ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51744

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 9, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.016, 0.023, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.017, 0.025, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.018, 0.027, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.001, 0.016, 0.032, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.025, 0.044, 0.064, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.044 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.001, 0.029, 0.057, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.029 std_dev=0.028
C4' A 0, 0.381, 0.529, 0.678, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.529 std_dev=0.149
O4' A 0, 0.332, 0.500, 0.668, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.500 std_dev=0.168
N7 B 0, 0.483, 0.654, 0.826, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.654 std_dev=0.172
C8 B 0, 0.518, 0.696, 0.875, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.696 std_dev=0.178
C2' A 0, 0.398, 0.585, 0.772, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.585 std_dev=0.187
C5 B 0, 0.556, 0.755, 0.954, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.755 std_dev=0.199
N9 B 0, 0.629, 0.835, 1.040, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.835 std_dev=0.205
O4' B 0, 0.637, 0.845, 1.054, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.845 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.500, 0.711, 0.923, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.711 std_dev=0.212
C4' B 0, 0.547, 0.762, 0.977, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.762 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.637, 0.855, 1.074, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.855 std_dev=0.219
C3' B 0, 0.560, 0.789, 1.018, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.789 std_dev=0.229
C1' B 0, 0.833, 1.104, 1.375, 1.320 max_d=1.320 avg_d=1.104 std_dev=0.271
C6 B 0, 0.666, 0.937, 1.208, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.937 std_dev=0.271
O2' A 0, 0.712, 0.995, 1.277, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.995 std_dev=0.282
N3 B 0, 0.802, 1.085, 1.369, 1.391 max_d=1.391 avg_d=1.085 std_dev=0.283
O3' B 0, 0.638, 0.929, 1.221, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.929 std_dev=0.292
C5' A 0, 0.833, 1.130, 1.428, 1.494 max_d=1.494 avg_d=1.130 std_dev=0.298
O5' A 0, 0.912, 1.227, 1.542, 1.653 max_d=1.653 avg_d=1.227 std_dev=0.315
C2 B 0, 0.861, 1.182, 1.503, 1.510 max_d=1.510 avg_d=1.182 std_dev=0.321
O5' B 0, 0.775, 1.098, 1.420, 1.690 max_d=1.690 avg_d=1.098 std_dev=0.322
O6 B 0, 0.724, 1.047, 1.370, 1.429 max_d=1.429 avg_d=1.047 std_dev=0.323
N1 B 0, 0.801, 1.124, 1.448, 1.440 max_d=1.440 avg_d=1.124 std_dev=0.324
P A 0, 0.856, 1.200, 1.545, 1.738 max_d=1.738 avg_d=1.200 std_dev=0.345
C2' B 0, 1.008, 1.371, 1.734, 1.703 max_d=1.703 avg_d=1.371 std_dev=0.363
N2 B 0, 1.051, 1.446, 1.842, 1.840 max_d=1.840 avg_d=1.446 std_dev=0.396
C5' B 0, 0.802, 1.198, 1.595, 1.683 max_d=1.683 avg_d=1.198 std_dev=0.396
O3' A 0, 0.439, 0.906, 1.374, 2.695 max_d=2.695 avg_d=0.906 std_dev=0.467
O2' B 0, 1.385, 1.887, 2.389, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.887 std_dev=0.502
OP1 A 0, 1.511, 2.124, 2.737, 3.708 max_d=3.708 avg_d=2.124 std_dev=0.613
P B 0, 1.499, 2.130, 2.761, 2.685 max_d=2.685 avg_d=2.130 std_dev=0.631
OP2 B 0, 1.930, 2.561, 3.192, 3.030 max_d=3.030 avg_d=2.561 std_dev=0.631
OP1 B 0, 2.259, 3.142, 4.026, 3.871 max_d=3.871 avg_d=3.142 std_dev=0.884
