ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51720

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.011, 0.037, 0.064, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.037 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.012, 0.043, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.043 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.010, 0.048, 0.086, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.048 std_dev=0.038
C4 A 0, 0.016, 0.054, 0.093, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.054 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.018, 0.061, 0.105, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.061 std_dev=0.043
N9 A 0, 0.018, 0.063, 0.107, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.063 std_dev=0.044
N7 A 0, 0.024, 0.083, 0.141, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.083 std_dev=0.058
C8 A 0, 0.033, 0.111, 0.190, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.111 std_dev=0.079
C6 B 0, 0.109, 0.393, 0.676, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.393 std_dev=0.284
C5 B 0, 0.105, 0.394, 0.684, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.394 std_dev=0.290
N1 B 0, 0.122, 0.425, 0.728, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.425 std_dev=0.303
C4 B 0, 0.087, 0.400, 0.714, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.400 std_dev=0.313
N3 B 0, 0.104, 0.425, 0.745, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.425 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.131, 0.459, 0.788, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.459 std_dev=0.328
O4 B 0, 0.104, 0.447, 0.790, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.447 std_dev=0.343
C1' B 0, 0.147, 0.511, 0.875, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.511 std_dev=0.364
O2 B 0, 0.159, 0.544, 0.929, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.544 std_dev=0.385
O4' B 0, 0.178, 0.625, 1.073, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.625 std_dev=0.447
C2' B 0, 0.196, 0.751, 1.306, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.751 std_dev=0.555
C4' B 0, 0.309, 1.086, 1.864, 1.777 max_d=1.777 avg_d=1.086 std_dev=0.778
C3' B 0, 0.336, 1.201, 2.065, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.201 std_dev=0.865
C5' B 0, 0.392, 1.340, 2.289, 2.054 max_d=2.054 avg_d=1.340 std_dev=0.948
O5' B 0, 0.393, 1.360, 2.327, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.360 std_dev=0.967
O4' A 0, -0.204, 0.782, 1.769, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.782 std_dev=0.986
O2' B 0, 0.308, 1.375, 2.443, 2.602 max_d=2.602 avg_d=1.375 std_dev=1.068
OP2 B 0, 0.436, 1.508, 2.580, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.508 std_dev=1.072
P B 0, 0.406, 1.567, 2.728, 2.774 max_d=2.774 avg_d=1.567 std_dev=1.161
C2' A 0, -0.237, 0.929, 2.094, 2.572 max_d=2.572 avg_d=0.929 std_dev=1.165
OP1 B 0, 0.478, 1.867, 3.256, 3.330 max_d=3.330 avg_d=1.867 std_dev=1.389
C4' A 0, -0.257, 1.133, 2.523, 3.090 max_d=3.090 avg_d=1.133 std_dev=1.390
O2' A 0, -0.161, 1.277, 2.716, 3.287 max_d=3.287 avg_d=1.277 std_dev=1.439
O3' B 0, 0.508, 2.012, 3.517, 3.617 max_d=3.617 avg_d=2.012 std_dev=1.505
C3' A 0, -0.408, 1.329, 3.066, 3.783 max_d=3.783 avg_d=1.329 std_dev=1.737
O3' A 0, -0.507, 1.874, 4.254, 5.232 max_d=5.232 avg_d=1.874 std_dev=2.380
C5' A 0, -0.529, 2.036, 4.601, 5.654 max_d=5.654 avg_d=2.036 std_dev=2.565
O5' A 0, -0.770, 2.579, 5.929, 7.310 max_d=7.310 avg_d=2.579 std_dev=3.350
P A 0, -1.075, 3.669, 8.413, 10.368 max_d=10.368 avg_d=3.669 std_dev=4.744
OP2 A 0, -0.840, 4.201, 9.243, 11.291 max_d=11.291 avg_d=4.201 std_dev=5.042
OP1 A 0, -0.699, 4.476, 9.651, 11.729 max_d=11.729 avg_d=4.476 std_dev=5.175

