ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51742

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 6, 5, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.006, 0.034, 0.062, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.034 std_dev=0.028
C4 B 0, 0.328, 0.514, 0.701, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.514 std_dev=0.186
N3 B 0, 0.240, 0.428, 0.616, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.428 std_dev=0.188
C2 B 0, 0.200, 0.399, 0.598, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.399 std_dev=0.199
N9 B 0, 0.424, 0.628, 0.832, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.628 std_dev=0.204
N2 B 0, 0.182, 0.389, 0.596, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.389 std_dev=0.207
N1 B 0, 0.247, 0.472, 0.697, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.472 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.510, 0.735, 0.960, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.735 std_dev=0.225
C5 B 0, 0.306, 0.557, 0.808, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.557 std_dev=0.251
C6 B 0, 0.280, 0.547, 0.813, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.547 std_dev=0.266
C8 B 0, 0.415, 0.688, 0.962, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.688 std_dev=0.273
O4' B 0, 0.492, 0.777, 1.063, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.777 std_dev=0.285
C4' B 0, 0.566, 0.859, 1.153, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.859 std_dev=0.293
N7 B 0, 0.347, 0.658, 0.969, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.658 std_dev=0.311
O6 B 0, 0.311, 0.640, 0.969, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.640 std_dev=0.329
C3' B 0, 0.528, 0.863, 1.198, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.863 std_dev=0.335
O4' A 0, -0.052, 0.325, 0.703, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.325 std_dev=0.378
C2' A 0, -0.012, 0.399, 0.810, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.399 std_dev=0.411
P A 0, 0.218, 0.631, 1.044, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.631 std_dev=0.413
O3' B 0, 0.687, 1.111, 1.534, 1.771 max_d=1.771 avg_d=1.111 std_dev=0.424
C2' B 0, 0.496, 0.929, 1.362, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.929 std_dev=0.433
C3' A 0, -0.020, 0.474, 0.968, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.474 std_dev=0.494
C5' B 0, 0.523, 1.040, 1.557, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.040 std_dev=0.517
O5' A 0, 0.081, 0.604, 1.128, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.604 std_dev=0.523
OP2 A 0, 0.190, 0.755, 1.321, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.755 std_dev=0.565
C4' A 0, -0.107, 0.469, 1.045, 2.157 max_d=2.157 avg_d=0.469 std_dev=0.576
O2' A 0, 0.035, 0.748, 1.461, 2.279 max_d=2.279 avg_d=0.748 std_dev=0.713
O3' A 0, -0.012, 0.708, 1.428, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.708 std_dev=0.720
