ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51743

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 5, 3, 1, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C2 A 0, -0.001, 0.016, 0.032, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.016 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.019 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.021, 0.040, 0.059, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.040 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.021, 0.045, 0.069, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.045 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.039 std_dev=0.026
C6 B 0, 0.145, 0.430, 0.715, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.430 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.077, 0.363, 0.650, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.363 std_dev=0.286
N3 B 0, 0.105, 0.399, 0.692, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.399 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.061, 0.354, 0.647, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.354 std_dev=0.293
O6 B 0, 0.170, 0.468, 0.766, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.468 std_dev=0.298
N1 B 0, 0.199, 0.525, 0.850, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.525 std_dev=0.326
C2 B 0, 0.173, 0.501, 0.829, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.501 std_dev=0.328
N7 B 0, 0.084, 0.415, 0.747, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.415 std_dev=0.332
N9 B 0, 0.035, 0.401, 0.767, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.401 std_dev=0.366
C8 B 0, 0.053, 0.454, 0.856, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.454 std_dev=0.401
C1' B 0, 0.057, 0.476, 0.896, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.476 std_dev=0.420
N2 B 0, 0.224, 0.646, 1.067, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.646 std_dev=0.421
O2' B 0, 0.192, 0.643, 1.095, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.643 std_dev=0.452
C2' B 0, 0.119, 0.654, 1.188, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.654 std_dev=0.534
O3' A 0, 0.007, 0.614, 1.220, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.614 std_dev=0.606
O4' B 0, 0.070, 0.728, 1.385, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.728 std_dev=0.657
C3' B 0, 0.269, 1.031, 1.792, 2.297 max_d=2.297 avg_d=1.031 std_dev=0.762
C4' B 0, 0.229, 1.026, 1.823, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.026 std_dev=0.797
OP2 B 0, 0.458, 1.305, 2.153, 2.958 max_d=2.958 avg_d=1.305 std_dev=0.848
O3' B 0, 0.405, 1.312, 2.219, 2.879 max_d=2.879 avg_d=1.312 std_dev=0.907
C3' A 0, -0.140, 0.788, 1.716, 2.258 max_d=2.258 avg_d=0.788 std_dev=0.928
O5' B 0, 0.246, 1.177, 2.107, 2.888 max_d=2.888 avg_d=1.177 std_dev=0.931
P B 0, 0.332, 1.334, 2.337, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.334 std_dev=1.003
C5' B 0, 0.190, 1.276, 2.362, 3.556 max_d=3.556 avg_d=1.276 std_dev=1.086
O4' A 0, -0.285, 0.859, 2.003, 2.573 max_d=2.573 avg_d=0.859 std_dev=1.144
C2' A 0, -0.295, 0.882, 2.059, 2.669 max_d=2.669 avg_d=0.882 std_dev=1.177
C4' A 0, -0.127, 1.063, 2.253, 2.924 max_d=2.924 avg_d=1.063 std_dev=1.190
OP1 B 0, 0.379, 1.762, 3.144, 4.809 max_d=4.809 avg_d=1.762 std_dev=1.382
O2' A 0, -0.514, 1.485, 3.484, 4.572 max_d=4.572 avg_d=1.485 std_dev=1.999
C5' A 0, -0.195, 2.139, 4.473, 5.669 max_d=5.669 avg_d=2.139 std_dev=2.334
O5' A 0, 0.944, 3.331, 5.718, 6.861 max_d=6.861 avg_d=3.331 std_dev=2.387
OP1 A 0, 3.554, 6.525, 9.496, 10.553 max_d=10.553 avg_d=6.525 std_dev=2.971
P A 0, 1.926, 4.937, 7.948, 9.333 max_d=9.333 avg_d=4.937 std_dev=3.011
OP2 A 0, 1.081, 5.164, 9.247, 11.163 max_d=11.163 avg_d=5.164 std_dev=4.083

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.35 0.57 0.10 0.32
