ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51722

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5' B 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
O4' A 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
C5' A 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
O5' A 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C4' B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
O5' B 0, 0.000, 0.264, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.264 std_dev=0.264
C4' A 0, 0.000, 0.289, 0.578, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.289
O4' B 0, 0.000, 0.314, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C2' A 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316
N1 B 0, 0.000, 0.367, 0.735, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.367 std_dev=0.367
C6 B 0, 0.000, 0.386, 0.772, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.386 std_dev=0.386
C3' B 0, 0.000, 0.399, 0.799, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.399 std_dev=0.399
C3' A 0, 0.000, 0.410, 0.821, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.410 std_dev=0.410
O3' B 0, 0.000, 0.432, 0.865, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.432 std_dev=0.432
P A 0, 0.000, 0.472, 0.944, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.472 std_dev=0.472
C1' B 0, 0.000, 0.487, 0.973, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.487 std_dev=0.487
P B 0, 0.000, 0.561, 1.122, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.561 std_dev=0.561
OP1 B 0, 0.000, 0.575, 1.150, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.575 std_dev=0.575
C2 B 0, 0.000, 0.575, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.575 std_dev=0.575
C5 B 0, 0.000, 0.611, 1.222, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.611 std_dev=0.611
OP2 A 0, 0.000, 0.696, 1.391, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.696 std_dev=0.696
C2' B 0, 0.000, 0.696, 1.392, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.696 std_dev=0.696
OP2 B 0, 0.000, 0.708, 1.416, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.708 std_dev=0.708
O2 B 0, 0.000, 0.738, 1.475, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.738 std_dev=0.738
N3 B 0, 0.000, 0.756, 1.511, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.756 std_dev=0.756
O2' A 0, 0.000, 0.760, 1.520, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.760 std_dev=0.760
C4 B 0, 0.000, 0.802, 1.605, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.802 std_dev=0.802
OP1 A 0, 0.000, 0.821, 1.642, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.821 std_dev=0.821
O3' A 0, 0.000, 0.864, 1.729, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.864 std_dev=0.864
O4 B 0, 0.000, 1.088, 2.176, 2.176 max_d=2.176 avg_d=1.088 std_dev=1.088
O2' B 0, 0.000, 1.261, 2.522, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.261 std_dev=1.261

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.00 0.01 0.39 0.00 0.21
C2 0.00 0.00 0.10 0.05 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.25 0.05 0.04 0.52 0.11 0.27
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.15 0.00 0.11 0.06 0.10 0.02 0.09 0.03 0.00 0.01 0.02 0.08 0.18 0.25 0.01
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.12 0.08 0.04 0.12 0.13 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.22 0.05
C4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.17 0.03 0.03 0.51 0.12 0.28
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.17 0.00 0.00 0.00 0.11 0.16 0.05
C5 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.10 0.01 0.05 0.55 0.19 0.31
C5' 0.05 0.06 0.15 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.14 0.01 0.00 0.02 0.14 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.13 0.02 0.06 0.56 0.20 0.31
C8 0.00 0.00 0.11 0.12 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.01 0.04 0.03 0.51 0.17 0.30
N1 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.20 0.04 0.05 0.55 0.16 0.30
N3 0.00 0.00 0.10 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.26 0.05 0.03 0.49 0.07 0.26
N6 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.10 0.02 0.07 0.57 0.25 0.32
N7 0.00 0.00 0.09 0.13 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.02 0.02 0.05 0.55 0.23 0.32
N9 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.12 0.00 0.02 0.48 0.09 0.27
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.14 0.17 0.22 0.02 0.21 0.23 0.15 0.04 0.25 0.26 0.15 0.00 0.00 0.11 0.14 0.38 0.10 0.17
O3' 0.21 0.25 0.01 0.00 0.17 0.00 0.10 0.14 0.13 0.01 0.20 0.26 0.10 0.02 0.12 0.00 0.00 0.15 0.08 0.07 0.13 0.08
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.11 0.15 0.00 0.04 0.36 0.05 0.23
