ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51724

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
O4' A 0, 0.000, 0.229, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.229 std_dev=0.229
C3' A 0, 0.000, 0.242, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.242 std_dev=0.242
O3' A 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C4' A 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
O2' A 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C5' A 0, 0.000, 0.530, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.530 std_dev=0.530
OP1 B 0, 0.000, 0.649, 1.297, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.649 std_dev=0.649
P B 0, 0.000, 0.667, 1.333, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.667 std_dev=0.667
O5' A 0, 0.000, 0.672, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.672 std_dev=0.672
O2' B 0, 0.000, 0.673, 1.346, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.673 std_dev=0.673
OP2 B 0, 0.000, 0.673, 1.347, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.673 std_dev=0.673
O4' B 0, 0.000, 0.686, 1.372, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.686 std_dev=0.686
C2' B 0, 0.000, 0.695, 1.391, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.695 std_dev=0.695
O5' B 0, 0.000, 0.697, 1.393, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.697 std_dev=0.697
C1' B 0, 0.000, 0.708, 1.416, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.708 std_dev=0.708
C6 B 0, 0.000, 0.715, 1.431, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.715 std_dev=0.715
C4' B 0, 0.000, 0.722, 1.445, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.722 std_dev=0.722
C5 B 0, 0.000, 0.726, 1.452, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.726 std_dev=0.726
N1 B 0, 0.000, 0.727, 1.454, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.727 std_dev=0.727
C5' B 0, 0.000, 0.731, 1.463, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.731 std_dev=0.731
C3' B 0, 0.000, 0.737, 1.475, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.737 std_dev=0.737
C4 B 0, 0.000, 0.753, 1.506, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.753 std_dev=0.753
O4 B 0, 0.000, 0.761, 1.522, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.761 std_dev=0.761
C2 B 0, 0.000, 0.778, 1.556, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.778 std_dev=0.778
N3 B 0, 0.000, 0.787, 1.573, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.787 std_dev=0.787
O2 B 0, 0.000, 0.824, 1.648, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.824 std_dev=0.824
O3' B 0, 0.000, 0.844, 1.689, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.844 std_dev=0.844
P A 0, 0.000, 0.915, 1.830, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.915 std_dev=0.915
OP1 A 0, 0.000, 0.979, 1.957, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.979 std_dev=0.979
OP2 A 0, 0.000, 1.216, 2.431, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.216 std_dev=1.216

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.07 0.02
C2 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.10 0.03 0.19 0.02 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.11 0.02 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.14 0.04 0.06
C4 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.11 0.03
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.05 0.07 0.00 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.11 0.04 0.06
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.12 0.03 0.23 0.12
C5' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.12 0.04 0.06 0.03 0.10 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.19 0.08
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.06 0.24 0.14 0.34 0.24
N1 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.11 0.07 0.02
N3 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.10 0.03 0.18 0.02 0.09
N6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.04 0.26 0.13
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.03 0.22 0.15 0.37 0.24
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.12 0.00 0.17 0.10
