ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51707

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.014, 0.034, 0.053, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.007, 0.028, 0.050, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.021, 0.043, 0.065, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.043 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.035 std_dev=0.027
N3 B 0, 0.110, 0.261, 0.412, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.261 std_dev=0.151
C2 B 0, 0.148, 0.325, 0.502, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.325 std_dev=0.177
C4 B 0, 0.028, 0.292, 0.555, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.292 std_dev=0.264
O2 B 0, 0.189, 0.463, 0.736, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.463 std_dev=0.274
N1 B 0, 0.010, 0.351, 0.691, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.351 std_dev=0.340
O4 B 0, 0.025, 0.404, 0.784, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.404 std_dev=0.379
C5 B 0, -0.126, 0.292, 0.710, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.292 std_dev=0.418
C6 B 0, -0.086, 0.346, 0.777, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.346 std_dev=0.431
C1' B 0, -0.073, 0.437, 0.946, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.437 std_dev=0.509
O4' B 0, -0.132, 0.425, 0.982, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.425 std_dev=0.557
C2' A 0, -0.263, 0.405, 1.072, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.405 std_dev=0.667
C2' B 0, -0.083, 0.615, 1.314, 2.407 max_d=2.407 avg_d=0.615 std_dev=0.698
O4' A 0, -0.305, 0.393, 1.092, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.393 std_dev=0.698
C4' B 0, -0.134, 0.572, 1.279, 2.397 max_d=2.397 avg_d=0.572 std_dev=0.707
O2' B 0, -0.063, 0.693, 1.450, 2.629 max_d=2.629 avg_d=0.693 std_dev=0.757
C5' B 0, -0.100, 0.685, 1.470, 2.693 max_d=2.693 avg_d=0.685 std_dev=0.785
C3' B 0, -0.174, 0.660, 1.493, 2.819 max_d=2.819 avg_d=0.660 std_dev=0.833
O3' A 0, -0.201, 0.648, 1.497, 2.834 max_d=2.834 avg_d=0.648 std_dev=0.849
C3' A 0, -0.322, 0.555, 1.431, 2.849 max_d=2.849 avg_d=0.555 std_dev=0.877
O3' B 0, -0.234, 0.656, 1.547, 2.978 max_d=2.978 avg_d=0.656 std_dev=0.890
O2' A 0, -0.410, 0.565, 1.540, 3.125 max_d=3.125 avg_d=0.565 std_dev=0.975
C4' A 0, -0.405, 0.588, 1.582, 3.194 max_d=3.194 avg_d=0.588 std_dev=0.993
OP1 B 0, -0.242, 0.972, 2.187, 4.108 max_d=4.108 avg_d=0.972 std_dev=1.215
O5' B 0, -0.381, 0.867, 2.114, 4.104 max_d=4.104 avg_d=0.867 std_dev=1.247
C5' A 0, -0.613, 0.919, 2.450, 4.938 max_d=4.938 avg_d=0.919 std_dev=1.531
P B 0, -0.473, 1.077, 2.628, 5.132 max_d=5.132 avg_d=1.077 std_dev=1.551
OP2 B 0, -0.533, 1.478, 3.488, 6.683 max_d=6.683 avg_d=1.478 std_dev=2.010
O5' A 0, -1.068, 1.139, 3.347, 6.962 max_d=6.962 avg_d=1.139 std_dev=2.207
OP2 A 0, -0.822, 1.525, 3.872, 7.651 max_d=7.651 avg_d=1.525 std_dev=2.347
P A 0, -1.434, 1.364, 4.161, 8.752 max_d=8.752 avg_d=1.364 std_dev=2.797
OP1 A 0, -1.805, 1.840, 5.484, 11.460 max_d=11.460 avg_d=1.840 std_dev=3.645

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.23 0.01 0.24 0.31 0.49 0.25
C2 0.04 0.00 0.38 0.24 0.01 0.23 0.02 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.36 0.14 0.42 0.17 0.13 0.21 0.24
