ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51741

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 7, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.009, 0.026, 0.042, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.027, 0.079, 0.131, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.079 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.024, 0.081, 0.139, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.081 std_dev=0.058
O3' A 0, 0.037, 0.097, 0.157, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.097 std_dev=0.060
C3' A 0, 0.019, 0.084, 0.150, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.084 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.018, 0.101, 0.184, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.101 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.051, 0.143, 0.234, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.143 std_dev=0.092
O5' A 0, 0.071, 0.177, 0.284, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.177 std_dev=0.106
C5' A 0, 0.043, 0.159, 0.275, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.159 std_dev=0.116
C1' B 0, 0.086, 0.203, 0.320, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.203 std_dev=0.117
O4' B 0, 0.080, 0.204, 0.328, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.204 std_dev=0.124
N9 B 0, 0.102, 0.227, 0.353, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.227 std_dev=0.125
P A 0, 0.096, 0.221, 0.347, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.221 std_dev=0.125
N3 B 0, 0.107, 0.235, 0.362, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.235 std_dev=0.127
C4 B 0, 0.103, 0.232, 0.360, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.232 std_dev=0.129
C8 B 0, 0.131, 0.271, 0.411, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.271 std_dev=0.140
C5 B 0, 0.120, 0.261, 0.401, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.261 std_dev=0.141
O2' B 0, 0.098, 0.239, 0.379, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.239 std_dev=0.141
C2 B 0, 0.117, 0.261, 0.406, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.261 std_dev=0.145
N7 B 0, 0.143, 0.290, 0.437, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.290 std_dev=0.147
C6 B 0, 0.130, 0.278, 0.427, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.278 std_dev=0.149
N1 B 0, 0.123, 0.276, 0.428, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.276 std_dev=0.152
C4' B 0, 0.072, 0.225, 0.377, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.225 std_dev=0.153
OP1 A 0, 0.153, 0.307, 0.462, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.307 std_dev=0.154
C2' B 0, 0.082, 0.238, 0.393, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.238 std_dev=0.156
O6 B 0, 0.155, 0.311, 0.467, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.311 std_dev=0.156
OP2 A 0, 0.102, 0.264, 0.427, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.264 std_dev=0.162
N2 B 0, 0.134, 0.300, 0.465, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.300 std_dev=0.166
C5' B 0, 0.085, 0.253, 0.422, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.253 std_dev=0.168
C3' B 0, 0.076, 0.255, 0.435, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.255 std_dev=0.180
O5' B 0, 0.110, 0.294, 0.477, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.294 std_dev=0.183
P B 0, 0.118, 0.324, 0.531, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.324 std_dev=0.207
O3' B 0, 0.076, 0.289, 0.503, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.289 std_dev=0.214
OP1 B 0, 0.162, 0.379, 0.597, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.379 std_dev=0.217
OP2 B 0, 0.179, 0.407, 0.634, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.407 std_dev=0.227

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.07 0.06 0.05
C2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.06 0.10 0.10 0.07 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.09 0.07 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.09 0.10 0.07 0.07
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.09 0.10 0.07 0.07
C5' 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.10 0.10 0.07 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.09 0.09 0.09 0.07
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.10 0.10 0.07 0.08
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.06 0.10 0.10 0.07 0.08
N6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03 0.10 0.10 0.08 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.09 0.10 0.09 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.08 0.09 0.07 0.06
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.11 0.07 0.09
O3' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.06 0.04
