ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51719

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.021, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.002, 0.020, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.027
N3 A 0, -0.007, 0.030, 0.066, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.030 std_dev=0.036
C4 A 0, -0.003, 0.038, 0.078, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.038 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.005, 0.048, 0.090, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.048 std_dev=0.042
N9 A 0, -0.002, 0.045, 0.092, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.045 std_dev=0.047
C8 A 0, 0.006, 0.058, 0.111, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.058 std_dev=0.052
N6 A 0, -0.003, 0.050, 0.102, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.050 std_dev=0.052
O4 B 0, 0.043, 0.167, 0.290, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.167 std_dev=0.123
C4 B 0, 0.059, 0.225, 0.391, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.225 std_dev=0.166
N3 B 0, 0.044, 0.235, 0.426, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.235 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.038, 0.304, 0.571, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.304 std_dev=0.266
N1 B 0, 0.118, 0.429, 0.740, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.429 std_dev=0.311
C4' B 0, 0.064, 0.384, 0.704, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.384 std_dev=0.320
C2' B 0, 0.131, 0.454, 0.777, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.454 std_dev=0.323
O2 B 0, 0.080, 0.436, 0.792, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.356
C3' B 0, 0.133, 0.491, 0.849, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.491 std_dev=0.358
C5 B 0, 0.124, 0.489, 0.854, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.489 std_dev=0.365
C1' B 0, 0.135, 0.507, 0.880, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.507 std_dev=0.373
C5' B 0, 0.152, 0.548, 0.943, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.548 std_dev=0.396
O4' B 0, 0.118, 0.526, 0.934, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.526 std_dev=0.408
C6 B 0, 0.163, 0.573, 0.983, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.573 std_dev=0.410
OP1 B 0, 0.304, 1.094, 1.884, 1.838 max_d=1.838 avg_d=1.094 std_dev=0.790
O2' B 0, 0.142, 0.933, 1.725, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.933 std_dev=0.791
O3' B 0, 0.096, 0.968, 1.840, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.968 std_dev=0.872
P B 0, 0.373, 1.291, 2.209, 2.056 max_d=2.056 avg_d=1.291 std_dev=0.918
O5' B 0, 0.276, 1.272, 2.269, 2.433 max_d=2.433 avg_d=1.272 std_dev=0.996
OP2 B 0, 0.415, 1.434, 2.453, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.434 std_dev=1.019
O4' A 0, 0.472, 1.617, 2.762, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.617 std_dev=1.145
C2' A 0, 0.511, 1.744, 2.976, 2.618 max_d=2.618 avg_d=1.744 std_dev=1.233
O2' A 0, 0.597, 2.047, 3.497, 3.178 max_d=3.178 avg_d=2.047 std_dev=1.450
C4' A 0, 0.651, 2.258, 3.866, 3.615 max_d=3.615 avg_d=2.258 std_dev=1.608
C3' A 0, 0.768, 2.630, 4.493, 4.064 max_d=4.064 avg_d=2.630 std_dev=1.862
O3' A 0, 1.047, 3.583, 6.118, 5.495 max_d=5.495 avg_d=3.583 std_dev=2.535
C5' A 0, 1.193, 4.092, 6.991, 6.351 max_d=6.351 avg_d=4.092 std_dev=2.899
O5' A 0, 1.530, 5.249, 8.968, 8.155 max_d=8.155 avg_d=5.249 std_dev=3.719
P A 0, 2.052, 7.013, 11.973, 10.681 max_d=10.681 avg_d=7.013 std_dev=4.960
OP2 A 0, 2.126, 7.332, 12.538, 11.582 max_d=11.582 avg_d=7.332 std_dev=5.206
OP1 A 0, 2.366, 8.080, 13.793, 12.189 max_d=12.189 avg_d=8.080 std_dev=5.713

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.25 0.04 0.53 0.19
