Doublet Group distance statistics: 51713

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N1	A	0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2	A	0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1'	A	0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5	A	0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4	A	0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N9	A	0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3	A	0, -0.001, 0.007, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N6	A	0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N7	A	0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C8	A	0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2'	A	0, 0.014, 0.160, 0.306, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.160 std_dev=0.146
O4'	A	0, -0.013, 0.136, 0.286, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.136 std_dev=0.150
C4'	A	0, 0.014, 0.210, 0.405, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.210 std_dev=0.195
C2	B	0, 0.083, 0.307, 0.531, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.307 std_dev=0.224
O2'	A	0, 0.009, 0.269, 0.529, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.269 std_dev=0.260
N1	B	0, 0.121, 0.381, 0.640, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.381 std_dev=0.260
O2	B	0, 0.141, 0.407, 0.673, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.407 std_dev=0.266
C3'	A	0, 0.004, 0.283, 0.561, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.283 std_dev=0.278
N3	B	0, 0.061, 0.353, 0.645, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.353 std_dev=0.292
O4'	B	0, 0.159, 0.465, 0.771, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.465 std_dev=0.306
O5'	A	0, 0.030, 0.354, 0.677, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.354 std_dev=0.324
C6	B	0, 0.102, 0.443, 0.784, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.443 std_dev=0.341
C5'	A	0, 0.006, 0.387, 0.768, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.387 std_dev=0.381
C4	B	0, 0.056, 0.446, 0.837, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.446 std_dev=0.391
C5	B	0, 0.082, 0.479, 0.876, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.479 std_dev=0.397
P	A	0, 0.081, 0.490, 0.900, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.490 std_dev=0.410
C1'	B	0, 0.128, 0.555, 0.982, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.555 std_dev=0.427
O4	B	0, 0.081, 0.602, 1.123, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.602 std_dev=0.521
C4'	B	0, 0.146, 0.686, 1.226, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.686 std_dev=0.540
O3'	A	0, -0.035, 0.531, 1.097, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.531 std_dev=0.566
C3'	B	0, 0.137, 0.784, 1.430, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.784 std_dev=0.647
O3'	B	0, 0.183, 0.884, 1.586, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.884 std_dev=0.702
C5'	B	0, 0.069, 0.789, 1.509, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.789 std_dev=0.720
C2'	B	0, 0.079, 0.829, 1.579, 2.047 max_d=2.047 avg_d=0.829 std_dev=0.750
O2'	B	0, 0.051, 1.052, 2.053, 2.702 max_d=2.702 avg_d=1.052 std_dev=1.001
OP2	A	0, -0.169, 0.943, 2.055, 2.835 max_d=2.835 avg_d=0.943 std_dev=1.112
O5'	B	0, -0.244, 1.175, 2.594, 3.570 max_d=3.570 avg_d=1.175 std_dev=1.419
OP1	A	0, -0.313, 1.205, 2.724, 3.811 max_d=3.811 avg_d=1.205 std_dev=1.518
P	B	0, -0.512, 1.459, 3.431, 4.825 max_d=4.825 avg_d=1.459 std_dev=1.972
OP1	B	0, -0.539, 1.435, 3.408, 4.809 max_d=4.809 avg_d=1.435 std_dev=1.974
OP2	B	0, -0.820, 2.033, 4.887, 6.940 max_d=6.940 avg_d=2.033 std_dev=2.854

