ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51705

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.014, 0.027, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.016, 0.030, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.014, 0.047, 0.080, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.047 std_dev=0.033
N6 A 0, 0.026, 0.059, 0.093, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.017, 0.052, 0.087, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.052 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.015, 0.055, 0.095, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.055 std_dev=0.040
N3 B 0, 0.211, 0.426, 0.641, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.426 std_dev=0.215
C3' A 0, 0.052, 0.295, 0.537, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.295 std_dev=0.243
C4 B 0, 0.245, 0.507, 0.770, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.507 std_dev=0.262
C2 B 0, 0.224, 0.516, 0.808, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.516 std_dev=0.292
O3' A 0, 0.022, 0.338, 0.654, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.338 std_dev=0.316
N1 B 0, 0.129, 0.487, 0.845, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.487 std_dev=0.358
C6 B 0, 0.065, 0.452, 0.840, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.452 std_dev=0.387
O4' A 0, -0.007, 0.382, 0.772, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.382 std_dev=0.389
C5 B 0, 0.122, 0.512, 0.902, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.512 std_dev=0.390
O4 B 0, 0.336, 0.741, 1.147, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.741 std_dev=0.405
C2' A 0, -0.012, 0.394, 0.801, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.394 std_dev=0.407
C4' A 0, 0.075, 0.482, 0.889, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.482 std_dev=0.407
O2 B 0, 0.270, 0.735, 1.200, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.735 std_dev=0.465
C2' B 0, 0.095, 0.649, 1.202, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.649 std_dev=0.553
C1' B 0, 0.100, 0.686, 1.271, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.686 std_dev=0.586
O3' B 0, 0.226, 0.816, 1.407, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.816 std_dev=0.590
O2' A 0, -0.070, 0.719, 1.507, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.719 std_dev=0.788
C5' A 0, 0.119, 0.964, 1.808, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.964 std_dev=0.844
O5' A 0, 0.261, 1.110, 1.959, 2.539 max_d=2.539 avg_d=1.110 std_dev=0.849
C3' B 0, 0.107, 1.075, 2.043, 2.551 max_d=2.551 avg_d=1.075 std_dev=0.968
O2' B 0, 0.045, 1.321, 2.597, 3.109 max_d=3.109 avg_d=1.321 std_dev=1.276
O4' B 0, 0.043, 1.541, 3.039, 3.536 max_d=3.536 avg_d=1.541 std_dev=1.498
P A 0, 0.010, 1.599, 3.189, 4.108 max_d=4.108 avg_d=1.599 std_dev=1.590
C4' B 0, 0.046, 1.652, 3.257, 3.832 max_d=3.832 avg_d=1.652 std_dev=1.606
OP2 A 0, 0.044, 1.729, 3.414, 4.353 max_d=4.353 avg_d=1.729 std_dev=1.685
OP1 A 0, -0.081, 1.964, 4.009, 5.093 max_d=5.093 avg_d=1.964 std_dev=2.045
C5' B 0, -0.096, 2.577, 5.250, 6.252 max_d=6.252 avg_d=2.577 std_dev=2.673
O5' B 0, -0.162, 2.855, 5.872, 6.917 max_d=6.917 avg_d=2.855 std_dev=3.017
P B 0, -0.250, 3.796, 7.842, 9.226 max_d=9.226 avg_d=3.796 std_dev=4.046
OP2 B 0, -0.270, 3.847, 7.964, 9.642 max_d=9.642 avg_d=3.847 std_dev=4.117
OP1 B 0, -0.180, 4.164, 8.507, 10.051 max_d=10.051 avg_d=4.164 std_dev=4.344

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.07 0.01 0.21 0.33 0.18 0.11