C2 0.02 0.00 0.08 0.50 0.04 0.57 0.04 0.94 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.17 0.48 0.35 0.95 1.34 0.55 0.98
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.20 0.18 0.41 0.13
C3' 0.00 0.50 0.00 0.00 0.25 0.00 0.15 0.01 0.26 0.21 0.41 0.47 0.20 0.11 0.04 0.01 0.00 0.02 0.19 0.18 0.32 0.08
C4 0.03 0.04 0.04 0.25 0.00 0.27 0.01 0.42 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.22 0.18 0.46 0.49 0.49 0.27
C4' 0.01 0.57 0.01 0.00 0.27 0.00 0.17 0.00 0.28 0.25 0.45 0.54 0.21 0.17 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.03
C5 0.02 0.04 0.04 0.15 0.01 0.17 0.00 0.32 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.14 0.08 0.36 0.42 0.78 0.17
C5' 0.04 0.94 0.01 0.01 0.42 0.00 0.32 0.00 0.49 0.44 0.76 0.85 0.41 0.36 0.15 0.04 0.05 0.02 0.00 0.25 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.26 0.00 0.28 0.02 0.49 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.25 0.15 0.44 0.67 0.57 0.22
C8 0.00 0.05 0.05 0.21 0.01 0.25 0.03 0.44 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.13 0.16 0.18 0.68 0.72 1.35 0.81
N1 0.02 0.00 0.07 0.41 0.02 0.45 0.03 0.76 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.12 0.40 0.26 0.74 1.11 0.39 0.70
N3 0.04 0.01 0.08 0.47 0.00 0.54 0.01 0.85 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.42 0.36 0.87 1.08 0.47 0.83
N6 0.01 0.00 0.06 0.20 0.01 0.21 0.03 0.41 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.08 0.03 0.07 0.20 0.10 0.37 0.63 0.75 0.10
N7 0.02 0.04 0.03 0.11 0.02 0.17 0.01 0.36 0.04 0.00 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.09 0.07 0.12 0.56 0.66 1.31 0.68
N9 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.15 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.36 0.20 0.78 0.29
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.03 0.04 0.04 0.06 0.13 0.12 0.18 0.07 0.09 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.09 0.17 0.07
O3' 0.02 0.48 0.02 0.00 0.22 0.01 0.14 0.05 0.25 0.16 0.40 0.42 0.20 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.17 0.22 0.14
O4' 0.00 0.35 0.00 0.02 0.18 0.00 0.08 0.02 0.15 0.18 0.26 0.36 0.10 0.12 0.02 0.03 0.01 0.00 0.21 0.15 0.43 0.17
O5' 0.25 0.95 0.20 0.19 0.46 0.01 0.36 0.00 0.44 0.68 0.74 0.87 0.37 0.56 0.36 0.04 0.08 0.21 0.00 0.03 0.00 0.00
OP1 0.04 1.34 0.18 0.18 0.49 0.11 0.42 0.25 0.67 0.72 1.11 1.08 0.63 0.66 0.20 0.09 0.17 0.15 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.53 0.55 0.41 0.32 0.49 0.17 0.78 0.17 0.57 1.35 0.39 0.47 0.75 1.31 0.78 0.17 0.22 0.43 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.19 0.98 0.13 0.08 0.27 0.03 0.17 0.01 0.22 0.81 0.70 0.83 0.10 0.68 0.29 0.07 0.14 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.12 0.10 0.07 0.09 0.13 0.20 0.14 0.23 0.16 0.08 0.17 0.24 0.20 0.06 0.14 0.35 0.15 0.47 0.34
C2 0.10 0.04 0.11 0.24 0.11 0.10 0.21 0.22 0.20 0.11 0.04 0.04 0.07 0.10 0.08 0.04 0.24 0.06 0.24 0.04
C2' 0.68 0.49 0.67 0.66 0.47 0.62 0.64 0.60 0.74 0.64 0.42 0.43 0.76 0.54 0.39 0.68 1.10 0.86 1.16 1.07
C3' 0.65 0.68 0.61 0.50 0.88 0.40 1.02 0.47 0.99 0.78 0.74 0.56 0.63 0.31 0.87 0.55 1.09 0.92 1.46 1.26
C4 0.12 0.05 0.09 0.09 0.12 0.09 0.25 0.21 0.26 0.13 0.04 0.09 0.16 0.15 0.10 0.02 0.17 0.03 0.34 0.13
C4' 0.18 0.36 0.16 0.20 0.59 0.29 0.63 0.31 0.49 0.34 0.46 0.31 0.04 0.35 0.65 0.14 0.33 0.19 0.77 0.52
C5 0.15 0.02 0.16 0.09 0.10 0.11 0.22 0.22 0.25 0.15 0.02 0.08 0.19 0.23 0.07 0.09 0.16 0.09 0.32 0.07
C5' 0.31 0.46 0.42 0.60 0.85 0.71 0.82 0.66 0.53 0.37 0.66 0.42 0.37 0.83 1.01 0.41 0.15 0.09 0.74 0.35
C6 0.17 0.07 0.21 0.18 0.07 0.14 0.18 0.23 0.22 0.16 0.02 0.08 0.13 0.16 0.05 0.13 0.22 0.11 0.28 0.01
