ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51725

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O5' A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
P A 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O3' A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
OP1 A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O2' A 0, 0.000, 0.110, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.110 std_dev=0.110
OP2 A 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
O4' B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C1' B 0, 0.000, 0.251, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.251 std_dev=0.251
OP1 B 0, 0.000, 0.261, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.261 std_dev=0.261
O2 B 0, 0.000, 0.272, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C2 B 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
N1 B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
N3 B 0, 0.000, 0.311, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.311 std_dev=0.311
OP2 B 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C5 B 0, 0.000, 0.326, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.326 std_dev=0.326
C4' B 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
C4 B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
P B 0, 0.000, 0.337, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C2' B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C5' B 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
C3' B 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
O5' B 0, 0.000, 0.374, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.374 std_dev=0.374
O4 B 0, 0.000, 0.375, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.375 std_dev=0.375
O3' B 0, 0.000, 0.395, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.395 std_dev=0.395
O2' B 0, 0.000, 0.457, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.457 std_dev=0.457

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03
N6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.02
N9 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
O2' 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.02 0.07 0.03
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01
O5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00
OP1 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.05 0.02 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.03 0.07 0.08 0.09 0.11 0.06 0.17 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.09 0.11 0.07 0.13 0.01 0.09 0.06
C2 0.11 0.12 0.11 0.10 0.07 0.10 0.07 0.13 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.05 0.10 0.10 0.01 0.10 0.06
C2' 0.05 0.01 0.07 0.07 0.06 0.10 0.04 0.16 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.08 0.09 0.06 0.13 0.01 0.09 0.06
C3' 0.02 0.04 0.04 0.04 0.10 0.07 0.09 0.13 0.05 0.02 0.07 0.03 0.00 0.05 0.13 0.03 0.09 0.01 0.06 0.03
C4 0.07 0.03 0.07 0.07 0.02 0.09 0.01 0.12 0.02 0.06 0.00 0.03 0.04 0.08 0.03 0.08 0.08 0.01 0.08 0.03
C4' 0.01 0.06 0.04 0.05 0.13 0.08 0.12 0.14 0.08 0.05 0.10 0.05 0.00 0.05 0.16 0.03 0.10 0.02 0.06 0.02
C5 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.00
C5' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.16 0.02 0.16 0.07 0.13 0.09 0.13 0.09 0.05 0.00 0.18 0.03 0.00 0.07 0.01 0.04
C6 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.00
C8 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.02 0.09 0.06 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02
N1 0.08 0.08 0.07 0.06 0.04 0.07 0.04 0.10 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.04 0.08 0.06 0.01 0.08 0.03
N3 0.11 0.09 0.11 0.10 0.04 0.11 0.06 0.15 0.09 0.11 0.06 0.08 0.10 0.12 0.01 0.10 0.11 0.01 0.10 0.06
N6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02
N7 0.02 0.04 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.04 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.02 0.06 0.02 0.03
N9 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.08 0.05 0.13 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.07 0.07 0.06 0.08 0.01 0.08 0.03
O2' 0.03 0.01 0.06 0.06 0.06 0.08 0.03 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.09 0.04 0.12 0.02 0.05 0.04
O3' 0.02 0.04 0.05 0.06 0.10 0.08 0.07 0.14 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.06 0.13 0.04 0.12 0.02 0.08 0.06
O4' 0.02 0.07 0.05 0.07 0.15 0.11 0.14 0.18 0.08 0.04 0.11 0.05 0.03 0.08 0.17 0.05 0.12 0.02 0.08 0.03
O5' 0.05 0.10 0.03 0.03 0.15 0.01 0.16 0.03 0.14 0.10 0.12 0.08 0.08 0.01 0.17 0.04 0.04 0.07 0.01 0.06
OP1 0.05 0.06 0.07 0.10 0.11 0.09 0.13 0.11 0.12 0.08 0.07 0.04 0.13 0.09 0.11 0.05 0.14 0.13 0.07 0.13
OP2 0.06 0.10 0.04 0.04 0.16 0.03 0.16 0.02 0.14 0.10 0.12 0.09 0.09 0.02 0.17 0.05 0.06 0.06 0.01 0.06
P 0.08 0.11 0.07 0.08 0.15 0.07 0.16 0.06 0.15 0.11 0.12 0.09 0.13 0.06 0.16 0.07 0.10 0.10 0.03 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.11 0.05 0.07
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00
C4 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.13 0.06 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01
C5 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.12 0.04 0.06
C5' 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.09 0.02 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.03 0.07
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.12 0.06 0.07
O2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.10 0.05 0.07
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02
O4 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.15 0.07 0.08
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04
O5' 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.11 0.00 0.01 0.13 0.02 0.12 0.03 0.09 0.10 0.12 0.10 0.01 0.01 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.05 0.07 0.07 0.07 0.01 0.02 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00