ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51698

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 1, 1, 7, 5, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.010, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.010 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.017, 0.067, 0.118, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.067 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.015, 0.068, 0.121, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.068 std_dev=0.053
C5 B 0, 0.253, 0.417, 0.581, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.417 std_dev=0.164
C6 B 0, 0.261, 0.431, 0.601, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.431 std_dev=0.170
C4 B 0, 0.219, 0.392, 0.565, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.392 std_dev=0.173
O4' B 0, 0.283, 0.463, 0.643, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.463 std_dev=0.180
N3 B 0, 0.195, 0.376, 0.558, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.376 std_dev=0.181
N1 B 0, 0.237, 0.419, 0.602, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.419 std_dev=0.182
C2 B 0, 0.205, 0.389, 0.574, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.389 std_dev=0.184
O4 B 0, 0.228, 0.419, 0.610, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.419 std_dev=0.191
O2 B 0, 0.199, 0.392, 0.585, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.392 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.254, 0.465, 0.677, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.465 std_dev=0.212
C4' B 0, 0.302, 0.521, 0.741, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.521 std_dev=0.219
C5' B 0, 0.321, 0.557, 0.792, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.557 std_dev=0.235
O5' B 0, 0.308, 0.576, 0.845, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.576 std_dev=0.269
C4' A 0, -0.113, 0.173, 0.459, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.173 std_dev=0.286
C5' A 0, -0.061, 0.230, 0.521, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.230 std_dev=0.291
C3' B 0, 0.265, 0.557, 0.849, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.557 std_dev=0.292
C2' B 0, 0.235, 0.533, 0.831, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.533 std_dev=0.298
P B 0, 0.391, 0.690, 0.989, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.690 std_dev=0.299
O2' B 0, 0.206, 0.577, 0.949, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.577 std_dev=0.372
P A 0, 0.103, 0.497, 0.892, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.497 std_dev=0.394
O3' B 0, 0.245, 0.645, 1.044, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.645 std_dev=0.400
O2' A 0, -0.170, 0.233, 0.635, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.233 std_dev=0.402
OP1 B 0, 0.399, 0.849, 1.299, 2.187 max_d=2.187 avg_d=0.849 std_dev=0.450
O5' A 0, -0.171, 0.323, 0.818, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.323 std_dev=0.494
OP2 B 0, 0.447, 0.941, 1.436, 1.961 max_d=1.961 avg_d=0.941 std_dev=0.495
OP1 A 0, 0.075, 0.583, 1.092, 2.319 max_d=2.319 avg_d=0.583 std_dev=0.509
C3' A 0, -0.277, 0.251, 0.780, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.251 std_dev=0.529
OP2 A 0, -0.087, 0.840, 1.767, 3.900 max_d=3.900 avg_d=0.840 std_dev=0.927
O3' A 0, -0.585, 0.433, 1.450, 3.585 max_d=3.585 avg_d=0.433 std_dev=1.017

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.00 0.10 0.42 0.07 0.20
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.33 0.24 0.02 0.05 0.47 0.41 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.14 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.31 0.32 0.18 0.32
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.15 0.00 0.25 0.01 0.24 0.30 0.16 0.05 0.29 0.32 0.17 0.01 0.00 0.01 0.03 0.29 0.15 0.11
C4 0.01 0.00 0.03 0.15 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.12 0.01 0.08 0.50 0.37 0.09
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.10 0.15 0.06 0.02 0.13 0.16 0.08 0.20 0.02 0.00 0.01 0.11 0.14 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.25 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.28 0.03 0.01 0.19 0.52 0.57 0.06
C5' 0.05 0.03 0.14 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.12 0.16 0.07 0.03 0.16 0.18 0.06 0.05 0.14 0.01 0.00 0.12 0.26 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.24 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.32 0.03 0.01 0.19 0.50 0.64 0.07
C8 0.01 0.00 0.02 0.30 0.00 0.15 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.13 0.03 0.24 0.57 0.44 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.16 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.35 0.13 0.02 0.12 0.48 0.55 0.06
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.30 0.28 0.03 0.04 0.46 0.30 0.13
N6 0.01 0.01 0.03 0.29 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.07 0.01 0.26 0.50 0.77 0.12
