ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51736

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 3, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 3, 1, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.021, 0.028, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.028 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.017, 0.024, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.019, 0.028, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.025, 0.036, 0.047, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.027, 0.038, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.038 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.024, 0.036, 0.048, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.036 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.033, 0.045, 0.058, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.045 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.027, 0.040, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.040 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.024, 0.043, 0.062, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.043 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.028, 0.052, 0.077, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.052 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.090, 0.124, 0.158, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.124 std_dev=0.034
C2 B 0, 0.194, 0.363, 0.533, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.363 std_dev=0.169
N2 B 0, 0.212, 0.398, 0.584, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.398 std_dev=0.186
N3 B 0, 0.219, 0.483, 0.747, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.483 std_dev=0.264
N1 B 0, 0.287, 0.560, 0.834, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.560 std_dev=0.274
C6 B 0, 0.330, 0.755, 1.181, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.755 std_dev=0.426
C4 B 0, 0.217, 0.650, 1.083, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.650 std_dev=0.433
C5 B 0, 0.291, 0.779, 1.267, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.779 std_dev=0.488
O6 B 0, 0.426, 0.986, 1.546, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.986 std_dev=0.560
N9 B 0, 0.233, 0.886, 1.538, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.886 std_dev=0.653
N7 B 0, 0.358, 1.052, 1.745, 2.359 max_d=2.359 avg_d=1.052 std_dev=0.693
C8 B 0, 0.309, 1.080, 1.851, 2.384 max_d=2.384 avg_d=1.080 std_dev=0.771
C1' B 0, 0.215, 1.010, 1.806, 2.171 max_d=2.171 avg_d=1.010 std_dev=0.795
O4' B 0, 0.069, 1.300, 2.530, 3.467 max_d=3.467 avg_d=1.300 std_dev=1.231
O4' A 0, -0.065, 1.194, 2.454, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.194 std_dev=1.260
C2' A 0, -0.078, 1.214, 2.506, 2.933 max_d=2.933 avg_d=1.214 std_dev=1.292
C2' B 0, 0.265, 1.924, 3.584, 4.444 max_d=4.444 avg_d=1.924 std_dev=1.659
O3' B 0, 0.333, 2.010, 3.687, 4.817 max_d=4.817 avg_d=2.010 std_dev=1.677
C3' B 0, 0.253, 1.941, 3.630, 4.701 max_d=4.701 avg_d=1.941 std_dev=1.689
C4' B 0, 0.097, 1.830, 3.564, 4.507 max_d=4.507 avg_d=1.830 std_dev=1.733