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.21 0.02 0.10 0.17 0.18 0.20 0.30 0.38 0.13 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.16 0.25 0.18 0.09
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.22 0.00 0.25 0.01 0.28 0.19 0.27 0.21 0.31 0.24 0.16 0.02 0.01 0.01 0.26 0.35 0.16 0.21
C4 0.02 0.01 0.21 0.22 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.22 0.24 0.37 0.47 0.20
C4' 0.00 0.23 0.02 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.22 0.16 0.23 0.04 0.18 0.05 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.21 0.07
C5 0.01 0.02 0.10 0.25 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.09 0.43 0.70 0.66 0.40
C5' 0.07 0.36 0.17 0.01 0.18 0.01 0.09 0.00 0.15 0.20 0.28 0.34 0.10 0.15 0.05 0.06 0.17 0.02 0.00 0.04 0.11 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.28 0.01 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.18 0.33 0.56 0.55 0.26
C8 0.02 0.01 0.20 0.19 0.01 0.22 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.44 0.07 0.23 0.77 1.07 0.98 0.79
N1 0.04 0.00 0.30 0.27 0.01 0.16 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.12 0.33 0.15 0.22 0.33 0.11
N3 0.04 0.00 0.38 0.21 0.01 0.23 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.14 0.42 0.17 0.13 0.25 0.22
N6 0.01 0.01 0.13 0.31 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.14 0.12 0.44 0.77 0.68 0.40
N7 0.02 0.02 0.10 0.24 0.01 0.18 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.09 0.13 0.73 1.13 0.97 0.76
N9 0.00 0.01 0.01 0.16 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.06 0.01 0.42 0.57 0.63 0.39
O2' 0.02 0.36 0.00 0.02 0.10 0.24 0.13 0.06 0.08 0.44 0.20 0.37 0.13 0.37 0.14 0.00 0.06 0.17 0.27 0.31 0.27 0.19
O3' 0.23 0.14 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.17 0.11 0.07 0.12 0.14 0.14 0.09 0.06 0.06 0.00 0.17 0.29 0.39 0.19 0.28
O4' 0.01 0.42 0.01 0.01 0.22 0.00 0.09 0.02 0.18 0.23 0.33 0.42 0.12 0.13 0.01 0.17 0.17 0.00 0.17 0.19 0.53 0.24
O5' 0.24 0.17 0.16 0.26 0.24 0.02 0.43 0.00 0.33 0.77 0.15 0.17 0.44 0.73 0.42 0.27 0.29 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.31 0.13 0.25 0.35 0.37 0.02 0.70 0.04 0.56 1.07 0.22 0.13 0.77 1.13 0.57 0.31 0.39 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.21 0.18 0.16 0.47 0.21 0.66 0.11 0.55 0.98 0.33 0.25 0.68 0.97 0.63 0.27 0.19 0.53 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.24 0.09 0.21 0.20 0.07 0.40 0.01 0.26 0.79 0.11 0.22 0.40 0.76 0.39 0.19 0.28 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.10 0.19 0.20 0.27 0.26 0.41 0.31 0.41 0.22 0.13 0.18 0.13 0.13 0.27 0.28 0.23 0.33 0.23 0.17
C2 0.15 0.14 0.16 0.23 0.29 0.27 0.30 0.25 0.16 0.07 0.20 0.19 0.14 0.21 0.35 0.24 0.60 0.47 0.83 0.71
C2' 0.10 0.09 0.12 0.13 0.37 0.18 0.55 0.32 0.49 0.19 0.13 0.32 0.22 0.25 0.40 0.23 0.22 0.44 0.30 0.24
C3' 0.10 0.10 0.24 0.34 0.28 0.26 0.37 0.27 0.28 0.09 0.14 0.26 0.30 0.43 0.33 0.06 0.16 0.32 0.12 0.23
C4 0.10 0.11 0.08 0.05 0.26 0.07 0.37 0.10 0.36 0.17 0.15 0.17 0.06 0.05 0.26 0.10 0.17 0.31 0.31 0.26
C4' 0.34 0.31 0.45 0.53 0.14 0.50 0.09 0.53 0.13 0.25 0.24 0.43 0.45 0.52 0.12 0.31 0.41 0.55 0.33 0.48
C5 0.16 0.12 0.16 0.13 0.20 0.12 0.31 0.14 0.33 0.20 0.13 0.15 0.14 0.15 0.18 0.14 0.19 0.32 0.38 0.26
C5' 0.68 0.60 0.86 0.96 0.43 0.87 0.40 0.87 0.46 0.57 0.52 0.70 0.86 0.98 0.39 0.63 0.77 0.87 0.68 0.81