N7 0.01 0.00 0.02 0.32 0.00 0.16 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.15 0.02 0.29 0.56 0.64 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.07 0.01 0.07 0.51 0.26 0.12
O2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.26 0.20 0.28 0.05 0.32 0.15 0.35 0.30 0.33 0.22 0.15 0.00 0.04 0.15 0.24 0.25 0.17 0.27
O3' 0.25 0.24 0.03 0.00 0.12 0.02 0.03 0.14 0.03 0.13 0.13 0.28 0.07 0.15 0.07 0.04 0.00 0.17 0.14 0.63 0.30 0.34
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.15 0.17 0.00 0.03 0.37 0.10 0.15
O5' 0.10 0.05 0.31 0.03 0.08 0.01 0.19 0.00 0.19 0.24 0.12 0.04 0.26 0.29 0.07 0.24 0.14 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.42 0.47 0.32 0.29 0.50 0.11 0.52 0.12 0.50 0.57 0.48 0.46 0.50 0.56 0.51 0.25 0.63 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.41 0.18 0.15 0.37 0.14 0.57 0.26 0.64 0.44 0.55 0.30 0.77 0.64 0.26 0.17 0.30 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.10 0.32 0.11 0.09 0.03 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06 0.13 0.12 0.10 0.12 0.27 0.34 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.10 0.17 0.10 0.10 0.13 0.13 0.10 0.15 0.14 0.09 0.09 0.22 0.12 0.12 0.15 0.17 0.38 0.23 0.08
C2 0.19 0.16 0.18 0.13 0.17 0.15 0.18 0.14 0.18 0.17 0.15 0.15 0.22 0.13 0.22 0.16 0.15 0.23 0.47 0.12
C2' 0.22 0.11 0.22 0.14 0.10 0.16 0.13 0.10 0.16 0.16 0.09 0.11 0.29 0.17 0.12 0.18 0.17 0.45 0.17 0.12
C3' 0.12 0.10 0.13 0.16 0.09 0.21 0.18 0.22 0.19 0.08 0.10 0.19 0.14 0.19 0.11 0.18 0.14 0.20 0.38 0.23
C4 0.19 0.14 0.19 0.13 0.13 0.14 0.15 0.12 0.16 0.16 0.12 0.13 0.23 0.14 0.17 0.15 0.13 0.26 0.40 0.09
C4' 0.16 0.08 0.17 0.18 0.12 0.21 0.18 0.19 0.20 0.13 0.09 0.11 0.18 0.20 0.13 0.19 0.13 0.24 0.30 0.17
C5 0.18 0.14 0.20 0.15 0.12 0.15 0.13 0.13 0.15 0.16 0.13 0.14 0.24 0.16 0.16 0.15 0.11 0.21 0.46 0.12
C5' 0.11 0.17 0.12 0.13 0.13 0.15 0.13 0.14 0.14 0.12 0.16 0.22 0.13 0.16 0.12 0.13 0.14 0.28 0.19 0.13
C6 0.18 0.15 0.20 0.15 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.16 0.15 0.15 0.24 0.16 0.18 0.15 0.12 0.18 0.51 0.14
C8 0.18 0.11 0.21 0.15 0.10 0.14 0.11 0.10 0.13 0.14 0.10 0.11 0.26 0.18 0.12 0.13 0.10 0.25 0.35 0.08
N1 0.19 0.16 0.19 0.14 0.17 0.15 0.17 0.15 0.17 0.17 0.16 0.16 0.23 0.15 0.21 0.16 0.14 0.19 0.51 0.15
N3 0.19 0.14 0.18 0.12 0.15 0.15 0.17 0.13 0.18 0.17 0.14 0.13 0.22 0.12 0.20 0.16 0.15 0.27 0.41 0.10
N6 0.18 0.15 0.20 0.16 0.13 0.15 0.13 0.14 0.14 0.16 0.14 0.16 0.24 0.18 0.16 0.15 0.13 0.15 0.54 0.17
N7 0.18 0.12 0.22 0.16 0.10 0.14 0.11 0.12 0.12 0.14 0.10 0.13 0.26 0.19 0.12 0.13 0.10 0.21 0.42 0.11
N9 0.19 0.12 0.19 0.13 0.10 0.14 0.13 0.11 0.15 0.15 0.10 0.11 0.24 0.14 0.13 0.15 0.13 0.30 0.33 0.06
O2' 0.07 0.11 0.06 0.14 0.15 0.17 0.11 0.32 0.08 0.07 0.14 0.11 0.11 0.14 0.23 0.12 0.48 0.86 0.21 0.46
O3' 0.24 0.18 0.24 0.32 0.42 0.33 0.56 0.41 0.50 0.29 0.25 0.10 0.16 0.32 0.48 0.30 0.38 0.25 0.74 0.56
O4' 0.18 0.10 0.17 0.13 0.12 0.14 0.15 0.10 0.17 0.14 0.10 0.09 0.20 0.14 0.13 0.15 0.14 0.34 0.23 0.07
O5' 0.19 0.35 0.17 0.15 0.24 0.13 0.17 0.13 0.17 0.24 0.33 0.44 0.15 0.13 0.21 0.15 0.20 0.32 0.15 0.12
OP1 0.63 0.65 0.72 0.62 0.63 0.46 0.60 0.35 0.59 0.63 0.65 0.63 0.72 0.64 0.65 0.45 0.36 0.21 0.53 0.36
OP2 0.18 0.36 0.29 0.39 0.34 0.48 0.15 0.47 0.07 0.12 0.44 0.49 0.43 0.51 0.38 0.33 0.29 0.19 0.40 0.34
P 0.12 0.11 0.17 0.18 0.06 0.17 0.09 0.15 0.11 0.05 0.11 0.21 0.24 0.23 0.08 0.14 0.10 0.20 0.22 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.18 0.08
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.01 0.08 0.05 0.44 0.18
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.03 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.11 0.06
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.04 0.14 0.01 0.00 0.08 0.01 0.05 0.04 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.08 0.06 0.52 0.18
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.02 0.11 0.09 0.44 0.13
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.02 0.11 0.10 0.34 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.07 0.33 0.13
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.08 0.05 0.51 0.20
O2 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.16 0.01 0.02 0.12 0.06 0.43 0.20
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.09 0.06 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.11 0.03 0.05 0.16 0.03 0.00 0.11 0.01 0.06 0.08 0.19 0.04
O4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.00 0.02 0.08 0.07 0.53 0.17
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.15 0.09 0.06
O5' 0.02 0.08 0.04 0.05 0.08 0.01 0.11 0.01 0.11 0.05 0.08 0.12 0.02 0.06 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.05 0.05 0.04 0.06 0.07 0.09 0.04 0.10 0.07 0.05 0.06 0.09 0.08 0.07 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.44 0.11 0.07 0.52 0.08 0.44 0.15 0.34 0.33 0.51 0.43 0.06 0.19 0.53 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.18 0.06 0.04 0.18 0.02 0.13 0.01 0.10 0.13 0.20 0.20 0.03 0.04 0.17 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00