ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51700

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 4, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, -0.001, 0.015, 0.030, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.014, 0.032, 0.051, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.006, 0.013, 0.032, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.013 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C1' A 0, -0.004, 0.017, 0.039, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.017 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.033, 0.083, 0.133, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.083 std_dev=0.050
O3' A 0, 0.039, 0.100, 0.162, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.100 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.038, 0.100, 0.163, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.100 std_dev=0.062
O4' A 0, -0.003, 0.074, 0.152, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.074 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.033, 0.115, 0.197, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.115 std_dev=0.082
N1 B 0, 0.098, 0.190, 0.282, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.190 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.042, 0.134, 0.226, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.134 std_dev=0.092
C1' B 0, 0.076, 0.185, 0.294, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.185 std_dev=0.109
C4' B 0, 0.102, 0.211, 0.321, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.211 std_dev=0.109
C2 B 0, 0.085, 0.204, 0.322, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.204 std_dev=0.118
C6 B 0, 0.113, 0.242, 0.371, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.242 std_dev=0.129
C5' A 0, 0.049, 0.191, 0.333, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.191 std_dev=0.142
O4' B 0, 0.062, 0.207, 0.352, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.207 std_dev=0.145
O2 B 0, 0.075, 0.222, 0.370, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.222 std_dev=0.147
C2' B 0, 0.090, 0.242, 0.395, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.242 std_dev=0.153
C3' B 0, 0.104, 0.262, 0.419, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.262 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.069, 0.227, 0.385, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.227 std_dev=0.158
N3 B 0, 0.083, 0.256, 0.428, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.256 std_dev=0.172
C5 B 0, 0.080, 0.271, 0.463, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.271 std_dev=0.192
O3' B 0, 0.083, 0.275, 0.467, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.275 std_dev=0.192
O2' B 0, 0.083, 0.294, 0.505, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.294 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.065, 0.280, 0.495, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.280 std_dev=0.215
C5' B 0, 0.076, 0.291, 0.506, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.291 std_dev=0.215
P A 0, 0.041, 0.264, 0.486, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.264 std_dev=0.223
OP1 A 0, 0.059, 0.301, 0.542, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.301 std_dev=0.241
OP2 A 0, 0.040, 0.298, 0.556, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.298 std_dev=0.258
O4 B 0, 0.104, 0.376, 0.648, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.376 std_dev=0.272
P B 0, 0.116, 0.402, 0.688, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.402 std_dev=0.286
OP2 B 0, 0.089, 0.461, 0.833, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.461 std_dev=0.372
O5' B 0, 0.049, 0.433, 0.818, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.433 std_dev=0.384
OP1 B 0, 0.010, 0.479, 0.947, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.479 std_dev=0.468

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.07 0.07 0.04
C2 0.05 0.00 0.05 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.07 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.05 0.03
C4 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.07 0.08 0.08 0.05
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.10 0.09 0.10 0.07
C5' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.05 0.10 0.09 0.10 0.07
C8 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.10 0.10 0.10 0.09
N1 0.04 0.00 0.05 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.08 0.09 0.09 0.08 0.06
N3 0.04 0.01 0.05 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.04
N6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.11 0.10 0.12 0.09
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.11 0.11 0.12 0.10
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.08 0.08 0.05
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.12 0.09 0.06
O3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.12 0.05 0.03
O4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.07 0.05
