ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51747

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 0, 1, 0, 1, 1, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.019, 0.041, 0.063, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.041 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.019, 0.046, 0.072, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.046 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.021, 0.051, 0.082, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.051 std_dev=0.031
C4 B 0, 0.258, 0.539, 0.820, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.539 std_dev=0.281
C2 B 0, 0.332, 0.625, 0.919, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.625 std_dev=0.294
N3 B 0, 0.326, 0.625, 0.924, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.625 std_dev=0.299
C5 B 0, 0.184, 0.499, 0.814, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.499 std_dev=0.315
N1 B 0, 0.217, 0.558, 0.899, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.558 std_dev=0.341
N9 B 0, 0.293, 0.657, 1.020, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.657 std_dev=0.364
N7 B 0, 0.264, 0.647, 1.030, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.647 std_dev=0.383
C6 B 0, 0.118, 0.503, 0.888, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.503 std_dev=0.385
N2 B 0, 0.418, 0.815, 1.212, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.815 std_dev=0.397
C8 B 0, 0.299, 0.702, 1.105, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.702 std_dev=0.403
O6 B 0, 0.164, 0.654, 1.144, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.654 std_dev=0.490
C1' B 0, 0.307, 0.804, 1.300, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.804 std_dev=0.497
O4' B 0, 0.253, 0.822, 1.391, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.822 std_dev=0.569
C2' B 0, 0.563, 1.410, 2.256, 2.534 max_d=2.534 avg_d=1.410 std_dev=0.846
O4' A 0, -0.010, 0.842, 1.695, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.842 std_dev=0.852
C2' A 0, -0.007, 0.866, 1.738, 2.348 max_d=2.348 avg_d=0.866 std_dev=0.872
O2' B 0, 0.736, 1.614, 2.492, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.614 std_dev=0.878
C4' B 0, 0.265, 1.173, 2.082, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.173 std_dev=0.909
C3' B 0, 0.500, 1.464, 2.428, 2.784 max_d=2.784 avg_d=1.464 std_dev=0.964
C4' A 0, 0.102, 1.176, 2.251, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.176 std_dev=1.075
O3' B 0, 0.724, 1.874, 3.025, 3.423 max_d=3.423 avg_d=1.874 std_dev=1.150
O2' A 0, 0.064, 1.256, 2.448, 3.103 max_d=3.103 avg_d=1.256 std_dev=1.192
O5' B 0, 0.370, 1.612, 2.854, 3.636 max_d=3.636 avg_d=1.612 std_dev=1.242
C3' A 0, 0.034, 1.304, 2.574, 3.421 max_d=3.421 avg_d=1.304 std_dev=1.270
OP1 B 0, 1.253, 2.535, 3.817, 4.615 max_d=4.615 avg_d=2.535 std_dev=1.282
C5' B 0, 0.339, 1.704, 3.070, 3.494 max_d=3.494 avg_d=1.704 std_dev=1.366