O5' B 0, 1.083, 1.809, 2.535, 2.843 max_d=2.843 avg_d=1.809 std_dev=0.726
O2' B 0, 0.627, 1.359, 2.092, 3.783 max_d=3.783 avg_d=1.359 std_dev=0.732
OP1 A 0, 0.181, 0.976, 1.772, 2.967 max_d=2.967 avg_d=0.976 std_dev=0.795
C5' A 0, -0.187, 0.681, 1.550, 3.125 max_d=3.125 avg_d=0.681 std_dev=0.868
P B 0, 1.070, 2.545, 4.020, 4.252 max_d=4.252 avg_d=2.545 std_dev=1.475
OP2 B 0, 1.255, 2.826, 4.397, 5.102 max_d=5.102 avg_d=2.826 std_dev=1.571
OP1 B 0, 1.258, 3.005, 4.752, 5.017 max_d=5.017 avg_d=3.005 std_dev=1.747

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.24 0.26 0.48 0.16
C2 0.04 0.00 0.18 0.07 0.01 0.22 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.40 0.29 0.40 0.24 0.59 0.27
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.10 0.03 0.08 0.18 0.10 0.11 0.15 0.18 0.09 0.08 0.04 0.01 0.07 0.02 0.46 0.72 0.45 0.47
C3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.03 0.11 0.20 0.08 0.07 0.15 0.20 0.10 0.04 0.02 0.02 0.21 0.64 0.34 0.32
C4 0.02 0.01 0.10 0.07 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.27 0.16 0.34 0.23 0.56 0.25
C4' 0.02 0.22 0.03 0.00 0.09 0.00 0.06 0.01 0.08 0.21 0.16 0.22 0.07 0.17 0.06 0.16 0.07 0.01 0.03 0.25 0.42 0.11
C5 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.19 0.08 0.34 0.35 0.56 0.32
C5' 0.08 0.27 0.18 0.03 0.17 0.01 0.22 0.00 0.21 0.36 0.23 0.25 0.24 0.34 0.17 0.08 0.16 0.03 0.01 0.23 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.11 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.23 0.14 0.37 0.38 0.58 0.34
C8 0.02 0.01 0.11 0.20 0.00 0.21 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.11 0.14 0.30 0.32 0.48 0.30
N1 0.03 0.00 0.15 0.08 0.01 0.16 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.33 0.23 0.40 0.31 0.60 0.32
N3 0.04 0.01 0.18 0.07 0.00 0.22 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.40 0.29 0.38 0.22 0.57 0.24
N6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.07 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.19 0.10 0.36 0.48 0.58 0.38
N7 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.17 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.12 0.07 0.32 0.43 0.51 0.35
N9 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.19 0.02 0.29 0.21 0.52 0.22
O2' 0.02 0.31 0.01 0.04 0.13 0.16 0.17 0.08 0.16 0.37 0.21 0.30 0.19 0.33 0.14 0.00 0.12 0.10 0.43 0.84 0.58 0.53
O3' 0.28 0.40 0.07 0.02 0.27 0.07 0.19 0.16 0.23 0.11 0.33 0.40 0.19 0.12 0.19 0.12 0.00 0.21 0.20 0.71 0.39 0.37
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.16 0.01 0.08 0.03 0.14 0.14 0.23 0.29 0.10 0.07 0.02 0.10 0.21 0.00 0.11 0.14 0.65 0.29