OP2 A 0, 2.586, 3.517, 4.448, 4.317 max_d=4.317 avg_d=3.517 std_dev=0.931

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.00 0.04 0.10 0.13 0.04
C2 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.21 0.07 0.06 0.23 0.18 0.12
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.10 0.03 0.07 0.07 0.10 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.25 0.19 0.19
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.02 0.07 0.10 0.05 0.03 0.09 0.10 0.06 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.09 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.14 0.03 0.07 0.21 0.16 0.12
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.02 0.04 0.04 0.07 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.10 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.09 0.01 0.11 0.26 0.16 0.17
C5' 0.02 0.04 0.10 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.09 0.04 0.04 0.08 0.10 0.04 0.04 0.09 0.01 0.01 0.11 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.11 0.02 0.12 0.29 0.17 0.18
C8 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.02 0.06 0.12 0.20 0.14 0.15
N1 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.17 0.05 0.09 0.27 0.18 0.16
N3 0.01 0.00 0.10 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.22 0.07 0.05 0.20 0.17 0.09
N6 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.08 0.01 0.14 0.32 0.16 0.22
N7 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.02 0.04 0.14 0.27 0.15 0.20
N9 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.06 0.17 0.15 0.09
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.06 0.12 0.04 0.11 0.17 0.08 0.10 0.14 0.18 0.09 0.00 0.04 0.05 0.18 0.33 0.18 0.22
O3' 0.15 0.21 0.02 0.00 0.14 0.01 0.09 0.09 0.11 0.02 0.17 0.22 0.08 0.02 0.09 0.04 0.00 0.10 0.09 0.06 0.20 0.10
O4' 0.00 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.21 0.11 0.07
O5' 0.04 0.06 0.18 0.05 0.07 0.02 0.11 0.01 0.12 0.12 0.09 0.05 0.14 0.14 0.06 0.18 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.10 0.23 0.25 0.07 0.21 0.10 0.26 0.11 0.29 0.20 0.27 0.20 0.32 0.27 0.17 0.33 0.06 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.18 0.19 0.09 0.16 0.06 0.16 0.08 0.17 0.14 0.18 0.17 0.16 0.15 0.15 0.18 0.20 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.19 0.05 0.12 0.02 0.17 0.01 0.18 0.15 0.16 0.09 0.22 0.20 0.09 0.22 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.11 0.12 0.10 0.16 0.08 0.12 0.08 0.17 0.08 0.09 0.07 0.07 0.19 0.13 0.40 0.16 0.30
C2 0.10 0.21 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.16 0.08 0.12 0.16 0.27 0.18 0.16 0.09 0.14 0.09 0.09 0.30 0.12 0.51 0.44 0.51
C2' 0.08 0.10 0.09 0.08 0.06 0.10 0.11 0.12 0.12 0.16 0.08 0.15 0.10 0.19 0.07 0.14 0.09 0.07 0.13 0.17 0.39 0.14 0.25
C3' 0.08 0.08 0.09 0.11 0.06 0.14 0.07 0.21 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.13 0.11 0.10 0.16 0.11 0.15 0.35 0.12
C4 0.07 0.13 0.08 0.07 0.05 0.08 0.11 0.12 0.10 0.14 0.06 0.18 0.12 0.19 0.07 0.11 0.07 0.08 0.25 0.16 0.43 0.31 0.41
C4' 0.09 0.09 0.09 0.12 0.07 0.15 0.07 0.21 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.07 0.07 0.12 0.11 0.11 0.17 0.08 0.12 0.33 0.13
C5 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.17 0.12 0.18 0.16 0.09 0.18 0.10 0.22 0.09 0.12 0.07 0.08 0.25 0.25 0.40 0.34 0.40
C5' 0.12 0.10 0.13 0.19 0.08 0.25 0.07 0.35 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.07 0.09 0.16 0.18 0.17 0.27 0.08 0.15 0.40 0.27
C6 0.08 0.13 0.08 0.08 0.08 0.08 0.16 0.13 0.19 0.15 0.09 0.22 0.12 0.21 0.09 0.13 0.08 0.09 0.29 0.28 0.43 0.42 0.46