C6 0.06 0.14 0.06 0.05 0.17 0.06 0.21 0.07 0.19 0.10 0.16 0.17 0.08 0.08 0.17 0.05 0.41 0.35 0.69 0.49
C8 0.35 0.13 0.35 0.37 0.21 0.37 0.36 0.37 0.42 0.30 0.12 0.14 0.30 0.38 0.18 0.40 0.20 0.38 0.10 0.16
N1 0.12 0.15 0.12 0.16 0.24 0.21 0.21 0.20 0.10 0.07 0.20 0.19 0.09 0.14 0.28 0.20 0.61 0.45 0.92 0.72
N3 0.08 0.11 0.10 0.16 0.30 0.18 0.38 0.14 0.28 0.09 0.17 0.19 0.10 0.17 0.34 0.13 0.38 0.36 0.52 0.48
N6 0.11 0.15 0.12 0.10 0.06 0.07 0.09 0.10 0.12 0.11 0.14 0.21 0.16 0.15 0.05 0.07 0.42 0.35 0.76 0.50
N7 0.33 0.13 0.33 0.33 0.17 0.30 0.31 0.30 0.37 0.29 0.10 0.13 0.31 0.35 0.13 0.32 0.08 0.36 0.13 0.10
N9 0.22 0.11 0.21 0.21 0.25 0.24 0.39 0.27 0.41 0.24 0.13 0.17 0.15 0.17 0.24 0.29 0.10 0.32 0.05 0.09
O2' 0.24 0.11 0.25 0.30 0.41 0.49 0.68 0.72 0.65 0.30 0.14 0.33 0.13 0.10 0.42 0.45 0.67 0.86 0.79 0.67
O3' 0.22 0.19 0.34 0.44 0.15 0.40 0.21 0.43 0.13 0.11 0.11 0.35 0.37 0.48 0.20 0.21 0.32 0.49 0.26 0.42
O4' 0.16 0.23 0.17 0.17 0.13 0.23 0.09 0.29 0.08 0.16 0.20 0.32 0.14 0.10 0.13 0.17 0.22 0.36 0.20 0.32
O5' 0.61 0.34 0.94 1.21 0.25 1.12 0.34 1.23 0.43 0.45 0.25 0.36 0.85 1.16 0.19 0.66 1.13 1.31 1.08 1.18
OP1 0.78 0.40 1.33 1.74 0.39 1.52 0.58 1.81 0.70 0.61 0.33 0.35 1.15 1.49 0.32 0.88 1.83 2.07 1.91 1.90
OP2 0.24 0.13 0.57 0.76 0.13 0.59 0.15 0.70 0.18 0.17 0.12 0.13 0.56 0.77 0.13 0.25 0.66 0.82 0.61 0.65
P 0.77 0.50 1.20 1.50 0.46 1.28 0.56 1.42 0.65 0.63 0.43 0.48 1.10 1.45 0.40 0.79 1.38 1.53 1.36 1.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.30 0.28 0.38 0.22
C2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.03 0.38 0.36 0.61 0.31
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.07 0.02 0.05 0.11 0.00 0.02 0.04 0.01 0.24 0.24 0.23 0.10
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.16 0.15 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.47 0.37 0.96 0.48
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.13 0.10 0.02
C5 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.03 0.01 0.05 0.52 0.34 1.04 0.58
C5' 0.06 0.13 0.08 0.01 0.18 0.01 0.18 0.00 0.14 0.12 0.17 0.10 0.08 0.02 0.20 0.01 0.00 0.16 0.04 0.01
C6 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.04 0.01 0.05 0.53 0.33 0.90 0.54
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.41 0.33 0.64 0.36
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01 0.02 0.41 0.39 0.77 0.38
O2 0.06 0.00 0.11 0.08 0.01 0.06 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.09 0.02 0.08 0.33 0.37 0.46 0.24
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.04 0.08 0.14 0.00 0.04 0.10 0.01 0.23 0.24 0.20 0.11
O3' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.09 0.04 0.00 0.02 0.08 0.14 0.12 0.24 0.16
O4 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.00 0.02 0.46 0.37 1.02 0.49
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.08 0.02 0.00 0.26 0.27 0.32 0.25
O5' 0.30 0.38 0.24 0.15 0.47 0.01 0.52 0.00 0.53 0.41 0.41 0.33 0.23 0.14 0.46 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.28 0.36 0.24 0.16 0.37 0.13 0.34 0.16 0.33 0.33 0.39 0.37 0.24 0.12 0.37 0.27 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.61 0.23 0.15 0.96 0.10 1.04 0.04 0.90 0.64 0.77 0.46 0.20 0.24 1.02 0.32 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.31 0.10 0.13 0.48 0.02 0.58 0.01 0.54 0.36 0.38 0.24 0.11 0.16 0.49 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00