ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51749

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 1, 1, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, -0.001, 0.003, 0.007, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.003 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.016, 0.074, 0.132, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.074 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.020, 0.108, 0.195, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.108 std_dev=0.087
C3' A 0, 0.009, 0.140, 0.271, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.140 std_dev=0.131
C4' A 0, -0.016, 0.141, 0.297, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.141 std_dev=0.156
O3' A 0, 0.026, 0.198, 0.371, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.198 std_dev=0.172
C2 B 0, 0.204, 0.458, 0.713, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.458 std_dev=0.255
N3 B 0, 0.205, 0.464, 0.723, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.464 std_dev=0.259
N1 B 0, 0.211, 0.479, 0.748, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.479 std_dev=0.268
C4 B 0, 0.224, 0.492, 0.761, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.492 std_dev=0.269
C5 B 0, 0.239, 0.511, 0.783, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.511 std_dev=0.272
C5' A 0, -0.029, 0.250, 0.529, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.250 std_dev=0.279
C6 B 0, 0.215, 0.498, 0.782, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.498 std_dev=0.284
N2 B 0, 0.216, 0.501, 0.787, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.501 std_dev=0.285
O5' A 0, -0.022, 0.282, 0.585, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.282 std_dev=0.304
N7 B 0, 0.273, 0.593, 0.914, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.593 std_dev=0.321
N9 B 0, 0.229, 0.571, 0.913, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.571 std_dev=0.342
C8 B 0, 0.275, 0.626, 0.978, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.626 std_dev=0.352
O6 B 0, 0.185, 0.541, 0.898, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.541 std_dev=0.357
P A 0, 0.016, 0.426, 0.835, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.426 std_dev=0.410
OP2 A 0, 0.011, 0.447, 0.884, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.447 std_dev=0.436
C1' B 0, 0.169, 0.626, 1.084, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.626 std_dev=0.458
OP1 A 0, 0.026, 0.541, 1.056, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.541 std_dev=0.515
O2' B 0, 0.211, 0.734, 1.256, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.734 std_dev=0.523
C2' B 0, 0.119, 0.735, 1.352, 2.583 max_d=2.583 avg_d=0.735 std_dev=0.617
O4' B 0, -0.022, 0.768, 1.558, 3.318 max_d=3.318 avg_d=0.768 std_dev=0.790
C3' B 0, -0.086, 0.901, 1.887, 4.060 max_d=4.060 avg_d=0.901 std_dev=0.987
C4' B 0, -0.146, 0.916, 1.978, 4.394 max_d=4.394 avg_d=0.916 std_dev=1.062
O5' B 0, -0.182, 1.063, 2.308, 5.024 max_d=5.024 avg_d=1.063 std_dev=1.245
O3' B 0, -0.188, 1.068, 2.324, 5.139 max_d=5.139 avg_d=1.068 std_dev=1.256
C5' B 0, -0.318, 1.065, 2.449, 5.628 max_d=5.628 avg_d=1.065 std_dev=1.383
OP2 B 0, -0.444, 1.068, 2.580, 6.174 max_d=6.174 avg_d=1.068 std_dev=1.512
P B 0, -0.492, 1.118, 2.728, 6.503 max_d=6.503 avg_d=1.118 std_dev=1.610
OP1 B 0, -0.767, 1.296, 3.359, 8.262 max_d=8.262 avg_d=1.296 std_dev=2.063

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.12 0.01 0.19 0.22 0.30 0.23
