ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51699

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 3, 3, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C4 A 0, -0.001, 0.013, 0.028, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C1' A 0, -0.002, 0.013, 0.028, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.013 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.005, 0.028, 0.052, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.001, 0.024, 0.048, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.029, 0.077, 0.126, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.077 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.032, 0.092, 0.153, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.092 std_dev=0.061
O4' A 0, 0.011, 0.093, 0.175, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.093 std_dev=0.082
C3' A 0, 0.051, 0.139, 0.228, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.139 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.045, 0.137, 0.229, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.137 std_dev=0.092
O3' A 0, 0.076, 0.210, 0.345, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.210 std_dev=0.134
C5' A 0, 0.071, 0.210, 0.349, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.210 std_dev=0.139
O5' A 0, 0.107, 0.282, 0.458, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.282 std_dev=0.176
O4 B 0, 0.116, 0.332, 0.548, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.332 std_dev=0.216
C4 B 0, 0.079, 0.295, 0.512, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.295 std_dev=0.216
N3 B 0, 0.078, 0.294, 0.511, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.294 std_dev=0.217
C2 B 0, 0.071, 0.290, 0.509, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.290 std_dev=0.219
O3' B 0, 0.233, 0.453, 0.672, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.453 std_dev=0.219
C5 B 0, 0.074, 0.296, 0.519, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.296 std_dev=0.222
N1 B 0, 0.054, 0.276, 0.499, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.276 std_dev=0.222
C1' B 0, 0.085, 0.310, 0.535, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.310 std_dev=0.225
C6 B 0, 0.056, 0.284, 0.511, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.284 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.109, 0.337, 0.566, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.337 std_dev=0.228
P A 0, 0.085, 0.314, 0.542, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.314 std_dev=0.229
OP2 A 0, 0.103, 0.333, 0.563, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.333 std_dev=0.230
O2 B 0, 0.090, 0.321, 0.552, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.321 std_dev=0.231
OP1 B 0, 0.187, 0.421, 0.654, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.421 std_dev=0.233
O2' B 0, 0.128, 0.374, 0.619, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.374 std_dev=0.245
C3' B 0, 0.142, 0.392, 0.641, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.392 std_dev=0.250
OP1 A 0, 0.093, 0.368, 0.642, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.368 std_dev=0.274
O4' B 0, 0.061, 0.340, 0.619, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.340 std_dev=0.279
OP2 B 0, 0.125, 0.410, 0.694, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.410 std_dev=0.285
P B 0, 0.113, 0.399, 0.685, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.399 std_dev=0.286
C4' B 0, 0.062, 0.359, 0.655, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.359 std_dev=0.297
C5' B 0, 0.032, 0.395, 0.758, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.395 std_dev=0.363
O5' B 0, 0.050, 0.424, 0.798, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.424 std_dev=0.374

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02
C2 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.10 0.08 0.08 0.13 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.06 0.09 0.06
C4' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.07 0.11 0.08
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.08 0.08 0.11 0.08
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.08 0.08 0.12 0.09
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.09 0.09 0.12 0.09
N3 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.09 0.07 0.06 0.10 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.09 0.09 0.12 0.09
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.09 0.09 0.13 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.05 0.09 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.06
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.09 0.05 0.07