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.38 0.20 0.20
C2 0.04 0.00 0.20 0.35 0.01 0.64 0.01 1.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.52 0.26 0.58 0.90 1.12 1.24 1.30
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.13 0.15 0.20 0.06 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.66 0.29 0.36
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.17 0.00 0.09 0.01 0.17 0.19 0.28 0.33 0.12 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01 0.36 0.81 0.21 0.43
C4 0.03 0.01 0.10 0.17 0.00 0.29 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.13 0.30 0.05 0.13 0.15 0.20
C4' 0.00 0.64 0.01 0.00 0.29 0.00 0.11 0.00 0.25 0.35 0.48 0.62 0.16 0.22 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.30 0.19 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.09 0.10 0.43 0.51 0.53 0.35
C5' 0.02 1.10 0.01 0.01 0.44 0.00 0.15 0.00 0.41 0.61 0.83 1.01 0.24 0.42 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.31 0.41 0.00
C6 0.03 0.00 0.09 0.17 0.01 0.25 0.00 0.41 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.15 0.22 0.13 0.20 0.22 0.11
C8 0.01 0.03 0.13 0.19 0.01 0.35 0.02 0.61 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.24 0.11 0.32 1.31 1.47 1.51 1.36
N1 0.04 0.00 0.15 0.28 0.00 0.48 0.01 0.83 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.42 0.23 0.42 0.49 0.68 0.74 0.82
N3 0.05 0.00 0.20 0.33 0.00 0.62 0.00 1.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.50 0.23 0.61 0.83 0.93 1.06 1.13
N6 0.02 0.00 0.06 0.12 0.01 0.16 0.00 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.17 0.13 0.13 0.39 0.45 0.54 0.30
N7 0.00 0.02 0.08 0.10 0.00 0.22 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.14 0.05 0.20 1.16 1.35 1.48 1.24
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.51 0.61 0.52 0.45
O2' 0.01 0.52 0.00 0.02 0.25 0.04 0.13 0.04 0.24 0.24 0.42 0.50 0.17 0.14 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.39 0.09 0.12
O3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.13 0.02 0.09 0.01 0.15 0.11 0.23 0.23 0.13 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.23 0.84 0.13 0.37
O4' 0.00 0.58 0.00 0.01 0.30 0.00 0.10 0.01 0.22 0.32 0.42 0.61 0.13 0.20 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.14 0.08 0.03
O5' 0.24 0.90 0.31 0.36 0.05 0.01 0.43 0.00 0.13 1.31 0.49 0.83 0.39 1.16 0.51 0.05 0.23 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.38 1.12 0.66 0.81 0.13 0.30 0.51 0.31 0.20 1.47 0.68 0.93 0.45 1.35 0.61 0.39 0.84 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 1.24 0.29 0.21 0.15 0.19 0.53 0.41 0.22 1.51 0.74 1.06 0.54 1.48 0.52 0.09 0.13 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.20 1.30 0.36 0.43 0.20 0.03 0.35 0.00 0.11 1.36 0.82 1.13 0.30 1.24 0.45 0.12 0.37 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.21 0.20 0.32 0.30 0.38 0.31 0.48 0.24 0.18 0.24 0.22 0.44 0.46 0.33 0.23 0.17 0.32 0.58 0.30
C2 0.02 0.15 0.02 0.10 0.31 0.24 0.29 0.34 0.21 0.12 0.24 0.13 0.05 0.38 0.33 0.22 0.36 0.59 0.14 0.30
C2' 0.56 0.26 0.58 0.51 0.02 0.50 0.08 0.48 0.25 0.34 0.12 0.32 0.97 0.40 0.13 0.53 1.27 0.89 1.56 1.37
C3' 0.96 0.84 0.90 0.83 0.84 0.81 0.95 0.93 1.02 0.95 0.82 0.78 1.17 0.63 0.79 0.95 1.70 1.17 2.24 1.91
C4 0.09 0.18 0.09 0.25 0.25 0.37 0.26 0.43 0.20 0.13 0.21 0.20 0.30 0.50 0.27 0.27 0.21 0.46 0.33 0.19
C4' 0.48 0.64 0.27 0.10 0.82 0.09 0.84 0.05 0.76 0.64 0.73 0.56 0.61 0.27 0.85 0.38 0.60 0.23 1.37 0.87
C5 0.04 0.14 0.06 0.31 0.20 0.42 0.21 0.43 0.17 0.09 0.17 0.19 0.34 0.67 0.22 0.33 0.29 0.46 0.31 0.26
C5' 0.64 1.11 0.32 0.05 1.62 0.07 1.66 0.17 1.39 1.07 1.38 0.89 0.60 0.37 1.74 0.48 0.50 0.31 1.54 0.84
C6 0.06 0.10 0.10 0.28 0.19 0.38 0.20 0.37 0.17 0.10 0.16 0.13 0.22 0.68 0.21 0.34 0.37 0.51 0.25 0.31