OP2 B 0, 1.732, 3.251, 4.769, 5.895 max_d=5.895 avg_d=3.251 std_dev=1.519
P B 0, 0.489, 2.060, 3.632, 4.750 max_d=4.750 avg_d=2.060 std_dev=1.571
O3' A 0, 0.103, 1.760, 3.418, 4.453 max_d=4.453 avg_d=1.760 std_dev=1.657
C5' A 0, 0.018, 1.926, 3.834, 5.244 max_d=5.244 avg_d=1.926 std_dev=1.908
O5' A 0, -0.197, 2.150, 4.497, 6.577 max_d=6.577 avg_d=2.150 std_dev=2.347
P A 0, -0.417, 2.937, 6.292, 9.181 max_d=9.181 avg_d=2.937 std_dev=3.354
OP1 A 0, 0.149, 3.655, 7.161, 9.751 max_d=9.751 avg_d=3.655 std_dev=3.506
OP2 A 0, -1.151, 3.038, 7.227, 11.153 max_d=11.153 avg_d=3.038 std_dev=4.189

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.01 0.17 0.43 0.43 0.24
C2 0.04 0.00 0.41 0.59 0.01 0.41 0.01 0.61 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.43 0.32 0.88 0.94 1.01 1.01
C2' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.21 0.01 0.09 0.19 0.18 0.23 0.31 0.42 0.12 0.13 0.03 0.00 0.02 0.02 0.40 0.84 0.87 0.65
C3' 0.02 0.59 0.00 0.00 0.30 0.01 0.27 0.02 0.33 0.40 0.47 0.57 0.32 0.35 0.17 0.02 0.01 0.02 0.04 0.75 0.33 0.31
C4 0.02 0.01 0.21 0.30 0.00 0.17 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.18 0.17 0.28 0.73 0.38 0.37
C4' 0.02 0.41 0.01 0.01 0.17 0.00 0.06 0.01 0.14 0.32 0.30 0.40 0.09 0.23 0.07 0.24 0.03 0.01 0.02 0.27 0.13 0.09
C5 0.01 0.01 0.09 0.27 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.08 0.09 0.25 1.06 0.48 0.52
C5' 0.07 0.61 0.19 0.02 0.19 0.01 0.10 0.00 0.16 0.56 0.43 0.56 0.11 0.45 0.15 0.07 0.22 0.01 0.01 0.13 0.33 0.01
C6 0.02 0.00 0.18 0.33 0.01 0.14 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.10 0.16 0.30 1.07 0.37 0.55
C8 0.02 0.01 0.23 0.40 0.00 0.32 0.00 0.56 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.36 0.31 0.18 0.86 1.39 1.19 1.09
N1 0.03 0.00 0.31 0.47 0.01 0.30 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.28 0.26 0.64 1.01 0.70 0.81
N3 0.04 0.01 0.42 0.57 0.00 0.40 0.00 0.56 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.43 0.31 0.79 0.75 0.87 0.84
N6 0.02 0.01 0.12 0.32 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.23 0.07 0.12 0.28 1.26 0.44 0.64
N7 0.01 0.01 0.13 0.35 0.00 0.23 0.00 0.45 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.35 0.26 0.09 0.72 1.46 1.08 1.02
N9 0.00 0.01 0.03 0.17 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.16 0.02 0.28 0.76 0.56 0.42
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.10 0.24 0.21 0.07 0.17 0.36 0.11 0.18 0.23 0.35 0.18 0.00 0.07 0.16 0.31 0.91 0.91 0.66
O3' 0.30 0.43 0.02 0.01 0.18 0.03 0.08 0.22 0.10 0.31 0.28 0.43 0.07 0.26 0.16 0.07 0.00 0.21 0.22 0.69 0.37 0.14
O4' 0.01 0.32 0.02 0.02 0.17 0.01 0.09 0.01 0.16 0.18 0.26 0.31 0.12 0.09 0.02 0.16 0.21 0.00 0.09 0.43 0.16 0.20