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02
O5' 0.02 0.08 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.06 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.08 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.08 0.09 0.06 0.09 0.09 0.05 0.07 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.13 0.04 0.03 0.09 0.04 0.11 0.04 0.11 0.12 0.12 0.10 0.12 0.13 0.09 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.09 0.03 0.04 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.10 0.06 0.06 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.10 0.17 0.25 0.15 0.30 0.14 0.34 0.11 0.08 0.14 0.14 0.20 0.30 0.18 0.26 0.33 0.21 0.25 0.26
C2 0.16 0.11 0.17 0.24 0.13 0.27 0.15 0.35 0.14 0.11 0.11 0.13 0.17 0.25 0.15 0.21 0.36 0.25 0.31 0.29
C2' 0.14 0.13 0.18 0.26 0.17 0.29 0.15 0.32 0.12 0.10 0.16 0.16 0.21 0.32 0.19 0.24 0.31 0.21 0.24 0.26
C3' 0.14 0.13 0.19 0.28 0.15 0.31 0.15 0.35 0.13 0.10 0.15 0.16 0.22 0.34 0.17 0.22 0.34 0.23 0.27 0.29
C4 0.18 0.11 0.18 0.25 0.14 0.30 0.16 0.35 0.13 0.11 0.12 0.14 0.17 0.26 0.17 0.26 0.36 0.23 0.26 0.27
C4' 0.15 0.11 0.19 0.28 0.14 0.32 0.14 0.37 0.12 0.09 0.14 0.15 0.21 0.34 0.17 0.23 0.35 0.24 0.29 0.29
C5 0.21 0.13 0.20 0.25 0.12 0.29 0.16 0.33 0.16 0.15 0.10 0.15 0.18 0.25 0.15 0.27 0.36 0.23 0.25 0.25
C5' 0.16 0.11 0.20 0.30 0.12 0.33 0.12 0.39 0.11 0.09 0.12 0.15 0.22 0.34 0.15 0.23 0.37 0.26 0.32 0.32
C6 0.20 0.13 0.21 0.25 0.11 0.27 0.16 0.32 0.17 0.16 0.10 0.15 0.19 0.24 0.13 0.26 0.36 0.24 0.27 0.25
C8 0.21 0.14 0.19 0.24 0.13 0.29 0.14 0.32 0.13 0.15 0.11 0.19 0.18 0.26 0.17 0.28 0.34 0.21 0.23 0.24
N1 0.18 0.11 0.19 0.24 0.11 0.26 0.14 0.33 0.14 0.13 0.09 0.13 0.17 0.24 0.13 0.23 0.36 0.25 0.30 0.28
N3 0.16 0.11 0.17 0.25 0.15 0.30 0.16 0.36 0.14 0.11 0.13 0.14 0.17 0.27 0.17 0.22 0.36 0.24 0.29 0.29
N6 0.22 0.16 0.23 0.25 0.12 0.27 0.17 0.30 0.20 0.19 0.13 0.16 0.22 0.24 0.13 0.26 0.34 0.23 0.26 0.24
N7 0.22 0.17 0.21 0.24 0.13 0.28 0.16 0.32 0.17 0.18 0.12 0.19 0.19 0.25 0.16 0.27 0.34 0.22 0.23 0.24
N9 0.18 0.10 0.18 0.25 0.15 0.30 0.15 0.34 0.12 0.10 0.12 0.15 0.18 0.27 0.18 0.27 0.35 0.22 0.25 0.26
O2' 0.14 0.15 0.18 0.24 0.18 0.27 0.15 0.30 0.12 0.11 0.19 0.18 0.24 0.32 0.20 0.24 0.29 0.20 0.23 0.25
O3' 0.14 0.14 0.20 0.28 0.16 0.28 0.16 0.33 0.14 0.12 0.16 0.17 0.23 0.35 0.18 0.20 0.31 0.22 0.27 0.28
O4' 0.16 0.10 0.18 0.26 0.14 0.31 0.14 0.36 0.12 0.09 0.13 0.14 0.20 0.32 0.17 0.25 0.36 0.23 0.27 0.28
O5' 0.14 0.13 0.18 0.27 0.14 0.27 0.14 0.33 0.12 0.10 0.14 0.16 0.20 0.32 0.16 0.17 0.32 0.23 0.30 0.29
OP1 0.14 0.14 0.17 0.25 0.14 0.24 0.14 0.30 0.13 0.12 0.15 0.18 0.20 0.30 0.16 0.15 0.29 0.23 0.29 0.28
OP2 0.18 0.14 0.22 0.30 0.12 0.31 0.12 0.37 0.12 0.12 0.14 0.17 0.22 0.33 0.14 0.22 0.37 0.27 0.34 0.32
P 0.14 0.12 0.18 0.27 0.13 0.27 0.13 0.33 0.12 0.10 0.13 0.16 0.20 0.32 0.15 0.17 0.33 0.24 0.31 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.07 0.08 0.06 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.13 0.14 0.10 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.04 0.04 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.07 0.09
C4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 0.19 0.20 0.14 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.20 0.20 0.14 0.18
C5' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.06 0.03 0.03 0.12 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02
C6 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.18 0.16 0.11 0.15
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.13 0.12 0.08 0.11
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.08 0.00 0.05 0.16 0.17 0.12 0.14
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.14 0.01 0.06 0.10 0.12 0.09 0.09
O2' 0.03 0.09 0.00 0.02 0.09 0.02 0.06 0.03 0.04 0.04 0.11 0.12 0.00 0.06 0.12 0.03 0.05 0.08 0.06 0.11
O3' 0.05 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.08 0.14 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.08 0.09 0.11
O4 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.06 0.00 0.04 0.19 0.22 0.16 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.04 0.04 0.00 0.05 0.12 0.11 0.06
O5' 0.07 0.13 0.04 0.04 0.19 0.02 0.20 0.01 0.18 0.13 0.16 0.10 0.05 0.04 0.19 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.14 0.04 0.06 0.20 0.05 0.20 0.04 0.16 0.12 0.17 0.12 0.08 0.08 0.22 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.10 0.04 0.07 0.14 0.05 0.14 0.04 0.11 0.08 0.12 0.09 0.06 0.09 0.16 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.08 0.09 0.17 0.03 0.18 0.02 0.15 0.11 0.14 0.09 0.11 0.11 0.18 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00