ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51726

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N9 A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O2 B 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
N3 B 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C2 B 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
O4 B 0, 0.000, 0.146, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.146 std_dev=0.146
OP1 A 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C4 B 0, 0.000, 0.159, 0.318, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.159 std_dev=0.159
N1 B 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
C1' B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
C5 B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C6 B 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
P A 0, 0.000, 0.286, 0.572, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.286 std_dev=0.286
C2' B 0, 0.000, 0.313, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.313
O2' B 0, 0.000, 0.324, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.324 std_dev=0.324
O3' B 0, 0.000, 0.333, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O4' B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C3' B 0, 0.000, 0.383, 0.765, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C4' B 0, 0.000, 0.468, 0.935, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.468 std_dev=0.468
OP2 A 0, 0.000, 0.555, 1.109, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.555 std_dev=0.555
O5' B 0, 0.000, 0.593, 1.186, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.593 std_dev=0.593
C5' B 0, 0.000, 0.634, 1.269, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.634 std_dev=0.634
C2' A 0, 0.000, 0.639, 1.278, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.639 std_dev=0.639
P B 0, 0.000, 0.668, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.668 std_dev=0.668
O4' A 0, 0.000, 0.671, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.671 std_dev=0.671
OP2 B 0, 0.000, 0.684, 1.367, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.684 std_dev=0.684
OP1 B 0, 0.000, 0.704, 1.408, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.704 std_dev=0.704
O3' A 0, 0.000, 0.711, 1.421, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.711 std_dev=0.711
C3' A 0, 0.000, 0.841, 1.681, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.841 std_dev=0.841
C4' A 0, 0.000, 0.879, 1.758, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.879 std_dev=0.879
O2' A 0, 0.000, 0.974, 1.949, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.974 std_dev=0.974
O5' A 0, 0.000, 1.025, 2.051, 2.051 max_d=2.051 avg_d=1.025 std_dev=1.025
C5' A 0, 0.000, 1.420, 2.840, 2.840 max_d=2.840 avg_d=1.420 std_dev=1.420

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.33 0.02 0.33 0.08
C2 0.05 0.00 0.01 0.18 0.00 0.29 0.01 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.09 0.32 0.37 0.06 0.23 0.15
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.56 0.49 0.80 0.49
C3' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.14 0.17 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.54 0.66 0.41
C4 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02 0.16 0.53 0.05 0.31 0.17
C4' 0.00 0.29 0.01 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.07 0.20 0.20 0.29 0.02 0.15 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.11 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.62 0.04 0.25 0.19
C5' 0.07 0.34 0.08 0.01 0.01 0.00 0.14 0.00 0.02 0.39 0.19 0.31 0.11 0.34 0.17 0.06 0.04 0.01 0.00 0.34 0.13 0.01
C6 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.13 0.58 0.04 0.20 0.19
C8 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.20 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.05 0.18 0.62 0.02 0.29 0.16
N1 0.04 0.00 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.07 0.24 0.47 0.05 0.19 0.17
N3 0.05 0.00 0.02 0.17 0.00 0.29 0.01 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 0.32 0.37 0.06 0.31 0.14
N6 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.62 0.04 0.16 0.20
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.15 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 0.10 0.67 0.02 0.25 0.18
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.52 0.03 0.32 0.14
O2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.08 0.00 0.02 0.06 0.03 0.17 0.14 0.25 0.02 0.14 0.03 0.00 0.00 0.01 0.55 0.52 0.98 0.56
O3' 0.04 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.07 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.08 0.14 0.44 0.63 0.31
