Doublet Group distance statistics: 51711

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N3	A	0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N9	A	0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C4	A	0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N7	A	0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N6	A	0, 0.018, 0.042, 0.065, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.042 std_dev=0.024
C8	A	0, 0.021, 0.048, 0.076, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.048 std_dev=0.027
C5	B	0, 0.233, 0.487, 0.742, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.487 std_dev=0.255
C6	B	0, 0.240, 0.520, 0.801, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.520 std_dev=0.281
N1	B	0, 0.335, 0.691, 1.046, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.691 std_dev=0.355
C4	B	0, 0.170, 0.563, 0.955, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.563 std_dev=0.392
O4'	B	0, 0.404, 0.849, 1.293, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.849 std_dev=0.445
N3	B	0, 0.276, 0.732, 1.187, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.732 std_dev=0.456
C2	B	0, 0.354, 0.812, 1.270, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.812 std_dev=0.458
C1'	B	0, 0.377, 0.861, 1.346, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.861 std_dev=0.485
C4'	B	0, 0.376, 0.862, 1.348, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.862 std_dev=0.486
C5'	B	0, 0.385, 0.923, 1.460, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.923 std_dev=0.538
O4	B	0, 0.005, 0.622, 1.239, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.622 std_dev=0.617
O2	B	0, 0.419, 1.056, 1.693, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.056 std_dev=0.637
C2'	A	0, -0.209, 0.493, 1.195, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.493 std_dev=0.702
C2'	B	0, 0.224, 0.928, 1.632, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.928 std_dev=0.704
O4'	A	0, -0.334, 0.390, 1.114, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.390 std_dev=0.724
C3'	B	0, 0.284, 1.046, 1.807, 2.376 max_d=2.376 avg_d=1.046 std_dev=0.761
O2'	A	0, -0.203, 0.620, 1.443, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.620 std_dev=0.823
O3'	B	0, 0.646, 1.636, 2.626, 2.916 max_d=2.916 avg_d=1.636 std_dev=0.990
C4'	A	0, -0.443, 0.580, 1.604, 2.626 max_d=2.626 avg_d=0.580 std_dev=1.023
O2'	B	0, 0.595, 1.637, 2.680, 2.824 max_d=2.824 avg_d=1.637 std_dev=1.042
C3'	A	0, -0.408, 0.714, 1.837, 2.952 max_d=2.952 avg_d=0.714 std_dev=1.122
O5'	B	0, 0.176, 1.459, 2.741, 3.828 max_d=3.828 avg_d=1.459 std_dev=1.282