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.10 0.05 0.11 0.09 0.10 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.17 0.19 0.25 0.21
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06 0.03 0.08 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.22 0.27 0.34 0.28
C5' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.15 0.13 0.13 0.08 0.17 0.16 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.24 0.31 0.38 0.31
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.18 0.21 0.24 0.23
N1 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.01 0.22 0.28 0.36 0.29
N3 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.01 0.15 0.17 0.24 0.19
N6 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.26 0.36 0.44 0.35
N7 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.23 0.29 0.34 0.30
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.13 0.14 0.18 0.16
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03
O3' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.11 0.06 0.12 0.10 0.11 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.08 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05
O5' 0.04 0.19 0.03 0.03 0.17 0.01 0.22 0.01 0.24 0.18 0.22 0.15 0.26 0.23 0.13 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.22 0.05 0.06 0.19 0.02 0.27 0.02 0.31 0.21 0.28 0.17 0.36 0.29 0.14 0.04 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.30 0.04 0.05 0.25 0.02 0.34 0.01 0.38 0.24 0.36 0.24 0.44 0.34 0.18 0.03 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.23 0.04 0.04 0.21 0.01 0.28 0.01 0.31 0.23 0.29 0.19 0.35 0.30 0.16 0.03 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.31 0.18 0.18 0.35 0.18 0.64 0.14 0.77 0.10 0.21 0.10 0.29 0.21 0.18 0.24 0.20 0.39 0.61 0.60 0.13 0.80 0.41 0.65
C2 0.41 0.19 0.36 0.48 0.20 0.67 0.11 0.78 0.18 0.30 0.21 0.23 0.21 0.19 0.32 0.34 0.48 0.67 0.70 0.29 0.79 0.49 0.71
C2' 0.32 0.16 0.24 0.47 0.15 0.75 0.13 0.91 0.13 0.21 0.13 0.27 0.19 0.18 0.22 0.23 0.54 0.65 0.74 0.19 1.00 0.56 0.81
C3' 0.33 0.18 0.24 0.48 0.16 0.77 0.13 0.94 0.12 0.21 0.11 0.28 0.21 0.18 0.22 0.24 0.57 0.65 0.75 0.18 1.06 0.58 0.84
C4 0.36 0.22 0.23 0.37 0.20 0.64 0.12 0.76 0.08 0.25 0.18 0.30 0.23 0.18 0.28 0.24 0.38 0.64 0.63 0.16 0.78 0.42 0.67
C4' 0.35 0.21 0.22 0.43 0.21 0.73 0.16 0.87 0.11 0.23 0.12 0.31 0.26 0.19 0.26 0.24 0.50 0.65 0.68 0.12 0.94 0.49 0.75
C5 0.35 0.24 0.22 0.33 0.22 0.60 0.15 0.73 0.10 0.27 0.22 0.31 0.24 0.20 0.29 0.23 0.32 0.62 0.61 0.14 0.75 0.40 0.66
C5' 0.34 0.22 0.21 0.40 0.21 0.71 0.15 0.85 0.10 0.22 0.12 0.32 0.26 0.17 0.25 0.24 0.47 0.64 0.66 0.11 0.92 0.45 0.73
C6 0.37 0.24 0.27 0.36 0.22 0.59 0.15 0.71 0.14 0.30 0.25 0.29 0.23 0.21 0.30 0.27 0.34 0.61 0.62 0.21 0.74 0.42 0.66
C8 0.31 0.24 0.17 0.28 0.21 0.59 0.16 0.73 0.10 0.24 0.18 0.34 0.24 0.19 0.25 0.19 0.29 0.61 0.58 0.10 0.76 0.37 0.64
N1 0.39 0.21 0.33 0.43 0.21 0.62 0.12 0.72 0.18 0.31 0.24 0.25 0.22 0.20 0.32 0.32 0.41 0.62 0.65 0.29 0.75 0.47 0.68
N3 0.40 0.18 0.31 0.45 0.20 0.69 0.11 0.80 0.14 0.26 0.16 0.24 0.22 0.19 0.30 0.29 0.47 0.68 0.68 0.24 0.80 0.46 0.69
N6 0.36 0.24 0.26 0.33 0.23 0.56 0.18 0.67 0.17 0.31 0.25 0.29 0.23 0.23 0.30 0.26 0.31 0.58 0.59 0.21 0.70 0.40 0.64
N7 0.33 0.25 0.18 0.29 0.22 0.58 0.17 0.71 0.12 0.26 0.22 0.33 0.24 0.21 0.27 0.20 0.28 0.61 0.58 0.10 0.75 0.37 0.64
N9 0.32 0.22 0.18 0.33 0.20 0.62 0.13 0.75 0.08 0.23 0.15 0.32 0.23 0.18 0.25 0.20 0.34 0.62 0.60 0.12 0.78 0.39 0.65
O2' 0.36 0.15 0.30 0.55 0.18 0.82 0.15 0.96 0.13 0.24 0.11 0.23 0.19 0.20 0.26 0.28 0.65 0.68 0.79 0.16 1.05 0.63 0.85
