Doublet Group distance statistics: 51738

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 8, 5, 5, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.008, 0.011, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.004
C5	A	0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.016, 0.025, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N9	A	0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.015, 0.028, 0.042, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N7	A	0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N6	A	0, 0.019, 0.036, 0.054, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C8	A	0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.030 std_dev=0.019
O4'	A	0, 0.102, 0.242, 0.383, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.242 std_dev=0.141
C2'	A	0, 0.122, 0.292, 0.462, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.292 std_dev=0.170
C4	B	0, 0.092, 0.307, 0.523, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.307 std_dev=0.215
N3	B	0, 0.112, 0.332, 0.551, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.332 std_dev=0.219
C5	B	0, 0.125, 0.344, 0.563, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.344 std_dev=0.219
C2	B	0, 0.126, 0.357, 0.589, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.357 std_dev=0.231
C4'	A	0, 0.124, 0.356, 0.588, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.356 std_dev=0.232
C6	B	0, 0.109, 0.356, 0.603, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.356 std_dev=0.247
N9	B	0, 0.105, 0.355, 0.604, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.355 std_dev=0.250
N1	B	0, 0.100, 0.352, 0.605, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.352 std_dev=0.253
C3'	A	0, 0.112, 0.365, 0.619, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.365 std_dev=0.254
N7	B	0, 0.153, 0.421, 0.689, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.421 std_dev=0.268
C1'	B	0, 0.137, 0.416, 0.696, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.416 std_dev=0.279
N2	B	0, 0.173, 0.457, 0.742, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.457 std_dev=0.285
C8	B	0, 0.130, 0.415, 0.700, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.415 std_dev=0.285
O6	B	0, 0.102, 0.417, 0.732, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.417 std_dev=0.315
C2'	B	0, 0.103, 0.425, 0.746, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.425 std_dev=0.322
O5'	A	0, 0.366, 0.695, 1.025, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.695 std_dev=0.329
O4'	B	0, 0.264, 0.598, 0.932, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.598 std_dev=0.334
O2'	A	0, 0.162, 0.496, 0.830, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.496 std_dev=0.334
C3'	B	0, 0.256, 0.613, 0.969, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.613 std_dev=0.357
C5'	A	0, 0.255, 0.648, 1.042, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.648 std_dev=0.394
O2'	B	0, 0.089, 0.484, 0.880, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.484 std_dev=0.396