O3'	A	0, -0.536, 0.984, 2.503, 4.012 max_d=4.012 avg_d=0.984 std_dev=1.519
OP2	B	0, -0.579, 1.038, 2.655, 4.260 max_d=4.260 avg_d=1.038 std_dev=1.617
C5'	A	0, -0.827, 0.989, 2.804, 4.618 max_d=4.618 avg_d=0.989 std_dev=1.815
P	B	0, -0.515, 1.341, 3.197, 5.026 max_d=5.026 avg_d=1.341 std_dev=1.856
O5'	A	0, -0.486, 1.429, 3.345, 5.188 max_d=5.188 avg_d=1.429 std_dev=1.916
OP2	A	0, -0.639, 1.401, 3.441, 5.460 max_d=5.460 avg_d=1.401 std_dev=2.040
OP1	B	0, -0.929, 1.470, 3.869, 6.249 max_d=6.249 avg_d=1.470 std_dev=2.399
P	A	0, -0.908, 1.626, 4.160, 6.679 max_d=6.679 avg_d=1.626 std_dev=2.534
OP1	A	0, -0.753, 2.289, 5.332, 8.284 max_d=8.284 avg_d=2.289 std_dev=3.042

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.08	0.36	0.35	0.16
C2	0.02	0.00	0.37	0.12	0.00	0.24	0.00	0.48	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.49	0.25	0.39	0.60	0.57	0.58	0.60
C2'	0.00	0.37	0.00	0.00	0.19	0.01	0.08	0.02	0.16	0.21	0.29	0.37	0.10	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.44	0.53	0.22
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.04	0.10	0.09	0.12	0.02	0.08	0.02	0.02	0.00	0.01	0.11	0.42	0.52	0.22
C4	0.01	0.00	0.19	0.05	0.00	0.12	0.00	0.22	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.23	0.10	0.20	0.34	0.45	0.45	0.39
C4'	0.01	0.24	0.01	0.01	0.12	0.00	0.07	0.01	0.12	0.13	0.20	0.23	0.10	0.06	0.00	0.01	0.03	0.00	0.01	0.30	0.28	0.10
C5	0.01	0.00	0.08	0.01	0.00	0.07	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.02	0.08	0.28	0.41	0.38	0.34
C5'	0.01	0.48	0.02	0.03	0.22	0.01	0.12	0.00	0.25	0.25	0.41	0.43	0.19	0.13	0.01	0.02	0.05	0.01	0.01	0.20	0.08	0.02
C6	0.02	0.00	0.16	0.04	0.01	0.12	0.01	0.25	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.22	0.08	0.17	0.40	0.46	0.44	0.45
C8	0.01	0.01	0.21	0.10	0.00	0.13	0.00	0.25	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.20	0.17	0.24	0.24	0.36	0.19	0.11
N1	0.02	0.00	0.29	0.09	0.01	0.20	0.01	0.41	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.39	0.18	0.30	0.55	0.54	0.53	0.58
N3	0.02	0.00	0.37	0.12	0.00	0.23	0.00	0.43	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.47	0.23	0.39	0.52	0.53	0.55	0.52
N6	0.02	0.00	0.10	0.02	0.01	0.10	0.01	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.03	0.11	0.36	0.43	0.38	0.42
N7	0.01	0.00	0.12	0.08	0.00	0.06	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.12	0.13	0.13	0.16	0.36	0.22	0.15
N9	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.01	0.13	0.38	0.35	0.21
O2'	0.03	0.49	0.00	0.02	0.23	0.01	0.11	0.02	0.22	0.20	0.39	0.47	0.15	0.12	0.03	0.00	0.04	0.02	0.06	0.40	0.52	0.18