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.11	0.00	0.04	0.83	0.09	0.30
C2	0.01	0.00	0.12	0.04	0.00	0.03	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.25	0.21	0.08	0.18	1.12	0.47	0.29
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.06	0.00	0.03	0.01	0.06	0.06	0.10	0.12	0.05	0.03	0.01	0.00	0.07	0.01	0.04	0.28	0.32	0.07
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.04	0.00	0.10	0.00	0.07	0.20	0.01	0.04	0.10	0.18	0.09	0.01	0.01	0.00	0.09	0.23	0.32	0.20
C4	0.01	0.00	0.06	0.04	0.00	0.06	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.14	0.08	0.05	0.19	1.07	0.44	0.28
C4'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.06	0.00	0.10	0.00	0.09	0.12	0.06	0.02	0.11	0.13	0.07	0.06	0.07	0.00	0.00	0.21	0.18	0.11
C5	0.00	0.01	0.03	0.10	0.00	0.10	0.00	0.22	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.03	0.04	0.26	1.14	0.57	0.28
C5'	0.02	0.14	0.01	0.00	0.16	0.00	0.22	0.00	0.23	0.22	0.19	0.11	0.26	0.26	0.14	0.05	0.01	0.01	0.01	0.10	0.33	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.07	0.01	0.09	0.01	0.23	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.17	0.04	0.05	0.27	1.19	0.61	0.29
C8	0.00	0.01	0.06	0.20	0.00	0.12	0.00	0.22	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.17	0.03	0.26	1.04	0.48	0.27
N1	0.00	0.00	0.10	0.01	0.01	0.06	0.01	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.22	0.13	0.07	0.23	1.18	0.56	0.29
N3	0.01	0.00	0.12	0.04	0.00	0.02	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.23	0.21	0.08	0.15	1.04	0.39	0.28
N6	0.01	0.00	0.05	0.10	0.01	0.11	0.01	0.26	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.15	0.05	0.04	0.30	1.20	0.67	0.30
N7	0.00	0.01	0.03	0.18	0.00	0.13	0.00	0.26	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.15	0.01	0.31	1.11	0.63	0.27
N9	0.00	0.00	0.01	0.09	0.00	0.07	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.04	0.02	0.01	0.16	0.99	0.34	0.28
O2'	0.02	0.25	0.00	0.01	0.14	0.06	0.12	0.05	0.17	0.02	0.22	0.23	0.15	0.04	0.04	0.00	0.15	0.09	0.06	0.24	0.25	0.06
O3'	0.11	0.21	0.07	0.01	0.08	0.07	0.03	0.01	0.04	0.17	0.13	0.21	0.05	0.15	0.02	0.15	0.00	0.09	0.15	0.64	0.37	0.40
O4'	0.00	0.08	0.01	0.00	0.05	0.00	0.04	0.01	0.05	0.03	0.07	0.08	0.04	0.01	0.01	0.09	0.09	0.00	0.08	0.95	0.31	0.46
O5'	0.04	0.18	0.04	0.09	0.19	0.00	0.26	0.01	0.27	0.26	0.23	0.15	0.30	0.31	0.16	0.06	0.15	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01
OP1	0.83	1.12	0.28	0.23	1.07	0.21	1.14	0.10	1.19	1.04	1.18	1.04	1.20	1.11	0.99	0.24	0.64	0.95	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.09	0.47	0.32	0.32	0.44	0.18	0.57	0.33	0.61	0.48	0.56	0.39	0.67	0.63	0.34	0.25	0.37	0.31	0.00	0.01	0.00	0.00
P	0.30	0.29	0.07	0.20	0.28	0.11	0.28	0.01	0.29	0.27	0.29	0.28	0.30	0.27	0.28	0.06	0.40	0.46	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.14	0.11	0.03	0.16	0.16	0.14	0.37	0.13	0.13	0.15	0.12	0.21	0.05	0.22	0.07	0.16	0.14	0.66	0.44
C2	0.17	0.11	0.23	0.18	0.31	0.13	0.31	0.31	0.18	0.09	0.08	0.25	0.29	0.19	0.41	0.13	0.53	0.46	1.31	0.88
C2'	0.14	0.09	0.06	0.06	0.06	0.18	0.05	0.43	0.07	0.09	0.08	0.11	0.22	0.08	0.11	0.04	0.13	0.15	0.70	0.46
C3'	0.30	0.21	0.21	0.06	0.16	0.05	0.17	0.32	0.21	0.23	0.17	0.21	0.42	0.04	0.19	0.13	0.21	0.37	0.25	0.14
C4	0.24	0.13	0.30	0.21	0.14	0.08	0.11	0.23	0.03	0.12	0.09	0.21	0.39	0.19	0.19	0.08	0.25	0.20	0.84	0.54
C4'	0.35	0.27	0.28	0.15	0.31	0.03	0.37	0.19	0.39	0.33	0.27	0.22	0.44	0.09	0.34	0.20	0.40	0.51	0.12	0.19
C5	0.35	0.16	0.48	0.37	0.20	0.18	0.10	0.12	0.05	0.18	0.16	0.25	0.59	0.35	0.28	0.14	0.14	0.22	0.60	0.37
C5'	0.65	0.43	0.62	0.45	0.42	0.36	0.49	0.16	0.57	0.55	0.39	0.38	0.83	0.38	0.41	0.51	0.89	0.93	0.73	0.68
C6	0.32	0.11	0.48	0.39	0.29	0.20	0.19	0.13	0.03	0.13	0.18	0.26	0.57	0.39	0.40	0.14	0.22	0.22	0.77	0.48
