ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51708

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.015, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.003, 0.024, 0.045, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.003, 0.020, 0.044, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.020 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.003, 0.029, 0.055, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.029 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.001, 0.032, 0.063, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.032 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.003, 0.037, 0.070, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.037 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.002, 0.041, 0.081, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.041 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.004, 0.046, 0.088, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.046 std_dev=0.042
N6 A 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.047 std_dev=0.046
C8 A 0, 0.003, 0.059, 0.116, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.059 std_dev=0.056
C2 B 0, 0.182, 0.371, 0.561, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.371 std_dev=0.190
O2 B 0, 0.184, 0.380, 0.576, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.380 std_dev=0.196
N3 B 0, 0.162, 0.489, 0.816, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.489 std_dev=0.327
N1 B 0, 0.117, 0.447, 0.778, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.447 std_dev=0.331
C1' B 0, 0.083, 0.535, 0.987, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.535 std_dev=0.452
C4 B 0, 0.127, 0.604, 1.081, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.604 std_dev=0.477
C6 B 0, 0.121, 0.604, 1.087, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.604 std_dev=0.483
C5 B 0, 0.117, 0.647, 1.177, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.647 std_dev=0.530
C2' B 0, 0.167, 0.701, 1.235, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.701 std_dev=0.534
O4 B 0, 0.118, 0.774, 1.430, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.774 std_dev=0.656
O4' B 0, 0.067, 0.746, 1.426, 2.151 max_d=2.151 avg_d=0.746 std_dev=0.680
O2' B 0, 0.174, 0.950, 1.726, 2.774 max_d=2.774 avg_d=0.950 std_dev=0.776
C3' B 0, -0.011, 0.823, 1.656, 2.845 max_d=2.845 avg_d=0.823 std_dev=0.833
C4' B 0, 0.075, 0.946, 1.817, 2.817 max_d=2.817 avg_d=0.946 std_dev=0.871
C2' A 0, -0.244, 0.725, 1.694, 2.406 max_d=2.406 avg_d=0.725 std_dev=0.969
O4' A 0, -0.299, 0.679, 1.656, 2.394 max_d=2.394 avg_d=0.679 std_dev=0.977
O5' B 0, 0.044, 1.037, 2.029, 3.239 max_d=3.239 avg_d=1.037 std_dev=0.993
O3' B 0, 0.067, 1.120, 2.172, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.120 std_dev=1.052
C4' A 0, -0.165, 0.915, 1.996, 2.754 max_d=2.754 avg_d=0.915 std_dev=1.080
C5' B 0, 0.047, 1.198, 2.349, 3.526 max_d=3.526 avg_d=1.198 std_dev=1.151
O2' A 0, -0.270, 1.024, 2.318, 3.260 max_d=3.260 avg_d=1.024 std_dev=1.294
C3' A 0, -0.262, 1.068, 2.398, 3.403 max_d=3.403 avg_d=1.068 std_dev=1.330
P B 0, -0.134, 1.227, 2.588, 4.563 max_d=4.563 avg_d=1.227 std_dev=1.361
OP2 B 0, -0.014, 1.396, 2.806, 4.727 max_d=4.727 avg_d=1.396 std_dev=1.410
O3' A 0, -0.329, 1.356, 3.042, 4.264 max_d=4.264 avg_d=1.356 std_dev=1.686
OP1 B 0, -0.052, 1.810, 3.672, 5.908 max_d=5.908 avg_d=1.810 std_dev=1.862
C5' A 0, -0.364, 1.777, 3.918, 5.409 max_d=5.409 avg_d=1.777 std_dev=2.141
O5' A 0, -0.670, 2.131, 4.933, 7.117 max_d=7.117 avg_d=2.131 std_dev=2.801
OP1 A 0, -0.745, 2.705, 6.154, 9.705 max_d=9.705 avg_d=2.705 std_dev=3.450
P A 0, -1.023, 2.470, 5.962, 8.749 max_d=8.749 avg_d=2.470 std_dev=3.492
