ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51710

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.005, 0.028, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.024
O4' A 0, -0.059, 0.194, 0.447, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.194 std_dev=0.253
C2' A 0, -0.056, 0.232, 0.520, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.232 std_dev=0.288
C2 B 0, 0.069, 0.380, 0.691, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.380 std_dev=0.311
N1 B 0, 0.066, 0.384, 0.702, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.384 std_dev=0.318
N3 B 0, 0.075, 0.411, 0.747, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.411 std_dev=0.336
C1' B 0, 0.080, 0.425, 0.770, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.425 std_dev=0.345
C3' A 0, -0.076, 0.280, 0.636, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.280 std_dev=0.356
O4' B 0, 0.041, 0.401, 0.760, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.401 std_dev=0.360
C4 B 0, 0.069, 0.432, 0.794, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.432 std_dev=0.362
O2 B 0, 0.033, 0.411, 0.788, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.411 std_dev=0.377
C4' B 0, 0.070, 0.450, 0.830, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.450 std_dev=0.380
C4' A 0, -0.095, 0.287, 0.668, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.287 std_dev=0.382
C3' B 0, 0.104, 0.488, 0.872, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.488 std_dev=0.384
C6 B 0, 0.010, 0.403, 0.797, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.403 std_dev=0.394
C2' B 0, 0.110, 0.513, 0.916, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.513 std_dev=0.403
C5 B 0, 0.029, 0.434, 0.840, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.434 std_dev=0.405
C5' B 0, 0.028, 0.435, 0.842, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.435 std_dev=0.407
O4 B 0, 0.077, 0.497, 0.916, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.497 std_dev=0.420
O5' B 0, -0.004, 0.434, 0.871, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.434 std_dev=0.438
O3' B 0, 0.119, 0.557, 0.995, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.557 std_dev=0.438
OP2 A 0, 0.084, 0.532, 0.979, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.532 std_dev=0.448
O3' A 0, -0.124, 0.325, 0.774, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.325 std_dev=0.449
O2' B 0, 0.115, 0.566, 1.017, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.566 std_dev=0.451
O5' A 0, -0.013, 0.449, 0.911, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.449 std_dev=0.462
P A 0, 0.061, 0.545, 1.029, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.545 std_dev=0.484
O2' A 0, -0.100, 0.387, 0.875, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.387 std_dev=0.487
C5' A 0, -0.082, 0.422, 0.927, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.422 std_dev=0.504
P B 0, -0.017, 0.539, 1.095, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.539 std_dev=0.556
OP2 B 0, 0.061, 0.656, 1.251, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.656 std_dev=0.595
OP1 A 0, 0.038, 0.635, 1.233, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.635 std_dev=0.597
OP1 B 0, 0.013, 0.632, 1.252, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.632 std_dev=0.619

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.08 0.26 0.18 0.17
C2 0.01 0.00 0.16 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.15 0.10 0.12 0.11 0.18 0.13
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.02 0.04 0.11 0.07 0.08 0.13 0.16 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.17 0.44 0.37 0.35
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09 0.06 0.11 0.11 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.28 0.14 0.16
C4 0.01 0.01 0.09 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.05 0.12 0.12 0.16 0.13
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.11 0.04 0.04 0.06 0.10 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.16 0.05 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.16 0.15 0.24 0.19
C5' 0.04 0.08 0.11 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.12 0.09 0.07 0.12 0.13 0.06 0.07 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.16 0.16 0.28 0.21
C8 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.17 0.04 0.08 0.15 0.15 0.19 0.17
N1 0.01 0.00 0.13 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.08 0.15 0.12 0.24 0.18
N3 0.01 0.00 0.16 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.16 0.10 0.10 0.13 0.13 0.11
N6 0.01 0.00 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.05 0.04 0.18 0.21 0.34 0.26
N7 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.16 0.04 0.05 0.18 0.19 0.27 0.23
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.10 0.15 0.14 0.12
O2' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.17 0.10 0.18 0.07 0.16 0.05 0.00 0.02 0.05 0.19 0.54 0.53 0.43
