08 0.14 0.10 0.31 0.14 0.37 0.20 0.28 0.14 0.13 0.15 0.21 0.12 0.40 0.18 0.21 0.17 0.28 0.15
OP1 0.15 0.18 0.26 0.20 0.09 0.10 0.15 0.09 0.11 0.11 0.13 0.29 0.33 0.26 0.14 0.09 0.12 0.31 0.14 0.24
OP2 0.23 0.21 0.20 0.25 0.38 0.32 0.46 0.40 0.39 0.26 0.24 0.21 0.21 0.22 0.46 0.32 0.41 0.17 0.47 0.23
P 0.11 0.12 0.18 0.10 0.17 0.09 0.23 0.13 0.16 0.08 0.09 0.23 0.25 0.14 0.24 0.11 0.14 0.23 0.18 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.18 0.08 0.18
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.02 0.17 0.30 0.21 0.33
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.10 0.07 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.08 0.11 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.17 0.06 0.05
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.21 0.45 0.28 0.45
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.02 0.08 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04
C5 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.17 0.47 0.22 0.43
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.14 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.12 0.08 0.04 0.03 0.15 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.14 0.39 0.15 0.36
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.13 0.29 0.15 0.30
N3 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.03 0.20 0.38 0.27 0.40
O2 0.01 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.13 0.01 0.02 0.16 0.24 0.20 0.30
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.03 0.05 0.03 0.02 0.12 0.05 0.04
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.09 0.13 0.03 0.00 0.07 0.02 0.06 0.35 0.10 0.13
O4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.22 0.49 0.32 0.48
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.23 0.06 0.16
O5' 0.07 0.17 0.06 0.05 0.21 0.01 0.17 0.01 0.14 0.13 0.20 0.16 0.02 0.06 0.22 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.30 0.10 0.17 0.45 0.06 0.47 0.06 0.39 0.29 0.38 0.24 0.12 0.35 0.49 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.21 0.07 0.06 0.28 0.02 0.22 0.02 0.15 0.15 0.27 0.20 0.05 0.10 0.32 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.33 0.09 0.05 0.45 0.04 0.43 0.01 0.36 0.30 0.40 0.30 0.04 0.13 0.48 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00