ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51709

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.013, 0.047, 0.081, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.047 std_dev=0.034
O3' A 0, 0.019, 0.055, 0.091, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.055 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.015, 0.056, 0.096, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.056 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.008, 0.049, 0.090, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.049 std_dev=0.041
O2' A 0, 0.042, 0.092, 0.141, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.092 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.018, 0.071, 0.124, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.071 std_dev=0.053
O5' A 0, 0.054, 0.145, 0.236, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.145 std_dev=0.091
C5' A 0, 0.025, 0.118, 0.211, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.118 std_dev=0.093
O4' B 0, 0.095, 0.190, 0.286, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.190 std_dev=0.096
C5 B 0, 0.100, 0.196, 0.291, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.196 std_dev=0.096
C6 B 0, 0.056, 0.152, 0.248, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.152 std_dev=0.096
N1 B 0, 0.088, 0.207, 0.325, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.207 std_dev=0.119
O5' B 0, 0.085, 0.219, 0.352, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.219 std_dev=0.133
C5' B 0, 0.169, 0.310, 0.451, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.310 std_dev=0.141
C2 B 0, 0.140, 0.294, 0.449, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.294 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.099, 0.260, 0.421, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.260 std_dev=0.161
P A 0, 0.035, 0.198, 0.361, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.198 std_dev=0.163
N3 B 0, 0.140, 0.307, 0.474, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.307 std_dev=0.167
C4' B 0, 0.157, 0.326, 0.496, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.326 std_dev=0.169
P B 0, 0.107, 0.280, 0.453, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.280 std_dev=0.173
OP2 A 0, 0.071, 0.249, 0.426, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.249 std_dev=0.178
C1' B 0, 0.122, 0.330, 0.538, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.330 std_dev=0.208
OP1 A 0, 0.084, 0.295, 0.505, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.295 std_dev=0.210
O2 B 0, 0.189, 0.424, 0.658, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.424 std_dev=0.234
O4 B 0, 0.131, 0.370, 0.609, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.370 std_dev=0.239
OP2 B 0, 0.247, 0.533, 0.819, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.533 std_dev=0.286
OP1 B 0, 0.259, 0.570, 0.882, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.570 std_dev=0.311
C3' B 0, 0.139, 0.474, 0.810, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.474 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.093, 0.629, 1.165, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.629 std_dev=0.536
O3' B 0, 0.135, 0.796, 1.456, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.796 std_dev=0.661
O2' B 0, 0.069, 1.076, 2.084, 2.341 max_d=2.341 avg_d=1.076 std_dev=1.007

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.08 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.07 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.06 0.07 0.04
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.08 0.04
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.08 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03
N6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.07 0.09 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.08 0.09 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.09 0.04
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.08 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.04 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.05 0.09 0.09 0.06 0.09 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.16 0.17 0.13 0.13 0.11 0.07 0.10 0.06 0.07 0.17 0.23 0.62 0.56 0.14 0.05 0.14 0.10 0.11 0.12
C2 0.11 0.13 0.23 0.13 0.08 0.18 0.10 0.16 0.10 0.11 0.11 0.18 0.11 0.18 0.07 0.11 0.12 0.14 0.14 0.10
C2' 0.17 0.14 0.26 0.11 0.15 0.09 0.07 0.10 0.04 0.06 0.18 0.22 0.74 0.62 0.18 0.05 0.14 0.10 0.11 0.13