C2 0.05 0.00 0.40 0.44 0.01 0.54 0.01 1.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.10 0.32 0.73 0.55 1.86 1.18
C2' 0.00 0.40 0.00 0.01 0.19 0.01 0.08 0.05 0.16 0.22 0.30 0.41 0.11 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.58 0.97 0.25 0.68
C3' 0.01 0.44 0.01 0.00 0.18 0.00 0.06 0.02 0.16 0.24 0.33 0.42 0.10 0.16 0.03 0.02 0.01 0.01 0.38 0.69 0.28 0.56
C4 0.03 0.01 0.19 0.18 0.00 0.23 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.16 0.11 0.37 0.70 0.27
C4' 0.01 0.54 0.01 0.00 0.23 0.00 0.07 0.00 0.19 0.34 0.40 0.53 0.10 0.24 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.16 0.15 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.06 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.05 0.39 0.86 0.33 0.28
C5' 0.04 1.06 0.05 0.02 0.40 0.00 0.12 0.00 0.35 0.67 0.78 0.99 0.19 0.50 0.11 0.05 0.02 0.02 0.01 0.11 0.20 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.16 0.01 0.19 0.01 0.35 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.07 0.12 0.14 0.55 0.78 0.34
C8 0.01 0.01 0.22 0.24 0.00 0.34 0.01 0.67 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.11 0.21 1.20 1.70 0.86 1.18
N1 0.04 0.00 0.30 0.33 0.01 0.40 0.01 0.78 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.08 0.24 0.42 0.24 1.50 0.87
N3 0.05 0.00 0.41 0.42 0.00 0.53 0.01 0.99 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.33 0.65 0.42 1.57 0.98
N6 0.02 0.01 0.11 0.10 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.10 0.08 0.07 0.32 0.85 0.53 0.29
N7 0.01 0.01 0.14 0.16 0.01 0.24 0.00 0.50 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.09 0.10 0.14 1.02 1.64 0.61 0.98
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.02 0.53 0.86 0.13 0.43
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.06 0.02 0.08 0.05 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09 0.04 0.00 0.04 0.02 0.60 1.14 0.33 0.79
O3' 0.07 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.11 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.04 0.00 0.05 0.19 0.55 0.26 0.42
O4' 0.00 0.32 0.02 0.01 0.16 0.01 0.05 0.02 0.12 0.21 0.24 0.33 0.07 0.14 0.02 0.02 0.05 0.00 0.12 0.12 0.23 0.17
O5' 0.35 0.73 0.58 0.38 0.11 0.01 0.39 0.01 0.14 1.20 0.42 0.65 0.32 1.02 0.53 0.60 0.19 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.57 0.55 0.97 0.69 0.37 0.16 0.86 0.11 0.55 1.70 0.24 0.42 0.85 1.64 0.86 1.14 0.55 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 1.86 0.25 0.28 0.70 0.15 0.33 0.20 0.78 0.86 1.50 1.57 0.53 0.61 0.13 0.33 0.26 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.32 1.18 0.68 0.56 0.27 0.07 0.28 0.02 0.34 1.18 0.87 0.98 0.29 0.98 0.43 0.79 0.42 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.49 0.13 0.54 0.77 0.27 0.79 0.17 0.95 0.10 0.47 0.12 0.14 0.22 0.29 0.42 0.47 0.80 0.66 1.01 0.19 0.29 1.07 0.95
C2 0.37 0.17 0.32 0.42 0.26 0.46 0.21 0.49 0.11 0.36 0.17 0.20 0.22 0.29 0.35 0.26 0.39 0.46 0.50 0.20 0.68 0.86 0.38
C2' 0.88 0.74 1.02 1.31 0.91 1.16 0.97 1.36 0.85 1.11 0.75 0.67 0.80 1.14 0.97 0.83 1.34 0.96 1.57 0.82 0.71 1.82 1.59
C3' 0.54 0.55 0.69 0.93 0.61 0.78 0.67 0.95 0.63 0.70 0.57 0.51 0.56 0.75 0.62 0.53 0.98 0.59 1.14 0.64 0.44 1.37 1.19
C4 0.45 0.13 0.42 0.57 0.25 0.62 0.15 0.70 0.11 0.42 0.13 0.15 0.21 0.27 0.40 0.36 0.56 0.59 0.71 0.23 0.43 0.84 0.58
C4' 0.15 0.16 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.19 0.08 0.20 0.18 0.12 0.08 0.09 0.18 0.11 0.16 0.16 0.24 0.89 0.21 0.16
C5 0.41 0.12 0.35 0.48 0.17 0.55 0.08 0.61 0.18 0.30 0.18 0.16 0.16 0.16 0.32 0.30 0.45 0.56 0.59 0.29 0.41 0.61 0.45
C5' 0.55 0.31 0.49 0.49 0.13 0.74 0.22 0.75 0.48 0.31 0.48 0.36 0.16 0.12 0.31 0.63 0.54 0.73 0.54 0.69 1.38 0.62 0.62
C6 0.32 0.15 0.23 0.32 0.13 0.41 0.10 0.44 0.22 0.22 0.22 0.20 0.13 0.15 0.24 0.20 0.28 0.44 0.41 0.30 0.56 0.55 0.29
C8 0.47 0.10 0.48 0.68 0.18 0.76 0.09 0.90 0.15 0.34 0.13 0.12 0.17 0.16 0.35 0.42 0.68 0.69 0.87 0.26 0.25 0.63 0.74
