ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51712

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.041 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.014, 0.041, 0.069, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.041 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.039, 0.118, 0.197, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.118 std_dev=0.079
C2' A 0, 0.042, 0.138, 0.234, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.138 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.050, 0.180, 0.309, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.180 std_dev=0.130
C4' A 0, 0.057, 0.195, 0.334, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.195 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.062, 0.213, 0.364, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.213 std_dev=0.151
C6 B 0, 0.066, 0.231, 0.395, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.231 std_dev=0.165
C5' A 0, 0.065, 0.239, 0.414, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.239 std_dev=0.174
N1 B 0, 0.112, 0.317, 0.523, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.317 std_dev=0.206
C5 B 0, 0.097, 0.333, 0.569, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.333 std_dev=0.236
O3' A 0, 0.126, 0.371, 0.617, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.371 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.116, 0.381, 0.646, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.381 std_dev=0.265
C1' B 0, 0.096, 0.379, 0.663, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.379 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.144, 0.450, 0.756, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.450 std_dev=0.306
C4 B 0, 0.130, 0.472, 0.815, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.472 std_dev=0.343
N3 B 0, 0.145, 0.504, 0.862, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.504 std_dev=0.359
C4' B 0, 0.121, 0.503, 0.885, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.503 std_dev=0.382
O2 B 0, 0.158, 0.567, 0.976, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.567 std_dev=0.409
C5' B 0, 0.175, 0.585, 0.995, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.585 std_dev=0.410
O4 B 0, 0.148, 0.594, 1.041, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.594 std_dev=0.447
C2' B 0, 0.086, 0.534, 0.983, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.534 std_dev=0.449
P B 0, 0.164, 0.631, 1.097, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.631 std_dev=0.467
C3' B 0, 0.096, 0.593, 1.091, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.593 std_dev=0.497
O5' B 0, 0.447, 0.972, 1.497, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.972 std_dev=0.525
O2' B 0, 0.082, 0.619, 1.156, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.619 std_dev=0.537
OP2 B 0, 0.338, 0.888, 1.439, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.888 std_dev=0.551
O3' B 0, 0.068, 0.635, 1.202, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.635 std_dev=0.567
OP1 B 0, 0.506, 1.218, 1.930, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.218 std_dev=0.712
O5' A 0, 0.074, 1.122, 2.171, 2.417 max_d=2.417 avg_d=1.122 std_dev=1.048
OP2 A 0, 0.406, 1.772, 3.137, 3.232 max_d=3.232 avg_d=1.772 std_dev=1.365
P A 0, 0.023, 1.463, 2.903, 3.340 max_d=3.340 avg_d=1.463 std_dev=1.440
OP1 A 0, 0.328, 1.863, 3.398, 3.758 max_d=3.758 avg_d=1.863 std_dev=1.535

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.24 0.30 0.23
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.33 0.69 0.74 0.55
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.36 0.34 0.47 0.36
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.52 0.26 0.57 0.44
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.34 0.63 0.73 0.55
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.19 0.23 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.44 0.80 0.97 0.72
C5' 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.36 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.45 0.87 1.02 0.75
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.43 0.65 0.89 0.68
N1 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.41 0.81 0.91 0.68
N3 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.28 0.57 0.62 0.46
N6 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.51 0.98 1.17 0.86
N7 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.49 0.84 1.09 0.81
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.31 0.50 0.63 0.49
O2' 0.01 0.07 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.09 0.01 0.18 0.17 0.23 0.15
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.10 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08 0.02 0.09 0.00 0.02 0.50 0.14 0.53 0.39