C3' A 0, -0.076, 1.698, 3.473, 3.890 max_d=3.890 avg_d=1.698 std_dev=1.774
O3' A 0, 0.000, 1.790, 3.580, 4.093 max_d=4.093 avg_d=1.790 std_dev=1.790
C4' A 0, -0.088, 1.726, 3.540, 3.947 max_d=3.947 avg_d=1.726 std_dev=1.814
O2' A 0, -0.098, 1.757, 3.612, 4.634 max_d=4.634 avg_d=1.757 std_dev=1.855
O2' B 0, 0.390, 2.468, 4.547, 5.676 max_d=5.676 avg_d=2.468 std_dev=2.079
O5' B 0, 0.005, 2.499, 4.993, 8.698 max_d=8.698 avg_d=2.499 std_dev=2.494
C5' B 0, 0.021, 2.538, 5.054, 7.459 max_d=7.459 avg_d=2.538 std_dev=2.516
P B 0, -0.102, 2.968, 6.037, 11.780 max_d=11.780 avg_d=2.968 std_dev=3.069
C5' A 0, -0.171, 2.959, 6.089, 6.676 max_d=6.676 avg_d=2.959 std_dev=3.130
OP2 B 0, -0.109, 3.024, 6.157, 12.744 max_d=12.744 avg_d=3.024 std_dev=3.133
OP1 B 0, -0.103, 3.270, 6.642, 12.603 max_d=12.603 avg_d=3.270 std_dev=3.373
O5' A 0, -0.141, 3.427, 6.995, 7.821 max_d=7.821 avg_d=3.427 std_dev=3.568
OP2 A 0, -0.187, 4.339, 8.865, 10.856 max_d=10.856 avg_d=4.339 std_dev=4.526
P A 0, -0.320, 4.563, 9.446, 10.503 max_d=10.503 avg_d=4.563 std_dev=4.883
OP1 A 0, -0.337, 5.440, 11.217, 12.421 max_d=12.421 avg_d=5.440 std_dev=5.777

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.34 0.00 0.29 0.45 0.15 0.20
C2 0.02 0.00 0.31 0.46 0.01 0.80 0.01 1.40 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.38 0.57 1.80 2.56 2.21 2.14
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.02 0.07 0.21 0.13 0.16 0.23 0.32 0.09 0.10 0.02 0.00 0.05 0.02 0.20 0.44 0.23 0.18
C3' 0.02 0.46 0.00 0.00 0.14 0.00 0.29 0.02 0.21 0.68 0.26 0.48 0.31 0.61 0.28 0.01 0.02 0.01 0.40 0.29 0.67 0.42
C4 0.01 0.01 0.16 0.14 0.00 0.28 0.00 0.49 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.19 0.30 0.79 1.09 0.75 0.77
C4' 0.00 0.80 0.02 0.00 0.28 0.00 0.11 0.01 0.22 0.66 0.55 0.78 0.14 0.50 0.17 0.27 0.04 0.00 0.02 0.29 0.23 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.29 0.00 0.11 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.17 0.15 0.39 0.55 0.34 0.27
C5' 0.06 1.40 0.21 0.02 0.49 0.01 0.27 0.00 0.45 1.06 1.00 1.31 0.32 0.85 0.28 0.10 0.17 0.03 0.01 0.45 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.21 0.01 0.22 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.16 0.27 0.75 1.11 0.88 0.79
C8 0.01 0.01 0.16 0.68 0.01 0.66 0.00 1.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.35 0.33 0.29 0.85 0.81 1.16 1.05
N1 0.01 0.00 0.23 0.26 0.01 0.55 0.01 1.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.24 0.45 1.40 2.05 1.78 1.67
N3 0.02 0.00 0.32 0.48 0.00 0.78 0.01 1.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.42 0.57 1.63 2.19 1.78 1.81
N6 0.01 0.01 0.09 0.31 0.01 0.14 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.35 0.22 0.19 0.49 0.74 0.57 0.45
N7 0.01 0.01 0.10 0.61 0.00 0.50 0.00 0.85 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.38 0.34 0.14 0.62 0.58 0.95 0.83
N9 0.00 0.01 0.02 0.28 0.00 0.17 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.15 0.01 0.27 0.32 0.24 0.16
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.21 0.27 0.31 0.10 0.30 0.35 0.22 0.13 0.35 0.38 0.22 0.00 0.06 0.28 0.28 0.25 0.30 0.21