O5' 0.24 0.40 0.46 0.21 0.34 0.03 0.34 0.01 0.37 0.30 0.40 0.38 0.36 0.32 0.29 0.43 0.20 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.26 0.24 0.72 0.64 0.23 0.25 0.35 0.23 0.38 0.32 0.31 0.22 0.48 0.43 0.21 0.84 0.71 0.14 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.59 0.45 0.34 0.56 0.42 0.56 0.27 0.58 0.48 0.60 0.57 0.58 0.51 0.52 0.58 0.39 0.65 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.27 0.47 0.32 0.25 0.11 0.32 0.02 0.34 0.30 0.32 0.24 0.38 0.35 0.22 0.53 0.37 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.10 0.44 0.26 0.13 0.15 0.16 0.27 0.19 0.16 0.17 0.10 0.11 0.17 0.16 0.80 0.59 0.25 0.25 0.22 0.56 0.67 0.38
C2 0.23 0.23 0.24 0.27 0.16 0.33 0.19 0.44 0.24 0.13 0.25 0.25 0.21 0.17 0.14 0.40 0.55 0.33 0.47 0.27 0.79 0.83 0.61
C2' 0.24 0.22 0.45 0.29 0.16 0.25 0.21 0.38 0.28 0.19 0.30 0.28 0.14 0.20 0.18 0.80 0.57 0.31 0.40 0.34 0.60 0.76 0.51
C3' 0.24 0.25 0.44 0.32 0.22 0.19 0.23 0.27 0.26 0.22 0.27 0.28 0.22 0.22 0.22 0.82 0.75 0.32 0.20 0.29 0.45 0.61 0.26
C4 0.18 0.12 0.30 0.24 0.11 0.23 0.15 0.35 0.17 0.16 0.15 0.19 0.12 0.18 0.14 0.55 0.58 0.26 0.39 0.21 0.79 0.80 0.55
C4' 0.41 0.32 0.57 0.53 0.37 0.43 0.34 0.42 0.32 0.38 0.31 0.30 0.36 0.36 0.39 0.89 0.95 0.46 0.39 0.31 0.62 0.67 0.41
C5 0.23 0.15 0.29 0.26 0.15 0.28 0.18 0.42 0.17 0.23 0.14 0.24 0.16 0.24 0.20 0.46 0.58 0.30 0.54 0.22 1.00 0.95 0.74
C5' 0.57 0.49 0.68 0.66 0.52 0.56 0.48 0.52 0.45 0.51 0.45 0.48 0.53 0.48 0.54 0.96 1.07 0.58 0.48 0.43 0.75 0.66 0.48
C6 0.28 0.21 0.29 0.28 0.17 0.35 0.15 0.50 0.16 0.25 0.22 0.28 0.20 0.22 0.23 0.39 0.55 0.36 0.67 0.22 1.14 1.08 0.88
C8 0.19 0.12 0.35 0.26 0.18 0.20 0.24 0.33 0.26 0.23 0.20 0.14 0.14 0.26 0.19 0.60 0.61 0.25 0.41 0.31 0.88 0.84 0.60
N1 0.29 0.24 0.28 0.29 0.17 0.39 0.16 0.53 0.25 0.18 0.27 0.27 0.22 0.15 0.20 0.36 0.54 0.39 0.65 0.29 1.05 1.04 0.84
N3 0.18 0.17 0.27 0.24 0.12 0.24 0.16 0.35 0.19 0.14 0.19 0.21 0.15 0.17 0.12 0.54 0.57 0.27 0.34 0.22 0.66 0.73 0.47
N6 0.31 0.22 0.32 0.29 0.21 0.38 0.19 0.56 0.15 0.33 0.23 0.29 0.20 0.30 0.28 0.38 0.54 0.39 0.79 0.20 1.34 1.24 1.05
N7 0.22 0.13 0.31 0.26 0.19 0.25 0.25 0.40 0.25 0.27 0.15 0.21 0.16 0.30 0.22 0.50 0.60 0.28 0.53 0.31 1.04 0.96 0.75
N9 0.18 0.09 0.36 0.24 0.13 0.18 0.18 0.30 0.20 0.17 0.16 0.12 0.11 0.20 0.15 0.66 0.60 0.25 0.32 0.24 0.72 0.75 0.49
O2' 0.54 0.16 0.73 0.62 0.23 0.61 0.21 0.67 0.27 0.33 0.28 0.20 0.19 0.25 0.36 1.08 0.63 0.55 0.76 0.36 0.85 1.02 0.87
O3' 0.42 0.35 0.51 0.57 0.39 0.47 0.39 0.47 0.38 0.42 0.37 0.34 0.37 0.41 0.42 0.83 1.00 0.53 0.42 0.39 0.51 0.70 0.39
O4' 0.32 0.22 0.46 0.41 0.30 0.37 0.30 0.41 0.27 0.33 0.24 0.17 0.26 0.32 0.32 0.78 0.81 0.43 0.34 0.28 0.62 0.65 0.39
O5' 0.47 0.55 0.50 0.49 0.53 0.50 0.54 0.51 0.56 0.52 0.56 0.56 0.53 0.54 0.51 0.73 0.88 0.56 0.51 0.57 0.84 0.62 0.51
OP1 0.28 0.27 0.50 0.33 0.27 0.25 0.28 0.29 0.31 0.27 0.31 0.27 0.26 0.28 0.27 0.73 0.68 0.30 0.21 0.35 0.60 0.57 0.28
OP2 0.61 0.47 0.85 0.70 0.51 0.56 0.43 0.57 0.36 0.50 0.37 0.50 0.55 0.44 0.55 0.99 0.78 0.52 0.57 0.32 0.84 0.91 0.68
