ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51706

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.014, 0.029, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.012, 0.031, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.025, 0.048, 0.071, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.048 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.021, 0.044, 0.068, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.044 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.028, 0.057, 0.085, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.057 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.035, 0.066, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.066 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.023, 0.065, 0.107, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.065 std_dev=0.042
N3 B 0, 0.288, 0.526, 0.763, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.526 std_dev=0.238
C2 B 0, 0.307, 0.556, 0.805, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.556 std_dev=0.249
N1 B 0, 0.195, 0.483, 0.771, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.483 std_dev=0.288
C4 B 0, 0.216, 0.531, 0.845, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.531 std_dev=0.314
O2 B 0, 0.422, 0.775, 1.129, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.775 std_dev=0.353
C6 B 0, 0.096, 0.463, 0.830, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.463 std_dev=0.367
C5 B 0, 0.121, 0.518, 0.916, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.518 std_dev=0.398
O4 B 0, 0.247, 0.663, 1.079, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.663 std_dev=0.416
C1' B 0, 0.167, 0.586, 1.005, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.586 std_dev=0.419
O4' A 0, -0.089, 0.469, 1.027, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.469 std_dev=0.558
C2' A 0, -0.118, 0.475, 1.068, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.475 std_dev=0.593
C3' B 0, 0.113, 0.752, 1.391, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.752 std_dev=0.639
O4' B 0, -0.128, 0.534, 1.196, 2.239 max_d=2.239 avg_d=0.534 std_dev=0.662
C4' B 0, 0.002, 0.734, 1.467, 2.526 max_d=2.526 avg_d=0.734 std_dev=0.732
C2' B 0, 0.017, 0.766, 1.514, 2.663 max_d=2.663 avg_d=0.766 std_dev=0.749
O3' B 0, 0.030, 0.835, 1.639, 2.637 max_d=2.637 avg_d=0.835 std_dev=0.805
C4' A 0, -0.022, 0.784, 1.589, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.784 std_dev=0.805
O2' A 0, -0.001, 0.823, 1.646, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.823 std_dev=0.823
C3' A 0, -0.117, 0.734, 1.584, 2.307 max_d=2.307 avg_d=0.734 std_dev=0.850
O2' B 0, -0.005, 1.053, 2.111, 3.726 max_d=3.726 avg_d=1.053 std_dev=1.058
O3' A 0, -0.133, 0.972, 2.076, 2.930 max_d=2.930 avg_d=0.972 std_dev=1.104
C5' A 0, -0.022, 1.088, 2.198, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.088 std_dev=1.110
C5' B 0, -0.149, 1.034, 2.216, 3.722 max_d=3.722 avg_d=1.034 std_dev=1.183
O5' B 0, -0.226, 1.156, 2.537, 3.779 max_d=3.779 avg_d=1.156 std_dev=1.381
O5' A 0, -0.272, 1.477, 3.225, 4.709 max_d=4.709 avg_d=1.477 std_dev=1.749
P B 0, -0.399, 1.491, 3.380, 5.398 max_d=5.398 avg_d=1.491 std_dev=1.890
OP1 B 0, -0.468, 1.933, 4.333, 6.536 max_d=6.536 avg_d=1.933 std_dev=2.401
OP2 B 0, -0.589, 1.839, 4.267, 7.486 max_d=7.486 avg_d=1.839 std_dev=2.428
P A 0, -0.440, 1.997, 4.433, 7.063 max_d=7.063 avg_d=1.997 std_dev=2.436
OP2 A 0, -0.600, 2.028, 4.656, 8.265 max_d=8.265 avg_d=2.028 std_dev=2.628
OP1 A 0, -0.561, 2.310, 5.182, 8.355 max_d=8.355 avg_d=2.310 std_dev=2.872

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.22 0.00 0.10 0.50 0.11 0.18