OP2 A 0, -0.994, 3.275, 7.544, 10.965 max_d=10.965 avg_d=3.275 std_dev=4.269

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.13 0.40 0.27 0.10
C2 0.05 0.00 0.14 0.47 0.01 0.66 0.00 1.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.35 0.45 1.16 1.02 1.76 1.48
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.10 0.02 0.12 0.07 0.13 0.10 0.14 0.13 0.14 0.12 0.06 0.00 0.02 0.01 0.20 0.61 0.18 0.18
C3' 0.02 0.47 0.01 0.00 0.14 0.00 0.14 0.02 0.12 0.46 0.30 0.48 0.14 0.39 0.15 0.01 0.01 0.02 0.27 0.73 0.12 0.28
C4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.30 0.00 0.53 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.11 0.24 0.35 0.17 0.69 0.51
C4' 0.02 0.66 0.02 0.00 0.30 0.00 0.16 0.01 0.30 0.38 0.51 0.62 0.23 0.25 0.08 0.16 0.04 0.01 0.02 0.35 0.22 0.07
C5 0.01 0.00 0.12 0.14 0.00 0.16 0.00 0.38 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.16 0.13 0.14 0.35 0.61 0.21
C5' 0.06 1.16 0.07 0.02 0.53 0.01 0.38 0.00 0.59 0.61 0.94 1.04 0.49 0.47 0.20 0.10 0.07 0.02 0.01 0.34 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.12 0.01 0.30 0.00 0.59 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.13 0.24 0.33 0.26 0.86 0.57
C8 0.02 0.01 0.10 0.46 0.00 0.38 0.00 0.61 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.38 0.23 0.96 1.23 1.16 0.92
N1 0.04 0.00 0.14 0.30 0.01 0.51 0.01 0.94 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.20 0.37 0.84 0.75 1.45 1.17
N3 0.05 0.00 0.13 0.48 0.00 0.62 0.01 1.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.33 0.36 0.43 1.04 0.78 1.43 1.25
N6 0.02 0.01 0.14 0.14 0.01 0.23 0.01 0.49 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.19 0.19 0.18 0.29 0.79 0.38
N7 0.01 0.01 0.12 0.39 0.00 0.25 0.00 0.47 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.13 0.36 0.10 0.76 1.05 1.06 0.73
N9 0.00 0.01 0.06 0.15 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.12 0.01 0.26 0.53 0.45 0.17
O2' 0.02 0.35 0.00 0.01 0.15 0.16 0.09 0.10 0.16 0.19 0.28 0.33 0.13 0.13 0.05 0.00 0.05 0.10 0.23 0.61 0.15 0.21
O3' 0.07 0.35 0.02 0.01 0.11 0.04 0.16 0.07 0.13 0.38 0.20 0.36 0.19 0.36 0.12 0.05 0.00 0.09 0.23 0.78 0.16 0.29
O4' 0.00 0.45 0.01 0.02 0.24 0.01 0.13 0.02 0.24 0.23 0.37 0.43 0.19 0.10 0.01 0.10 0.09 0.00 0.11 0.30 0.25 0.12
O5' 0.13 1.16 0.20 0.27 0.35 0.02 0.14 0.01 0.33 0.96 0.84 1.04 0.18 0.76 0.26 0.23 0.23 0.11 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.40 1.02 0.61 0.73 0.17 0.35 0.35 0.34 0.26 1.23 0.75 0.78 0.29 1.05 0.53 0.61 0.78 0.30 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 1.76 0.18 0.12 0.69 0.22 0.61 0.37 0.86 1.16 1.45 1.43 0.79 1.06 0.45 0.15 0.16 0.25 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.10 1.48 0.18 0.28 0.51 0.07 0.21 0.01 0.57 0.92 1.17 1.25 0.38 0.73 0.17 0.21 0.29 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.23 0.43 0.41 0.37 0.50 0.31 0.60 0.20 0.16 0.33 0.25 0.66 0.53 0.46 0.42 0.25 0.71 0.26 0.34
C2 0.43 0.14 0.39 0.50 0.21 0.53 0.26 0.58 0.33 0.27 0.20 0.26 0.33 0.57 0.38 0.52 0.44 0.88 0.85 0.74
C2' 0.43 0.64 0.27 0.32 0.91 0.39 0.95 0.60 0.85 0.67 0.77 0.51 0.24 0.34 0.96 0.55 0.77 1.26 0.80 1.06
C3' 0.16 0.53 0.22 0.16 1.07 0.17 1.11 0.40 0.85 0.53 0.81 0.31 0.72 0.54 1.22 0.30 0.61 1.25 0.79 1.03
C4 0.29 0.18 0.33 0.33 0.33 0.39 0.24 0.40 0.15 0.08 0.32 0.26 0.39 0.47 0.44 0.36 0.19 0.68 0.45 0.42
C4' 0.41 0.21 0.79 0.84 0.67 0.79 0.59 0.77 0.30 0.10 0.49 0.19 1.24 1.15 0.86 0.43 0.27 0.71 0.40 0.36
C5 0.20 0.14 0.25 0.20 0.28 0.26 0.25 0.25 0.19 0.10 0.27 0.23 0.31 0.41 0.35 0.24 0.12 0.62 0.39 0.33
C5' 0.64 0.35 1.16 1.24 0.88 1.05 0.76 0.91 0.42 0.29 0.64 0.39 1.69 1.71 1.12 0.55 0.48 0.77 0.71 0.52
