ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51701

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.002, 0.025, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.009, 0.046, 0.082, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.046 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.028, 0.072, 0.116, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.072 std_dev=0.044
C4' A 0, 0.017, 0.070, 0.122, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.070 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.010, 0.069, 0.128, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.069 std_dev=0.059
O3' A 0, 0.046, 0.109, 0.172, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.109 std_dev=0.063
O4' B 0, 0.058, 0.147, 0.237, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.147 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.014, 0.116, 0.217, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.116 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.028, 0.137, 0.246, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.137 std_dev=0.109
O5' A 0, 0.027, 0.139, 0.251, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.139 std_dev=0.112
C6 B 0, 0.074, 0.196, 0.319, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.196 std_dev=0.122
N1 B 0, 0.037, 0.160, 0.283, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.160 std_dev=0.123
C1' B 0, 0.040, 0.166, 0.293, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.166 std_dev=0.126
C4' B 0, 0.063, 0.199, 0.335, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.199 std_dev=0.136
C2 B 0, 0.014, 0.153, 0.293, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.153 std_dev=0.140
C5 B 0, 0.074, 0.216, 0.358, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.216 std_dev=0.142
O2 B 0, 0.013, 0.165, 0.316, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.165 std_dev=0.152
N3 B 0, 0.011, 0.164, 0.316, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.164 std_dev=0.152
C4 B 0, 0.033, 0.193, 0.352, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.193 std_dev=0.159
C5' B 0, 0.048, 0.231, 0.415, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.231 std_dev=0.183
OP1 A 0, 0.014, 0.200, 0.386, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.200 std_dev=0.186
P A 0, 0.009, 0.205, 0.401, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.205 std_dev=0.196
O4 B 0, 0.017, 0.214, 0.411, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.214 std_dev=0.197
C2' B 0, 0.040, 0.241, 0.441, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.241 std_dev=0.200
C3' B 0, 0.043, 0.252, 0.461, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.252 std_dev=0.209
OP2 A 0, 0.051, 0.285, 0.519, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.285 std_dev=0.234
O2' B 0, 0.062, 0.311, 0.561, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.311 std_dev=0.249
O3' B 0, 0.056, 0.328, 0.599, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.328 std_dev=0.272
OP1 B 0, -0.142, 0.389, 0.920, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.389 std_dev=0.531
P B 0, -0.164, 0.373, 0.910, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.373 std_dev=0.537
O5' B 0, -0.196, 0.392, 0.981, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.392 std_dev=0.589
OP2 B 0, -0.220, 0.521, 1.262, 2.948 max_d=2.948 avg_d=0.521 std_dev=0.741

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.09 0.10 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.09 0.07
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.06 0.07 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.06 0.08 0.06
C5' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.06 0.09 0.06
C8 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.06 0.09 0.06
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.04 0.09 0.09 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.05 0.06 0.09 0.07
N7 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05 0.07 0.10 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.15 0.10
O3' 0.05 0.08 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
