ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51704

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.028, 0.044, 0.061, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.044 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.025, 0.041, 0.058, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.041 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.028, 0.046, 0.064, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.046 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.012, 0.032, 0.053, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.032 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.016, 0.038, 0.061, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.024, 0.049, 0.073, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.049 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.027, 0.052, 0.077, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.052 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.031, 0.064, 0.096, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.064 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.021, 0.056, 0.091, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.056 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.029, 0.065, 0.102, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.065 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.084, 0.216, 0.348, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.216 std_dev=0.132
N1 B 0, 0.222, 0.372, 0.523, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.372 std_dev=0.151
C6 B 0, 0.270, 0.431, 0.593, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.431 std_dev=0.161
C1' B 0, 0.206, 0.370, 0.534, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.370 std_dev=0.164
C2 B 0, 0.205, 0.369, 0.533, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.369 std_dev=0.164
O4' B 0, 0.246, 0.420, 0.594, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.420 std_dev=0.174
C2' B 0, 0.199, 0.381, 0.562, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.381 std_dev=0.182
N3 B 0, 0.218, 0.401, 0.583, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.401 std_dev=0.182
C4' B 0, 0.239, 0.422, 0.605, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.422 std_dev=0.183
C5 B 0, 0.295, 0.480, 0.665, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.480 std_dev=0.185
C3' B 0, 0.239, 0.427, 0.615, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.427 std_dev=0.188
C4 B 0, 0.284, 0.476, 0.668, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.476 std_dev=0.192
O2 B 0, 0.225, 0.425, 0.626, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.425 std_dev=0.201
O4' A 0, 0.092, 0.301, 0.509, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.301 std_dev=0.209
O4 B 0, 0.414, 0.648, 0.883, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.648 std_dev=0.234
O2' B 0, 0.192, 0.427, 0.661, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.427 std_dev=0.235
C5' B 0, 0.240, 0.483, 0.726, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.483 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.247, 0.512, 0.778, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.512 std_dev=0.265
O2' A 0, 0.035, 0.462, 0.888, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.462 std_dev=0.426
O5' A 0, 0.285, 0.751, 1.217, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.751 std_dev=0.466
C4' A 0, 0.116, 0.588, 1.060, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.588 std_dev=0.472
C5' A 0, 0.187, 0.771, 1.356, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.771 std_dev=0.584
C3' A 0, -0.069, 0.606, 1.281, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.606 std_dev=0.675
P A 0, 0.112, 0.948, 1.784, 3.261 max_d=3.261 avg_d=0.948 std_dev=0.836
O5' B 0, 0.073, 0.957, 1.841, 2.978 max_d=2.978 avg_d=0.957 std_dev=0.884
