ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51702

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.003, 0.025, 0.048, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.004, 0.034, 0.064, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.034 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.012, 0.048, 0.085, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.048 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.005, 0.046, 0.086, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.046 std_dev=0.040
C6 B 0, 0.270, 0.520, 0.771, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.520 std_dev=0.251
C2' A 0, 0.019, 0.286, 0.552, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.286 std_dev=0.267
O4' A 0, 0.014, 0.299, 0.584, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.299 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.287, 0.596, 0.905, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.596 std_dev=0.309
C5 B 0, 0.226, 0.544, 0.862, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.544 std_dev=0.318
O4' B 0, 0.342, 0.677, 1.013, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.677 std_dev=0.335
C2 B 0, 0.368, 0.737, 1.106, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.737 std_dev=0.369
C1' B 0, 0.300, 0.673, 1.045, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.673 std_dev=0.373
C4 B 0, 0.330, 0.714, 1.098, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.714 std_dev=0.384
N3 B 0, 0.402, 0.798, 1.194, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.798 std_dev=0.396
C4' A 0, 0.232, 0.630, 1.028, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.630 std_dev=0.398
C4' B 0, 0.381, 0.796, 1.211, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.796 std_dev=0.415
C2' B 0, 0.420, 0.867, 1.314, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.867 std_dev=0.447
O2 B 0, 0.451, 0.900, 1.349, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.900 std_dev=0.449
C5' B 0, 0.459, 0.941, 1.424, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.941 std_dev=0.482
C3' B 0, 0.422, 0.928, 1.435, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.928 std_dev=0.506
O4 B 0, 0.350, 0.869, 1.387, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.869 std_dev=0.519
C3' A 0, 0.363, 0.917, 1.471, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.917 std_dev=0.554
O2' A 0, 0.201, 0.756, 1.311, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.756 std_dev=0.555
O2' B 0, 0.606, 1.179, 1.753, 1.962 max_d=1.962 avg_d=1.179 std_dev=0.573
O5' A 0, 0.538, 1.142, 1.747, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.142 std_dev=0.605
O3' B 0, 0.561, 1.225, 1.888, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.225 std_dev=0.663
C5' A 0, 0.215, 0.894, 1.572, 2.824 max_d=2.824 avg_d=0.894 std_dev=0.679
OP1 A 0, 0.447, 1.381, 2.316, 2.988 max_d=2.988 avg_d=1.381 std_dev=0.934
P A 0, 0.448, 1.502, 2.556, 3.226 max_d=3.226 avg_d=1.502 std_dev=1.054
O3' A 0, 0.531, 1.601, 2.671, 2.985 max_d=2.985 avg_d=1.601 std_dev=1.070
O5' B 0, 0.561, 1.682, 2.802, 3.347 max_d=3.347 avg_d=1.682 std_dev=1.120
OP1 B 0, 0.662, 1.957, 3.252, 3.804 max_d=3.804 avg_d=1.957 std_dev=1.295
P B 0, 0.418, 1.873, 3.329, 3.687 max_d=3.687 avg_d=1.873 std_dev=1.455
OP2 A 0, 0.291, 1.947, 3.604, 5.446 max_d=5.446 avg_d=1.947 std_dev=1.657
OP2 B 0, 0.550, 2.697, 4.843, 6.030 max_d=6.030 avg_d=2.697 std_dev=2.147

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.33 0.50 0.27 0.33
C2 0.04 0.00 0.21 0.21 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.27 0.46 0.15 0.36 0.45 0.48 0.26