C8 0.16 0.07 0.13 0.07 0.11 0.12 0.23 0.19 0.26 0.15 0.05 0.13 0.33 0.40 0.09 0.02 0.19 0.11 0.39 0.19
N1 0.14 0.08 0.18 0.25 0.09 0.14 0.18 0.23 0.20 0.14 0.05 0.09 0.06 0.10 0.05 0.10 0.27 0.09 0.23 0.02
N3 0.09 0.04 0.05 0.17 0.12 0.08 0.25 0.21 0.23 0.11 0.02 0.07 0.09 0.05 0.10 0.03 0.19 0.03 0.31 0.11
N6 0.23 0.10 0.28 0.19 0.04 0.17 0.14 0.23 0.21 0.19 0.03 0.13 0.15 0.19 0.05 0.19 0.26 0.16 0.27 0.03
N7 0.18 0.03 0.18 0.02 0.09 0.11 0.21 0.21 0.25 0.16 0.03 0.10 0.31 0.39 0.07 0.10 0.11 0.11 0.35 0.11
N9 0.14 0.09 0.08 0.03 0.11 0.12 0.23 0.19 0.25 0.14 0.05 0.14 0.23 0.26 0.09 0.06 0.22 0.07 0.40 0.22
O2' 0.65 0.36 0.65 0.72 0.23 0.71 0.40 0.67 0.56 0.52 0.24 0.35 0.81 0.68 0.11 0.69 1.16 0.96 1.07 1.07
O3' 0.85 0.83 0.87 0.81 1.01 0.70 1.18 0.86 1.17 0.96 0.87 0.69 0.89 0.67 0.99 0.77 1.48 1.47 1.93 1.79
O4' 0.17 0.10 0.32 0.44 0.18 0.54 0.21 0.64 0.10 0.05 0.11 0.18 0.22 0.54 0.24 0.30 0.09 0.23 0.23 0.01
O5' 0.29 0.55 0.30 0.68 1.17 0.61 1.21 0.48 0.85 0.52 0.85 0.38 0.32 0.93 1.36 0.35 0.54 0.35 1.22 0.75
OP1 0.49 0.84 0.52 0.52 1.61 0.66 1.54 0.38 1.04 0.73 1.23 0.68 0.63 0.97 1.95 0.49 0.35 0.40 1.34 0.79
OP2 0.90 0.58 0.95 1.41 0.98 1.31 1.00 0.94 0.61 0.56 0.66 0.74 1.02 1.84 1.25 1.08 0.77 0.34 1.37 0.73
P 0.24 0.38 0.35 0.75 1.26 0.79 1.25 0.52 0.75 0.31 0.82 0.09 0.43 1.17 1.57 0.48 0.35 0.34 1.23 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.16 0.02 0.00 0.12 0.07 0.58 0.18
C2 0.02 0.00 0.11 0.23 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.09 0.01 0.06 0.27 0.10 0.43 0.14
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.04 0.11 0.22 0.13 0.03 0.08 0.18 0.00 0.03 0.03 0.02 0.33 0.26 0.66 0.34
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.36 0.01 0.37 0.06 0.32 0.22 0.31 0.16 0.02 0.01 0.38 0.02 0.26 0.30 0.20 0.14
C4 0.01 0.01 0.04 0.36 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.33 0.01 0.03 0.44 0.17 0.21 0.18
C4' 0.00 0.05 0.04 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.15 0.08 0.10 0.03 0.32 0.03 0.14 0.00 0.01 0.17 0.40 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.37 0.00 0.17 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.02 0.25 0.38 0.01 0.06 0.47 0.18 0.24 0.19
C5' 0.12 0.11 0.22 0.06 0.16 0.01 0.18 0.00 0.15 0.11 0.12 0.13 0.10 0.17 0.17 0.01 0.01 0.22 0.42 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.32 0.00 0.15 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.29 0.01 0.07 0.39 0.14 0.43 0.16
N1 0.00 0.01 0.03 0.22 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.13 0.01 0.01 0.26 0.10 0.50 0.16
N3 0.01 0.01 0.08 0.31 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.02 0.30 0.22 0.01 0.05 0.36 0.14 0.31 0.15
O2 0.05 0.01 0.18 0.16 0.02 0.03 0.02 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.33 0.09 0.02 0.11 0.18 0.08 0.48 0.16
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.30 0.32 0.25 0.10 0.20 0.16 0.30 0.33 0.00 0.02 0.33 0.22 0.36 0.31 0.59 0.24
O3' 0.16 0.09 0.03 0.01 0.33 0.03 0.38 0.17 0.29 0.13 0.22 0.09 0.02 0.00 0.37 0.13 0.28 0.55 0.17 0.32
O4 0.02 0.01 0.03 0.38 0.01 0.14 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.37 0.00 0.03 0.46 0.19 0.13 0.21
O4' 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.11 0.22 0.13 0.03 0.00 0.11 0.10 0.55 0.19
O5' 0.12 0.27 0.33 0.26 0.44 0.01 0.47 0.01 0.39 0.26 0.36 0.18 0.36 0.28 0.46 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00
OP1 0.07 0.10 0.26 0.30 0.17 0.17 0.18 0.22 0.14 0.10 0.14 0.08 0.31 0.55 0.19 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.58 0.43 0.66 0.20 0.21 0.40 0.24 0.42 0.43 0.50 0.31 0.48 0.59 0.17 0.13 0.55 0.04 0.00 0.00 0.01
P 0.18 0.14 0.34 0.14 0.18 0.06 0.19 0.02 0.16 0.16 0.15 0.16 0.24 0.32 0.21 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00