C8 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.18 0.12 0.18 0.18 0.13 0.13 0.09 0.21 0.12 0.12 0.09 0.09 0.19 0.21 0.32 0.20 0.28
N1 0.09 0.19 0.10 0.08 0.09 0.08 0.11 0.15 0.11 0.14 0.12 0.27 0.16 0.18 0.08 0.14 0.09 0.09 0.30 0.21 0.48 0.47 0.51
N3 0.09 0.18 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.15 0.06 0.12 0.13 0.23 0.17 0.15 0.08 0.12 0.08 0.09 0.27 0.10 0.49 0.36 0.47
N6 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.09 0.19 0.13 0.24 0.17 0.15 0.19 0.10 0.23 0.10 0.13 0.08 0.09 0.29 0.33 0.42 0.45 0.46
N7 0.08 0.11 0.10 0.09 0.12 0.10 0.20 0.11 0.22 0.18 0.16 0.14 0.09 0.23 0.12 0.12 0.09 0.09 0.22 0.26 0.34 0.28 0.33
N9 0.07 0.09 0.08 0.07 0.06 0.08 0.13 0.11 0.12 0.16 0.07 0.14 0.09 0.19 0.08 0.10 0.07 0.08 0.20 0.16 0.38 0.22 0.33
O2' 0.12 0.11 0.13 0.17 0.09 0.18 0.17 0.27 0.15 0.29 0.10 0.18 0.09 0.30 0.15 0.13 0.16 0.17 0.37 0.20 0.71 0.33 0.54
O3' 0.14 0.20 0.13 0.17 0.21 0.16 0.25 0.22 0.25 0.23 0.23 0.19 0.19 0.26 0.19 0.11 0.14 0.15 0.27 0.27 0.11 0.57 0.23
O4' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.11 0.06 0.07 0.08 0.11 0.09 0.07 0.05 0.10 0.06 0.07 0.10 0.07 0.26 0.12 0.15
O5' 0.09 0.15 0.12 0.15 0.11 0.23 0.12 0.31 0.16 0.08 0.16 0.16 0.13 0.11 0.08 0.16 0.15 0.14 0.20 0.17 0.13 0.29 0.19
OP1 0.49 0.64 0.56 0.43 0.59 0.28 0.57 0.18 0.60 0.48 0.62 0.64 0.63 0.51 0.52 0.56 0.42 0.33 0.28 0.58 0.29 0.23 0.24
OP2 0.30 0.15 0.33 0.41 0.20 0.47 0.17 0.54 0.14 0.23 0.13 0.14 0.20 0.19 0.24 0.33 0.42 0.35 0.43 0.12 0.36 0.45 0.42
P 0.11 0.28 0.14 0.13 0.21 0.23 0.23 0.33 0.27 0.14 0.30 0.30 0.23 0.19 0.15 0.18 0.14 0.13 0.20 0.29 0.18 0.26 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.16 0.16 0.16
C2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.24 0.00 0.27 0.38 0.35
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.03 0.08 0.15 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.09 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.09 0.12 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.24 0.00 0.27 0.34 0.34
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.27 0.01 0.34 0.39 0.41
C5' 0.04 0.10 0.02 0.03 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.13 0.08 0.08 0.16 0.10 0.04 0.04 0.02 0.00 0.16 0.10 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.28 0.00 0.35 0.44 0.43
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.24 0.01 0.32 0.29 0.37
N1 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.27 0.00 0.32 0.43 0.40
N2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.23 0.01 0.24 0.38 0.32
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.22 0.00 0.24 0.33 0.30
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.27 0.01 0.37 0.37 0.43
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.21 0.01 0.25 0.26 0.29
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05 0.06 0.12 0.06
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.09 0.07 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.07 0.17 0.11 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.02 0.16 0.12 0.11
O5' 0.12 0.24 0.09 0.06 0.24 0.02 0.27 0.00 0.28 0.24 0.27 0.23 0.22 0.27 0.21 0.06 0.06 0.07 0.00 0.29 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.29 0.00 0.39 0.47 0.47
OP1 0.16 0.27 0.08 0.09 0.27 0.08 0.34 0.10 0.35 0.32 0.32 0.24 0.24 0.37 0.25 0.06 0.17 0.16 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.38 0.15 0.12 0.34 0.05 0.39 0.03 0.44 0.29 0.43 0.38 0.33 0.37 0.26 0.12 0.11 0.12 0.02 0.47 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.35 0.10 0.05 0.34 0.02 0.41 0.01 0.43 0.37 0.40 0.32 0.30 0.43 0.29 0.06 0.08 0.11 0.00 0.47 0.00 0.01 0.00