C2 0.03 0.00 0.12 0.04 0.01 0.25 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.36 0.17 0.28 0.10 0.17 0.16 0.23
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.04 0.12 0.09 0.12 0.03 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.43 0.28 0.18
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.42 0.29 0.17
C4 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.10 0.14 0.25 0.18 0.15 0.06
C4' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.16 0.18 0.24 0.07 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.29 0.15 0.07
C5 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.06 0.39 0.25 0.23 0.16
C5' 0.03 0.34 0.05 0.01 0.11 0.01 0.08 0.00 0.11 0.32 0.24 0.31 0.09 0.26 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.21 0.07 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.10 0.12 0.33 0.15 0.17 0.08
C8 0.03 0.02 0.12 0.06 0.01 0.16 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.29 0.09 0.17 0.61 0.55 0.44 0.46
N1 0.03 0.00 0.09 0.03 0.01 0.18 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.14 0.21 0.20 0.12 0.12 0.13
N3 0.02 0.01 0.12 0.04 0.00 0.24 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.35 0.16 0.30 0.09 0.15 0.16 0.20
N6 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.08 0.08 0.40 0.18 0.22 0.14
N7 0.03 0.02 0.09 0.06 0.02 0.12 0.01 0.26 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.21 0.08 0.11 0.58 0.47 0.42 0.41
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.07 0.02 0.35 0.33 0.22 0.17
O2' 0.03 0.36 0.00 0.02 0.15 0.02 0.04 0.05 0.11 0.29 0.26 0.35 0.05 0.21 0.04 0.00 0.06 0.03 0.08 0.46 0.32 0.19
O3' 0.07 0.17 0.03 0.01 0.10 0.02 0.08 0.02 0.10 0.09 0.14 0.16 0.08 0.08 0.07 0.06 0.00 0.08 0.15 0.43 0.29 0.18
O4' 0.01 0.28 0.01 0.02 0.14 0.00 0.06 0.01 0.12 0.17 0.21 0.30 0.08 0.11 0.02 0.03 0.08 0.00 0.20 0.24 0.12 0.07
O5' 0.21 0.10 0.09 0.13 0.25 0.01 0.39 0.01 0.33 0.61 0.20 0.09 0.40 0.58 0.35 0.08 0.15 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.33 0.17 0.43 0.42 0.18 0.29 0.25 0.21 0.15 0.55 0.12 0.15 0.18 0.47 0.33 0.46 0.43 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.16 0.28 0.29 0.15 0.15 0.23 0.07 0.17 0.44 0.12 0.16 0.22 0.42 0.22 0.32 0.29 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.23 0.18 0.17 0.06 0.07 0.16 0.02 0.08 0.46 0.13 0.20 0.14 0.41 0.17 0.19 0.18 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.52 0.30 0.56 0.13 0.14 1.13 0.18 1.28 0.27 0.35 0.19 0.38 1.13 0.17 0.13 1.43 0.86 0.98 0.37 0.67
C2 0.16 0.21 0.39 0.36 0.23 1.26 0.16 2.07 0.10 0.15 0.24 0.25 1.18 0.28 0.28 1.23 1.90 2.11 1.94 2.11
C2' 0.31 0.14 0.87 0.40 0.18 0.67 0.13 0.70 0.12 0.15 0.17 0.22 1.25 0.30 0.26 1.06 0.25 0.29 0.80 0.17
C3' 0.39 0.19 0.71 0.24 0.13 0.72 0.12 0.70 0.19 0.23 0.16 0.27 1.17 0.19 0.19 1.05 0.36 0.42 0.82 0.15
C4 0.32 0.30 0.53 0.13 0.17 1.11 0.15 1.54 0.17 0.26 0.24 0.36 1.10 0.16 0.16 1.37 1.18 1.28 0.96 1.16
C4' 0.47 0.32 0.52 0.09 0.19 0.75 0.19 0.71 0.26 0.33 0.24 0.40 1.08 0.14 0.16 1.03 0.47 0.63 0.53 0.25
C5 0.28 0.33 0.48 0.09 0.16 0.84 0.10 1.23 0.12 0.24 0.28 0.42 0.82 0.11 0.16 1.12 0.90 0.95 0.87 0.90
C5' 0.27 0.29 0.75 0.57 0.20 0.14 0.18 0.23 0.19 0.24 0.26 0.38 1.06 0.53 0.19 0.46 0.39 0.32 1.23 0.66
C6 0.17 0.27 0.39 0.13 0.20 0.84 0.09 1.40 0.11 0.15 0.29 0.33 0.78 0.16 0.25 0.97 1.19 1.27 1.40 1.32
C8 0.49 0.38 0.59 0.27 0.10 0.67 0.11 0.75 0.19 0.34 0.21 0.54 0.71 0.09 0.13 1.12 0.27 0.29 0.37 0.16
N1 0.15 0.22 0.35 0.27 0.23 1.05 0.11 1.80 0.09 0.12 0.26 0.26 0.96 0.24 0.31 1.04 1.68 1.84 1.94 1.92
