Doublet Group distance statistics: 51718

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C1'	A	0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N9	A	0, 0.001, 0.020, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C8	A	0, -0.001, 0.030, 0.061, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.031
N6	A	0, 0.012, 0.057, 0.102, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.057 std_dev=0.045
O4	B	0, 0.089, 0.407, 0.725, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.407 std_dev=0.318
N3	B	0, 0.077, 0.402, 0.726, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.402 std_dev=0.324
C4	B	0, 0.085, 0.412, 0.739, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.412 std_dev=0.327
O2	B	0, 0.065, 0.412, 0.760, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.412 std_dev=0.348
C2	B	0, 0.054, 0.411, 0.768, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.411 std_dev=0.357
C5	B	0, 0.089, 0.471, 0.852, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.471 std_dev=0.381
N1	B	0, 0.051, 0.490, 0.930, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.490 std_dev=0.439
C6	B	0, 0.080, 0.524, 0.967, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.524 std_dev=0.444
O5'	A	0, 0.184, 0.662, 1.141, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.662 std_dev=0.479
O4'	B	0, 0.081, 0.563, 1.045, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.563 std_dev=0.482
P	A	0, 0.182, 0.670, 1.157, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.670 std_dev=0.488
OP2	A	0, 0.210, 0.727, 1.245, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.727 std_dev=0.518
C5'	B	0, 0.217, 0.741, 1.265, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.741 std_dev=0.524
O5'	B	0, 0.217, 0.755, 1.292, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.755 std_dev=0.537
C1'	B	0, 0.057, 0.608, 1.159, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.608 std_dev=0.551
O4'	A	0, -0.010, 0.554, 1.118, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.554 std_dev=0.564
C2'	A	0, 0.014, 0.594, 1.174, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.594 std_dev=0.580
C4'	B	0, 0.188, 0.769, 1.351, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.769 std_dev=0.582
P	B	0, 0.249, 0.881, 1.513, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.881 std_dev=0.632
OP2	B	0, 0.282, 0.963, 1.644, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.963 std_dev=0.681
C2'	B	0, 0.139, 0.899, 1.659, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.899 std_dev=0.760
C3'	B	0, 0.206, 0.982, 1.758, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.982 std_dev=0.776
O2'	A	0, 0.087, 0.898, 1.709, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.898 std_dev=0.811
O2'	B	0, 0.183, 1.081, 1.978, 2.198 max_d=2.198 avg_d=1.081 std_dev=0.898
OP1	B	0, 0.291, 1.258, 2.225, 2.352 max_d=2.352 avg_d=1.258 std_dev=0.967
C3'	A	0, -0.131, 0.905, 1.940, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.905 std_dev=1.035
OP1	A	0, 0.353, 1.390, 2.427, 2.490 max_d=2.490 avg_d=1.390 std_dev=1.037
O3'	B	0, 0.274, 1.332, 2.390, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.332 std_dev=1.058
C4'	A	0, -0.182, 0.878, 1.938, 2.369 max_d=2.369 avg_d=0.878 std_dev=1.060
C5'	A	0, -0.065, 1.251, 2.567, 3.070 max_d=3.070 avg_d=1.251 std_dev=1.316
O3'	A	0, -0.185, 1.232, 2.649, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.232 std_dev=1.417

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.31	0.00	0.25	0.19	0.11	0.16
C2	0.01	0.00	0.36	0.42	0.01	0.11	0.01	0.21	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.12	0.06	0.14	0.23	0.09	0.19	0.14