C4'	B	0, 0.307, 0.716, 1.124, 2.446 max_d=2.446 avg_d=0.716 std_dev=0.409
O3'	B	0, 0.315, 0.738, 1.160, 2.534 max_d=2.534 avg_d=0.738 std_dev=0.423
O3'	A	0, -0.078, 0.386, 0.850, 2.626 max_d=2.626 avg_d=0.386 std_dev=0.464
C5'	B	0, 0.475, 0.970, 1.466, 2.929 max_d=2.929 avg_d=0.970 std_dev=0.496
P	A	0, 0.843, 1.564, 2.286, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.564 std_dev=0.722
O5'	B	0, 1.305, 2.496, 3.688, 3.594 max_d=3.594 avg_d=2.496 std_dev=1.191
OP2	A	0, 1.584, 2.926, 4.268, 4.100 max_d=4.100 avg_d=2.926 std_dev=1.342
P	B	0, 1.581, 3.143, 4.706, 4.515 max_d=4.515 avg_d=3.143 std_dev=1.562
OP1	A	0, 1.683, 3.279, 4.874, 4.786 max_d=4.786 avg_d=3.279 std_dev=1.595
OP1	B	0, 1.765, 3.382, 4.998, 5.068 max_d=5.068 avg_d=3.382 std_dev=1.616
OP2	B	0, 1.662, 3.360, 5.058, 4.743 max_d=4.743 avg_d=3.360 std_dev=1.698

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.16	0.00	0.10	0.53	0.27	0.18
C2	0.03	0.00	0.12	0.09	0.00	0.03	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.24	0.23	0.06	0.14	0.92	0.44	0.33
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.06	0.01	0.04	0.11	0.06	0.06	0.09	0.11	0.05	0.04	0.02	0.00	0.03	0.01	0.26	0.37	0.42	0.22
C3'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.08	0.01	0.11	0.03	0.10	0.14	0.09	0.08	0.12	0.14	0.08	0.01	0.01	0.01	0.19	0.29	0.22	0.16
C4	0.01	0.00	0.06	0.08	0.00	0.02	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.17	0.13	0.03	0.17	0.94	0.42	0.37
C4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.05	0.00	0.04	0.09	0.02	0.04	0.05	0.08	0.04	0.12	0.01	0.00	0.01	0.13	0.25	0.06
C5	0.01	0.00	0.04	0.11	0.00	0.05	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.19	0.07	0.02	0.24	1.16	0.50	0.48
C5'	0.05	0.09	0.11	0.03	0.10	0.00	0.13	0.00	0.13	0.15	0.11	0.08	0.15	0.17	0.09	0.07	0.11	0.01	0.01	0.24	0.36	0.01
C6	0.01	0.00	0.06	0.10	0.00	0.04	0.00	0.13	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.22	0.10	0.03	0.23	1.20	0.52	0.49
C8	0.01	0.01	0.06	0.14	0.00	0.09	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.14	0.05	0.04	0.28	1.14	0.48	0.51
N1	0.02	0.00	0.09	0.09	0.01	0.02	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.24	0.17	0.04	0.19	1.08	0.48	0.42
N3	0.03	0.00	0.11	0.08	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.22	0.23	0.06	0.13	0.81	0.40	0.29
N6	0.01	0.00	0.05	0.12	0.01	0.05	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.23	0.08	0.03	0.27	1.32	0.56	0.56
N7	0.01	0.01	0.04	0.14	0.00	0.08	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.17	0.05	0.03	0.30	1.29	0.55	0.57
N9	0.00	0.01	0.02	0.08	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.08	0.01	0.17	0.87	0.38	0.35
O2'	0.02	0.24	0.00	0.01	0.17	0.12	0.19	0.07	0.22	0.14	0.24	0.22	0.23	0.17	0.11	0.00	0.06	0.09	0.26	0.36	0.55	0.22
O3'	0.16	0.23	0.03	0.01	0.13	0.01	0.07	0.11	0.10	0.05	0.17	0.23	0.08	0.05	0.08	0.06	0.00	0.11	0.16	0.27	0.18	0.14
O4'	0.00	0.06	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.04	0.04	0.06	0.03	0.03	0.01	0.09	0.11	0.00	0.11	0.47	0.33	0.24