O5' 0.06 0.10 0.06 0.05 0.09 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.07 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.10 0.09 0.06 0.10 0.03 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.07 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.09 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.11 0.08 0.12 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.08 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08 0.16 0.12
C2 0.11 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.12 0.11 0.08 0.10 0.14 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.22 0.13
C2' 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.12 0.08 0.12 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.12 0.11 0.10 0.09 0.08 0.15 0.12
C3' 0.07 0.06 0.10 0.12 0.06 0.12 0.07 0.12 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.10 0.14 0.10 0.10 0.08 0.08 0.14 0.12
C4 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.10 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.08 0.05 0.08 0.06 0.08 0.10 0.10 0.08 0.19 0.12
C4' 0.08 0.06 0.11 0.13 0.07 0.13 0.08 0.12 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.11 0.15 0.10 0.11 0.08 0.08 0.13 0.12
C5 0.05 0.10 0.04 0.05 0.08 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09 0.11 0.12 0.09 0.10 0.07 0.06 0.05 0.09 0.10 0.12 0.09 0.19 0.13
C5' 0.10 0.08 0.13 0.15 0.09 0.13 0.09 0.12 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.14 0.17 0.11 0.12 0.09 0.09 0.13 0.12
C6 0.05 0.10 0.05 0.05 0.06 0.07 0.08 0.10 0.10 0.08 0.11 0.13 0.08 0.09 0.06 0.08 0.05 0.08 0.10 0.11 0.10 0.20 0.13
C8 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.07 0.09 0.13 0.12 0.12 0.10 0.17 0.13
N1 0.08 0.10 0.09 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.07 0.08 0.09 0.13 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07 0.08 0.10 0.09 0.10 0.22 0.13
N3 0.10 0.10 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.08 0.09 0.11 0.10 0.07 0.09 0.13 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.20 0.13
N6 0.06 0.13 0.06 0.06 0.09 0.08 0.11 0.10 0.13 0.10 0.14 0.17 0.10 0.11 0.08 0.08 0.06 0.08 0.10 0.14 0.10 0.20 0.13
N7 0.09 0.14 0.08 0.09 0.12 0.10 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.15 0.13 0.12 0.11 0.06 0.08 0.12 0.12 0.14 0.10 0.18 0.13
N9 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.17 0.13
O2' 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.13 0.10 0.15 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.09 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.19 0.15
O3' 0.07 0.05 0.09 0.12 0.07 0.13 0.08 0.13 0.08 0.10 0.06 0.05 0.05 0.10 0.08 0.09 0.15 0.10 0.10 0.09 0.08 0.14 0.12
O4' 0.08 0.06 0.09 0.11 0.07 0.12 0.08 0.11 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.09 0.11 0.11 0.10 0.08 0.07 0.14 0.12
O5' 0.06 0.07 0.08 0.10 0.05 0.10 0.05 0.09 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.09 0.13 0.08 0.08 0.06 0.08 0.10 0.09
OP1 0.11 0.09 0.12 0.13 0.09 0.13 0.09 0.12 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.13 0.14 0.12 0.12 0.08 0.09 0.15 0.13
OP2 0.12 0.07 0.14 0.14 0.09 0.13 0.09 0.12 0.08 0.11 0.07 0.07 0.08 0.10 0.11 0.14 0.14 0.13 0.13 0.08 0.11 0.13 0.13
P 0.08 0.05 0.11 0.11 0.06 0.11 0.06 0.10 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.11 0.13 0.10 0.10 0.05 0.08 0.11 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.06 0.01 0.08 0.14 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.14 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01
C5 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.12 0.18 0.12
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.08 0.00 0.13 0.18 0.12
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.11 0.16 0.11
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.07 0.00 0.11 0.16 0.11
N2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02 0.05 0.01 0.07 0.13 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.05 0.00 0.06 0.12 0.07
N7 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.15 0.20 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.12 0.08
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.08 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.06 0.08 0.10 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04
O5' 0.03 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.04 0.06 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.09 0.00 0.16 0.20 0.14
OP1 0.03 0.08 0.05 0.06 0.08 0.05 0.12 0.06 0.13 0.11 0.11 0.07 0.06 0.15 0.07 0.06 0.08 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.14 0.04 0.06 0.14 0.03 0.18 0.02 0.18 0.16 0.16 0.13 0.12 0.20 0.12 0.04 0.10 0.07 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.03 0.03 0.09 0.01 0.12 0.01 0.12 0.11 0.11 0.08 0.07 0.13 0.08 0.03 0.04 0.04 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00