P 0.28 0.22 0.52 0.33 0.23 0.20 0.22 0.27 0.22 0.23 0.22 0.22 0.25 0.22 0.25 0.73 0.62 0.27 0.23 0.23 0.65 0.60 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.11 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.29 0.02 0.47 0.03 0.74 0.61 0.54
C2 0.05 0.00 0.25 0.17 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.54 0.14 0.52 0.01 1.02 0.82 0.69
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.13 0.03 0.09 0.18 0.12 0.17 0.19 0.30 0.24 0.14 0.06 0.01 0.09 0.04 0.49 0.11 0.72 0.42 0.51
C3' 0.04 0.17 0.01 0.00 0.10 0.01 0.13 0.05 0.14 0.21 0.14 0.23 0.17 0.20 0.09 0.03 0.02 0.02 0.21 0.15 0.46 0.17 0.25
C4 0.02 0.01 0.13 0.10 0.00 0.05 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.35 0.08 0.62 0.01 1.10 0.89 0.79
C4' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.02 0.09 0.20 0.05 0.14 0.09 0.19 0.08 0.14 0.09 0.01 0.04 0.12 0.27 0.25 0.09
C5 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.10 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.27 0.05 0.74 0.01 1.31 1.09 0.98
C5' 0.11 0.22 0.18 0.05 0.28 0.02 0.39 0.00 0.38 0.46 0.30 0.17 0.18 0.49 0.29 0.09 0.17 0.04 0.01 0.43 0.26 0.20 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.14 0.01 0.09 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.33 0.07 0.73 0.01 1.34 1.12 0.99
C8 0.02 0.01 0.17 0.21 0.01 0.20 0.01 0.46 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.30 0.16 0.11 0.84 0.02 1.34 1.11 1.06
N1 0.04 0.00 0.19 0.14 0.01 0.05 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.45 0.11 0.62 0.01 1.20 0.98 0.84
N2 0.06 0.01 0.30 0.23 0.02 0.14 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.45 0.64 0.18 0.44 0.02 0.92 0.74 0.59
N3 0.04 0.01 0.24 0.17 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.52 0.14 0.49 0.01 0.94 0.75 0.63
N7 0.02 0.01 0.14 0.20 0.01 0.19 0.00 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.17 0.08 0.86 0.02 1.46 1.24 1.14
N9 0.01 0.02 0.06 0.09 0.01 0.08 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.12 0.23 0.03 0.65 0.02 1.07 0.85 0.80
O2' 0.03 0.34 0.01 0.03 0.15 0.14 0.16 0.09 0.17 0.30 0.24 0.45 0.33 0.28 0.12 0.00 0.13 0.09 0.34 0.19 0.69 0.40 0.40
O3' 0.29 0.54 0.09 0.02 0.35 0.09 0.27 0.17 0.33 0.16 0.45 0.64 0.52 0.17 0.23 0.13 0.00 0.18 0.31 0.29 0.63 0.31 0.40
O4' 0.02 0.14 0.04 0.02 0.08 0.01 0.05 0.04 0.07 0.11 0.11 0.18 0.14 0.08 0.03 0.09 0.18 0.00 0.36 0.07 0.63 0.61 0.49
O5' 0.47 0.52 0.49 0.21 0.62 0.04 0.74 0.01 0.73 0.84 0.62 0.44 0.49 0.86 0.65 0.34 0.31 0.36 0.00 0.78 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.11 0.15 0.01 0.12 0.01 0.43 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.29 0.07 0.78 0.00 1.44 1.23 1.09
OP1 0.74 1.02 0.72 0.46 1.10 0.27 1.31 0.26 1.34 1.34 1.20 0.92 0.94 1.46 1.07 0.69 0.63 0.63 0.02 1.44 0.00 0.01 0.01
OP2 0.61 0.82 0.42 0.17 0.89 0.25 1.09 0.20 1.12 1.11 0.98 0.74 0.75 1.24 0.85 0.40 0.31 0.61 0.02 1.23 0.01 0.00 0.01
P 0.54 0.69 0.51 0.25 0.79 0.09 0.98 0.02 0.99 1.06 0.84 0.59 0.63 1.14 0.80 0.40 0.40 0.49 0.01 1.09 0.01 0.01 0.00