ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51721

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 B 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C6 B 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
N1 B 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C2 B 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C5 B 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C4 B 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
P A 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
OP2 A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C2' A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
O5' A 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
O2 B 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O3' B 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
O3' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O4 B 0, 0.000, 0.108, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C3' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C1' B 0, 0.000, 0.119, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C5' B 0, 0.000, 0.121, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.121 std_dev=0.121
OP1 B 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C3' B 0, 0.000, 0.125, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C4' B 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
OP2 B 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
P B 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O4' A 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O4' B 0, 0.000, 0.143, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O5' B 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C2' B 0, 0.000, 0.160, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O2' A 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
OP1 A 0, 0.000, 0.239, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C5' A 0, 0.000, 0.242, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.242 std_dev=0.242
O2' B 0, 0.000, 0.275, 0.550, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.275 std_dev=0.275

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.13 0.01 0.05
C2 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.06 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.03 0.02
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.13 0.00 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03 0.02
C5' 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.17 0.01 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.06 0.03 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.03 0.02
N3 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.02
N6 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.01
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.08 0.03 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01
O3' 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.07 0.00 0.01 0.05 0.08 0.05 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.19 0.09 0.12
O5' 0.07 0.06 0.00 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.01 0.05 0.14 0.00 0.03 0.00 0.00
OP1 0.13 0.08 0.09 0.06 0.08 0.13 0.06 0.17 0.06 0.06 0.07 0.09 0.04 0.05 0.08 0.09 0.08 0.19 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.01 0.03 0.05 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02
C2 0.06 0.04 0.07 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.06 0.02 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06
C2' 0.04 0.02 0.08 0.07 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.08 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.06
C3' 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.10 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05
C4 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04
C4' 0.03 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.10 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.06 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04
C5' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.14 0.05 0.13 0.09 0.11 0.09 0.13 0.08 0.12 0.05 0.18 0.08 0.06 0.05 0.04 0.05
C6 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03
N1 0.06 0.04 0.06 0.06 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.06 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05
N3 0.04 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.05
N6 0.05 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04
N7 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.04 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04
O2' 0.07 0.07 0.13 0.11 0.01 0.10 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.10 0.10 0.13 0.02 0.04 0.11 0.11 0.07 0.10
O3' 0.01 0.01 0.05 0.03 0.07 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04
O4' 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.13 0.05 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.02
O5' 0.05 0.06 0.07 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.08 0.00 0.09 0.02 0.05 0.08 0.09 0.09 0.09
OP1 0.09 0.08 0.11 0.11 0.00 0.11 0.01 0.07 0.04 0.08 0.04 0.11 0.06 0.14 0.04 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10
OP2 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.06 0.06 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
P 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.07 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.04
C4 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04
C4' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.09 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03
O2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.09 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.08 0.07 0.08
O3' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03
O4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.04 0.07 0.05 0.05
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.10 0.07 0.09
O5' 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.06 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.07 0.01 0.07 0.05 0.04 0.04 0.08 0.06 0.07 0.10 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.07 0.01 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.08 0.03 0.05 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00