ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51716

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.010, 0.032, 0.053, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.012, 0.036, 0.059, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.036 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.039 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.012, 0.052, 0.092, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.052 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.020, 0.060, 0.100, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.060 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.016, 0.057, 0.099, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.057 std_dev=0.042
N6 A 0, 0.027, 0.077, 0.126, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.077 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.161, 0.386, 0.611, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.386 std_dev=0.225
O4' A 0, 0.151, 0.427, 0.703, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.427 std_dev=0.276
O2' A 0, -0.041, 0.273, 0.587, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.273 std_dev=0.314
C6 B 0, 0.115, 0.463, 0.811, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.463 std_dev=0.348
N1 B 0, 0.129, 0.489, 0.849, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.489 std_dev=0.360
C4 B 0, 0.244, 0.682, 1.120, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.682 std_dev=0.438
C5 B 0, 0.088, 0.532, 0.977, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.532 std_dev=0.445
C3' A 0, 0.258, 0.727, 1.197, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.727 std_dev=0.469
N3 B 0, 0.169, 0.661, 1.153, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.661 std_dev=0.492
C4' A 0, 0.264, 0.757, 1.250, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.757 std_dev=0.493
C2 B 0, 0.009, 0.533, 1.058, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.533 std_dev=0.524
O4 B 0, 0.360, 0.935, 1.510, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.935 std_dev=0.575
C1' B 0, 0.171, 0.794, 1.418, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.794 std_dev=0.623
OP1 A 0, 0.356, 0.982, 1.607, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.982 std_dev=0.625
O3' A 0, 0.415, 1.109, 1.803, 1.724 max_d=1.724 avg_d=1.109 std_dev=0.694
O4' B 0, 0.473, 1.210, 1.947, 1.971 max_d=1.971 avg_d=1.210 std_dev=0.737
O2 B 0, -0.082, 0.683, 1.449, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.683 std_dev=0.766
C5' A 0, 0.399, 1.170, 1.941, 1.876 max_d=1.876 avg_d=1.170 std_dev=0.771
O5' A 0, 0.037, 0.922, 1.806, 2.347 max_d=2.347 avg_d=0.922 std_dev=0.884
C2' B 0, 0.249, 1.236, 2.223, 2.639 max_d=2.639 avg_d=1.236 std_dev=0.987
C4' B 0, 0.700, 1.804, 2.908, 2.840 max_d=2.840 avg_d=1.804 std_dev=1.104
O2' B 0, 0.242, 1.470, 2.698, 3.323 max_d=3.323 avg_d=1.470 std_dev=1.228
P A 0, 0.010, 1.268, 2.525, 3.321 max_d=3.321 avg_d=1.268 std_dev=1.257
C3' B 0, 0.397, 1.732, 3.066, 3.610 max_d=3.610 avg_d=1.732 std_dev=1.335
O5' B 0, 0.582, 2.034, 3.487, 3.764 max_d=3.764 avg_d=2.034 std_dev=1.452
C5' B 0, 0.959, 2.534, 4.110, 4.330 max_d=4.330 avg_d=2.534 std_dev=1.576
P B 0, 0.867, 2.451, 4.035, 3.894 max_d=3.894 avg_d=2.451 std_dev=1.584
OP1 B 0, 0.606, 2.360, 4.114, 4.873 max_d=4.873 avg_d=2.360 std_dev=1.754
O3' B 0, -0.057, 1.746, 3.549, 4.696 max_d=4.696 avg_d=1.746 std_dev=1.803
OP2 A 0, -0.158, 2.163, 4.485, 6.063 max_d=6.063 avg_d=2.163 std_dev=2.321
OP2 B 0, 1.222, 3.740, 6.258, 6.101 max_d=6.101 avg_d=3.740 std_dev=2.518

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.15 0.13 0.65 0.35