O5' 0.03 0.08 0.04 0.04 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.06 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.10 0.11 0.08 0.07 0.09 0.05 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.11 0.08 0.12 0.12 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.10 0.08 0.06 0.12 0.12 0.08 0.09 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06 0.04 0.09 0.10 0.05 0.06 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.10 0.12 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.13 0.15 0.14 0.15 0.09 0.18 0.33 0.07
C2 0.05 0.08 0.07 0.10 0.10 0.12 0.12 0.23 0.10 0.06 0.10 0.11 0.06 0.11 0.10 0.06 0.22 0.21 0.29 0.12
C2' 0.08 0.09 0.09 0.11 0.13 0.08 0.12 0.07 0.10 0.08 0.13 0.10 0.11 0.14 0.16 0.14 0.10 0.19 0.32 0.07
C3' 0.07 0.11 0.09 0.11 0.12 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.13 0.13 0.12 0.14 0.15 0.14 0.12 0.21 0.29 0.07
C4 0.06 0.05 0.06 0.08 0.09 0.10 0.12 0.19 0.12 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.10 0.09 0.14 0.17 0.35 0.08
C4' 0.06 0.12 0.08 0.10 0.11 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.14 0.15 0.12 0.13 0.14 0.13 0.09 0.21 0.27 0.05
C5 0.06 0.05 0.06 0.08 0.10 0.10 0.15 0.23 0.13 0.07 0.06 0.10 0.07 0.08 0.12 0.08 0.18 0.17 0.36 0.11
C5' 0.07 0.12 0.09 0.10 0.13 0.10 0.09 0.11 0.07 0.07 0.15 0.15 0.11 0.10 0.16 0.15 0.10 0.21 0.24 0.07
C6 0.05 0.09 0.04 0.07 0.07 0.11 0.12 0.26 0.10 0.05 0.09 0.13 0.05 0.07 0.08 0.06 0.23 0.19 0.34 0.12
C8 0.12 0.10 0.12 0.12 0.18 0.11 0.17 0.17 0.15 0.12 0.15 0.08 0.14 0.12 0.20 0.14 0.13 0.16 0.39 0.11
N1 0.05 0.10 0.06 0.09 0.10 0.12 0.11 0.26 0.09 0.06 0.12 0.13 0.05 0.09 0.11 0.06 0.24 0.20 0.30 0.13
N3 0.06 0.06 0.07 0.10 0.08 0.11 0.11 0.19 0.11 0.06 0.07 0.09 0.06 0.11 0.08 0.07 0.16 0.20 0.31 0.08
N6 0.06 0.12 0.05 0.07 0.08 0.11 0.12 0.28 0.09 0.06 0.12 0.16 0.06 0.07 0.09 0.06 0.26 0.21 0.33 0.14
N7 0.10 0.08 0.10 0.10 0.18 0.10 0.19 0.21 0.15 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.21 0.11 0.17 0.17 0.39 0.12
N9 0.10 0.08 0.10 0.11 0.13 0.10 0.14 0.15 0.13 0.10 0.11 0.07 0.11 0.12 0.15 0.14 0.10 0.15 0.36 0.08
O2' 0.10 0.09 0.11 0.13 0.14 0.12 0.15 0.11 0.14 0.10 0.12 0.09 0.12 0.16 0.17 0.15 0.13 0.19 0.34 0.11
O3' 0.11 0.10 0.12 0.14 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.12 0.14 0.18 0.13 0.15 0.20 0.21 0.31 0.11
O4' 0.08 0.12 0.09 0.10 0.11 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.13 0.15 0.13 0.14 0.13 0.15 0.09 0.19 0.29 0.05
O5' 0.11 0.16 0.12 0.12 0.19 0.12 0.14 0.12 0.12 0.11 0.19 0.17 0.14 0.10 0.22 0.17 0.13 0.20 0.29 0.11
OP1 0.08 0.12 0.08 0.10 0.18 0.11 0.12 0.10 0.08 0.07 0.18 0.13 0.09 0.09 0.23 0.16 0.11 0.19 0.28 0.08
OP2 0.08 0.10 0.08 0.08 0.19 0.08 0.14 0.12 0.08 0.05 0.18 0.09 0.10 0.07 0.25 0.16 0.13 0.16 0.32 0.08
P 0.08 0.12 0.08 0.08 0.18 0.08 0.12 0.09 0.07 0.06 0.18 0.12 0.09 0.08 0.23 0.16 0.11 0.17 0.29 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.19 0.20 0.36 0.17
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.23 0.20 0.36 0.14
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.10 0.07 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.02 0.17 0.19 0.32 0.16
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.12 0.25 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.09 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.28 0.16 0.28 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.05 0.01 0.02 0.10 0.00 0.02 0.15 0.26 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.13 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.03 0.30 0.14 0.26 0.08
C5' 0.10 0.21 0.10 0.01 0.33 0.01 0.37 0.00 0.34 0.23 0.27 0.13 0.08 0.03 0.35 0.02 0.00 0.24 0.25 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.12 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.01 0.02 0.27 0.15 0.31 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.22 0.18 0.35 0.13
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.26 0.19 0.33 0.11
O2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.13 0.01 0.06 0.22 0.23 0.37 0.17
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.08 0.04 0.07 0.12 0.00 0.04 0.07 0.01 0.16 0.20 0.30 0.16
O3' 0.04 0.08 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.13 0.04 0.00 0.05 0.09 0.06 0.11 0.24 0.08
O4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.10 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.30 0.15 0.25 0.09
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.09 0.04 0.00 0.19 0.25 0.36 0.21
O5' 0.19 0.23 0.17 0.06 0.28 0.02 0.30 0.00 0.27 0.22 0.26 0.22 0.16 0.06 0.30 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.20 0.20 0.19 0.12 0.16 0.15 0.14 0.24 0.15 0.18 0.19 0.23 0.20 0.11 0.15 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.36 0.32 0.25 0.28 0.26 0.26 0.25 0.31 0.35 0.33 0.37 0.30 0.24 0.25 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.14 0.16 0.09 0.09 0.06 0.08 0.01 0.09 0.13 0.11 0.17 0.16 0.08 0.09 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00