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.12 0.09 0.14
O5' 0.12 0.33 0.36 0.52 0.34 0.02 0.44 0.01 0.45 0.43 0.41 0.28 0.51 0.49 0.31 0.18 0.50 0.17 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.24 0.69 0.34 0.26 0.63 0.19 0.80 0.36 0.87 0.65 0.81 0.57 0.98 0.84 0.50 0.17 0.14 0.12 0.01 0.00 0.04 0.00
OP2 0.30 0.74 0.47 0.57 0.73 0.23 0.97 0.38 1.02 0.89 0.91 0.62 1.17 1.09 0.63 0.23 0.53 0.09 0.02 0.04 0.00 0.00
P 0.23 0.55 0.36 0.44 0.55 0.03 0.72 0.02 0.75 0.68 0.68 0.46 0.86 0.81 0.49 0.15 0.39 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.26 0.20 0.24 0.17 0.25 0.15 0.18 0.07 0.19 0.19 0.38 0.24 0.33 0.33 0.26 0.29 0.19 0.26 0.21
C2 0.22 0.21 0.21 0.29 0.36 0.31 0.23 0.25 0.11 0.13 0.35 0.23 0.21 0.36 0.43 0.27 0.30 0.27 0.30 0.27
C2' 0.25 0.21 0.20 0.26 0.19 0.27 0.16 0.19 0.08 0.17 0.15 0.33 0.24 0.35 0.33 0.26 0.29 0.21 0.26 0.22
C3' 0.26 0.27 0.21 0.25 0.19 0.26 0.15 0.20 0.12 0.21 0.22 0.36 0.24 0.34 0.28 0.27 0.30 0.22 0.27 0.23
C4 0.23 0.21 0.19 0.23 0.26 0.24 0.18 0.19 0.09 0.17 0.22 0.28 0.19 0.29 0.36 0.24 0.28 0.21 0.27 0.22
C4' 0.26 0.30 0.20 0.22 0.18 0.23 0.14 0.16 0.11 0.22 0.27 0.41 0.24 0.31 0.25 0.25 0.29 0.18 0.26 0.21
C5 0.18 0.21 0.17 0.18 0.24 0.20 0.18 0.16 0.12 0.17 0.22 0.23 0.16 0.22 0.28 0.20 0.27 0.19 0.27 0.20
C5' 0.28 0.37 0.24 0.24 0.28 0.23 0.20 0.17 0.19 0.27 0.38 0.46 0.28 0.30 0.31 0.26 0.29 0.18 0.24 0.19
C6 0.15 0.20 0.17 0.18 0.24 0.20 0.18 0.18 0.12 0.15 0.23 0.20 0.15 0.20 0.26 0.19 0.27 0.22 0.29 0.23
C8 0.21 0.28 0.17 0.17 0.25 0.18 0.17 0.13 0.13 0.21 0.30 0.34 0.19 0.22 0.30 0.20 0.26 0.15 0.23 0.16
N1 0.18 0.26 0.18 0.24 0.32 0.27 0.21 0.24 0.12 0.16 0.33 0.26 0.16 0.28 0.35 0.23 0.29 0.26 0.30 0.26
N3 0.25 0.17 0.22 0.29 0.32 0.30 0.21 0.23 0.09 0.14 0.26 0.25 0.23 0.37 0.44 0.28 0.30 0.25 0.29 0.25
N6 0.15 0.20 0.21 0.17 0.18 0.16 0.14 0.17 0.13 0.17 0.20 0.20 0.18 0.14 0.18 0.14 0.26 0.20 0.30 0.21
N7 0.17 0.24 0.17 0.15 0.25 0.15 0.19 0.13 0.14 0.19 0.27 0.27 0.17 0.18 0.27 0.17 0.25 0.15 0.24 0.16
N9 0.24 0.27 0.19 0.22 0.22 0.23 0.15 0.17 0.10 0.20 0.25 0.36 0.22 0.29 0.32 0.24 0.28 0.18 0.26 0.20
O2' 0.27 0.19 0.23 0.29 0.18 0.29 0.16 0.21 0.05 0.16 0.08 0.34 0.27 0.40 0.36 0.28 0.30 0.22 0.27 0.23
O3' 0.26 0.23 0.20 0.25 0.17 0.27 0.14 0.21 0.10 0.19 0.18 0.32 0.22 0.35 0.27 0.27 0.32 0.24 0.28 0.25
O4' 0.25 0.32 0.20 0.21 0.18 0.22 0.15 0.15 0.10 0.21 0.29 0.44 0.24 0.30 0.27 0.24 0.27 0.15 0.25 0.18
O5' 0.17 0.35 0.14 0.16 0.32 0.24 0.11 0.34 0.12 0.19 0.44 0.45 0.24 0.17 0.43 0.22 0.49 0.50 0.47 0.46
OP1 0.75 0.66 0.78 0.85 0.62 0.90 0.66 1.00 0.72 0.71 0.65 0.68 0.70 0.79 0.62 0.84 1.02 1.15 1.09 1.08
OP2 0.47 0.29 0.42 0.59 0.28 0.79 0.33 0.96 0.46 0.36 0.37 0.35 0.22 0.52 0.47 0.73 1.18 1.25 1.26 1.23
P 0.35 0.23 0.36 0.47 0.18 0.60 0.31 0.75 0.39 0.29 0.28 0.30 0.19 0.39 0.29 0.54 0.87 0.96 0.90 0.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.22 0.04
C2 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.16 0.12 0.28 0.09
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.13 0.23 0.03
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.13 0.18 0.04
C4 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.24 0.21 0.42 0.23
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.16 0.05
C5 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.00 0.07 0.28 0.25 0.48 0.29
C5' 0.02 0.04 0.04 0.03 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.10 0.01 0.01 0.11 0.18 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02 0.01 0.08 0.26 0.22 0.41 0.24
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.18 0.14 0.30 0.12
N3 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.20 0.16 0.35 0.15
O2 0.01 0.00 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.03 0.00 0.05 0.12 0.10 0.24 0.06
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.05 0.09 0.03 0.06 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.13 0.23 0.03
O3' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.16 0.07
O4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.26 0.23 0.45 0.26
O4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.11 0.10 0.18 0.04
O5' 0.11 0.16 0.06 0.04 0.24 0.01 0.28 0.01 0.26 0.18 0.20 0.12 0.04 0.06 0.26 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.11 0.12 0.13 0.13 0.21 0.11 0.25 0.11 0.22 0.14 0.16 0.10 0.13 0.13 0.23 0.10 0.02 0.00 0.05 0.01
OP2 0.22 0.28 0.23 0.18 0.42 0.16 0.48 0.18 0.41 0.30 0.35 0.24 0.23 0.16 0.45 0.18 0.01 0.05 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.03 0.04 0.23 0.05 0.29 0.02 0.24 0.12 0.15 0.06 0.03 0.07 0.26 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00