O5'	0.10	0.14	0.26	0.19	0.17	0.01	0.24	0.01	0.23	0.28	0.19	0.13	0.27	0.30	0.17	0.26	0.16	0.11	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.53	0.92	0.37	0.29	0.94	0.13	1.16	0.24	1.20	1.14	1.08	0.81	1.32	1.29	0.87	0.36	0.27	0.47	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.27	0.44	0.42	0.22	0.42	0.25	0.50	0.36	0.52	0.48	0.48	0.40	0.56	0.55	0.38	0.55	0.18	0.33	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.18	0.33	0.22	0.16	0.37	0.06	0.48	0.01	0.49	0.51	0.42	0.29	0.56	0.57	0.35	0.22	0.14	0.24	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.09	0.18	0.16	0.08	0.17	0.13	0.16	0.17	0.12	0.14	0.10	0.09	0.15	0.11	0.22	0.17	0.17	0.16	0.22	0.30	0.40	0.33
C2	0.22	0.24	0.24	0.25	0.20	0.23	0.19	0.27	0.14	0.24	0.19	0.29	0.22	0.24	0.21	0.23	0.26	0.21	0.46	0.14	0.65	0.84	0.69
C2'	0.16	0.10	0.16	0.16	0.08	0.18	0.12	0.19	0.16	0.13	0.14	0.11	0.08	0.14	0.12	0.20	0.16	0.18	0.23	0.20	0.40	0.48	0.40
C3'	0.13	0.09	0.13	0.14	0.11	0.18	0.21	0.24	0.22	0.23	0.15	0.10	0.08	0.28	0.13	0.21	0.13	0.16	0.34	0.29	0.31	0.49	0.33
C4	0.15	0.11	0.17	0.16	0.09	0.14	0.08	0.16	0.09	0.14	0.09	0.15	0.12	0.13	0.13	0.18	0.17	0.14	0.29	0.14	0.42	0.60	0.47
C4'	0.17	0.12	0.16	0.20	0.18	0.22	0.27	0.30	0.26	0.33	0.18	0.10	0.11	0.36	0.22	0.22	0.18	0.22	0.42	0.31	0.35	0.52	0.38
C5	0.11	0.08	0.15	0.13	0.07	0.10	0.11	0.11	0.14	0.11	0.11	0.13	0.09	0.13	0.09	0.17	0.16	0.10	0.27	0.18	0.37	0.57	0.42
C5'	0.29	0.14	0.28	0.35	0.22	0.42	0.27	0.50	0.24	0.38	0.17	0.13	0.15	0.36	0.29	0.31	0.33	0.40	0.79	0.28	0.73	0.86	0.78
C6	0.14	0.12	0.19	0.18	0.11	0.14	0.13	0.16	0.15	0.14	0.09	0.20	0.14	0.16	0.12	0.21	0.20	0.12	0.36	0.21	0.48	0.71	0.53
C8	0.08	0.16	0.10	0.08	0.13	0.10	0.17	0.11	0.19	0.13	0.19	0.15	0.12	0.17	0.11	0.13	0.10	0.11	0.13	0.20	0.14	0.31	0.19
N1	0.18	0.20	0.22	0.22	0.17	0.19	0.17	0.23	0.15	0.20	0.13	0.29	0.20	0.21	0.18	0.23	0.24	0.17	0.45	0.20	0.61	0.83	0.65
N3	0.21	0.20	0.23	0.23	0.18	0.22	0.15	0.25	0.11	0.22	0.17	0.24	0.19	0.20	0.21	0.22	0.23	0.21	0.39	0.12	0.57	0.74	0.61
N6	0.13	0.11	0.20	0.18	0.10	0.13	0.14	0.14	0.19	0.12	0.15	0.18	0.12	0.16	0.10	0.23	0.22	0.11	0.37	0.26	0.47	0.70	0.51
N7	0.09	0.16	0.12	0.10	0.11	0.10	0.15	0.10	0.20	0.11	0.20	0.17	0.11	0.15	0.09	0.15	0.13	0.11	0.18	0.21	0.21	0.41	0.25
N9	0.11	0.09	0.13	0.11	0.06	0.11	0.11	0.12	0.15	0.11	0.13	0.10	0.07	0.13	0.08	0.16	0.12	0.11	0.16	0.18	0.27	0.43	0.32
O2'	0.34	0.13	0.34	0.38	0.17	0.43	0.17	0.47	0.21	0.30	0.20	0.15	0.12	0.23	0.27	0.35	0.39	0.42	0.51	0.27	0.78	0.78	0.76
O3'	0.14	0.24	0.12	0.19	0.29	0.18	0.44	0.28	0.47	0.42	0.36	0.18	0.19	0.52	0.27	0.15	0.16	0.17	0.25	0.56	0.16	0.37	0.16
O4'	0.12	0.12	0.14	0.11	0.15	0.12	0.24	0.15	0.24	0.25	0.18	0.10	0.10	0.29	0.15	0.21	0.11	0.12	0.13	0.28	0.13	0.22	0.15
O5'	0.20	0.26	0.22	0.20	0.22	0.26	0.23	0.36	0.23	0.26	0.23	0.31	0.26	0.27	0.21	0.28	0.20	0.25	0.59	0.24	0.58	0.67	0.62
OP1	0.76	1.17	0.85	0.58	0.94	0.38	0.83	0.40	0.91	0.58	1.07	1.29	1.13	0.64	0.77	0.94	0.58	0.44	0.93	0.85	1.13	1.12	1.17