O3'	0.01	0.25	0.01	0.00	0.10	0.03	0.02	0.05	0.08	0.17	0.18	0.23	0.03	0.13	0.02	0.04	0.00	0.02	0.20	0.42	0.59	0.21
O4'	0.00	0.39	0.00	0.01	0.20	0.00	0.08	0.01	0.17	0.24	0.30	0.39	0.11	0.13	0.01	0.02	0.02	0.00	0.13	0.28	0.20	0.09
O5'	0.08	0.60	0.04	0.11	0.34	0.01	0.28	0.01	0.40	0.24	0.55	0.52	0.36	0.16	0.13	0.06	0.20	0.13	0.00	0.03	0.03	0.00
OP1	0.36	0.57	0.44	0.42	0.45	0.30	0.41	0.20	0.46	0.36	0.54	0.53	0.43	0.36	0.38	0.40	0.42	0.28	0.03	0.00	0.01	0.01
OP2	0.35	0.58	0.53	0.52	0.45	0.28	0.38	0.08	0.44	0.19	0.53	0.55	0.38	0.22	0.35	0.52	0.59	0.20	0.03	0.01	0.00	0.01
P	0.16	0.60	0.22	0.22	0.39	0.10	0.34	0.02	0.45	0.11	0.58	0.52	0.42	0.15	0.21	0.18	0.21	0.09	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.23	0.44	0.16	0.17	0.33	0.14	0.14	0.13	0.14	0.23	0.52	0.56	0.19	0.12	0.44	0.24	0.24	1.02	0.59	0.60
C2	0.29	0.37	0.23	0.20	0.18	0.15	0.37	0.18	0.21	0.18	0.26	0.60	0.38	0.23	0.33	0.16	0.42	0.54	0.23	0.14
C2'	0.17	0.42	0.36	0.28	0.27	0.14	0.23	0.30	0.24	0.15	0.51	0.59	0.38	0.27	0.39	0.18	0.30	0.67	0.37	0.35
C3'	0.32	0.09	0.75	0.57	0.15	0.32	0.47	0.41	0.50	0.28	0.12	0.15	0.89	0.61	0.10	0.22	0.29	0.74	0.53	0.46
C4	0.25	0.42	0.12	0.15	0.17	0.13	0.23	0.16	0.17	0.20	0.44	0.56	0.10	0.12	0.17	0.20	0.30	0.75	0.44	0.37
C4'	0.30	0.13	0.64	0.44	0.19	0.24	0.39	0.23	0.40	0.28	0.09	0.07	0.86	0.53	0.11	0.21	0.23	1.19	0.82	0.79
C5	0.23	0.39	0.14	0.14	0.16	0.11	0.21	0.17	0.16	0.18	0.40	0.51	0.13	0.10	0.16	0.20	0.32	0.62	0.42	0.31
C5'	0.59	0.53	0.97	0.68	0.52	0.39	0.60	0.26	0.62	0.59	0.49	0.51	1.31	0.83	0.45	0.36	0.25	1.35	1.03	0.96
C6	0.26	0.35	0.13	0.13	0.07	0.11	0.31	0.19	0.19	0.16	0.28	0.51	0.27	0.12	0.12	0.16	0.44	0.39	0.24	0.12
C8	0.18	0.39	0.28	0.20	0.37	0.13	0.11	0.15	0.12	0.19	0.48	0.47	0.32	0.16	0.49	0.24	0.22	0.88	0.62	0.57
N1	0.29	0.33	0.23	0.19	0.22	0.13	0.38	0.19	0.22	0.15	0.19	0.57	0.44	0.21	0.34	0.15	0.48	0.37	0.16	0.09
N3	0.28	0.41	0.15	0.18	0.11	0.14	0.30	0.17	0.19	0.20	0.38	0.60	0.20	0.18	0.14	0.18	0.34	0.71	0.35	0.29
N6	0.25	0.28	0.13	0.11	0.10	0.09	0.26	0.21	0.18	0.13	0.20	0.42	0.34	0.09	0.13	0.15	0.54	0.16	0.14	0.13
N7	0.19	0.36	0.27	0.19	0.30	0.12	0.08	0.17	0.12	0.18	0.43	0.44	0.27	0.15	0.37	0.23	0.24	0.71	0.56	0.46
N9	0.22	0.42	0.17	0.16	0.31	0.13	0.14	0.15	0.14	0.21	0.49	0.53	0.19	0.12	0.40	0.23	0.24	0.90	0.56	0.53
O2'	0.29	0.65	0.15	0.15	0.45	0.12	0.12	0.24	0.12	0.31	0.74	0.85	0.12	0.14	0.58	0.25	0.29	0.71	0.32	0.35
O3'	0.36	0.10	0.84	0.67	0.15	0.39	0.50	0.50	0.55	0.31	0.14	0.18	0.99	0.70	0.12	0.25	0.34	0.60	0.42	0.35
O4'	0.14	0.11	0.34	0.22	0.10	0.13	0.21	0.09	0.20	0.12	0.14	0.15	0.51	0.27	0.12	0.18	0.30	1.35	0.88	0.88
O5'	0.96	0.93	1.42	1.04	0.92	0.68	1.01	0.55	1.01	0.98	0.89	0.91	1.78	1.21	0.82	0.61	0.41	1.11	0.94	0.81