C2'	0.00	0.36	0.00	0.00	0.22	0.00	0.15	0.19	0.22	0.11	0.31	0.35	0.20	0.04	0.05	0.00	0.03	0.00	0.67	0.59	0.48	0.60
C3'	0.01	0.42	0.00	0.00	0.42	0.00	0.53	0.01	0.57	0.41	0.52	0.35	0.64	0.52	0.33	0.02	0.00	0.01	0.32	0.24	0.04	0.20
C4	0.01	0.01	0.22	0.42	0.00	0.17	0.00	0.24	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.18	0.05	0.07	0.22	0.08	0.19	0.14
C4'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.17	0.00	0.26	0.00	0.26	0.30	0.19	0.08	0.32	0.31	0.18	0.27	0.00	0.00	0.05	0.05	0.32	0.06
C5	0.02	0.01	0.15	0.53	0.00	0.26	0.00	0.38	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.26	0.22	0.03	0.18	0.03	0.24	0.10
C5'	0.02	0.21	0.19	0.01	0.24	0.00	0.38	0.00	0.40	0.38	0.32	0.16	0.49	0.45	0.22	0.05	0.20	0.00	0.02	0.10	0.38	0.03
C6	0.02	0.01	0.22	0.57	0.01	0.26	0.01	0.40	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.24	0.25	0.06	0.17	0.05	0.26	0.09
C8	0.00	0.01	0.11	0.41	0.01	0.30	0.01	0.38	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.00	0.30	0.22	0.08	0.17	0.02	0.22	0.11
N1	0.02	0.00	0.31	0.52	0.01	0.19	0.00	0.32	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.17	0.14	0.10	0.19	0.04	0.23	0.11
N3	0.01	0.00	0.35	0.35	0.00	0.08	0.01	0.16	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.10	0.13	0.13	0.24	0.12	0.17	0.15
N6	0.04	0.02	0.20	0.64	0.02	0.32	0.02	0.49	0.00	0.04	0.02	0.00	0.00	0.05	0.04	0.28	0.36	0.02	0.12	0.12	0.31	0.04
N7	0.01	0.01	0.04	0.52	0.01	0.31	0.00	0.45	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.00	0.00	0.33	0.31	0.04	0.15	0.04	0.26	0.09
N9	0.00	0.01	0.05	0.33	0.00	0.18	0.01	0.22	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.00	0.20	0.01	0.00	0.23	0.10	0.17	0.14
O2'	0.01	0.12	0.00	0.02	0.18	0.27	0.26	0.05	0.24	0.30	0.17	0.10	0.28	0.33	0.20	0.00	0.06	0.25	0.36	0.34	0.45	0.38
O3'	0.31	0.06	0.03	0.00	0.05	0.00	0.22	0.20	0.25	0.22	0.14	0.13	0.36	0.31	0.01	0.06	0.00	0.21	0.03	0.11	0.21	0.05
O4'	0.00	0.14	0.00	0.01	0.07	0.00	0.03	0.00	0.06	0.08	0.10	0.13	0.02	0.04	0.00	0.25	0.21	0.00	0.07	0.02	0.39	0.11
O5'	0.25	0.23	0.67	0.32	0.22	0.05	0.18	0.02	0.17	0.17	0.19	0.24	0.12	0.15	0.23	0.36	0.03	0.07	0.00	0.03	0.01	0.00
OP1	0.19	0.09	0.59	0.24	0.08	0.05	0.03	0.10	0.05	0.02	0.04	0.12	0.12	0.04	0.10	0.34	0.11	0.02	0.03	0.00	0.00	0.00
OP2	0.11	0.19	0.48	0.04	0.19	0.32	0.24	0.38	0.26	0.22	0.23	0.17	0.31	0.26	0.17	0.45	0.21	0.39	0.01	0.00	0.00	0.01
P	0.16	0.14	0.60	0.20	0.14	0.06	0.10	0.03	0.09	0.11	0.11	0.15	0.04	0.09	0.14	0.38	0.05	0.11	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.29	0.28	0.24	0.27	0.27	0.31	0.33	0.39	0.34	0.31	0.26	0.25	0.18	0.25	0.21	0.33	0.42	0.77	0.34	0.67
C2	0.32	0.18	0.27	0.31	0.16	0.36	0.31	0.42	0.36	0.31	0.10	0.12	0.22	0.31	0.08	0.38	0.38	0.82	0.23	0.61
C2'	0.05	0.09	0.05	0.03	0.10	0.06	0.11	0.11	0.09	0.06	0.09	0.13	0.14	0.03	0.09	0.07	0.12	0.50	0.13	0.37
C3'	0.17	0.20	0.24	0.21	0.06	0.14	0.05	0.15	0.09	0.15	0.15	0.30	0.24	0.26	0.03	0.12	0.15	0.46	0.12	0.34
C4	0.26	0.20	0.20	0.25	0.21	0.32	0.31	0.42	0.33	0.27	0.16	0.16	0.15	0.23	0.12	0.33	0.40	0.84	0.29	0.67
C4'	0.47	0.50	0.54	0.53	0.40	0.47	0.40	0.51	0.43	0.47	0.47	0.56	0.50	0.57	0.33	0.43	0.55	0.83	0.45	0.75
C5	0.21	0.12	0.14	0.21	0.14	0.32	0.26	0.44	0.28	0.20	0.09	0.10	0.10	0.18	0.03	0.31	0.41	0.91	0.30	0.70
C5'	0.34	0.38	0.41	0.41	0.27	0.35	0.25	0.38	0.28	0.33	0.34	0.45	0.39	0.44	0.21	0.30	0.42	0.72	0.31	0.63
C6	0.19	0.08	0.14	0.22	0.06	0.34	0.23	0.46	0.26	0.17	0.08	0.09	0.10	0.20	0.07	0.32	0.40	0.96	0.26	0.70
C8	0.21	0.16	0.13	0.19	0.18	0.29	0.26	0.42	0.27	0.21	0.14	0.13	0.08	0.15	0.12	0.30	0.41	0.87	0.33	0.71