C8	0.41	0.21	0.50	0.35	0.11	0.18	0.09	0.08	0.20	0.26	0.16	0.25	0.64	0.30	0.14	0.18	0.26	0.43	0.20	0.16
N1	0.23	0.08	0.35	0.30	0.34	0.13	0.28	0.20	0.13	0.08	0.15	0.26	0.42	0.30	0.47	0.12	0.40	0.34	1.10	0.72
N3	0.14	0.11	0.17	0.12	0.19	0.14	0.24	0.35	0.15	0.08	0.02	0.21	0.24	0.12	0.22	0.12	0.49	0.41	1.23	0.83
N6	0.37	0.12	0.59	0.50	0.30	0.28	0.18	0.13	0.03	0.15	0.21	0.26	0.70	0.51	0.44	0.19	0.18	0.24	0.60	0.37
N7	0.45	0.21	0.60	0.45	0.15	0.27	0.05	0.10	0.16	0.26	0.18	0.28	0.75	0.42	0.21	0.22	0.25	0.41	0.24	0.18
N9	0.26	0.16	0.29	0.19	0.08	0.04	0.04	0.22	0.11	0.18	0.12	0.18	0.40	0.14	0.12	0.05	0.10	0.19	0.56	0.35
O2'	0.05	0.06	0.15	0.20	0.05	0.29	0.10	0.54	0.11	0.07	0.05	0.06	0.04	0.21	0.07	0.13	0.36	0.25	1.07	0.73
O3'	0.05	0.05	0.10	0.25	0.08	0.30	0.12	0.60	0.10	0.03	0.06	0.07	0.15	0.25	0.03	0.07	0.04	0.22	0.47	0.34
O4'	0.34	0.30	0.30	0.19	0.39	0.02	0.46	0.16	0.46	0.38	0.32	0.21	0.38	0.11	0.42	0.12	0.21	0.32	0.15	0.10
O5'	0.68	0.42	0.72	0.51	0.34	0.38	0.41	0.16	0.51	0.53	0.34	0.40	0.96	0.44	0.33	0.47	0.83	0.91	0.68	0.62
OP1	0.90	1.29	0.79	0.75	1.05	0.67	0.83	0.55	0.80	1.03	1.26	1.46	0.60	0.78	1.01	0.82	0.28	0.96	0.45	0.41
OP2	0.06	0.08	0.05	0.36	0.10	0.49	0.10	0.63	0.08	0.05	0.09	0.13	0.27	0.52	0.17	0.35	0.16	0.36	0.24	0.13
P	0.05	0.27	0.14	0.04	0.22	0.08	0.12	0.17	0.08	0.11	0.30	0.35	0.39	0.09	0.20	0.10	0.60	0.91	0.66	0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.05	0.00	0.00	0.24	0.18	0.38	0.29
C2	0.00	0.00	0.11	0.20	0.00	0.03	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.14	0.00	0.05	0.38	0.29	0.81	0.53
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.04	0.02	0.11	0.07	0.12	0.01	0.06	0.22	0.00	0.01	0.06	0.01	0.52	0.52	0.57	0.52
C3'	0.02	0.20	0.00	0.00	0.16	0.00	0.10	0.01	0.07	0.12	0.20	0.23	0.01	0.01	0.15	0.03	0.47	0.58	0.26	0.37
C4	0.00	0.00	0.04	0.16	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00	0.16	0.15	0.00	0.03	0.50	0.41	1.25	0.75
C4'	0.00	0.03	0.02	0.00	0.04	0.00	0.03	0.00	0.02	0.02	0.04	0.04	0.15	0.04	0.04	0.00	0.02	0.19	0.21	0.01
C5	0.01	0.00	0.11	0.10	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.11	0.00	0.08	0.51	0.43	1.25	0.77
C5'	0.06	0.04	0.07	0.01	0.04	0.00	0.05	0.00	0.07	0.06	0.04	0.04	0.08	0.15	0.04	0.01	0.01	0.32	0.29	0.01
C6	0.00	0.00	0.12	0.07	0.01	0.02	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.07	0.00	0.09	0.48	0.38	1.00	0.66
N1	0.00	0.00	0.01	0.12	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.08	0.07	0.00	0.01	0.39	0.29	0.75	0.51
N3	0.00	0.00	0.06	0.20	0.00	0.04	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.11	0.16	0.00	0.02	0.45	0.35	1.05	0.65
O2	0.01	0.00	0.22	0.23	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.06	0.15	0.00	0.09	0.32	0.24	0.65	0.44
O2'	0.02	0.06	0.00	0.01	0.16	0.15	0.17	0.08	0.14	0.08	0.11	0.06	0.00	0.07	0.20	0.09	0.25	0.26	0.25	0.24
O3'	0.05	0.14	0.01	0.01	0.15	0.04	0.11	0.15	0.07	0.07	0.16	0.15	0.07	0.00	0.14	0.02	0.25	0.47	0.18	0.11
O4	0.00	0.00	0.06	0.15	0.00	0.04	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.20	0.14	0.00	0.04	0.53	0.44	1.39	0.81
O4'	0.00	0.05	0.01	0.03	0.03	0.00	0.08	0.01	0.09	0.01	0.02	0.09	0.09	0.02	0.04	0.00	0.10	0.09	0.05	0.04
O5'	0.24	0.38	0.52	0.47	0.50	0.02	0.51	0.01	0.48	0.39	0.45	0.32	0.25	0.25	0.53	0.10	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.18	0.29	0.52	0.58	0.41	0.19	0.43	0.32	0.38	0.29	0.35	0.24	0.26	0.47	0.44	0.09	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.38	0.81	0.57	0.26	1.25	0.21	1.25	0.29	1.00	0.75	1.05	0.65	0.25	0.18	1.39	0.05	0.02	0.00	0.00	0.00
P	0.29	0.53	0.52	0.37	0.75	0.01	0.77	0.01	0.66	0.51	0.65	0.44	0.24	0.11	0.81	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00