C2 0.06 0.00 0.10 0.27 0.01 0.12 0.02 0.25 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.20 0.33 0.04 0.37 0.10 1.22 0.66
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.09 0.06 0.09 0.09 0.10 0.08 0.04 0.00 0.01 0.02 0.29 0.23 0.61 0.28
C3' 0.03 0.27 0.01 0.00 0.25 0.01 0.31 0.01 0.34 0.21 0.31 0.23 0.38 0.29 0.16 0.03 0.02 0.01 0.40 0.35 0.62 0.29
C4 0.02 0.01 0.08 0.25 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.28 0.01 0.38 0.09 1.19 0.66
C4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.14 0.00 0.22 0.01 0.24 0.22 0.18 0.09 0.30 0.26 0.11 0.08 0.01 0.00 0.01 0.19 0.41 0.10
C5 0.01 0.02 0.08 0.31 0.01 0.22 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.37 0.06 0.48 0.15 1.48 0.84
C5' 0.03 0.25 0.02 0.01 0.24 0.01 0.35 0.00 0.39 0.30 0.33 0.18 0.48 0.40 0.16 0.09 0.02 0.00 0.01 0.27 0.43 0.02
C6 0.01 0.02 0.09 0.34 0.01 0.24 0.01 0.39 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.42 0.05 0.50 0.19 1.57 0.88
C8 0.06 0.02 0.06 0.21 0.01 0.22 0.01 0.30 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.25 0.11 0.47 0.12 1.34 0.78
N1 0.04 0.01 0.09 0.31 0.01 0.18 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.39 0.01 0.44 0.14 1.43 0.79
N3 0.06 0.01 0.09 0.23 0.01 0.09 0.03 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.19 0.26 0.04 0.32 0.10 1.05 0.57
N6 0.03 0.03 0.10 0.38 0.02 0.30 0.02 0.48 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.48 0.09 0.58 0.30 1.76 1.01
N7 0.05 0.02 0.08 0.29 0.02 0.26 0.01 0.40 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.35 0.11 0.54 0.19 1.61 0.92
N9 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.11 0.02 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.17 0.02 0.34 0.11 1.03 0.58
O2' 0.00 0.20 0.00 0.03 0.08 0.08 0.04 0.09 0.07 0.08 0.15 0.19 0.04 0.05 0.01 0.00 0.08 0.09 0.06 0.11 0.39 0.17
O3' 0.02 0.33 0.01 0.02 0.28 0.01 0.37 0.02 0.42 0.25 0.39 0.26 0.48 0.35 0.17 0.08 0.00 0.02 0.34 0.41 0.45 0.22
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.11 0.01 0.04 0.09 0.11 0.02 0.09 0.02 0.00 0.09 0.17 0.53 0.29
O5' 0.15 0.37 0.29 0.40 0.38 0.01 0.48 0.01 0.50 0.47 0.44 0.32 0.58 0.54 0.34 0.06 0.34 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.13 0.10 0.23 0.35 0.09 0.19 0.15 0.27 0.19 0.12 0.14 0.10 0.30 0.19 0.11 0.11 0.41 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.65 1.22 0.61 0.62 1.19 0.41 1.48 0.43 1.57 1.34 1.43 1.05 1.76 1.61 1.03 0.39 0.45 0.53 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.35 0.66 0.28 0.29 0.66 0.10 0.84 0.02 0.88 0.78 0.79 0.57 1.01 0.92 0.58 0.17 0.22 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.49 0.39 0.47 0.22 0.38 0.41 0.25 0.24 0.28 0.33 0.78 0.55 0.81 0.40 0.35 0.33 0.51 0.64 0.25
C2 0.45 0.16 0.43 0.64 0.20 0.77 0.12 0.77 0.14 0.22 0.19 0.27 0.33 0.74 0.31 0.69 0.35 0.55 0.32 0.47
C2' 0.55 0.48 0.49 0.65 0.20 0.61 0.34 0.43 0.18 0.32 0.25 0.79 0.60 1.00 0.41 0.54 0.22 0.41 0.53 0.11
C3' 0.61 0.59 0.53 0.67 0.09 0.65 0.23 0.48 0.19 0.42 0.41 0.86 0.63 1.00 0.22 0.61 0.27 0.44 0.64 0.16
C4 0.38 0.42 0.33 0.40 0.08 0.38 0.23 0.30 0.17 0.26 0.30 0.59 0.40 0.62 0.20 0.36 0.24 0.40 0.51 0.11
C4' 0.44 0.50 0.35 0.43 0.20 0.36 0.37 0.28 0.23 0.30 0.38 0.75 0.51 0.77 0.31 0.36 0.45 0.63 0.87 0.40
C5 0.18 0.37 0.15 0.14 0.23 0.11 0.05 0.22 0.10 0.18 0.40 0.45 0.23 0.28 0.25 0.11 0.49 0.54 0.79 0.35
C5' 0.45 0.58 0.35 0.38 0.22 0.32 0.26 0.29 0.20 0.36 0.52 0.80 0.51 0.70 0.22 0.36 0.53 0.72 1.00 0.49
C6 0.08 0.25 0.12 0.14 0.24 0.18 0.10 0.36 0.06 0.12 0.29 0.27 0.10 0.16 0.26 0.12 0.45 0.46 0.74 0.31
C8 0.25 0.52 0.19 0.16 0.26 0.09 0.20 0.29 0.19 0.24 0.57 0.67 0.36 0.39 0.31 0.11 0.67 0.80 1.04 0.59