C3' 0.16 0.16 0.30 0.15 0.14 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.19 0.23 0.85 0.67 0.17 0.05 0.12 0.09 0.09 0.11
C4 0.08 0.14 0.07 0.08 0.10 0.13 0.09 0.13 0.08 0.08 0.13 0.19 0.27 0.34 0.09 0.06 0.15 0.10 0.13 0.12
C4' 0.15 0.17 0.30 0.17 0.13 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.19 0.25 0.86 0.68 0.15 0.06 0.10 0.08 0.09 0.10
C5 0.07 0.10 0.09 0.05 0.08 0.09 0.09 0.14 0.08 0.05 0.10 0.14 0.12 0.24 0.07 0.03 0.17 0.11 0.15 0.14
C5' 0.16 0.17 0.40 0.13 0.14 0.07 0.07 0.11 0.09 0.09 0.20 0.25 0.98 0.71 0.17 0.06 0.09 0.07 0.11 0.10
C6 0.05 0.09 0.19 0.06 0.07 0.08 0.09 0.14 0.08 0.06 0.08 0.12 0.07 0.10 0.07 0.04 0.15 0.12 0.17 0.14
C8 0.15 0.11 0.14 0.08 0.13 0.11 0.09 0.14 0.05 0.04 0.15 0.17 0.39 0.43 0.15 0.08 0.17 0.11 0.14 0.15
N1 0.08 0.11 0.26 0.06 0.08 0.13 0.10 0.15 0.09 0.08 0.09 0.14 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.14 0.17 0.11
N3 0.10 0.15 0.15 0.15 0.09 0.18 0.09 0.13 0.10 0.10 0.13 0.20 0.24 0.31 0.07 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11
N6 0.03 0.08 0.21 0.13 0.08 0.06 0.08 0.12 0.07 0.03 0.09 0.10 0.18 0.06 0.10 0.04 0.15 0.14 0.18 0.15
N7 0.12 0.08 0.06 0.11 0.11 0.10 0.10 0.14 0.07 0.04 0.11 0.13 0.19 0.30 0.11 0.08 0.18 0.12 0.15 0.16
N9 0.12 0.14 0.10 0.08 0.12 0.11 0.08 0.12 0.06 0.06 0.16 0.20 0.45 0.46 0.13 0.04 0.16 0.10 0.13 0.13
O2' 0.17 0.12 0.23 0.11 0.14 0.11 0.08 0.12 0.05 0.05 0.16 0.20 0.69 0.59 0.17 0.06 0.17 0.12 0.13 0.14
O3' 0.14 0.16 0.24 0.19 0.14 0.11 0.07 0.08 0.06 0.08 0.19 0.23 0.81 0.65 0.16 0.05 0.12 0.10 0.08 0.10
O4' 0.13 0.17 0.21 0.16 0.12 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.18 0.25 0.71 0.61 0.13 0.06 0.11 0.08 0.09 0.10
O5' 0.24 0.13 0.50 0.08 0.12 0.12 0.05 0.15 0.10 0.10 0.17 0.20 1.01 0.65 0.16 0.10 0.14 0.11 0.14 0.14
OP1 0.21 0.10 0.50 0.11 0.13 0.10 0.05 0.14 0.09 0.09 0.16 0.15 1.02 0.71 0.18 0.09 0.12 0.10 0.13 0.12
OP2 0.27 0.07 0.57 0.12 0.13 0.15 0.08 0.16 0.11 0.13 0.14 0.08 0.94 0.59 0.20 0.13 0.16 0.15 0.14 0.16
P 0.22 0.10 0.53 0.06 0.14 0.10 0.05 0.13 0.08 0.08 0.17 0.15 1.01 0.66 0.19 0.08 0.11 0.09 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.01 0.00 0.16 0.17 0.16 0.16
C2 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.35 0.00 0.09 0.09 0.12 0.08 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.10 0.23 0.12 0.01 0.05 0.16 0.00 0.05 0.04 0.02 0.47 0.50 0.47 0.49
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.27 0.00 0.33 0.00 0.31 0.16 0.18 0.04 0.01 0.01 0.29 0.01 0.03 0.07 0.12 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.27 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.04 0.00 0.01 0.06 0.17 0.11 0.13
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.14 0.05 0.02 0.10 0.24 0.04 0.09 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.10 0.33 0.00 0.14 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.42 0.16 0.00 0.06 0.08 0.18 0.12 0.14
C5' 0.08 0.08 0.23 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.13 0.02 0.21 0.04 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.12 0.31 0.00 0.14 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.37 0.12 0.00 0.08 0.06 0.15 0.07 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.16 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.18 0.00 0.01 0.09 0.13 0.08 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.18 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.22 0.00 0.06 0.05 0.13 0.06 0.08
O2 0.01 0.00 0.16 0.04 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.57 0.00 0.14 0.13 0.12 0.13 0.11
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.37 0.24 0.42 0.02 0.37 0.20 0.24 0.10 0.00 0.07 0.40 0.17 0.39 0.59 0.41 0.52
O3' 0.37 0.35 0.05 0.01 0.04 0.04 0.16 0.21 0.12 0.18 0.22 0.57 0.07 0.00 0.04 0.28 0.18 0.32 0.42 0.38
O4 0.01 0.00 0.04 0.29 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.04 0.00 0.01 0.09 0.21 0.15 0.16
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.06 0.14 0.17 0.28 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04
O5' 0.16 0.09 0.47 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.06 0.09 0.05 0.13 0.39 0.18 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.12 0.50 0.07 0.17 0.01 0.18 0.05 0.15 0.13 0.13 0.12 0.59 0.32 0.21 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.08 0.47 0.12 0.11 0.06 0.12 0.04 0.07 0.08 0.06 0.13 0.41 0.42 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.08 0.49 0.05 0.13 0.02 0.14 0.01 0.08 0.08 0.08 0.11 0.52 0.38 0.16 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00