C8 0.15 0.17 0.17 0.40 0.19 0.47 0.20 0.52 0.16 0.13 0.17 0.23 0.57 0.67 0.21 0.27 0.28 0.38 0.46 0.36
N1 0.07 0.12 0.10 0.16 0.24 0.29 0.23 0.32 0.19 0.12 0.20 0.10 0.12 0.52 0.26 0.28 0.40 0.57 0.17 0.34
N3 0.07 0.18 0.07 0.17 0.30 0.29 0.31 0.40 0.23 0.14 0.24 0.17 0.16 0.37 0.33 0.21 0.25 0.55 0.24 0.20
N6 0.11 0.05 0.18 0.35 0.14 0.42 0.16 0.37 0.15 0.10 0.11 0.08 0.28 0.82 0.15 0.36 0.42 0.51 0.28 0.35
N7 0.08 0.15 0.11 0.41 0.17 0.50 0.18 0.50 0.15 0.09 0.16 0.22 0.52 0.79 0.19 0.32 0.30 0.42 0.38 0.33
N9 0.15 0.18 0.16 0.31 0.23 0.40 0.25 0.47 0.19 0.14 0.20 0.22 0.45 0.52 0.26 0.25 0.18 0.37 0.47 0.26
O2' 0.30 0.24 0.33 0.34 0.53 0.34 0.44 0.31 0.20 0.13 0.40 0.24 0.77 0.34 0.67 0.31 1.07 0.86 1.37 1.21
O3' 1.16 0.98 1.19 1.22 0.95 1.19 1.08 1.43 1.18 1.11 0.93 0.91 1.45 1.12 0.88 1.17 2.29 2.00 2.99 2.74
O4' 0.16 0.21 0.35 0.58 0.29 0.68 0.24 0.80 0.13 0.14 0.27 0.22 0.46 0.80 0.34 0.29 0.22 0.77 0.44 0.15
O5' 0.13 0.65 0.45 0.74 1.45 0.84 1.48 0.67 1.02 0.57 1.07 0.36 0.74 1.21 1.70 0.26 0.10 0.51 1.20 0.50
OP1 0.23 1.06 0.37 0.60 2.19 0.72 2.14 0.45 1.47 0.93 1.66 0.68 0.82 1.21 2.62 0.16 0.12 0.34 1.44 0.57
OP2 0.47 1.44 0.12 0.44 2.75 0.52 2.83 0.49 2.09 1.37 2.10 0.92 0.42 1.02 3.13 0.25 0.51 0.46 1.87 1.02
P 0.24 1.15 0.29 0.61 2.28 0.73 2.26 0.52 1.60 1.02 1.74 0.74 0.75 1.24 2.65 0.08 0.08 0.48 1.35 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.02 0.00 0.47 0.52 0.26 0.41
C2 0.01 0.00 0.13 0.23 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.10 0.01 0.05 0.59 0.68 0.35 0.60
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.17 0.03 0.04 0.12 0.18 0.00 0.03 0.07 0.02 0.69 0.69 0.63 0.68
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.39 0.00 0.40 0.01 0.34 0.23 0.32 0.14 0.02 0.01 0.41 0.01 0.38 0.42 0.17 0.32
C4 0.01 0.01 0.07 0.39 0.00 0.18 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.29 0.28 0.00 0.02 0.67 0.86 0.35 0.75
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.18 0.00 0.21 0.01 0.20 0.11 0.12 0.00 0.27 0.03 0.19 0.00 0.01 0.23 0.24 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.40 0.00 0.21 0.00 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.33 0.01 0.04 0.66 0.87 0.28 0.74
C5' 0.10 0.18 0.17 0.01 0.30 0.01 0.33 0.00 0.29 0.18 0.24 0.13 0.09 0.18 0.33 0.03 0.01 0.35 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.34 0.00 0.20 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.26 0.01 0.06 0.63 0.78 0.22 0.65
N1 0.01 0.01 0.04 0.23 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.06 0.01 0.01 0.58 0.67 0.27 0.56
N3 0.01 0.00 0.12 0.32 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.32 0.17 0.01 0.04 0.64 0.77 0.36 0.68
O2 0.02 0.01 0.18 0.14 0.01 0.00 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.23 0.01 0.09 0.56 0.61 0.38 0.55
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.29 0.27 0.23 0.09 0.17 0.18 0.32 0.30 0.00 0.03 0.32 0.19 0.31 0.27 0.49 0.36
O3' 0.18 0.10 0.03 0.01 0.28 0.03 0.33 0.18 0.26 0.06 0.17 0.23 0.03 0.00 0.32 0.14 0.31 0.27 0.35 0.31
O4 0.02 0.01 0.07 0.41 0.00 0.19 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.32 0.00 0.03 0.68 0.90 0.39 0.79
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.01 0.04 0.09 0.19 0.14 0.03 0.00 0.17 0.29 0.31 0.14
O5' 0.47 0.59 0.69 0.38 0.67 0.01 0.66 0.01 0.63 0.58 0.64 0.56 0.31 0.31 0.68 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.52 0.68 0.69 0.42 0.86 0.23 0.87 0.35 0.78 0.67 0.77 0.61 0.27 0.27 0.90 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.35 0.63 0.17 0.35 0.24 0.28 0.38 0.22 0.27 0.36 0.38 0.49 0.35 0.39 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.41 0.60 0.68 0.32 0.75 0.02 0.74 0.01 0.65 0.56 0.68 0.55 0.36 0.31 0.79 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00