ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51714

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.013, 0.032, 0.050, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.013, 0.033, 0.052, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.038 std_dev=0.022
O3' A 0, 0.062, 0.159, 0.257, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.159 std_dev=0.097
O4' A 0, -0.030, 0.104, 0.238, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.104 std_dev=0.134
C2' A 0, -0.004, 0.149, 0.302, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.149 std_dev=0.153
C3' A 0, 0.022, 0.210, 0.398, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.210 std_dev=0.188
O2' A 0, -0.021, 0.196, 0.413, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.196 std_dev=0.217
C4' B 0, 0.158, 0.391, 0.624, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.391 std_dev=0.233
C4' A 0, 0.110, 0.394, 0.678, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.394 std_dev=0.284
O4' B 0, 0.202, 0.493, 0.784, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.493 std_dev=0.291
C3' B 0, 0.220, 0.576, 0.933, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.576 std_dev=0.356
O3' B 0, 0.239, 0.652, 1.065, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.652 std_dev=0.413
C1' B 0, 0.272, 0.688, 1.104, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.688 std_dev=0.416
N1 B 0, 0.307, 0.754, 1.201, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.754 std_dev=0.447
O5' B 0, 0.318, 0.783, 1.248, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.783 std_dev=0.465
C6 B 0, 0.333, 0.804, 1.275, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.804 std_dev=0.471
C2 B 0, 0.334, 0.808, 1.282, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.808 std_dev=0.474
C5 B 0, 0.349, 0.838, 1.327, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.838 std_dev=0.489
C4 B 0, 0.353, 0.846, 1.340, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.846 std_dev=0.493
C5' B 0, 0.359, 0.853, 1.347, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.853 std_dev=0.494
N3 B 0, 0.356, 0.855, 1.354, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.855 std_dev=0.499
O2 B 0, 0.349, 0.848, 1.348, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.848 std_dev=0.499
O4 B 0, 0.376, 0.897, 1.417, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.897 std_dev=0.520
C5' A 0, 0.259, 0.782, 1.305, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.782 std_dev=0.523
C2' B 0, 0.345, 0.886, 1.427, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.886 std_dev=0.541
O5' A 0, 0.354, 0.927, 1.500, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.927 std_dev=0.573
O2' B 0, 0.456, 1.192, 1.928, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.192 std_dev=0.736
P B 0, 0.542, 1.310, 2.078, 1.910 max_d=1.910 avg_d=1.310 std_dev=0.768
P A 0, 0.602, 1.481, 2.360, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.481 std_dev=0.879
OP1 B 0, 0.660, 1.562, 2.465, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.562 std_dev=0.902
OP1 A 0, 0.670, 1.652, 2.634, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.652 std_dev=0.982
OP2 A 0, 0.716, 1.719, 2.723, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.719 std_dev=1.003
OP2 B 0, 0.752, 1.787, 2.822, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.787 std_dev=1.035

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.12 0.14 0.10
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.07 0.10 0.19 0.20 0.28 0.21
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.11 0.11
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.09 0.02 0.03
C4 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.07 0.16 0.19 0.27 0.20
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.06 0.09 0.11 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.04 0.17 0.22 0.33 0.24
C5' 0.03 0.15 0.05 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.10 0.15 0.13 0.14 0.10 0.13 0.08 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.06 0.18 0.22 0.34 0.24
C8 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.21 0.25 0.33 0.26
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.07 0.09 0.19 0.21 0.31 0.23
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.07 0.11 0.17 0.18 0.25 0.19
N6 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.05 0.18 0.25 0.37 0.27
N7 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.20 0.27 0.37 0.29
N9 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.14 0.18 0.24 0.18
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.09 0.01 0.09 0.04 0.11 0.04 0.12 0.10 0.11 0.06 0.05 0.00 0.04 0.02 0.12 0.19 0.15 0.14
O3' 0.05 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.04 0.00 0.05 0.06 0.09 0.03 0.04