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.12 0.02 0.07 0.23 0.12 0.10 0.18 0.21 0.10 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.55 0.86 0.71 0.77
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.23 0.01 0.35 0.01 0.34 0.41 0.27 0.18 0.40 0.43 0.24 0.04 0.01 0.02 0.14 0.70 0.55 0.34
C4 0.02 0.01 0.12 0.23 0.00 0.08 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.25 0.08 0.35 0.45 0.46 0.26
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.12 0.23 0.07 0.06 0.16 0.22 0.11 0.31 0.02 0.00 0.02 0.36 0.37 0.08
C5 0.02 0.01 0.07 0.35 0.01 0.14 0.00 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.17 0.05 0.37 0.46 0.73 0.30
C5' 0.10 0.18 0.23 0.01 0.21 0.01 0.28 0.00 0.28 0.32 0.23 0.16 0.33 0.35 0.20 0.10 0.23 0.02 0.01 0.28 0.36 0.03
C6 0.02 0.01 0.12 0.34 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.32 0.22 0.09 0.38 0.47 0.82 0.32
C8 0.01 0.02 0.10 0.41 0.02 0.23 0.02 0.32 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.28 0.26 0.08 0.35 0.48 0.62 0.29
N1 0.03 0.01 0.18 0.27 0.01 0.07 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.33 0.13 0.37 0.45 0.68 0.28
N3 0.04 0.00 0.21 0.18 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.48 0.14 0.35 0.46 0.36 0.27
N6 0.03 0.01 0.10 0.40 0.01 0.16 0.01 0.33 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.35 0.23 0.07 0.40 0.51 1.01 0.39
N7 0.01 0.02 0.05 0.43 0.01 0.22 0.01 0.35 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.28 0.04 0.37 0.50 0.88 0.34
N9 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.12 0.01 0.34 0.46 0.34 0.27
O2' 0.02 0.27 0.00 0.04 0.25 0.31 0.31 0.10 0.32 0.28 0.30 0.24 0.35 0.33 0.20 0.00 0.10 0.24 0.38 0.76 0.80 0.73
O3' 0.31 0.46 0.03 0.01 0.25 0.02 0.17 0.23 0.22 0.26 0.33 0.48 0.23 0.28 0.12 0.10 0.00 0.23 0.28 0.79 0.55 0.26
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.08 0.00 0.05 0.02 0.09 0.08 0.13 0.14 0.07 0.04 0.01 0.24 0.23 0.00 0.21 0.32 0.23 0.22
O5' 0.33 0.36 0.55 0.14 0.35 0.02 0.37 0.01 0.38 0.35 0.37 0.35 0.40 0.37 0.34 0.38 0.28 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.50 0.45 0.86 0.70 0.45 0.36 0.46 0.28 0.47 0.48 0.45 0.46 0.51 0.50 0.46 0.76 0.79 0.32 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.48 0.71 0.55 0.46 0.37 0.73 0.36 0.82 0.62 0.68 0.36 1.01 0.88 0.34 0.80 0.55 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.26 0.77 0.34 0.26 0.08 0.30 0.03 0.32 0.29 0.28 0.27 0.39 0.34 0.27 0.73 0.26 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.24 0.29 0.33 0.35 0.38 0.42 0.53 0.37 0.27 0.26 0.24 0.27 0.42 0.39 0.31 0.30 0.77 0.65 0.28
C2 0.13 0.23 0.13 0.15 0.29 0.22 0.26 0.33 0.19 0.17 0.27 0.24 0.18 0.37 0.32 0.18 0.79 0.84 1.21 0.94
C2' 0.27 0.16 0.31 0.39 0.26 0.45 0.31 0.59 0.26 0.19 0.18 0.21 0.29 0.50 0.33 0.31 0.40 0.86 0.82 0.34
C3' 0.29 0.19 0.38 0.41 0.28 0.48 0.39 0.72 0.39 0.27 0.19 0.21 0.28 0.39 0.30 0.35 0.61 1.14 1.32 0.70
C4 0.16 0.18 0.14 0.15 0.27 0.22 0.33 0.37 0.28 0.19 0.21 0.21 0.17 0.41 0.30 0.17 0.49 0.63 0.73 0.57
C4' 0.50 0.39 0.59 0.59 0.47 0.64 0.58 0.84 0.59 0.49 0.39 0.35 0.51 0.51 0.48 0.53 0.86 1.23 1.50 0.92
C5 0.14 0.17 0.12 0.13 0.21 0.18 0.26 0.31 0.25 0.16 0.17 0.22 0.21 0.50 0.22 0.16 0.42 0.49 0.65 0.49
C5' 0.62 0.49 0.72 0.75 0.52 0.77 0.64 0.96 0.66 0.58 0.46 0.47 0.62 0.65 0.50 0.64 1.13 1.39 1.74 1.23
C6 0.10 0.17 0.12 0.14 0.17 0.17 0.19 0.26 0.17 0.12 0.17 0.24 0.23 0.52 0.19 0.17 0.56 0.55 0.88 0.65
C8 0.24 0.19 0.23 0.26 0.25 0.30 0.33 0.46 0.32 0.23 0.19 0.24 0.27 0.50 0.26 0.24 0.27 0.48 0.48 0.25