N1 0.32 0.16 0.23 0.31 0.18 0.37 0.11 0.40 0.15 0.26 0.20 0.21 0.17 0.18 0.27 0.19 0.27 0.41 0.38 0.25 0.69 0.68 0.26
N3 0.43 0.16 0.40 0.54 0.29 0.56 0.23 0.63 0.11 0.44 0.15 0.17 0.24 0.35 0.40 0.34 0.53 0.54 0.65 0.19 0.56 0.96 0.54
N6 0.23 0.22 0.12 0.18 0.12 0.30 0.19 0.34 0.28 0.16 0.29 0.25 0.13 0.18 0.15 0.12 0.14 0.36 0.29 0.33 0.57 0.39 0.19
N7 0.42 0.12 0.39 0.55 0.14 0.65 0.11 0.74 0.20 0.26 0.18 0.14 0.14 0.15 0.29 0.34 0.53 0.63 0.68 0.29 0.26 0.49 0.54
N9 0.48 0.12 0.49 0.69 0.24 0.74 0.13 0.86 0.11 0.44 0.12 0.13 0.21 0.25 0.41 0.42 0.69 0.66 0.89 0.22 0.28 0.87 0.77
O2' 1.54 0.99 1.76 2.19 1.35 2.05 1.35 2.33 1.05 1.79 0.91 0.86 1.18 1.68 1.57 1.53 2.26 1.72 2.58 0.89 1.70 3.01 2.66
O3' 0.81 0.34 0.96 1.29 0.56 1.24 0.48 1.49 0.28 0.80 0.25 0.29 0.49 0.64 0.74 0.86 1.39 0.99 1.59 0.17 0.83 1.86 1.69
O4' 0.23 0.23 0.20 0.12 0.24 0.13 0.28 0.12 0.28 0.29 0.26 0.23 0.22 0.32 0.24 0.24 0.12 0.17 0.13 0.31 1.09 0.20 0.21
O5' 1.07 0.32 1.02 0.99 0.54 1.21 0.38 1.14 0.31 0.78 0.28 0.29 0.49 0.50 0.80 1.19 1.05 1.21 0.90 0.46 1.59 0.93 0.88
OP1 1.70 0.59 1.69 1.65 0.93 1.89 0.64 1.74 0.38 1.17 0.35 0.55 0.91 0.77 1.29 1.98 1.78 1.86 1.38 0.49 1.84 1.38 1.28
OP2 0.64 0.92 0.59 0.70 0.38 1.11 0.71 1.17 1.24 0.20 1.26 1.02 0.50 0.43 0.20 0.85 0.84 1.01 0.79 1.61 1.48 0.95 0.86
P 0.93 0.27 0.89 0.91 0.20 1.20 0.17 1.17 0.53 0.53 0.53 0.34 0.17 0.19 0.56 1.13 1.02 1.17 0.85 0.84 1.52 0.94 0.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.35 0.08 0.10
C2 0.04 0.00 0.07 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.03 0.12 0.01 0.88 0.45 0.20
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.18 0.18 0.08
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.17 0.11 0.13 0.10 0.17 0.08 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.25 0.21 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.02 0.08 0.01 0.80 0.39 0.16
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.06 0.06 0.04 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.08 0.23 0.25 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.01 0.08 0.01 0.98 0.55 0.16
C5' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08 0.08 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.09 0.37 0.41 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.02 0.09 0.00 1.08 0.63 0.18
C8 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.18 0.02 0.12 0.02 0.76 0.38 0.12
N1 0.03 0.00 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.11 0.01 1.01 0.57 0.20
N2 0.05 0.00 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.17 0.04 0.14 0.02 0.85 0.43 0.21
N3 0.04 0.00 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.11 0.01 0.76 0.35 0.18
N7 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.20 0.02 0.11 0.02 0.99 0.57 0.15
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.64 0.26 0.12
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.09 0.07 0.04 0.02 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.16 0.11 0.05
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.09 0.02 0.14 0.03 0.15 0.18 0.13 0.17 0.12 0.20 0.08 0.05 0.00 0.02 0.15 0.19 0.57 0.25 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.02 0.22 0.23 0.10
O5' 0.06 0.12 0.10 0.13 0.08 0.01 0.08 0.01 0.09 0.12 0.11 0.14 0.11 0.11 0.06 0.05 0.15 0.08 0.00 0.10 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.19 0.02 0.10 0.00 1.17 0.73 0.19
OP1 0.35 0.88 0.18 0.25 0.80 0.23 0.98 0.37 1.08 0.76 1.01 0.85 0.76 0.99 0.64 0.16 0.57 0.22 0.02 1.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.45 0.18 0.21 0.39 0.25 0.55 0.41 0.63 0.38 0.57 0.43 0.35 0.57 0.26 0.11 0.25 0.23 0.01 0.73 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.08 0.09 0.16 0.02 0.16 0.01 0.18 0.12 0.20 0.21 0.18 0.15 0.12 0.05 0.17 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00