OP1	1.12	1.04	1.72	1.29	0.96	0.79	1.05	0.61	1.12	1.10	0.97	1.04	2.18	1.46	0.83	0.66	0.34	0.96	1.01	0.80
OP2	1.12	0.98	1.68	1.28	0.88	0.82	1.04	0.61	1.12	1.08	0.89	0.96	2.05	1.38	0.72	0.74	0.16	0.86	0.89	0.73
P	1.23	1.14	1.77	1.37	1.03	0.91	1.14	0.68	1.21	1.21	1.05	1.13	2.21	1.52	0.86	0.81	0.26	0.91	0.88	0.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.29	0.01	0.00	0.31	0.65	0.81	0.51
C2	0.01	0.00	0.10	0.06	0.00	0.03	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.31	0.00	0.08	0.33	0.98	0.85	0.61
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.11	0.02	0.22	0.22	0.24	0.06	0.03	0.26	0.00	0.06	0.11	0.03	0.50	0.50	0.61	0.50
C3'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.07	0.00	0.07	0.03	0.07	0.06	0.07	0.06	0.01	0.02	0.07	0.02	0.36	0.39	0.63	0.41
C4	0.01	0.00	0.11	0.07	0.00	0.03	0.01	0.16	0.01	0.01	0.00	0.00	0.32	0.22	0.00	0.04	0.47	1.44	1.04	0.95
C4'	0.01	0.03	0.02	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.08	0.02	0.01	0.08	0.20	0.03	0.03	0.01	0.02	0.26	0.52	0.16
C5	0.01	0.01	0.22	0.07	0.01	0.07	0.00	0.18	0.00	0.00	0.01	0.01	0.44	0.15	0.01	0.10	0.58	1.57	1.17	1.12
C5'	0.09	0.14	0.22	0.03	0.16	0.01	0.18	0.00	0.18	0.14	0.15	0.15	0.02	0.22	0.16	0.01	0.01	0.35	0.32	0.01
C6	0.01	0.01	0.24	0.07	0.01	0.08	0.00	0.18	0.00	0.00	0.01	0.01	0.40	0.14	0.01	0.12	0.59	1.40	1.15	1.05
N1	0.00	0.01	0.06	0.06	0.01	0.02	0.00	0.14	0.00	0.00	0.01	0.01	0.18	0.24	0.01	0.01	0.42	1.03	0.94	0.74
N3	0.01	0.00	0.03	0.07	0.00	0.01	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00	0.14	0.29	0.00	0.04	0.37	1.20	0.91	0.74
O2	0.02	0.00	0.26	0.06	0.00	0.08	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00	0.27	0.38	0.01	0.16	0.28	0.76	0.71	0.42
O2'	0.02	0.05	0.00	0.01	0.32	0.20	0.44	0.02	0.40	0.18	0.14	0.27	0.00	0.10	0.33	0.11	0.48	0.51	0.69	0.52
O3'	0.29	0.31	0.06	0.02	0.22	0.03	0.15	0.22	0.14	0.24	0.29	0.38	0.10	0.00	0.23	0.18	0.42	0.45	0.63	0.43
O4	0.01	0.00	0.11	0.07	0.00	0.03	0.01	0.16	0.01	0.01	0.00	0.01	0.33	0.23	0.00	0.04	0.46	1.51	1.03	0.97
O4'	0.00	0.08	0.03	0.02	0.04	0.01	0.10	0.01	0.12	0.01	0.04	0.16	0.11	0.18	0.04	0.00	0.08	0.44	0.74	0.34
O5'	0.31	0.33	0.50	0.36	0.47	0.02	0.58	0.01	0.59	0.42	0.37	0.28	0.48	0.42	0.46	0.08	0.00	0.01	0.04	0.01
OP1	0.65	0.98	0.50	0.39	1.44	0.26	1.57	0.35	1.40	1.03	1.20	0.76	0.51	0.45	1.51	0.44	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.81	0.85	0.61	0.63	1.04	0.52	1.17	0.32	1.15	0.94	0.91	0.71	0.69	0.63	1.03	0.74	0.04	0.00	0.00	0.00
P	0.51	0.61	0.50	0.41	0.95	0.16	1.12	0.01	1.05	0.74	0.74	0.42	0.52	0.43	0.97	0.34	0.01	0.00	0.00	0.00