OP2	0.68	0.54	0.79	0.78	0.50	0.79	0.43	0.76	0.41	0.50	0.47	0.62	0.56	0.43	0.55	0.88	0.86	0.72	0.51	0.39	0.56	0.54	0.55
P	0.38	0.52	0.45	0.32	0.41	0.26	0.36	0.29	0.38	0.30	0.45	0.59	0.51	0.31	0.36	0.52	0.34	0.29	0.64	0.36	0.72	0.77	0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.23	0.01	0.21	0.37	0.27
C2	0.02	0.00	0.08	0.10	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.13	0.02	0.55	0.01	0.61	0.88	0.68
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.05	0.01	0.04	0.01	0.05	0.03	0.07	0.09	0.08	0.03	0.01	0.00	0.02	0.01	0.30	0.05	0.30	0.39	0.31
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.07	0.00	0.07	0.01	0.08	0.06	0.10	0.12	0.09	0.06	0.04	0.01	0.01	0.01	0.38	0.08	0.38	0.36	0.37
C4	0.01	0.00	0.05	0.07	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.08	0.01	0.56	0.01	0.57	0.80	0.66
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.06	0.06	0.05	0.05	0.04	0.06	0.03	0.03	0.02	0.00	0.01	0.07	0.12	0.19	0.04
C5	0.01	0.00	0.04	0.07	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.08	0.02	0.69	0.01	0.74	0.99	0.84
C5'	0.02	0.09	0.01	0.01	0.08	0.00	0.11	0.00	0.12	0.10	0.11	0.08	0.07	0.12	0.07	0.03	0.03	0.01	0.01	0.13	0.10	0.27	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.08	0.01	0.06	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.10	0.02	0.72	0.01	0.81	1.09	0.91
C8	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.06	0.02	0.66	0.01	0.62	0.80	0.75
N1	0.01	0.00	0.07	0.10	0.01	0.05	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.12	0.02	0.66	0.01	0.74	1.02	0.82
N2	0.02	0.01	0.09	0.12	0.01	0.05	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.16	0.02	0.50	0.02	0.57	0.84	0.63
N3	0.02	0.00	0.08	0.09	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.11	0.02	0.48	0.01	0.51	0.75	0.58
N7	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.06	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.07	0.02	0.74	0.01	0.78	1.02	0.91
N9	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.01	0.50	0.01	0.47	0.65	0.56
O2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.04	0.03	0.03	0.03	0.05	0.02	0.06	0.09	0.07	0.02	0.01	0.00	0.04	0.03	0.08	0.05	0.18	0.23	0.09
O3'	0.02	0.13	0.02	0.01	0.08	0.02	0.08	0.03	0.10	0.06	0.12	0.16	0.11	0.07	0.04	0.04	0.00	0.02	0.27	0.10	0.40	0.29	0.30
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.02	0.00	0.06	0.02	0.08	0.28	0.15
O5'	0.23	0.55	0.30	0.38	0.56	0.01	0.69	0.01	0.72	0.66	0.66	0.50	0.48	0.74	0.50	0.08	0.27	0.06	0.00	0.77	0.02	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.05	0.08	0.01	0.07	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.10	0.02	0.77	0.00	0.90	1.20	1.00
OP1	0.21	0.61	0.30	0.38	0.57	0.12	0.74	0.10	0.81	0.62	0.74	0.57	0.51	0.78	0.47	0.18	0.40	0.08	0.02	0.90	0.00	0.01	0.01
OP2	0.37	0.88	0.39	0.36	0.80	0.19	0.99	0.27	1.09	0.80	1.02	0.84	0.75	1.02	0.65	0.23	0.29	0.28	0.01	1.20	0.01	0.00	0.00
P	0.27	0.68	0.31	0.37	0.66	0.04	0.84	0.01	0.91	0.75	0.82	0.63	0.58	0.91	0.56	0.09	0.30	0.15	0.00	1.00	0.01	0.00	0.00