O5' 0.02 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.03 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.09 0.07 0.07 0.03 0.08 0.01 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.06 0.15 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.07 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.04 0.10 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.05 0.12 0.09 0.05 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.04 0.08 0.16 0.10 0.06 0.08 0.06 0.10 0.28 0.17
C2 0.10 0.11 0.11 0.10 0.13 0.09 0.13 0.10 0.12 0.12 0.11 0.09 0.12 0.10 0.13 0.09 0.27 0.27 0.59 0.38
C2' 0.10 0.05 0.12 0.09 0.06 0.08 0.10 0.10 0.11 0.08 0.04 0.08 0.17 0.10 0.06 0.08 0.09 0.09 0.23 0.12
C3' 0.10 0.06 0.13 0.09 0.05 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.05 0.09 0.19 0.10 0.05 0.07 0.18 0.12 0.10 0.06
C4 0.09 0.06 0.10 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.05 0.06 0.13 0.08 0.07 0.08 0.18 0.19 0.45 0.29
C4' 0.07 0.07 0.12 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.09 0.18 0.10 0.08 0.04 0.16 0.08 0.08 0.04
C5 0.07 0.04 0.09 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.12 0.07 0.07 0.07 0.20 0.21 0.46 0.30
C5' 0.05 0.09 0.10 0.07 0.09 0.05 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.11 0.17 0.10 0.10 0.07 0.19 0.10 0.07 0.06
C6 0.08 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.12 0.07 0.07 0.07 0.25 0.25 0.53 0.35
C8 0.06 0.05 0.10 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.08 0.14 0.10 0.09 0.05 0.08 0.12 0.31 0.19
N1 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.12 0.09 0.10 0.08 0.28 0.28 0.60 0.38
N3 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.13 0.10 0.13 0.12 0.10 0.09 0.13 0.10 0.11 0.09 0.21 0.22 0.52 0.33
N6 0.08 0.06 0.09 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.12 0.07 0.06 0.06 0.26 0.25 0.54 0.35
N7 0.05 0.03 0.09 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.12 0.08 0.09 0.05 0.14 0.16 0.38 0.24
N9 0.08 0.03 0.10 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.04 0.06 0.14 0.09 0.07 0.06 0.10 0.14 0.34 0.22
O2' 0.14 0.09 0.14 0.13 0.11 0.13 0.17 0.16 0.18 0.13 0.07 0.09 0.18 0.13 0.10 0.13 0.11 0.16 0.34 0.21
O3' 0.13 0.10 0.15 0.11 0.06 0.11 0.07 0.11 0.09 0.09 0.08 0.11 0.20 0.12 0.07 0.10 0.21 0.14 0.10 0.07
O4' 0.06 0.07 0.11 0.07 0.09 0.05 0.08 0.06 0.07 0.04 0.09 0.09 0.17 0.09 0.10 0.05 0.06 0.07 0.17 0.10
O5' 0.06 0.10 0.11 0.08 0.09 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.12 0.16 0.11 0.09 0.07 0.16 0.10 0.09 0.05
OP1 0.08 0.09 0.13 0.09 0.10 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.11 0.19 0.12 0.10 0.07 0.30 0.24 0.08 0.13
OP2 0.07 0.10 0.10 0.08 0.11 0.06 0.10 0.08 0.09 0.08 0.12 0.13 0.15 0.11 0.12 0.07 0.18 0.14 0.10 0.06
P 0.06 0.10 0.11 0.08 0.09 0.05 0.08 0.07 0.08 0.06 0.11 0.12 0.16 0.11 0.10 0.06 0.22 0.16 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.15 0.13 0.14
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.26 0.27 0.38 0.30
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.18 0.21 0.11 0.17
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.24 0.28 0.05 0.17
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.34 0.34 0.55 0.40
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.15 0.14 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.31 0.33 0.51 0.38
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.23 0.27 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.26 0.28 0.38 0.32
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.23 0.25 0.31 0.27
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.32 0.32 0.49 0.36
O2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.07 0.04 0.03 0.25 0.26 0.35 0.28
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.10 0.04 0.06
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.03 0.07 0.03 0.00 0.05 0.01 0.20 0.27 0.08 0.12
O4 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.03 0.36 0.38 0.62 0.43
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.11 0.08 0.08
O5' 0.10 0.26 0.18 0.24 0.34 0.01 0.31 0.01 0.26 0.23 0.32 0.25 0.03 0.20 0.36 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.15 0.27 0.21 0.28 0.34 0.15 0.33 0.23 0.28 0.25 0.32 0.26 0.10 0.27 0.38 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.38 0.11 0.05 0.55 0.14 0.51 0.27 0.38 0.31 0.49 0.35 0.04 0.08 0.62 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.30 0.17 0.17 0.40 0.03 0.38 0.01 0.32 0.27 0.36 0.28 0.06 0.12 0.43 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00