N1 0.19 0.19 0.24 0.36 0.13 0.51 0.04 0.67 0.11 0.13 0.21 0.23 0.13 0.36 0.17 0.44 0.29 0.53 0.50 0.42
N3 0.53 0.32 0.49 0.66 0.24 0.69 0.25 0.59 0.18 0.30 0.12 0.53 0.48 0.88 0.39 0.63 0.21 0.37 0.20 0.27
N6 0.21 0.24 0.21 0.31 0.37 0.34 0.27 0.45 0.10 0.14 0.33 0.23 0.17 0.32 0.44 0.28 0.79 0.59 1.08 0.56
N7 0.13 0.44 0.07 0.04 0.38 0.13 0.05 0.34 0.12 0.18 0.55 0.53 0.22 0.17 0.48 0.07 0.78 0.83 1.12 0.66
N9 0.40 0.53 0.34 0.38 0.07 0.30 0.30 0.22 0.20 0.29 0.45 0.74 0.48 0.65 0.15 0.30 0.38 0.54 0.69 0.28
O2' 0.41 0.28 0.38 0.56 0.41 0.50 0.48 0.33 0.26 0.16 0.07 0.60 0.50 0.95 0.63 0.42 0.22 0.42 0.52 0.13
O3' 0.65 0.55 0.56 0.76 0.12 0.78 0.23 0.62 0.20 0.42 0.32 0.81 0.62 1.09 0.30 0.71 0.27 0.43 0.59 0.15
O4' 0.37 0.47 0.32 0.34 0.25 0.24 0.47 0.31 0.31 0.26 0.38 0.73 0.49 0.67 0.35 0.24 0.54 0.74 0.92 0.50
O5' 0.32 0.53 0.22 0.17 0.26 0.10 0.23 0.33 0.16 0.27 0.53 0.73 0.46 0.53 0.30 0.20 0.71 1.05 1.27 0.76
OP1 0.38 0.63 0.40 0.37 0.52 0.37 0.37 0.68 0.36 0.41 0.71 0.77 0.55 0.43 0.63 0.28 0.98 1.10 1.43 0.96
OP2 1.03 1.22 0.84 0.82 1.06 0.84 0.80 0.58 0.83 1.03 1.25 1.32 1.00 1.09 1.12 1.00 0.59 1.08 0.99 0.68
P 0.67 0.92 0.54 0.49 0.72 0.44 0.38 0.31 0.42 0.66 0.97 1.07 0.77 0.79 0.80 0.56 0.57 1.10 1.10 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.00 0.03 0.09 0.03 0.11 0.01 0.00 0.15 0.17 0.25 0.23
C2 0.05 0.00 0.13 0.07 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.20 0.02 0.10 0.14 0.30 0.23 0.21
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.10 0.07 0.03 0.13 0.18 0.00 0.03 0.10 0.01 0.51 0.20 0.69 0.51
C3' 0.03 0.07 0.00 0.00 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.02 0.08 0.13 0.01 0.01 0.10 0.00 0.43 0.16 0.50 0.36
C4 0.00 0.01 0.08 0.09 0.00 0.10 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.03 0.28 0.52 0.28 0.07
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.14 0.04 0.04 0.15 0.01 0.02 0.12 0.00 0.02 0.23 0.11 0.07
C5 0.03 0.01 0.05 0.10 0.01 0.15 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.03 0.03 0.10 0.33 0.57 0.27 0.05
C5' 0.06 0.15 0.10 0.07 0.29 0.01 0.30 0.00 0.23 0.14 0.23 0.12 0.10 0.05 0.34 0.02 0.02 0.22 0.25 0.02
C6 0.04 0.01 0.07 0.09 0.01 0.14 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.04 0.02 0.13 0.25 0.48 0.18 0.11
N1 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.01 0.14 0.31 0.22 0.21
N3 0.03 0.00 0.13 0.08 0.01 0.04 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.17 0.02 0.07 0.19 0.40 0.23 0.13
O2 0.09 0.00 0.18 0.13 0.01 0.15 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.31 0.02 0.19 0.19 0.20 0.28 0.27
O2' 0.03 0.15 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.10 0.14 0.04 0.13 0.27 0.00 0.02 0.08 0.02 0.58 0.25 0.90 0.62
O3' 0.11 0.20 0.03 0.01 0.10 0.02 0.03 0.05 0.04 0.10 0.17 0.31 0.02 0.00 0.11 0.05 0.29 0.31 0.39 0.27
O4 0.01 0.02 0.10 0.10 0.01 0.12 0.03 0.34 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.11 0.00 0.04 0.34 0.58 0.35 0.08
O4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.02 0.13 0.01 0.07 0.19 0.02 0.05 0.04 0.00 0.14 0.19 0.13 0.06
O5' 0.15 0.14 0.51 0.43 0.28 0.02 0.33 0.02 0.25 0.14 0.19 0.19 0.58 0.29 0.34 0.14 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.17 0.30 0.20 0.16 0.52 0.23 0.57 0.22 0.48 0.31 0.40 0.20 0.25 0.31 0.58 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.23 0.69 0.50 0.28 0.11 0.27 0.25 0.18 0.22 0.23 0.28 0.90 0.39 0.35 0.13 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.21 0.51 0.36 0.07 0.07 0.05 0.02 0.11 0.21 0.13 0.27 0.62 0.27 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00