N1 0.13 0.22 0.14 0.14 0.20 0.18 0.18 0.27 0.15 0.15 0.23 0.27 0.22 0.45 0.22 0.18 0.73 0.72 1.15 0.86
N3 0.14 0.20 0.13 0.16 0.32 0.25 0.34 0.39 0.26 0.18 0.26 0.21 0.14 0.35 0.36 0.18 0.69 0.83 1.01 0.82
N6 0.13 0.17 0.18 0.21 0.17 0.20 0.16 0.25 0.15 0.12 0.19 0.25 0.30 0.61 0.20 0.20 0.51 0.50 0.84 0.60
N7 0.19 0.18 0.19 0.22 0.20 0.25 0.27 0.38 0.28 0.19 0.17 0.24 0.27 0.56 0.21 0.22 0.26 0.41 0.44 0.30
N9 0.24 0.20 0.23 0.24 0.29 0.30 0.36 0.44 0.33 0.23 0.22 0.22 0.24 0.43 0.32 0.24 0.31 0.60 0.55 0.32
O2' 0.30 0.29 0.28 0.34 0.34 0.38 0.35 0.58 0.27 0.25 0.30 0.35 0.29 0.45 0.42 0.30 0.47 1.01 0.70 0.60
O3' 0.65 0.60 0.72 0.67 0.76 0.74 0.89 0.99 0.86 0.70 0.64 0.51 0.61 0.55 0.77 0.69 0.90 1.45 1.67 1.02
O4' 0.50 0.44 0.52 0.50 0.53 0.56 0.61 0.69 0.60 0.51 0.45 0.40 0.47 0.48 0.54 0.53 0.53 0.88 0.96 0.50
O5' 0.56 0.50 0.65 0.70 0.52 0.74 0.58 0.95 0.60 0.54 0.49 0.51 0.53 0.62 0.51 0.61 0.92 1.23 1.39 1.02
OP1 0.52 0.47 0.58 0.61 0.51 0.65 0.60 0.87 0.60 0.51 0.47 0.50 0.62 0.57 0.52 0.56 0.97 1.32 1.70 1.15
OP2 0.82 0.79 0.90 0.95 0.65 0.90 0.64 0.99 0.69 0.75 0.74 0.90 1.00 1.03 0.63 0.78 0.79 1.28 1.25 0.99
P 0.44 0.36 0.55 0.60 0.43 0.64 0.53 0.92 0.54 0.43 0.36 0.36 0.57 0.51 0.43 0.50 0.76 1.19 1.26 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.23 0.02 0.01 0.45 0.47 0.77 0.48
C2 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.03 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.01 0.05 0.68 0.73 1.27 0.82
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.14 0.11 0.02 0.08 0.19 0.00 0.05 0.05 0.02 0.43 0.51 0.65 0.39
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.13 0.01 0.18 0.02 0.17 0.08 0.10 0.13 0.02 0.01 0.14 0.01 0.25 0.44 0.40 0.28
C4 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.13 0.00 0.03 0.94 1.05 1.73 1.18
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.06 0.09 0.04 0.08 0.00 0.02 0.26 0.28 0.08
C5 0.03 0.02 0.09 0.18 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.02 0.02 0.04 0.17 0.11 0.01 0.06 0.99 1.08 1.75 1.22
C5' 0.06 0.12 0.14 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.14 0.10 0.14 0.12 0.09 0.14 0.18 0.02 0.01 0.31 0.31 0.03
C6 0.03 0.02 0.11 0.17 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.03 0.15 0.11 0.01 0.07 0.91 0.91 1.50 1.05
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.17 0.01 0.02 0.71 0.70 1.21 0.80
N3 0.03 0.01 0.08 0.10 0.00 0.04 0.02 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.20 0.01 0.04 0.81 0.90 1.53 1.01
O2 0.05 0.01 0.19 0.13 0.02 0.06 0.04 0.12 0.03 0.03 0.02 0.00 0.29 0.35 0.01 0.09 0.54 0.63 1.09 0.66
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.17 0.09 0.17 0.09 0.15 0.10 0.19 0.29 0.00 0.06 0.19 0.06 0.40 0.56 0.67 0.38
O3' 0.23 0.24 0.05 0.01 0.13 0.04 0.11 0.14 0.11 0.17 0.20 0.35 0.06 0.00 0.13 0.18 0.27 0.51 0.61 0.38
O4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.13 0.00 0.04 0.98 1.14 1.84 1.26
O4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.09 0.06 0.18 0.04 0.00 0.39 0.42 0.64 0.41
O5' 0.45 0.68 0.43 0.25 0.94 0.02 0.99 0.01 0.91 0.71 0.81 0.54 0.40 0.27 0.98 0.39 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.47 0.73 0.51 0.44 1.05 0.26 1.08 0.31 0.91 0.70 0.90 0.63 0.56 0.51 1.14 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.77 1.27 0.65 0.40 1.73 0.28 1.75 0.31 1.50 1.21 1.53 1.09 0.67 0.61 1.84 0.64 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.48 0.82 0.39 0.28 1.18 0.08 1.22 0.03 1.05 0.80 1.01 0.66 0.38 0.38 1.26 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00