C6 0.24 0.05 0.26 0.24 0.26 0.27 0.29 0.27 0.26 0.17 0.19 0.18 0.27 0.41 0.33 0.27 0.19 0.65 0.56 0.44
C8 0.20 0.28 0.26 0.19 0.37 0.35 0.35 0.39 0.30 0.25 0.34 0.26 0.42 0.43 0.41 0.34 0.29 0.68 0.17 0.23
N1 0.36 0.10 0.32 0.39 0.25 0.41 0.34 0.45 0.35 0.27 0.13 0.22 0.25 0.48 0.33 0.42 0.36 0.79 0.78 0.64
N3 0.42 0.17 0.41 0.50 0.31 0.54 0.19 0.59 0.20 0.19 0.31 0.27 0.42 0.58 0.47 0.53 0.38 0.82 0.70 0.65
N6 0.19 0.13 0.25 0.19 0.31 0.20 0.33 0.19 0.28 0.19 0.22 0.13 0.35 0.38 0.35 0.20 0.16 0.60 0.53 0.39
N7 0.18 0.23 0.26 0.18 0.31 0.28 0.29 0.28 0.25 0.20 0.29 0.24 0.38 0.43 0.35 0.26 0.23 0.62 0.22 0.21
N9 0.22 0.25 0.32 0.27 0.38 0.37 0.32 0.43 0.22 0.16 0.35 0.26 0.50 0.46 0.46 0.33 0.18 0.67 0.24 0.29
O2' 0.65 0.68 0.59 0.69 0.74 0.73 0.79 0.88 0.79 0.73 0.70 0.63 0.32 0.64 0.73 0.78 0.99 1.49 1.01 1.29
O3' 0.33 0.63 0.14 0.20 1.18 0.33 1.26 0.69 1.03 0.69 0.89 0.38 0.52 0.36 1.32 0.52 0.97 1.60 1.20 1.43
O4' 0.70 0.14 1.04 1.10 0.33 1.11 0.21 1.08 0.18 0.28 0.24 0.24 1.37 1.32 0.50 0.77 0.69 0.77 0.74 0.55
O5' 0.82 0.25 1.40 1.47 0.88 1.25 0.78 1.11 0.39 0.29 0.55 0.46 1.96 1.96 1.21 0.75 0.63 0.59 0.72 0.40
OP1 1.25 0.57 1.88 1.85 0.56 1.58 0.43 1.39 0.39 0.68 0.40 0.87 2.45 2.27 0.88 1.12 0.97 0.71 0.86 0.64
OP2 1.00 0.69 1.66 1.67 1.31 1.31 1.16 1.06 0.74 0.64 0.97 0.81 2.31 2.25 1.70 0.78 0.69 0.80 0.89 0.66
P 0.80 0.12 1.45 1.48 0.92 1.21 0.77 1.02 0.31 0.18 0.57 0.39 2.04 2.00 1.29 0.68 0.56 0.63 0.66 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.01 0.01 0.09 0.51 0.21 0.20
C2 0.01 0.00 0.09 0.16 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.25 0.01 0.04 0.06 0.39 0.58 0.26
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.10 0.03 0.15 0.13 0.16 0.06 0.08 0.17 0.01 0.10 0.12 0.02 0.18 0.36 0.38 0.21
C3' 0.03 0.16 0.01 0.00 0.32 0.00 0.38 0.01 0.35 0.20 0.23 0.12 0.05 0.03 0.34 0.02 0.26 0.23 0.53 0.24
C4 0.01 0.01 0.10 0.32 0.00 0.15 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.38 0.00 0.01 0.24 0.45 1.07 0.51
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.15 0.00 0.19 0.00 0.18 0.09 0.10 0.02 0.22 0.07 0.16 0.01 0.01 0.51 0.32 0.20
C5 0.01 0.01 0.15 0.38 0.00 0.19 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.42 0.01 0.03 0.29 0.46 1.14 0.59
C5' 0.04 0.12 0.13 0.01 0.25 0.00 0.28 0.00 0.24 0.13 0.18 0.08 0.15 0.16 0.27 0.02 0.01 0.23 0.31 0.01
C6 0.01 0.00 0.16 0.35 0.01 0.18 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.36 0.01 0.04 0.23 0.38 0.85 0.45
N1 0.00 0.01 0.06 0.20 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.23 0.01 0.01 0.08 0.39 0.53 0.26
N3 0.01 0.00 0.08 0.23 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.28 0.30 0.01 0.03 0.14 0.40 0.82 0.37
O2 0.02 0.00 0.17 0.12 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.29 0.01 0.07 0.04 0.43 0.45 0.23
O2' 0.02 0.27 0.01 0.05 0.25 0.22 0.20 0.15 0.17 0.15 0.28 0.35 0.00 0.17 0.27 0.16 0.19 0.32 0.47 0.22
O3' 0.19 0.25 0.10 0.03 0.38 0.07 0.42 0.16 0.36 0.23 0.30 0.29 0.17 0.00 0.42 0.14 0.38 0.33 0.68 0.26
O4 0.01 0.01 0.12 0.34 0.00 0.16 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.42 0.00 0.02 0.28 0.51 1.20 0.59
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.07 0.16 0.14 0.02 0.00 0.16 0.63 0.17 0.33
O5' 0.09 0.06 0.18 0.26 0.24 0.01 0.29 0.01 0.23 0.08 0.14 0.04 0.19 0.38 0.28 0.16 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.51 0.39 0.36 0.23 0.45 0.51 0.46 0.23 0.38 0.39 0.40 0.43 0.32 0.33 0.51 0.63 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.21 0.58 0.38 0.53 1.07 0.32 1.14 0.31 0.85 0.53 0.82 0.45 0.47 0.68 1.20 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.26 0.21 0.24 0.51 0.20 0.59 0.01 0.45 0.26 0.37 0.23 0.22 0.26 0.59 0.33 0.00 0.00 0.01 0.00