O5' 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.02 0.14 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.39 0.52 0.18 0.12 0.51 0.11 0.55 0.02 0.56 0.51 0.55 0.49 0.57 0.55 0.48 0.38 0.07 0.36 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.11 0.25 0.22 0.12 0.16 0.19 0.14 0.20 0.17 0.16 0.07 0.25 0.23 0.09 0.10 0.13 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.27 0.01 0.05 0.28 0.05 0.31 0.00 0.31 0.30 0.30 0.26 0.32 0.32 0.27 0.17 0.08 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.23 0.41 0.17 0.29 0.14 0.15 0.11 0.02 0.03 0.32 0.26 0.77 0.16 0.35 0.06 0.07 0.05 0.29 0.15
C2 0.34 0.19 0.29 0.27 0.17 0.17 0.14 0.05 0.04 0.20 0.00 0.29 0.40 0.01 0.28 0.19 0.04 0.01 0.36 0.14
C2' 0.27 0.15 0.42 0.22 0.16 0.26 0.02 0.31 0.15 0.08 0.24 0.25 0.78 0.10 0.23 0.21 0.29 0.32 0.54 0.41
C3' 0.05 0.33 0.12 0.18 0.32 0.14 0.19 0.08 0.11 0.17 0.38 0.40 0.57 0.47 0.36 0.15 0.09 0.06 0.13 0.01
C4 0.33 0.06 0.40 0.24 0.35 0.17 0.22 0.08 0.04 0.07 0.28 0.05 0.63 0.10 0.45 0.15 0.04 0.01 0.35 0.14
C4' 0.10 0.43 0.18 0.12 0.40 0.07 0.25 0.01 0.16 0.24 0.48 0.53 0.62 0.44 0.45 0.16 0.05 0.05 0.15 0.03
C5 0.32 0.04 0.43 0.25 0.42 0.16 0.29 0.07 0.08 0.07 0.32 0.12 0.64 0.12 0.57 0.13 0.03 0.01 0.35 0.13
C5' 0.09 0.48 0.24 0.07 0.47 0.03 0.30 0.04 0.19 0.26 0.55 0.59 0.69 0.40 0.53 0.15 0.03 0.04 0.15 0.04
C6 0.33 0.09 0.39 0.27 0.38 0.17 0.28 0.06 0.06 0.12 0.20 0.28 0.53 0.08 0.57 0.15 0.02 0.03 0.36 0.12
C8 0.25 0.23 0.47 0.20 0.45 0.14 0.28 0.09 0.10 0.03 0.44 0.18 0.80 0.19 0.57 0.07 0.04 0.00 0.32 0.13
N1 0.33 0.20 0.33 0.27 0.26 0.17 0.21 0.05 0.01 0.18 0.04 0.35 0.43 0.04 0.42 0.18 0.03 0.02 0.36 0.13
N3 0.34 0.06 0.32 0.25 0.21 0.17 0.14 0.07 0.03 0.15 0.12 0.14 0.48 0.04 0.30 0.19 0.05 0.02 0.36 0.15
N6 0.31 0.09 0.40 0.27 0.41 0.16 0.31 0.06 0.08 0.11 0.20 0.30 0.53 0.10 0.63 0.14 0.02 0.04 0.35 0.11
N7 0.28 0.15 0.47 0.23 0.48 0.15 0.31 0.08 0.11 0.01 0.42 0.02 0.74 0.17 0.63 0.10 0.03 0.01 0.34 0.12
N9 0.27 0.20 0.44 0.21 0.37 0.15 0.22 0.09 0.06 0.01 0.37 0.16 0.75 0.15 0.46 0.10 0.05 0.02 0.32 0.14
O2' 0.48 0.00 0.64 0.57 0.02 0.60 0.19 0.65 0.34 0.26 0.10 0.10 0.96 0.35 0.11 0.47 0.61 0.60 0.75 0.71
O3' 0.43 0.62 0.30 0.57 0.60 0.55 0.51 0.47 0.46 0.52 0.65 0.66 0.18 0.70 0.63 0.54 0.47 0.42 0.27 0.36
O4' 0.03 0.43 0.29 0.02 0.44 0.00 0.30 0.01 0.20 0.24 0.49 0.50 0.73 0.32 0.49 0.14 0.06 0.09 0.15 0.01
O5' 0.09 0.48 0.31 0.01 0.47 0.04 0.29 0.10 0.19 0.26 0.55 0.61 0.70 0.32 0.54 0.12 0.02 0.03 0.17 0.05
OP1 0.30 0.08 0.62 0.23 0.06 0.26 0.16 0.27 0.23 0.21 0.02 0.02 0.86 0.18 0.00 0.22 0.22 0.16 0.36 0.21
OP2 0.03 0.25 0.31 0.12 0.26 0.11 0.15 0.09 0.09 0.12 0.31 0.32 0.69 0.46 0.31 0.16 0.12 0.14 0.02 0.11
P 0.13 0.16 0.48 0.09 0.19 0.12 0.05 0.15 0.04 0.00 0.24 0.25 0.82 0.30 0.25 0.05 0.09 0.05 0.24 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.28 0.00 0.00 0.13 0.17 0.12 0.09
C2 0.01 0.00 0.10 0.09 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.28 0.01 0.08 0.04 0.02 0.25 0.04
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.16 0.07 0.01 0.08 0.16 0.00 0.05 0.03 0.02 0.34 0.47 0.19 0.39
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.23 0.00 0.27 0.01 0.24 0.13 0.15 0.01 0.01 0.00 0.24 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08
C4 0.00 0.00 0.03 0.23 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.04 0.00 0.00 0.11 0.17 0.41 0.22
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.15 0.05 0.01 0.10 0.17 0.03 0.09 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00
C5 0.01 0.00 0.04 0.27 0.00 0.15 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.08 0.00 0.07 0.16 0.18 0.42 0.24
C5' 0.06 0.05 0.16 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.01 0.12 0.02 0.16 0.08 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.07 0.24 0.00 0.15 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.06 0.00 0.09 0.10 0.05 0.34 0.15
N1 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.15 0.00 0.00 0.03 0.05 0.24 0.03
N3 0.01 0.00 0.08 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.19 0.01 0.05 0.03 0.08 0.33 0.13
O2 0.01 0.00 0.16 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.45 0.01 0.14 0.10 0.07 0.19 0.03
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.23 0.17 0.27 0.02 0.24 0.13 0.14 0.06 0.00 0.08 0.24 0.11 0.26 0.52 0.08 0.35
O3' 0.28 0.28 0.05 0.00 0.04 0.03 0.08 0.16 0.06 0.15 0.19 0.45 0.08 0.00 0.02 0.19 0.17 0.19 0.13 0.15
O4 0.00 0.01 0.03 0.24 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.02 0.00 0.00 0.15 0.24 0.45 0.27
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.00 0.05 0.14 0.11 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00 0.23 0.06
O5' 0.13 0.04 0.34 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.10 0.03 0.03 0.10 0.26 0.17 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.17 0.02 0.47 0.04 0.17 0.01 0.18 0.00 0.05 0.05 0.08 0.07 0.52 0.19 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.25 0.19 0.01 0.41 0.06 0.42 0.03 0.34 0.24 0.33 0.19 0.08 0.13 0.45 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.04 0.39 0.08 0.22 0.00 0.24 0.00 0.15 0.03 0.13 0.03 0.35 0.15 0.27 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00