N1	0.24	0.08	0.20	0.27	0.07	0.37	0.26	0.46	0.31	0.22	0.04	0.08	0.16	0.26	0.05	0.36	0.39	0.91	0.22	0.65
N3	0.32	0.26	0.28	0.31	0.23	0.35	0.33	0.41	0.37	0.33	0.19	0.20	0.22	0.30	0.13	0.36	0.40	0.79	0.28	0.63
N6	0.15	0.09	0.11	0.21	0.09	0.35	0.14	0.50	0.19	0.11	0.15	0.12	0.08	0.20	0.18	0.30	0.41	1.05	0.28	0.73
N7	0.18	0.11	0.10	0.18	0.13	0.30	0.22	0.43	0.24	0.17	0.09	0.10	0.06	0.14	0.05	0.29	0.40	0.92	0.32	0.71
N9	0.26	0.22	0.19	0.23	0.23	0.31	0.30	0.41	0.31	0.27	0.19	0.18	0.14	0.20	0.15	0.32	0.41	0.82	0.32	0.68
O2'	0.26	0.24	0.14	0.20	0.30	0.27	0.39	0.38	0.38	0.30	0.23	0.21	0.03	0.15	0.25	0.34	0.39	0.82	0.35	0.67
O3'	0.78	0.79	0.92	0.86	0.52	0.74	0.51	0.69	0.61	0.73	0.67	0.95	0.94	0.95	0.39	0.68	0.68	0.93	0.50	0.81
O4'	0.56	0.58	0.55	0.58	0.55	0.58	0.58	0.66	0.59	0.58	0.57	0.57	0.48	0.57	0.49	0.57	0.71	1.02	0.64	0.95
O5'	0.49	0.46	0.43	0.46	0.43	0.52	0.48	0.62	0.51	0.49	0.43	0.45	0.38	0.42	0.38	0.54	0.64	1.03	0.54	0.91
OP1	0.38	0.37	0.36	0.37	0.32	0.42	0.33	0.50	0.36	0.37	0.34	0.39	0.34	0.35	0.27	0.41	0.52	0.91	0.41	0.79
OP2	0.16	0.25	0.27	0.26	0.29	0.15	0.22	0.19	0.18	0.20	0.31	0.24	0.28	0.32	0.37	0.14	0.15	0.52	0.25	0.36
P	0.31	0.27	0.23	0.26	0.27	0.37	0.32	0.49	0.34	0.31	0.25	0.26	0.19	0.20	0.22	0.38	0.50	0.92	0.41	0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.15	0.11	0.10
C2	0.01	0.00	0.05	0.04	0.00	0.03	0.02	0.09	0.01	0.00	0.00	0.01	0.08	0.04	0.01	0.01	0.13	0.29	0.02	0.29
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.03	0.10	0.00	0.02	0.04	0.00	0.02	0.08	0.06	0.05
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.04	0.01	0.07	0.02	0.07	0.01	0.02	0.10	0.01	0.01	0.05	0.02	0.03	0.17	0.07	0.03
C4	0.01	0.00	0.03	0.04	0.00	0.11	0.01	0.22	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.05	0.01	0.06	0.23	0.50	0.14	0.47
C4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.11	0.00	0.14	0.00	0.12	0.05	0.06	0.06	0.05	0.03	0.12	0.00	0.02	0.07	0.03	0.02
C5	0.03	0.02	0.04	0.07	0.01	0.14	0.00	0.25	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.09	0.01	0.09	0.22	0.52	0.10	0.45
C5'	0.00	0.09	0.01	0.02	0.22	0.00	0.25	0.00	0.19	0.10	0.16	0.05	0.04	0.03	0.24	0.02	0.01	0.04	0.03	0.01
C6	0.03	0.01	0.05	0.07	0.01	0.12	0.01	0.19	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.08	0.01	0.08	0.13	0.39	0.10	0.31
N1	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.05	0.01	0.10	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.08	0.27	0.06	0.23
N3	0.00	0.00	0.03	0.02	0.00	0.06	0.02	0.16	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.02	0.01	0.04	0.19	0.40	0.10	0.40
O2	0.03	0.01	0.10	0.10	0.01	0.06	0.03	0.05	0.02	0.01	0.01	0.00	0.13	0.11	0.00	0.02	0.11	0.22	0.03	0.24
O2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.05	0.05	0.03	0.04	0.02	0.03	0.07	0.13	0.00	0.06	0.07	0.01	0.02	0.14	0.06	0.01
O3'	0.01	0.04	0.02	0.01	0.05	0.03	0.09	0.03	0.08	0.01	0.02	0.11	0.06	0.00	0.07	0.02	0.04	0.38	0.09	0.13
O4	0.00	0.01	0.04	0.05	0.01	0.12	0.01	0.24	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.07	0.00	0.06	0.27	0.57	0.21	0.53
O4'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.06	0.00	0.09	0.02	0.08	0.03	0.04	0.02	0.01	0.02	0.06	0.00	0.10	0.19	0.16	0.08
O5'	0.03	0.13	0.02	0.03	0.23	0.02	0.22	0.01	0.13	0.08	0.19	0.11	0.02	0.04	0.27	0.10	0.00	0.03	0.01	0.01
OP1	0.15	0.29	0.08	0.17	0.50	0.07	0.52	0.04	0.39	0.27	0.40	0.22	0.14	0.38	0.57	0.19	0.03	0.00	0.02	0.00
OP2	0.11	0.02	0.06	0.07	0.14	0.03	0.10	0.03	0.10	0.06	0.10	0.03	0.06	0.09	0.21	0.16	0.01	0.02	0.00	0.00
P	0.10	0.29	0.05	0.03	0.47	0.02	0.45	0.01	0.31	0.23	0.40	0.24	0.01	0.13	0.53	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00