O3' 0.34 0.38 0.05 0.02 0.19 0.04 0.17 0.17 0.16 0.33 0.24 0.42 0.22 0.34 0.15 0.06 0.00 0.25 0.68 0.69 0.92 0.74
O4' 0.00 0.57 0.02 0.01 0.30 0.00 0.15 0.03 0.27 0.29 0.45 0.57 0.19 0.14 0.01 0.28 0.25 0.00 0.41 0.54 0.29 0.32
O5' 0.29 1.80 0.20 0.40 0.79 0.02 0.39 0.01 0.75 0.85 1.40 1.63 0.49 0.62 0.27 0.28 0.68 0.41 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 2.56 0.44 0.29 1.09 0.29 0.55 0.45 1.11 0.81 2.05 2.19 0.74 0.58 0.32 0.25 0.69 0.54 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 2.21 0.23 0.67 0.75 0.23 0.34 0.26 0.88 1.16 1.78 1.78 0.57 0.95 0.24 0.30 0.92 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 2.14 0.18 0.42 0.77 0.04 0.27 0.01 0.79 1.05 1.67 1.81 0.45 0.83 0.16 0.21 0.74 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.10 0.69 0.67 0.12 1.01 0.12 1.36 0.17 0.16 0.17 0.14 0.12 0.14 0.18 1.22 1.02 0.86 1.07 0.23 1.44 0.83 1.11
C2 0.49 0.14 0.56 0.86 0.20 1.34 0.16 1.66 0.27 0.21 0.23 0.18 0.26 0.18 0.31 0.70 1.23 1.22 1.31 0.38 1.32 0.93 1.18
C2' 0.80 0.86 0.63 1.26 0.75 1.69 0.64 1.91 0.62 0.63 0.71 0.99 0.88 0.59 0.72 0.65 1.83 1.52 1.53 0.56 1.83 1.17 1.49
C3' 1.07 0.57 0.92 1.70 0.70 2.19 0.50 2.46 0.36 0.69 0.37 0.60 0.79 0.52 0.83 0.81 2.30 1.88 2.00 0.32 2.43 1.58 2.01
C4 0.34 0.12 0.47 0.65 0.17 1.14 0.14 1.46 0.18 0.19 0.17 0.17 0.20 0.15 0.24 0.85 1.04 1.06 1.12 0.25 1.28 0.76 1.05
C4' 0.98 0.26 0.89 1.62 0.55 2.23 0.40 2.67 0.22 0.68 0.20 0.23 0.53 0.50 0.75 0.93 2.05 1.92 2.25 0.23 2.75 1.91 2.35
C5 0.40 0.16 0.40 0.56 0.26 1.10 0.22 1.42 0.20 0.30 0.16 0.19 0.26 0.25 0.33 0.68 0.91 1.08 1.09 0.27 1.18 0.72 1.00
C5' 1.69 0.45 1.48 2.39 0.97 3.15 0.72 3.64 0.39 1.23 0.36 0.43 0.87 0.91 1.32 1.13 2.80 2.76 3.10 0.38 3.65 2.69 3.23
C6 0.51 0.16 0.46 0.61 0.34 1.14 0.25 1.46 0.20 0.40 0.18 0.18 0.31 0.31 0.44 0.61 0.92 1.13 1.16 0.32 1.11 0.81 1.03
C8 0.29 0.16 0.51 0.52 0.20 1.00 0.20 1.35 0.22 0.23 0.19 0.20 0.20 0.22 0.23 0.90 0.85 0.97 1.04 0.28 1.31 0.71 1.02
N1 0.58 0.13 0.61 0.78 0.31 1.27 0.17 1.58 0.26 0.35 0.22 0.16 0.31 0.22 0.45 0.66 1.08 1.21 1.30 0.41 1.22 0.95 1.16
N3 0.36 0.13 0.50 0.79 0.14 1.25 0.15 1.56 0.23 0.17 0.20 0.20 0.20 0.16 0.22 0.87 1.21 1.10 1.20 0.30 1.33 0.84 1.11
N6 0.57 0.19 0.51 0.55 0.40 1.07 0.36 1.38 0.23 0.54 0.20 0.21 0.32 0.46 0.52 0.63 0.80 1.09 1.12 0.34 1.01 0.83 1.00
N7 0.35 0.19 0.40 0.47 0.26 1.01 0.26 1.35 0.25 0.32 0.19 0.23 0.25 0.30 0.31 0.72 0.80 1.02 1.03 0.30 1.19 0.66 0.96
N9 0.28 0.12 0.56 0.61 0.14 1.05 0.13 1.39 0.18 0.16 0.17 0.16 0.16 0.15 0.19 1.00 0.97 0.96 1.07 0.24 1.35 0.76 1.06
O2' 0.58 1.16 0.46 0.96 0.81 1.24 0.81 1.40 0.94 0.59 1.11 1.42 0.97 0.67 0.65 0.71 1.54 1.14 1.15 0.94 1.41 0.91 1.10
O3' 0.99 0.73 0.96 1.69 0.73 2.06 0.56 2.33 0.48 0.66 0.55 0.83 0.85 0.53 0.79 0.95 2.29 1.73 1.93 0.41 2.38 1.54 1.95
O4' 0.52 0.30 0.77 0.99 0.31 1.50 0.23 1.98 0.20 0.37 0.27 0.43 0.33 0.28 0.40 1.24 1.28 1.30 1.67 0.22 2.11 1.43 1.79
O5' 2.11 0.77 1.98 2.88 1.35 3.66 1.09 4.29 0.64 1.69 0.53 0.70 1.22 1.33 1.75 1.55 3.20 3.21 3.78 0.43 4.33 3.41 3.95
OP1 3.56 1.29 3.55 4.67 2.30 5.46 1.90 6.16 1.15 2.86 0.88 0.94 2.06 2.29 2.96 2.98 5.00 4.73 5.51 0.78 6.27 5.05 5.74