O3' 0.15 0.15 0.03 0.01 0.11 0.02 0.06 0.06 0.07 0.04 0.11 0.16 0.05 0.04 0.08 0.02 0.00 0.11 0.06 0.16 0.09 0.08
O4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.08 0.10 0.04 0.05 0.02 0.05 0.11 0.00 0.03 0.14 0.04 0.05
O5' 0.08 0.12 0.17 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.16 0.15 0.15 0.10 0.18 0.18 0.10 0.19 0.06 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.26 0.11 0.44 0.28 0.12 0.16 0.15 0.03 0.16 0.15 0.12 0.13 0.21 0.19 0.15 0.54 0.16 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.18 0.37 0.14 0.16 0.05 0.24 0.02 0.28 0.19 0.24 0.13 0.34 0.27 0.14 0.53 0.09 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.13 0.35 0.16 0.13 0.07 0.19 0.01 0.21 0.17 0.18 0.11 0.26 0.23 0.12 0.43 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.14 0.17 0.28 0.11 0.39 0.13 0.34 0.21 0.18 0.09 0.08 0.16 0.28 0.11 0.14 0.14 0.14 0.13
C2 0.15 0.17 0.18 0.16 0.10 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.15 0.21 0.19 0.17 0.10 0.11 0.06 0.09 0.05 0.05
C2' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.31 0.03 0.40 0.04 0.30 0.13 0.17 0.12 0.09 0.02 0.35 0.02 0.03 0.09 0.04 0.05
C3' 0.04 0.07 0.04 0.03 0.19 0.07 0.26 0.08 0.21 0.08 0.11 0.11 0.08 0.04 0.22 0.04 0.07 0.12 0.09 0.09
C4 0.13 0.09 0.15 0.15 0.10 0.11 0.18 0.11 0.18 0.13 0.07 0.12 0.13 0.16 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.06
C4' 0.04 0.07 0.04 0.04 0.10 0.07 0.16 0.08 0.14 0.03 0.07 0.13 0.08 0.04 0.11 0.05 0.05 0.09 0.05 0.05
C5 0.14 0.04 0.15 0.15 0.09 0.13 0.13 0.11 0.13 0.10 0.06 0.11 0.16 0.16 0.13 0.11 0.11 0.09 0.12 0.08
C5' 0.12 0.15 0.13 0.16 0.06 0.18 0.07 0.19 0.04 0.08 0.12 0.22 0.16 0.16 0.07 0.15 0.13 0.06 0.09 0.09
C6 0.15 0.09 0.17 0.15 0.14 0.13 0.11 0.11 0.08 0.09 0.11 0.16 0.20 0.17 0.22 0.12 0.09 0.06 0.10 0.04
C8 0.17 0.11 0.17 0.18 0.15 0.15 0.24 0.16 0.27 0.19 0.12 0.14 0.12 0.18 0.13 0.15 0.18 0.18 0.19 0.17
N1 0.16 0.15 0.19 0.17 0.13 0.14 0.12 0.12 0.10 0.12 0.13 0.21 0.22 0.18 0.20 0.13 0.07 0.06 0.07 0.02
N3 0.13 0.15 0.15 0.15 0.14 0.11 0.16 0.10 0.15 0.14 0.15 0.17 0.15 0.16 0.12 0.09 0.07 0.10 0.06 0.05
N6 0.15 0.10 0.17 0.15 0.20 0.14 0.13 0.12 0.06 0.07 0.18 0.16 0.22 0.18 0.29 0.13 0.10 0.07 0.12 0.06
N7 0.15 0.08 0.16 0.16 0.13 0.14 0.16 0.14 0.18 0.13 0.13 0.14 0.14 0.17 0.15 0.14 0.16 0.16 0.18 0.14
N9 0.14 0.10 0.15 0.17 0.18 0.13 0.28 0.13 0.28 0.18 0.11 0.09 0.10 0.17 0.16 0.12 0.14 0.13 0.14 0.12
O2' 0.11 0.16 0.11 0.17 0.47 0.11 0.57 0.18 0.44 0.23 0.28 0.10 0.04 0.15 0.53 0.10 0.17 0.19 0.18 0.20
O3' 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.09 0.13 0.10 0.10 0.02 0.08 0.16 0.09 0.06 0.09 0.07 0.08 0.14 0.10 0.09
O4' 0.10 0.06 0.10 0.11 0.11 0.09 0.20 0.08 0.22 0.11 0.08 0.08 0.09 0.11 0.11 0.09 0.12 0.13 0.12 0.11
O5' 0.11 0.15 0.13 0.16 0.06 0.18 0.10 0.18 0.08 0.07 0.11 0.24 0.18 0.17 0.06 0.15 0.12 0.06 0.09 0.09
OP1 0.07 0.14 0.07 0.13 0.07 0.16 0.05 0.20 0.04 0.06 0.12 0.20 0.09 0.13 0.08 0.12 0.19 0.15 0.16 0.17
OP2 0.06 0.06 0.06 0.05 0.09 0.06 0.15 0.08 0.15 0.08 0.07 0.13 0.05 0.05 0.09 0.07 0.06 0.07 0.04 0.05
P 0.03 0.09 0.04 0.08 0.06 0.11 0.11 0.13 0.11 0.04 0.08 0.17 0.07 0.09 0.06 0.08 0.11 0.07 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.08 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.01 0.01 0.09 0.10 0.11 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.07 0.02
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.10 0.13 0.01 0.00 0.08 0.00 0.02 0.03 0.07 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.14 0.14 0.13 0.12
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.03 0.07 0.02
C5 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.13 0.14 0.11 0.11
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.09 0.00 0.07 0.00 0.05 0.04 0.10 0.07 0.01 0.03 0.11 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.11 0.12 0.08 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.09 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.10 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.01 0.02 0.12 0.12 0.13 0.10
O2 0.04 0.00 0.09 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.15 0.01 0.03 0.06 0.07 0.11 0.05
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.07 0.08 0.03
O3' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.07 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.10 0.15 0.02 0.00 0.08 0.02 0.03 0.05 0.10 0.05
O4 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.15 0.16 0.15 0.14
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.09 0.07 0.05
O5' 0.05 0.09 0.04 0.02 0.14 0.02 0.13 0.00 0.11 0.08 0.12 0.06 0.03 0.03 0.15 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.06 0.03 0.14 0.03 0.14 0.01 0.12 0.09 0.12 0.07 0.07 0.05 0.16 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.07 0.07 0.13 0.07 0.11 0.05 0.08 0.08 0.13 0.11 0.08 0.10 0.15 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.02 0.02 0.12 0.02 0.11 0.01 0.08 0.06 0.10 0.05 0.03 0.05 0.14 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00