P B 0, 0.151, 1.083, 2.014, 3.215 max_d=3.215 avg_d=1.083 std_dev=0.932
OP1 B 0, 0.220, 1.425, 2.631, 4.151 max_d=4.151 avg_d=1.425 std_dev=1.206
O3' A 0, -0.245, 1.020, 2.285, 3.761 max_d=3.761 avg_d=1.020 std_dev=1.265
OP2 B 0, 0.133, 1.497, 2.860, 4.544 max_d=4.544 avg_d=1.497 std_dev=1.363
OP1 A 0, -0.045, 1.464, 2.972, 5.005 max_d=5.005 avg_d=1.464 std_dev=1.509
OP2 A 0, 0.129, 1.705, 3.282, 4.901 max_d=4.901 avg_d=1.705 std_dev=1.576

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.29 0.01 0.21 0.71 0.27 0.21
C2 0.04 0.00 0.12 0.12 0.01 0.05 0.02 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.37 0.31 0.07 0.24 0.95 0.65 0.24
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.02 0.07 0.19 0.09 0.06 0.11 0.11 0.10 0.06 0.03 0.01 0.03 0.03 0.45 0.39 0.56 0.32
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.19 0.01 0.32 0.02 0.31 0.37 0.21 0.09 0.38 0.41 0.21 0.03 0.01 0.03 0.22 0.47 0.70 0.34
C4 0.02 0.01 0.08 0.19 0.00 0.06 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.16 0.04 0.26 1.01 0.59 0.30
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.12 0.18 0.07 0.05 0.17 0.19 0.08 0.29 0.03 0.00 0.01 0.31 0.24 0.09
C5 0.02 0.02 0.07 0.32 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.30 0.10 0.03 0.33 1.19 0.83 0.46
C5' 0.08 0.16 0.19 0.02 0.16 0.01 0.23 0.00 0.24 0.24 0.20 0.13 0.30 0.28 0.15 0.16 0.18 0.01 0.01 0.19 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.31 0.02 0.12 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.35 0.10 0.04 0.34 1.19 0.91 0.47
C8 0.02 0.02 0.06 0.37 0.01 0.18 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.19 0.20 0.06 0.37 1.23 0.75 0.52
N1 0.04 0.00 0.11 0.21 0.02 0.07 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.38 0.17 0.06 0.29 1.08 0.79 0.35
N3 0.04 0.01 0.11 0.09 0.01 0.05 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.33 0.35 0.08 0.23 0.88 0.55 0.20
N6 0.03 0.01 0.10 0.38 0.02 0.17 0.02 0.30 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.35 0.17 0.05 0.40 1.28 1.08 0.58
N7 0.02 0.03 0.06 0.41 0.01 0.19 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.25 0.24 0.04 0.41 1.31 0.97 0.60
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.08 0.02 0.15 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.19 0.10 0.02 0.26 0.98 0.47 0.31
O2' 0.03 0.37 0.01 0.03 0.29 0.29 0.30 0.16 0.35 0.19 0.38 0.33 0.35 0.25 0.19 0.00 0.06 0.19 0.38 0.33 0.71 0.30
O3' 0.29 0.31 0.03 0.01 0.16 0.03 0.10 0.18 0.10 0.20 0.17 0.35 0.17 0.24 0.10 0.06 0.00 0.21 0.21 0.91 0.81 0.56
O4' 0.01 0.07 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.08 0.05 0.04 0.02 0.19 0.21 0.00 0.08 0.73 0.10 0.27
O5' 0.21 0.24 0.45 0.22 0.26 0.01 0.33 0.01 0.34 0.37 0.29 0.23 0.40 0.41 0.26 0.38 0.21 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.71 0.95 0.39 0.47 1.01 0.31 1.19 0.19 1.19 1.23 1.08 0.88 1.28 1.31 0.98 0.33 0.91 0.73 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.65 0.56 0.70 0.59 0.24 0.83 0.35 0.91 0.75 0.79 0.55 1.08 0.97 0.47 0.71 0.81 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.24 0.32 0.34 0.30 0.09 0.46 0.02 0.47 0.52 0.35 0.20 0.58 0.60 0.31 0.30 0.56 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.15 0.17 0.10 0.13 0.09 0.12 0.14 0.14 0.14 0.15 0.15 0.21 0.11 0.13 0.09 0.30 0.40 0.28 0.16
C2 0.16 0.17 0.18 0.11 0.18 0.12 0.13 0.20 0.13 0.15 0.20 0.18 0.22 0.12 0.21 0.12 0.18 0.26 0.73 0.30
C2' 0.13 0.12 0.14 0.09 0.14 0.08 0.15 0.11 0.13 0.11 0.13 0.12 0.18 0.10 0.16 0.09 0.39 0.55 0.23 0.26
C3' 0.14 0.18 0.14 0.15 0.12 0.21 0.18 0.30 0.17 0.12 0.16 0.27 0.17 0.15 0.13 0.17 0.24 0.28 0.43 0.28
C4 0.15 0.16 0.18 0.10 0.13 0.09 0.11 0.16 0.12 0.14 0.17 0.17 0.23 0.12 0.13 0.09 0.15 0.23 0.56 0.19
C4' 0.16 0.14 0.15 0.20 0.15 0.24 0.18 0.32 0.19 0.15 0.13 0.16 0.15 0.19 0.15 0.23 0.35 0.40 0.40 0.33
C5 0.12 0.13 0.18 0.11 0.07 0.09 0.09 0.17 0.10 0.11 0.12 0.16 0.24 0.13 0.07 0.08 0.15 0.18 0.61 0.23