O5' 0.17 0.88 0.40 0.04 0.28 0.02 0.25 0.01 0.30 0.86 0.64 0.79 0.28 0.72 0.28 0.31 0.22 0.09 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.43 0.94 0.84 0.75 0.73 0.27 1.06 0.13 1.07 1.39 1.01 0.75 1.26 1.46 0.76 0.91 0.69 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 1.01 0.87 0.33 0.38 0.13 0.48 0.33 0.37 1.19 0.70 0.87 0.44 1.08 0.56 0.91 0.37 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.24 1.01 0.65 0.31 0.37 0.09 0.52 0.01 0.55 1.09 0.81 0.84 0.64 1.02 0.42 0.66 0.14 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.39 0.28 0.47 0.57 0.20 0.77 0.32 0.86 0.41 0.18 0.35 0.30 0.25 0.36 0.19 0.44 0.69 0.67 0.45 0.52 0.76 0.46 0.44
C2 0.24 0.31 0.23 0.22 0.13 0.34 0.16 0.35 0.22 0.33 0.32 0.40 0.22 0.32 0.22 0.22 0.31 0.42 0.46 0.26 1.33 0.75 0.74
C2' 0.61 0.58 0.68 0.79 0.64 0.80 0.69 0.91 0.65 0.77 0.60 0.56 0.58 0.79 0.67 0.60 0.83 0.70 0.74 0.67 0.68 0.86 0.71
C3' 0.29 0.53 0.37 0.48 0.51 0.60 0.74 0.76 0.81 0.65 0.67 0.51 0.44 0.87 0.42 0.32 0.59 0.42 0.50 0.98 0.62 0.70 0.38
C4 0.31 0.26 0.27 0.30 0.14 0.54 0.20 0.54 0.27 0.24 0.27 0.31 0.22 0.26 0.19 0.34 0.49 0.52 0.26 0.33 0.94 0.52 0.44
C4' 0.42 0.40 0.57 0.70 0.46 0.79 0.70 1.00 0.75 0.72 0.58 0.34 0.34 0.89 0.45 0.50 0.80 0.55 0.92 0.91 1.23 0.90 0.86
C5 0.30 0.19 0.33 0.25 0.13 0.49 0.17 0.50 0.16 0.29 0.15 0.29 0.19 0.28 0.23 0.45 0.50 0.43 0.20 0.21 0.76 0.44 0.34
C5' 0.89 0.47 1.04 1.26 0.64 1.35 0.81 1.60 0.81 1.00 0.62 0.38 0.51 1.03 0.79 1.02 1.41 1.04 1.61 0.98 1.93 1.69 1.59
C6 0.29 0.15 0.40 0.19 0.18 0.33 0.21 0.34 0.16 0.32 0.09 0.27 0.17 0.31 0.26 0.45 0.38 0.34 0.27 0.20 0.91 0.52 0.46
C8 0.34 0.23 0.38 0.55 0.16 0.78 0.22 0.86 0.23 0.29 0.20 0.30 0.24 0.33 0.20 0.52 0.77 0.58 0.41 0.30 0.46 0.35 0.33
N1 0.25 0.23 0.36 0.23 0.18 0.27 0.23 0.28 0.16 0.34 0.15 0.35 0.20 0.35 0.25 0.32 0.32 0.34 0.41 0.22 1.18 0.66 0.65
N3 0.29 0.32 0.22 0.25 0.15 0.46 0.19 0.45 0.33 0.27 0.36 0.37 0.23 0.23 0.20 0.27 0.38 0.51 0.39 0.40 1.26 0.70 0.66
N6 0.33 0.12 0.53 0.22 0.23 0.30 0.26 0.32 0.23 0.34 0.16 0.24 0.17 0.33 0.30 0.61 0.40 0.30 0.26 0.28 0.79 0.48 0.40
N7 0.33 0.20 0.37 0.40 0.14 0.63 0.18 0.69 0.16 0.31 0.14 0.31 0.21 0.30 0.23 0.59 0.67 0.46 0.27 0.21 0.48 0.36 0.23
N9 0.35 0.26 0.36 0.48 0.17 0.71 0.25 0.76 0.31 0.22 0.27 0.30 0.24 0.32 0.18 0.41 0.65 0.62 0.34 0.39 0.70 0.41 0.35
O2' 0.95 0.54 1.10 1.36 0.71 1.38 0.67 1.59 0.53 1.00 0.50 0.50 0.63 0.82 0.89 0.98 1.41 1.17 1.51 0.48 1.36 1.62 1.62
O3' 0.33 0.68 0.37 0.51 0.71 0.53 1.02 0.72 1.12 0.91 0.92 0.58 0.56 1.19 0.61 0.28 0.56 0.36 0.64 1.34 0.52 0.94 0.62
O4' 0.56 0.48 0.72 0.83 0.57 0.93 0.77 1.08 0.78 0.81 0.63 0.41 0.45 0.95 0.58 0.59 0.91 0.72 0.94 0.90 1.24 0.79 0.83
O5' 0.90 0.31 1.06 1.34 0.44 1.51 0.62 1.72 0.70 0.83 0.52 0.32 0.35 0.84 0.65 1.12 1.57 1.14 1.59 0.95 1.85 1.68 1.51
OP1 1.90 1.26 2.27 2.65 1.15 2.71 0.69 2.70 0.58 0.93 0.88 1.47 1.46 0.60 1.31 2.30 3.06 2.06 2.25 0.48 2.58 2.08 2.09
OP2 1.22 0.45 1.50 1.92 0.55 2.04 0.69 2.27 0.89 0.77 0.69 0.45 0.55 0.84 0.77 1.59 2.30 1.47 1.94 1.24 2.45 1.81 1.91
P 1.21 0.52 1.50 1.90 0.45 2.05 0.38 2.23 0.56 0.65 0.50 0.70 0.64 0.58 0.70 1.54 2.27 1.48 1.93 0.87 2.32 1.98 1.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.25 0.01 0.10 0.03 0.48 0.15 0.19