OP2 2.74 0.75 2.67 3.57 1.68 4.44 1.37 5.26 0.71 2.27 0.50 0.64 1.39 1.77 2.28 2.13 3.74 3.92 4.74 0.48 5.22 4.35 4.94
P 2.69 0.76 2.61 3.61 1.61 4.47 1.28 5.23 0.63 2.14 0.47 0.67 1.38 1.64 2.19 2.07 3.87 3.88 4.65 0.36 5.30 4.26 4.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.37 0.01 0.13 0.02 0.28 0.17 0.14
C2 0.02 0.00 0.52 0.28 0.01 0.33 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.53 0.26 0.52 0.39 0.01 0.70 0.52 0.48
C2' 0.00 0.52 0.00 0.00 0.28 0.01 0.15 0.20 0.25 0.24 0.41 0.62 0.51 0.11 0.03 0.00 0.04 0.02 0.48 0.19 0.76 0.68 0.60
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.28 0.00 0.39 0.01 0.40 0.42 0.34 0.27 0.23 0.46 0.27 0.01 0.01 0.02 0.17 0.45 0.46 0.26 0.24
C4 0.01 0.01 0.28 0.28 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.14 0.27 0.20 0.01 0.31 0.41 0.29
C4' 0.01 0.33 0.01 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.05 0.36 0.20 0.45 0.32 0.29 0.10 0.32 0.03 0.00 0.01 0.05 0.21 0.05 0.05
C5 0.01 0.01 0.15 0.39 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.09 0.13 0.31 0.01 0.36 0.66 0.47
C5' 0.06 0.46 0.20 0.01 0.16 0.01 0.08 0.00 0.11 0.44 0.31 0.62 0.43 0.36 0.08 0.11 0.22 0.01 0.01 0.09 0.14 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.25 0.40 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.11 0.24 0.30 0.00 0.46 0.72 0.48
C8 0.01 0.01 0.24 0.42 0.01 0.36 0.01 0.44 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.60 0.15 0.27 0.56 0.02 0.46 0.71 0.66
N1 0.02 0.00 0.41 0.34 0.01 0.20 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.14 0.40 0.30 0.01 0.58 0.61 0.44
N2 0.02 0.00 0.62 0.27 0.01 0.45 0.01 0.62 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.73 0.35 0.61 0.52 0.01 0.92 0.59 0.63
N3 0.02 0.00 0.51 0.23 0.00 0.32 0.00 0.43 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.52 0.30 0.50 0.37 0.01 0.61 0.42 0.41
N7 0.01 0.01 0.11 0.46 0.00 0.29 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.52 0.20 0.13 0.56 0.02 0.55 0.88 0.74
N9 0.00 0.01 0.03 0.27 0.00 0.10 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.10 0.01 0.20 0.02 0.11 0.34 0.26
O2' 0.02 0.53 0.00 0.01 0.19 0.32 0.24 0.11 0.20 0.60 0.33 0.73 0.52 0.52 0.22 0.00 0.08 0.21 0.33 0.25 0.70 0.74 0.53
O3' 0.37 0.26 0.04 0.01 0.14 0.03 0.09 0.22 0.11 0.15 0.14 0.35 0.30 0.20 0.10 0.08 0.00 0.25 0.25 0.17 0.25 0.30 0.19
O4' 0.01 0.52 0.02 0.02 0.27 0.00 0.13 0.01 0.24 0.27 0.40 0.61 0.50 0.13 0.01 0.21 0.25 0.00 0.07 0.18 0.08 0.14 0.10
O5' 0.13 0.39 0.48 0.17 0.20 0.01 0.31 0.01 0.30 0.56 0.30 0.52 0.37 0.56 0.20 0.33 0.25 0.07 0.00 0.37 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.19 0.45 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.17 0.18 0.37 0.00 0.54 0.87 0.60
OP1 0.28 0.70 0.76 0.46 0.31 0.21 0.36 0.14 0.46 0.46 0.58 0.92 0.61 0.55 0.11 0.70 0.25 0.08 0.01 0.54 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.52 0.68 0.26 0.41 0.05 0.66 0.09 0.72 0.71 0.61 0.59 0.42 0.88 0.34 0.74 0.30 0.14 0.01 0.87 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.48 0.60 0.24 0.29 0.05 0.47 0.01 0.48 0.66 0.44 0.63 0.41 0.74 0.26 0.53 0.19 0.10 0.00 0.60 0.00 0.01 0.00