O4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.09 0.11 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.07 0.09 0.12 0.08
O5' 0.07 0.19 0.10 0.06 0.16 0.02 0.17 0.01 0.18 0.21 0.19 0.17 0.18 0.20 0.14 0.12 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.12 0.20 0.15 0.09 0.19 0.06 0.22 0.04 0.22 0.25 0.21 0.18 0.25 0.27 0.18 0.19 0.09 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.28 0.11 0.02 0.27 0.03 0.33 0.01 0.34 0.33 0.31 0.25 0.37 0.37 0.24 0.15 0.03 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.21 0.11 0.03 0.20 0.02 0.24 0.01 0.24 0.26 0.23 0.19 0.27 0.29 0.18 0.14 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.10 0.12 0.13 0.03 0.14 0.07 0.18 0.11 0.11 0.08 0.13 0.14 0.16 0.05 0.14 0.26 0.29 0.44 0.30
C2 0.16 0.13 0.15 0.17 0.15 0.19 0.13 0.23 0.14 0.12 0.19 0.17 0.15 0.19 0.19 0.18 0.29 0.24 0.46 0.31
C2' 0.14 0.12 0.13 0.13 0.07 0.14 0.08 0.19 0.11 0.12 0.11 0.14 0.15 0.16 0.08 0.15 0.28 0.31 0.42 0.30
C3' 0.11 0.10 0.10 0.10 0.06 0.11 0.05 0.17 0.08 0.09 0.10 0.13 0.13 0.13 0.07 0.11 0.27 0.28 0.39 0.28
C4 0.13 0.12 0.13 0.14 0.06 0.15 0.07 0.20 0.11 0.11 0.12 0.16 0.14 0.16 0.12 0.14 0.27 0.27 0.47 0.31
C4' 0.09 0.10 0.09 0.08 0.05 0.07 0.03 0.14 0.05 0.07 0.10 0.13 0.13 0.11 0.06 0.08 0.24 0.23 0.35 0.23
C5 0.14 0.16 0.14 0.13 0.10 0.13 0.08 0.18 0.12 0.13 0.17 0.20 0.16 0.15 0.13 0.13 0.26 0.28 0.47 0.31
C5' 0.15 0.16 0.16 0.13 0.13 0.08 0.12 0.09 0.12 0.14 0.16 0.18 0.21 0.16 0.13 0.13 0.27 0.17 0.23 0.15
C6 0.13 0.18 0.13 0.14 0.11 0.14 0.06 0.20 0.11 0.11 0.20 0.23 0.14 0.14 0.15 0.14 0.28 0.27 0.48 0.32
C8 0.15 0.17 0.15 0.12 0.13 0.10 0.12 0.15 0.14 0.15 0.17 0.19 0.19 0.15 0.13 0.12 0.23 0.31 0.43 0.29
N1 0.14 0.17 0.14 0.16 0.14 0.18 0.11 0.23 0.14 0.11 0.21 0.23 0.14 0.17 0.18 0.17 0.29 0.24 0.46 0.31
N3 0.14 0.10 0.14 0.16 0.11 0.17 0.10 0.22 0.12 0.11 0.13 0.14 0.14 0.18 0.17 0.17 0.28 0.25 0.47 0.31
N6 0.14 0.21 0.14 0.12 0.12 0.11 0.05 0.18 0.11 0.14 0.21 0.26 0.15 0.12 0.13 0.13 0.27 0.28 0.48 0.33
N7 0.15 0.19 0.16 0.13 0.15 0.10 0.14 0.15 0.16 0.16 0.20 0.21 0.20 0.14 0.14 0.12 0.23 0.31 0.45 0.30
N9 0.13 0.13 0.13 0.13 0.06 0.13 0.08 0.18 0.12 0.12 0.12 0.15 0.16 0.16 0.08 0.13 0.25 0.29 0.45 0.30
O2' 0.18 0.12 0.17 0.19 0.06 0.21 0.11 0.24 0.16 0.15 0.08 0.13 0.18 0.22 0.06 0.20 0.32 0.35 0.46 0.35
O3' 0.10 0.08 0.10 0.10 0.04 0.12 0.06 0.18 0.09 0.08 0.07 0.10 0.12 0.14 0.06 0.12 0.29 0.31 0.44 0.32
O4' 0.08 0.09 0.07 0.07 0.03 0.08 0.04 0.15 0.05 0.06 0.08 0.13 0.11 0.11 0.06 0.08 0.23 0.26 0.41 0.27
O5' 0.27 0.29 0.28 0.25 0.27 0.19 0.23 0.09 0.24 0.27 0.30 0.31 0.33 0.28 0.27 0.25 0.27 0.13 0.14 0.08
OP1 0.32 0.31 0.34 0.32 0.31 0.26 0.31 0.18 0.32 0.32 0.31 0.31 0.39 0.33 0.30 0.31 0.35 0.14 0.09 0.14
OP2 0.45 0.44 0.46 0.44 0.43 0.39 0.43 0.29 0.44 0.45 0.43 0.43 0.50 0.46 0.41 0.45 0.45 0.20 0.18 0.25
P 0.35 0.34 0.36 0.34 0.34 0.28 0.33 0.19 0.34 0.34 0.34 0.34 0.41 0.36 0.33 0.34 0.36 0.14 0.09 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.18 0.21 0.18 0.12
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.19 0.14 0.24 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02 0.04 0.01 0.29 0.39 0.25 0.29
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.18 0.36 0.20 0.24
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.00 0.03 0.21 0.11 0.22 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.13 0.17 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.00 0.03 0.23 0.08 0.15 0.04
C5' 0.06 0.07 0.06 0.01 0.14 0.00 0.17 0.00 0.16 0.09 0.10 0.03 0.06 0.01 0.15 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.24 0.09 0.14 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.21 0.14 0.19 0.09
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.20 0.12 0.26 0.12
O2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.05 0.17 0.17 0.26 0.13
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.08 0.01 0.09 0.06 0.07 0.04 0.07 0.09 0.00 0.02 0.09 0.02 0.30 0.47 0.31 0.35
O3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.06 0.02 0.00 0.05 0.04 0.10 0.33 0.18 0.17
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.00 0.03 0.20 0.13 0.23 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.08 0.11 0.24 0.07
O5' 0.18 0.19 0.29 0.18 0.21 0.01 0.23 0.01 0.24 0.21 0.20 0.17 0.30 0.10 0.20 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 0.14 0.39 0.36 0.11 0.13 0.08 0.09 0.09 0.14 0.12 0.17 0.47 0.33 0.13 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.24 0.25 0.20 0.22 0.17 0.15 0.17 0.14 0.19 0.26 0.26 0.31 0.18 0.23 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.11 0.29 0.24 0.09 0.03 0.04 0.01 0.06 0.09 0.12 0.13 0.35 0.17 0.11 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00