C2 0.03 0.00 0.31 0.27 0.01 0.11 0.01 0.34 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.19 0.15 0.28 0.29 0.61 0.25 0.12
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.03 0.06 0.19 0.12 0.21 0.23 0.32 0.07 0.13 0.03 0.00 0.02 0.01 0.15 0.32 0.23 0.15
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.25 0.00 0.29 0.03 0.30 0.25 0.30 0.24 0.31 0.30 0.19 0.02 0.01 0.01 0.32 0.35 0.39 0.28
C4 0.01 0.01 0.16 0.25 0.00 0.07 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.07 0.16 0.20 0.54 0.35 0.17
C4' 0.01 0.11 0.03 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.17 0.10 0.10 0.11 0.16 0.07 0.31 0.03 0.00 0.01 0.08 0.35 0.15
C5 0.02 0.01 0.06 0.29 0.01 0.10 0.00 0.35 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.18 0.14 0.09 0.29 0.62 0.62 0.39
C5' 0.12 0.34 0.19 0.03 0.29 0.00 0.35 0.00 0.38 0.30 0.37 0.29 0.41 0.35 0.24 0.13 0.19 0.03 0.01 0.29 0.21 0.01
C6 0.02 0.02 0.12 0.30 0.01 0.10 0.01 0.38 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.15 0.16 0.16 0.29 0.55 0.61 0.32
C8 0.02 0.02 0.21 0.25 0.01 0.17 0.02 0.30 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.32 0.19 0.13 0.46 0.97 0.74 0.69
N1 0.03 0.01 0.23 0.30 0.01 0.10 0.01 0.37 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.13 0.14 0.23 0.30 0.54 0.43 0.13
N3 0.02 0.01 0.32 0.24 0.00 0.10 0.02 0.29 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.21 0.16 0.27 0.23 0.59 0.16 0.11
N6 0.03 0.03 0.07 0.31 0.01 0.11 0.02 0.41 0.00 0.05 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03 0.22 0.21 0.13 0.32 0.59 0.77 0.44
N7 0.02 0.01 0.13 0.30 0.02 0.16 0.00 0.35 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.31 0.23 0.07 0.43 0.92 0.87 0.71
N9 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.07 0.01 0.24 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.14 0.04 0.03 0.22 0.63 0.37 0.31
O2' 0.03 0.19 0.00 0.02 0.10 0.31 0.18 0.13 0.15 0.32 0.13 0.21 0.22 0.31 0.14 0.00 0.07 0.21 0.29 0.45 0.21 0.29
O3' 0.22 0.15 0.02 0.01 0.07 0.03 0.14 0.19 0.16 0.19 0.14 0.16 0.21 0.23 0.04 0.07 0.00 0.21 0.36 0.40 0.55 0.36
O4' 0.00 0.28 0.01 0.01 0.16 0.00 0.09 0.03 0.16 0.13 0.23 0.27 0.13 0.07 0.03 0.21 0.21 0.00 0.07 0.50 0.35 0.30
O5' 0.10 0.29 0.15 0.32 0.20 0.01 0.29 0.01 0.29 0.46 0.30 0.23 0.32 0.43 0.22 0.29 0.36 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.50 0.61 0.32 0.35 0.54 0.08 0.62 0.29 0.55 0.97 0.54 0.59 0.59 0.92 0.63 0.45 0.40 0.50 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.25 0.23 0.39 0.35 0.35 0.62 0.21 0.61 0.74 0.43 0.16 0.77 0.87 0.37 0.21 0.55 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.12 0.15 0.28 0.17 0.15 0.39 0.01 0.32 0.69 0.13 0.11 0.44 0.71 0.31 0.29 0.36 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.27 0.44 0.23 0.19 0.36 0.27 0.59 0.28 0.26 0.20 0.43 0.66 0.36 0.19 0.33 0.48 0.82 0.59 0.40
C2 0.25 0.27 0.18 0.25 0.29 0.25 0.34 0.51 0.22 0.12 0.25 0.44 0.32 0.56 0.35 0.18 0.78 1.23 0.76 0.72
C2' 0.42 0.19 0.55 0.37 0.19 0.33 0.28 0.46 0.32 0.29 0.11 0.32 0.79 0.54 0.24 0.31 0.37 0.73 0.74 0.35
C3' 0.26 0.10 0.34 0.27 0.16 0.46 0.19 0.60 0.18 0.14 0.08 0.27 0.49 0.10 0.23 0.39 0.45 0.71 0.54 0.29
C4 0.18 0.26 0.17 0.09 0.19 0.19 0.25 0.43 0.19 0.12 0.21 0.45 0.37 0.42 0.24 0.14 0.49 0.81 0.60 0.35
C4' 0.52 0.35 0.47 0.53 0.26 0.80 0.28 0.91 0.34 0.39 0.26 0.46 0.48 0.26 0.27 0.75 0.72 0.89 0.44 0.53
C5 0.23 0.28 0.17 0.17 0.21 0.24 0.20 0.31 0.08 0.13 0.27 0.42 0.28 0.45 0.30 0.24 0.38 0.57 0.67 0.17
C5' 0.75 0.71 0.62 0.71 0.63 0.94 0.62 0.99 0.63 0.69 0.67 0.79 0.56 0.48 0.63 0.92 0.84 0.89 0.23 0.59
C6 0.32 0.32 0.27 0.30 0.33 0.39 0.26 0.37 0.08 0.20 0.34 0.43 0.29 0.53 0.43 0.40 0.45 0.62 0.70 0.22