O4' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.16 0.00 0.06 0.01 0.13 0.18 0.24 0.32 0.08 0.10 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.24 0.10 0.29
O5' 0.33 0.37 0.56 0.34 0.53 0.00 0.62 0.00 0.58 0.62 0.47 0.37 0.62 0.67 0.52 0.55 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.06 0.49 0.54 0.05 0.15 0.04 0.34 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.03 0.52 0.44 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.33 0.23 0.80 0.66 0.31 0.11 0.25 0.13 0.20 0.29 0.19 0.31 0.16 0.25 0.32 0.98 0.63 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.15 0.49 0.41 0.17 0.02 0.19 0.01 0.19 0.16 0.17 0.14 0.20 0.18 0.14 0.56 0.31 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.03 0.18 0.24 0.03 0.30 0.10 0.37 0.14 0.10 0.01 0.00 0.09 0.21 0.01 0.25 0.25 0.17 0.25 0.23
C2 0.09 0.05 0.07 0.11 0.11 0.13 0.14 0.13 0.14 0.10 0.06 0.01 0.03 0.15 0.09 0.13 0.01 0.08 0.02 0.03
C2' 0.24 0.21 0.22 0.20 0.15 0.17 0.15 0.11 0.18 0.22 0.18 0.22 0.25 0.19 0.12 0.20 0.24 0.26 0.18 0.21
C3' 0.22 0.29 0.19 0.12 0.37 0.08 0.36 0.06 0.32 0.28 0.33 0.24 0.22 0.07 0.38 0.16 0.24 0.31 0.28 0.28
C4 0.13 0.07 0.11 0.17 0.09 0.21 0.14 0.23 0.16 0.13 0.06 0.01 0.03 0.19 0.07 0.21 0.11 0.04 0.13 0.09
C4' 0.00 0.18 0.05 0.18 0.34 0.23 0.29 0.25 0.19 0.13 0.29 0.13 0.01 0.25 0.40 0.10 0.04 0.04 0.05 0.04
C5 0.11 0.07 0.07 0.15 0.09 0.19 0.11 0.19 0.12 0.10 0.06 0.02 0.02 0.19 0.07 0.18 0.08 0.03 0.10 0.06
C5' 0.03 0.19 0.06 0.22 0.46 0.25 0.41 0.22 0.26 0.15 0.35 0.09 0.02 0.35 0.56 0.12 0.04 0.17 0.20 0.17
C6 0.08 0.05 0.03 0.10 0.08 0.14 0.10 0.13 0.09 0.08 0.06 0.00 0.04 0.17 0.07 0.14 0.01 0.04 0.03 0.01
C8 0.13 0.07 0.12 0.22 0.08 0.28 0.11 0.30 0.13 0.11 0.06 0.04 0.01 0.23 0.06 0.23 0.20 0.14 0.21 0.18
N1 0.07 0.04 0.03 0.09 0.09 0.12 0.11 0.10 0.10 0.08 0.06 0.02 0.01 0.15 0.08 0.12 0.03 0.09 0.01 0.05
N3 0.12 0.07 0.11 0.15 0.11 0.17 0.17 0.18 0.17 0.13 0.06 0.00 0.06 0.17 0.08 0.17 0.06 0.02 0.09 0.04
N6 0.05 0.04 0.01 0.08 0.06 0.12 0.07 0.11 0.06 0.05 0.05 0.00 0.09 0.15 0.06 0.11 0.01 0.05 0.00 0.03
N7 0.11 0.07 0.08 0.17 0.08 0.23 0.10 0.23 0.11 0.10 0.06 0.04 0.03 0.21 0.06 0.19 0.14 0.09 0.15 0.12
N9 0.15 0.07 0.15 0.22 0.08 0.28 0.14 0.31 0.17 0.14 0.06 0.03 0.06 0.21 0.06 0.26 0.20 0.13 0.21 0.18
O2' 0.34 0.11 0.32 0.43 0.12 0.46 0.12 0.36 0.02 0.16 0.01 0.18 0.33 0.47 0.19 0.41 0.35 0.34 0.14 0.23
O3' 0.15 0.19 0.11 0.08 0.24 0.06 0.23 0.02 0.20 0.19 0.22 0.17 0.14 0.07 0.25 0.12 0.15 0.23 0.16 0.17
O4' 0.18 0.06 0.25 0.41 0.19 0.47 0.10 0.52 0.02 0.03 0.17 0.04 0.16 0.44 0.26 0.32 0.33 0.26 0.26 0.26
O5' 0.54 0.47 0.55 0.60 0.32 0.60 0.33 0.55 0.41 0.47 0.39 0.51 0.52 0.67 0.24 0.56 0.38 0.16 0.28 0.26
OP1 0.19 0.12 0.19 0.26 0.18 0.32 0.25 0.40 0.26 0.19 0.12 0.06 0.09 0.24 0.17 0.29 0.26 0.22 0.29 0.27
OP2 0.49 0.36 0.50 0.56 0.40 0.62 0.52 0.69 0.55 0.47 0.33 0.28 0.40 0.54 0.34 0.59 0.54 0.48 0.56 0.53
P 0.28 0.21 0.28 0.34 0.22 0.38 0.28 0.41 0.30 0.27 0.20 0.18 0.20 0.35 0.19 0.35 0.26 0.17 0.26 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04
C2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.02 0.12 0.16 0.07 0.13
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.11 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.03 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.22 0.28 0.20 0.25
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.02 0.24 0.30 0.21 0.27
C5' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.21 0.23 0.13 0.20
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00 0.13 0.16 0.06 0.12
N3 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.01 0.17 0.22 0.14 0.19
O2 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.01 0.05 0.06 0.10 0.02 0.07
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.07 0.17 0.10
O3' 0.05 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.14 0.02 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.05
O4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.23 0.31 0.23 0.28
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.05
O5' 0.05 0.12 0.04 0.06 0.22 0.01 0.24 0.00 0.21 0.13 0.17 0.06 0.07 0.06 0.23 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.08 0.16 0.03 0.03 0.28 0.04 0.30 0.03 0.23 0.16 0.22 0.10 0.07 0.02 0.31 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.07 0.11 0.08 0.20 0.01 0.21 0.02 0.13 0.06 0.14 0.02 0.17 0.07 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.13 0.07 0.06 0.25 0.01 0.27 0.01 0.20 0.12 0.19 0.07 0.10 0.05 0.28 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00