N3 0.24 0.25 0.47 0.32 0.21 1.33 0.18 1.98 0.17 0.21 0.23 0.29 1.28 0.26 0.22 1.40 1.70 1.88 1.49 1.77
N6 0.16 0.25 0.35 0.14 0.19 0.63 0.16 1.12 0.20 0.14 0.30 0.32 0.57 0.14 0.27 0.72 0.96 1.01 1.34 1.11
N7 0.38 0.41 0.52 0.26 0.09 0.59 0.11 0.77 0.13 0.30 0.27 0.55 0.59 0.09 0.10 0.97 0.36 0.36 0.33 0.26
N9 0.45 0.31 0.61 0.09 0.13 0.98 0.14 1.18 0.21 0.31 0.20 0.41 1.04 0.09 0.12 1.35 0.74 0.83 0.41 0.61
O2' 0.34 0.11 0.81 0.30 0.24 0.86 0.15 0.98 0.13 0.13 0.22 0.19 1.22 0.23 0.36 1.21 0.46 0.51 0.67 0.20
O3' 0.60 0.29 0.42 0.29 0.19 1.24 0.28 1.35 0.39 0.41 0.19 0.32 1.02 0.28 0.18 1.42 1.01 1.18 0.44 0.73
O4' 0.56 0.40 0.46 0.22 0.23 1.04 0.22 1.08 0.30 0.40 0.30 0.48 1.11 0.32 0.19 1.30 0.79 0.95 0.36 0.62
O5' 0.37 0.49 0.84 0.96 0.42 0.34 0.37 0.59 0.37 0.42 0.47 0.55 0.89 1.02 0.41 0.44 0.86 0.93 1.83 1.25
OP1 0.39 0.23 1.28 1.81 0.21 1.48 0.26 2.07 0.30 0.29 0.19 0.22 1.02 1.86 0.19 0.66 2.29 2.63 3.55 2.89
OP2 0.52 0.36 1.58 2.14 0.31 1.50 0.37 1.98 0.41 0.42 0.30 0.38 1.15 1.94 0.28 0.68 2.47 2.65 3.48 2.98
P 0.36 0.15 1.37 1.88 0.15 1.37 0.21 1.79 0.26 0.24 0.13 0.14 1.09 1.93 0.14 0.56 2.06 2.20 3.04 2.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.30 0.02 0.00 0.24 0.27 0.43 0.18
C2 0.02 0.00 0.29 0.64 0.02 0.48 0.02 0.61 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.24 0.03 0.26 1.01 0.87 0.58 0.93
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.03 0.02 0.19 0.24 0.26 0.01 0.20 0.53 0.00 0.02 0.05 0.02 0.36 0.70 0.57 0.46
C3' 0.02 0.64 0.01 0.00 0.28 0.01 0.10 0.01 0.24 0.14 0.58 1.07 0.02 0.01 0.34 0.02 0.06 0.43 0.33 0.11
C4 0.02 0.02 0.03 0.28 0.00 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.06 0.01 0.04 0.43 0.31 0.51 0.22
C4' 0.01 0.48 0.02 0.01 0.12 0.00 0.27 0.01 0.37 0.05 0.39 0.87 0.22 0.02 0.16 0.01 0.02 0.20 0.27 0.05
C5 0.02 0.02 0.19 0.10 0.00 0.27 0.00 0.62 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.23 0.02 0.16 0.56 0.58 1.38 0.76
C5' 0.13 0.61 0.24 0.01 0.24 0.01 0.62 0.00 0.74 0.18 0.51 1.17 0.07 0.20 0.26 0.02 0.01 0.25 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.26 0.24 0.01 0.37 0.01 0.74 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.35 0.02 0.23 0.74 0.78 1.45 0.93
N1 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.05 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.15 0.02 0.01 0.29 0.14 0.51 0.12
N3 0.02 0.00 0.20 0.58 0.01 0.39 0.02 0.51 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.25 0.04 0.18 0.95 0.91 0.45 0.90
O2 0.03 0.01 0.53 1.07 0.02 0.87 0.02 1.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.55 0.04 0.44 1.69 1.55 1.49 1.73
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.32 0.22 0.28 0.07 0.22 0.18 0.30 0.19 0.00 0.02 0.33 0.14 0.29 0.71 0.58 0.45
O3' 0.30 0.24 0.02 0.01 0.06 0.02 0.23 0.20 0.35 0.15 0.25 0.55 0.02 0.00 0.13 0.22 0.20 0.18 0.78 0.33
O4 0.02 0.03 0.05 0.34 0.01 0.16 0.02 0.26 0.02 0.02 0.04 0.04 0.33 0.13 0.00 0.06 0.51 0.47 0.42 0.35
O4' 0.00 0.26 0.02 0.02 0.04 0.01 0.16 0.02 0.23 0.01 0.18 0.44 0.14 0.22 0.06 0.00 0.23 0.22 0.21 0.10
O5' 0.24 1.01 0.36 0.06 0.43 0.02 0.56 0.01 0.74 0.29 0.95 1.69 0.29 0.20 0.51 0.23 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.27 0.87 0.70 0.43 0.31 0.20 0.58 0.25 0.78 0.14 0.91 1.55 0.71 0.18 0.47 0.22 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.58 0.57 0.33 0.51 0.27 1.38 0.28 1.45 0.51 0.45 1.49 0.58 0.78 0.42 0.21 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.93 0.46 0.11 0.22 0.05 0.76 0.02 0.93 0.12 0.90 1.73 0.45 0.33 0.35 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00