C2 0.03 0.00 0.37 0.40 0.01 0.10 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.43 0.13 0.45 0.01 1.03 0.53 0.59
C2' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.19 0.02 0.10 0.09 0.17 0.16 0.29 0.45 0.36 0.09 0.02 0.00 0.05 0.03 0.30 0.14 0.31 0.47 0.30
C3' 0.02 0.40 0.00 0.00 0.33 0.01 0.37 0.03 0.42 0.26 0.43 0.41 0.35 0.33 0.22 0.02 0.01 0.02 0.32 0.44 0.37 0.40 0.28
C4 0.02 0.01 0.19 0.33 0.00 0.11 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.29 0.07 0.45 0.01 1.07 0.52 0.59
C4' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.17 0.23 0.13 0.12 0.09 0.24 0.12 0.23 0.02 0.01 0.03 0.20 0.27 0.21 0.03
C5 0.01 0.00 0.10 0.37 0.00 0.18 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.28 0.03 0.61 0.01 1.42 0.72 0.81
C5' 0.03 0.22 0.09 0.03 0.25 0.01 0.37 0.00 0.38 0.40 0.30 0.19 0.17 0.45 0.23 0.14 0.16 0.02 0.01 0.44 0.38 0.37 0.01
C6 0.02 0.00 0.17 0.42 0.01 0.17 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.35 0.06 0.64 0.00 1.52 0.79 0.87
C8 0.01 0.01 0.16 0.26 0.00 0.23 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.16 0.10 0.56 0.02 1.34 0.63 0.73
N1 0.03 0.00 0.29 0.43 0.01 0.13 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.40 0.10 0.57 0.01 1.31 0.69 0.76
N2 0.04 0.00 0.45 0.41 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.49 0.15 0.40 0.01 0.92 0.48 0.53
N3 0.03 0.01 0.36 0.35 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.39 0.12 0.37 0.01 0.87 0.43 0.49
N7 0.01 0.01 0.09 0.33 0.01 0.24 0.00 0.45 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.23 0.06 0.67 0.02 1.62 0.80 0.90
N9 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.12 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.18 0.02 0.38 0.02 0.94 0.42 0.50
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.16 0.23 0.28 0.14 0.26 0.35 0.15 0.16 0.08 0.38 0.21 0.00 0.06 0.19 0.14 0.31 0.24 0.34 0.16
O3' 0.25 0.43 0.05 0.01 0.29 0.02 0.28 0.16 0.35 0.16 0.40 0.49 0.39 0.23 0.18 0.06 0.00 0.13 0.37 0.36 0.61 0.53 0.39
O4' 0.01 0.13 0.03 0.02 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.10 0.10 0.15 0.12 0.06 0.02 0.19 0.13 0.00 0.14 0.05 0.45 0.24 0.19
O5' 0.10 0.45 0.30 0.32 0.45 0.03 0.61 0.01 0.64 0.56 0.57 0.40 0.37 0.67 0.38 0.14 0.37 0.14 0.00 0.72 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.44 0.01 0.20 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.36 0.05 0.72 0.00 1.72 0.91 0.99
OP1 0.48 1.03 0.31 0.37 1.07 0.27 1.42 0.38 1.52 1.34 1.31 0.92 0.87 1.62 0.94 0.24 0.61 0.45 0.03 1.72 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.53 0.47 0.40 0.52 0.21 0.72 0.37 0.79 0.63 0.69 0.48 0.43 0.80 0.42 0.34 0.53 0.24 0.02 0.91 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.59 0.30 0.28 0.59 0.03 0.81 0.01 0.87 0.73 0.76 0.53 0.49 0.90 0.50 0.16 0.39 0.19 0.01 0.99 0.01 0.01 0.00