C5' 0.33 0.27 0.32 0.38 0.17 0.44 0.17 0.50 0.23 0.28 0.22 0.32 0.30 0.37 0.15 0.44 0.58 0.58 0.49 0.49
C6 0.12 0.12 0.17 0.11 0.08 0.10 0.10 0.19 0.10 0.11 0.12 0.15 0.23 0.13 0.09 0.09 0.19 0.19 0.73 0.30
C8 0.13 0.11 0.18 0.12 0.09 0.10 0.12 0.15 0.13 0.11 0.10 0.14 0.25 0.15 0.09 0.09 0.16 0.22 0.39 0.10
N1 0.14 0.15 0.18 0.12 0.13 0.11 0.11 0.20 0.11 0.13 0.16 0.17 0.23 0.13 0.14 0.10 0.20 0.23 0.78 0.34
N3 0.17 0.18 0.18 0.11 0.19 0.11 0.15 0.18 0.14 0.16 0.21 0.18 0.22 0.12 0.22 0.12 0.17 0.27 0.61 0.23
N6 0.11 0.09 0.16 0.12 0.10 0.10 0.11 0.19 0.10 0.09 0.09 0.12 0.23 0.14 0.11 0.09 0.21 0.18 0.76 0.33
N7 0.11 0.10 0.18 0.12 0.08 0.10 0.12 0.16 0.11 0.09 0.08 0.13 0.25 0.15 0.10 0.09 0.14 0.17 0.51 0.18
N9 0.14 0.14 0.17 0.10 0.11 0.09 0.11 0.15 0.13 0.13 0.14 0.16 0.23 0.12 0.11 0.08 0.19 0.27 0.40 0.11
O2' 0.22 0.14 0.23 0.31 0.23 0.37 0.24 0.48 0.24 0.17 0.19 0.13 0.25 0.32 0.30 0.31 0.84 1.09 0.44 0.70
O3' 0.33 0.30 0.31 0.43 0.57 0.48 0.71 0.66 0.64 0.41 0.38 0.22 0.26 0.40 0.61 0.43 0.37 0.40 0.85 0.66
O4' 0.13 0.13 0.14 0.09 0.14 0.08 0.12 0.14 0.11 0.12 0.13 0.13 0.19 0.10 0.15 0.08 0.33 0.38 0.30 0.23
O5' 0.45 0.54 0.48 0.37 0.41 0.23 0.33 0.19 0.34 0.46 0.50 0.63 0.48 0.35 0.39 0.31 0.47 0.41 0.27 0.29
OP1 1.06 1.36 1.07 0.92 1.24 0.76 1.08 0.67 1.04 1.18 1.35 1.42 0.99 0.88 1.25 0.81 0.56 0.38 0.70 0.53
OP2 0.63 0.78 0.81 0.74 0.58 0.74 0.34 0.67 0.32 0.55 0.77 1.00 0.99 0.87 0.62 0.60 0.46 0.39 0.45 0.43
P 0.52 0.63 0.56 0.46 0.48 0.40 0.37 0.36 0.39 0.52 0.59 0.74 0.58 0.46 0.46 0.43 0.37 0.30 0.32 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.14 0.15 0.28 0.21
C2 0.04 0.00 0.08 0.09 0.02 0.08 0.03 0.14 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.04 0.31 0.26 0.64 0.39
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.05 0.04 0.09 0.12 0.01 0.02 0.09 0.02 0.27 0.28 0.26 0.26
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.03 0.12 0.07 0.10 0.12 0.02 0.01 0.13 0.01 0.36 0.41 0.17 0.28
C4 0.04 0.02 0.08 0.12 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.15 0.01 0.05 0.36 0.35 0.89 0.51
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.06 0.09 0.09 0.04 0.02 0.11 0.01 0.02 0.19 0.19 0.03
C5 0.04 0.03 0.07 0.13 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.16 0.02 0.06 0.32 0.32 0.81 0.48
C5' 0.03 0.14 0.02 0.03 0.20 0.01 0.21 0.00 0.18 0.12 0.17 0.13 0.04 0.03 0.21 0.02 0.01 0.32 0.34 0.02
C6 0.03 0.02 0.05 0.12 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.13 0.02 0.05 0.27 0.25 0.61 0.39
N1 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.06 0.03 0.12 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.03 0.25 0.22 0.52 0.34
N3 0.04 0.01 0.09 0.10 0.01 0.09 0.02 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.12 0.01 0.05 0.35 0.32 0.80 0.48
O2 0.06 0.01 0.12 0.12 0.03 0.09 0.03 0.13 0.03 0.03 0.01 0.00 0.12 0.13 0.02 0.06 0.30 0.24 0.57 0.36
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.08 0.12 0.00 0.03 0.07 0.06 0.09 0.14 0.11 0.10
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.03 0.13 0.07 0.12 0.13 0.03 0.00 0.16 0.02 0.33 0.44 0.13 0.21
O4 0.04 0.02 0.09 0.13 0.01 0.11 0.02 0.21 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.16 0.00 0.06 0.38 0.39 0.98 0.55
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.02 0.06 0.00 0.09 0.10 0.13 0.10
O5' 0.14 0.31 0.27 0.36 0.36 0.02 0.32 0.01 0.27 0.25 0.35 0.30 0.09 0.33 0.38 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.15 0.26 0.28 0.41 0.35 0.19 0.32 0.32 0.25 0.22 0.32 0.24 0.14 0.44 0.39 0.10 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.28 0.64 0.26 0.17 0.89 0.19 0.81 0.34 0.61 0.52 0.80 0.57 0.11 0.13 0.98 0.13 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.21 0.39 0.26 0.28 0.51 0.03 0.48 0.02 0.39 0.34 0.48 0.36 0.10 0.21 0.55 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00