C8 0.15 0.20 0.22 0.10 0.12 0.15 0.20 0.30 0.16 0.12 0.15 0.36 0.36 0.35 0.16 0.14 0.26 0.46 0.67 0.11
N1 0.33 0.31 0.28 0.35 0.35 0.40 0.34 0.38 0.14 0.17 0.32 0.43 0.30 0.59 0.43 0.39 0.62 0.98 0.65 0.47
N3 0.20 0.25 0.16 0.11 0.23 0.22 0.31 0.60 0.25 0.14 0.21 0.45 0.40 0.47 0.26 0.15 0.71 1.12 0.72 0.64
N6 0.38 0.33 0.35 0.38 0.40 0.52 0.26 0.52 0.17 0.27 0.38 0.40 0.32 0.55 0.53 0.52 0.48 0.44 0.86 0.36
N7 0.19 0.24 0.16 0.13 0.10 0.20 0.15 0.27 0.12 0.14 0.22 0.38 0.27 0.39 0.20 0.21 0.29 0.37 0.78 0.20
N9 0.19 0.23 0.27 0.10 0.16 0.21 0.24 0.44 0.21 0.17 0.17 0.42 0.45 0.36 0.18 0.18 0.40 0.70 0.57 0.26
O2' 0.71 0.41 0.92 0.69 0.25 0.54 0.38 0.60 0.47 0.51 0.22 0.56 1.27 0.91 0.27 0.50 0.51 0.96 0.85 0.56
O3' 0.50 0.28 0.52 0.58 0.17 0.85 0.22 1.02 0.28 0.33 0.17 0.42 0.60 0.30 0.23 0.73 0.84 1.13 0.69 0.70
O4' 0.44 0.20 0.36 0.46 0.15 0.80 0.23 0.95 0.29 0.30 0.11 0.33 0.35 0.19 0.18 0.76 0.76 0.94 0.46 0.59
O5' 1.07 0.93 1.02 1.07 0.60 1.18 0.64 1.13 0.77 0.91 0.72 1.14 1.08 0.94 0.53 1.12 0.97 0.81 0.22 0.66
OP1 1.77 1.17 1.94 1.96 0.57 1.93 0.68 1.72 1.03 1.31 0.74 1.47 2.19 1.96 0.60 1.70 1.38 1.22 1.00 1.04
OP2 0.93 0.58 1.08 1.06 0.19 1.07 0.08 0.92 0.28 0.57 0.25 0.92 1.34 1.00 0.45 0.90 0.61 0.43 0.30 0.27
P 1.20 0.80 1.29 1.30 0.13 1.32 0.26 1.16 0.57 0.84 0.36 1.14 1.52 1.26 0.32 1.17 0.86 0.63 0.32 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.18 0.02 0.00 0.14 0.12 0.42 0.20
C2 0.02 0.00 0.13 0.11 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.23 0.03 0.10 0.17 0.29 0.76 0.36
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.12 0.12 0.02 0.10 0.22 0.01 0.05 0.04 0.01 0.25 0.25 0.26 0.24
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.12 0.00 0.11 0.02 0.10 0.07 0.13 0.13 0.02 0.01 0.12 0.01 0.10 0.14 0.27 0.15
C4 0.02 0.02 0.04 0.12 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.03 0.15 0.12 0.00 0.04 0.27 0.55 1.21 0.61
C4' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.16 0.04 0.03 0.13 0.11 0.03 0.09 0.00 0.03 0.16 0.24 0.03
C5 0.02 0.02 0.10 0.11 0.01 0.16 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.06 0.01 0.13 0.33 0.61 1.27 0.68
C5' 0.04 0.03 0.12 0.02 0.20 0.01 0.31 0.00 0.29 0.10 0.08 0.14 0.05 0.12 0.21 0.02 0.01 0.27 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.10 0.01 0.16 0.00 0.29 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.05 0.01 0.15 0.29 0.47 1.04 0.55
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.02 0.18 0.27 0.75 0.36
N3 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.20 0.02 0.06 0.21 0.41 0.99 0.48
O2 0.03 0.00 0.22 0.13 0.03 0.13 0.02 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00 0.24 0.33 0.04 0.20 0.17 0.25 0.58 0.27
O2' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.15 0.11 0.18 0.05 0.16 0.08 0.14 0.24 0.00 0.07 0.16 0.08 0.22 0.23 0.27 0.23
O3' 0.18 0.23 0.05 0.01 0.12 0.03 0.06 0.12 0.05 0.13 0.20 0.33 0.07 0.00 0.12 0.14 0.18 0.15 0.69 0.34
O4 0.02 0.03 0.04 0.12 0.00 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.04 0.16 0.12 0.00 0.04 0.29 0.62 1.32 0.67
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.13 0.02 0.15 0.02 0.06 0.20 0.08 0.14 0.04 0.00 0.12 0.11 0.42 0.14
O5' 0.14 0.17 0.25 0.10 0.27 0.03 0.33 0.01 0.29 0.18 0.21 0.17 0.22 0.18 0.29 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.29 0.25 0.14 0.55 0.16 0.61 0.27 0.47 0.27 0.41 0.25 0.23 0.15 0.62 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.76 0.26 0.27 1.21 0.24 1.27 0.26 1.04 0.75 0.99 0.58 0.27 0.69 1.32 0.42 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.36 0.24 0.15 0.61 0.03 0.68 0.02 0.55 0.36 0.48 0.27 0.23 0.34 0.67 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00