O2' 0.01 0.11 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.10 0.07 0.11 0.02 0.09 0.02 0.00 0.07 0.03 0.05 0.10 0.03 0.00
O3' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.23 0.13 0.13
O4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.07 0.10 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.03 0.00
O5' 0.07 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.08 0.24 0.01 0.03 0.12 0.22 0.12 0.05 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.07 0.19 0.11 0.14 0.07 0.11 0.03 0.01 0.01 0.14 0.11 0.18 0.04 0.15 0.00 0.10 0.23 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.02 0.02 0.04 0.11 0.04 0.23 0.00 0.19 0.34 0.07 0.02 0.26 0.37 0.17 0.03 0.13 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.02 0.06 0.03 0.06 0.12 0.01 0.08 0.24 0.02 0.09 0.13 0.24 0.10 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.14 0.10 0.02 0.06 0.08 0.08 0.02 0.14 0.05 0.17 0.29 0.20 0.03 0.11 0.11 0.05 0.02 0.09 0.00
C2 0.06 0.39 0.11 0.13 0.29 0.07 0.07 0.10 0.00 0.16 0.43 0.48 0.03 0.13 0.32 0.04 0.08 0.09 0.21 0.12
C2' 0.11 0.11 0.08 0.01 0.03 0.04 0.11 0.03 0.15 0.06 0.13 0.26 0.18 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.15 0.06
C3' 0.05 0.11 0.03 0.05 0.04 0.01 0.06 0.07 0.08 0.01 0.12 0.22 0.10 0.04 0.07 0.02 0.04 0.08 0.16 0.09
C4 0.12 0.22 0.07 0.00 0.11 0.06 0.09 0.00 0.17 0.04 0.25 0.38 0.16 0.01 0.16 0.09 0.02 0.02 0.13 0.04
C4' 0.00 0.12 0.00 0.07 0.07 0.03 0.00 0.08 0.02 0.03 0.13 0.21 0.07 0.04 0.09 0.02 0.05 0.08 0.15 0.09
C5 0.22 0.10 0.17 0.09 0.01 0.13 0.20 0.07 0.27 0.16 0.17 0.26 0.22 0.10 0.09 0.17 0.07 0.01 0.09 0.00
C5' 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.03 0.13 0.04 0.01 0.05 0.11 0.09 0.01 0.02 0.03 0.11 0.17 0.21 0.16
C6 0.16 0.16 0.10 0.05 0.08 0.09 0.18 0.04 0.25 0.10 0.25 0.29 0.15 0.04 0.16 0.12 0.03 0.02 0.12 0.03
C8 0.29 0.06 0.29 0.20 0.09 0.21 0.24 0.14 0.30 0.24 0.01 0.09 0.33 0.22 0.02 0.24 0.14 0.07 0.03 0.06
N1 0.03 0.31 0.03 0.06 0.25 0.01 0.02 0.05 0.09 0.07 0.39 0.40 0.04 0.06 0.30 0.02 0.04 0.07 0.18 0.09
N3 0.02 0.35 0.09 0.12 0.23 0.04 0.03 0.08 0.03 0.12 0.37 0.48 0.01 0.12 0.26 0.01 0.06 0.07 0.19 0.10
N6 0.21 0.04 0.15 0.10 0.04 0.13 0.29 0.08 0.32 0.18 0.14 0.16 0.18 0.10 0.07 0.17 0.06 0.01 0.09 0.00
N7 0.31 0.09 0.29 0.21 0.13 0.22 0.29 0.15 0.35 0.28 0.02 0.06 0.32 0.22 0.05 0.25 0.14 0.07 0.03 0.06
N9 0.19 0.11 0.17 0.08 0.03 0.12 0.14 0.05 0.20 0.11 0.15 0.28 0.25 0.09 0.08 0.15 0.07 0.02 0.09 0.00
O2' 0.14 0.14 0.10 0.02 0.05 0.10 0.12 0.03 0.18 0.07 0.17 0.29 0.21 0.03 0.11 0.13 0.07 0.03 0.10 0.01
O3' 0.01 0.15 0.03 0.10 0.08 0.05 0.01 0.10 0.03 0.04 0.15 0.25 0.02 0.10 0.10 0.02 0.06 0.09 0.17 0.10
O4' 0.04 0.16 0.03 0.02 0.10 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.18 0.28 0.15 0.01 0.13 0.04 0.02 0.01 0.11 0.03
O5' 0.04 0.04 0.07 0.05 0.06 0.07 0.07 0.14 0.07 0.06 0.05 0.01 0.10 0.00 0.05 0.03 0.13 0.20 0.20 0.17
OP1 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.09 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04
OP2 0.07 0.28 0.09 0.03 0.25 0.08 0.16 0.12 0.12 0.16 0.30 0.35 0.02 0.01 0.27 0.02 0.14 0.22 0.05 0.13
P 0.01 0.10 0.03 0.01 0.09 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.11 0.13 0.01 0.00 0.10 0.03 0.06 0.09 0.04 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.07 0.07
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.13 0.14 0.13
C5' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.07 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C6 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.11 0.12 0.13 0.12
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
O2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.05 0.10 0.10 0.11 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02
O3' 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02
O4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.11 0.03 0.01 0.10 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.03 0.02 0.02 0.07 0.01 0.13 0.03 0.12 0.04 0.00 0.10 0.03 0.01 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.13 0.05 0.00 0.11 0.00 0.03 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.12 0.04 0.00 0.10 0.02 0.02 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00