O3' 0.35 0.17 0.30 0.57 0.16 0.84 0.14 1.03 0.13 0.22 0.11 0.28 0.20 0.20 0.23 0.28 0.69 0.67 0.84 0.19 1.20 0.68 0.94
O4' 0.30 0.20 0.16 0.31 0.21 0.61 0.16 0.74 0.12 0.22 0.12 0.29 0.24 0.19 0.24 0.19 0.35 0.59 0.57 0.12 0.77 0.37 0.62
O5' 0.29 0.19 0.16 0.33 0.16 0.65 0.11 0.80 0.10 0.17 0.12 0.30 0.21 0.14 0.20 0.20 0.39 0.59 0.60 0.15 0.87 0.38 0.67
OP1 0.32 0.19 0.19 0.38 0.17 0.71 0.11 0.87 0.11 0.18 0.12 0.28 0.22 0.14 0.21 0.23 0.46 0.63 0.65 0.17 0.96 0.42 0.73
OP2 0.22 0.18 0.13 0.23 0.12 0.56 0.13 0.72 0.18 0.14 0.19 0.26 0.17 0.15 0.15 0.16 0.27 0.52 0.51 0.26 0.78 0.27 0.58
P 0.27 0.17 0.14 0.28 0.14 0.62 0.11 0.77 0.12 0.16 0.13 0.26 0.19 0.14 0.18 0.18 0.34 0.57 0.56 0.18 0.83 0.32 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.21 0.20 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.21 0.15 0.08 0.00 0.06 0.28 0.09
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.12 0.01 0.08 0.00 0.12 0.07 0.18 0.25 0.20 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.05 0.08 0.04
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.16 0.00 0.18 0.01 0.20 0.12 0.21 0.21 0.18 0.16 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.06 0.09 0.04
C4 0.01 0.00 0.12 0.16 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.08 0.12 0.00 0.12 0.27 0.14
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.13 0.03 0.11 0.07 0.11 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.08 0.18 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.18 0.04 0.20 0.00 0.21 0.38 0.24
C5' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.06 0.20 0.03 0.12 0.07 0.19 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.09 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.20 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.21 0.08 0.19 0.00 0.21 0.42 0.23
C8 0.00 0.00 0.07 0.12 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.12 0.08 0.26 0.00 0.27 0.32 0.28
N1 0.01 0.00 0.18 0.21 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.22 0.13 0.13 0.00 0.13 0.36 0.16
N2 0.02 0.00 0.25 0.21 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.23 0.18 0.05 0.00 0.06 0.25 0.06
N3 0.01 0.00 0.20 0.18 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.17 0.14 0.06 0.00 0.05 0.22 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.16 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.16 0.03 0.27 0.00 0.31 0.43 0.32
N9 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.13 0.01 0.13 0.20 0.14
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.06 0.04 0.09 0.07 0.15 0.10 0.07 0.04 0.00 0.05 0.06 0.02 0.04 0.06 0.06 0.02
O3' 0.02 0.21 0.01 0.01 0.14 0.01 0.18 0.03 0.21 0.12 0.22 0.23 0.17 0.16 0.08 0.05 0.00 0.01 0.04 0.23 0.11 0.12 0.07
O4' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.08 0.13 0.18 0.14 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03
O5' 0.02 0.08 0.03 0.02 0.12 0.01 0.20 0.01 0.19 0.26 0.13 0.05 0.06 0.27 0.13 0.02 0.04 0.02 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.10 0.21 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.23 0.06 0.22 0.00 0.26 0.48 0.28
OP1 0.03 0.06 0.05 0.06 0.12 0.04 0.21 0.04 0.21 0.27 0.13 0.06 0.05 0.31 0.13 0.06 0.11 0.03 0.01 0.26 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.28 0.08 0.09 0.27 0.03 0.38 0.02 0.42 0.32 0.36 0.25 0.22 0.43 0.20 0.06 0.12 0.04 0.01 0.48 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.04 0.04 0.14 0.01 0.24 0.01 0.23 0.28 0.16 0.06 0.07 0.32 0.14 0.02 0.07 0.03 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00