ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51750

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.016, 0.030, 0.043, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.013, 0.030, 0.048, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.025, 0.047, 0.069, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.047 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.012, 0.034, 0.057, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.034 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.024, 0.048, 0.072, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.048 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.026, 0.056, 0.086, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.056 std_dev=0.030
C4 B 0, 0.270, 0.470, 0.670, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.470 std_dev=0.200
C2' B 0, 0.216, 0.432, 0.648, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.432 std_dev=0.216
N3 B 0, 0.267, 0.508, 0.748, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.508 std_dev=0.240
C5 B 0, 0.316, 0.557, 0.799, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.557 std_dev=0.242
N9 B 0, 0.191, 0.433, 0.675, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.433 std_dev=0.242
C1' B 0, 0.101, 0.379, 0.657, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.379 std_dev=0.278
O2' B 0, 0.187, 0.468, 0.750, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.468 std_dev=0.282
N7 B 0, 0.317, 0.609, 0.902, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.609 std_dev=0.292
C6 B 0, 0.359, 0.657, 0.955, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.657 std_dev=0.298
C8 B 0, 0.245, 0.549, 0.853, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.549 std_dev=0.304
C2 B 0, 0.283, 0.614, 0.946, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.614 std_dev=0.332
C3' B 0, 0.240, 0.577, 0.913, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.577 std_dev=0.336
N1 B 0, 0.332, 0.674, 1.015, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.674 std_dev=0.342
O6 B 0, 0.415, 0.769, 1.123, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.769 std_dev=0.354
O3' B 0, 0.294, 0.684, 1.073, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.684 std_dev=0.390
O4' B 0, 0.065, 0.479, 0.893, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.479 std_dev=0.414
C4' B 0, 0.147, 0.582, 1.017, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.582 std_dev=0.435
N2 B 0, 0.289, 0.724, 1.159, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.724 std_dev=0.435
O3' A 0, 0.309, 0.769, 1.228, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.769 std_dev=0.459
C5' B 0, 0.187, 0.745, 1.304, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.745 std_dev=0.558
OP2 B 0, 0.232, 0.832, 1.431, 2.314 max_d=2.314 avg_d=0.832 std_dev=0.600
O5' B 0, 0.177, 0.784, 1.391, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.784 std_dev=0.607
P B 0, 0.178, 0.835, 1.493, 2.478 max_d=2.478 avg_d=0.835 std_dev=0.657
C3' A 0, -0.280, 0.562, 1.403, 2.489 max_d=2.489 avg_d=0.562 std_dev=0.842
OP1 B 0, 0.031, 0.935, 1.839, 3.486 max_d=3.486 avg_d=0.935 std_dev=0.904
O4' A 0, -0.422, 0.542, 1.506, 2.598 max_d=2.598 avg_d=0.542 std_dev=0.964
C2' A 0, -0.426, 0.567, 1.561, 2.718 max_d=2.718 avg_d=0.567 std_dev=0.993
C4' A 0, -0.248, 0.755, 1.759, 2.952 max_d=2.952 avg_d=0.755 std_dev=1.003
O2' A 0, -0.752, 0.931, 2.614, 4.522 max_d=4.522 avg_d=0.931 std_dev=1.683
C5' A 0, -0.321, 1.614, 3.550, 5.658 max_d=5.658 avg_d=1.614 std_dev=1.935
O5' A 0, -0.159, 2.139, 4.437, 6.919 max_d=6.919 avg_d=2.139 std_dev=2.298
OP1 A 0, 0.822, 3.612, 6.401, 9.926 max_d=9.926 avg_d=3.612 std_dev=2.790
P A 0, -0.161, 2.877, 5.915, 9.140 max_d=9.140 avg_d=2.877 std_dev=3.038
OP2 A 0, -0.339, 3.301, 6.941, 11.276 max_d=11.276 avg_d=3.301 std_dev=3.640

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.32 0.59 0.32 0.37
C2 0.05 0.00 0.36 0.38 0.01 0.49 0.02 1.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.12 0.28 0.78 0.73 1.38 1.07
C2' 0.00 0.36 0.00 0.01 0.18 0.02 0.09 0.11 0.16 0.18 0.28 0.36 0.12 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.56 1.07 0.45 0.64
C3' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.17 0.01 0.08 0.03 0.16 0.19 0.29 0.37 0.10 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.40 1.07 0.34 0.55
C4 0.03 0.01 0.18 0.17 0.00 0.22 0.00 0.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.14 0.21 0.44 0.57 0.44
C4' 0.01 0.49 0.02 0.01 0.22 0.00 0.09 0.01 0.19 0.28 0.37 0.49 0.11 0.19 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.43 0.29 0.08
C5 0.01 0.02 0.09 0.08 0.00 0.09 0.00 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04 0.30 0.76 0.59 0.55
C5' 0.06 1.00 0.11 0.03 0.45 0.01 0.26 0.00 0.44 0.51 0.78 0.94 0.32 0.38 0.13 0.10 0.02 0.01 0.02 0.34 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.16 0.01 0.19 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.09 0.21 0.70 0.71 0.59
C8 0.03 0.02 0.18 0.19 0.01 0.28 0.02 0.51 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.09 0.20 0.97 1.29 1.11 1.09
N1 0.04 0.01 0.28 0.29 0.01 0.37 0.01 0.78 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.20 0.50 0.65 1.11 0.86
N3 0.05 0.01 0.36 0.37 0.01 0.49 0.02 0.94 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.11 0.30 0.71 0.57 1.16 0.90
N6 0.02 0.01 0.12 0.10 0.02 0.11 0.01 0.32 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.05 0.04 0.28 0.90 0.71 0.64
N7 0.02 0.03 0.10 0.12 0.01 0.19 0.01 0.38 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.13 0.82 1.26 1.01 0.98
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.41 0.69 0.51 0.51
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.10 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.60 1.27 0.57 0.76
O3' 0.06 0.12 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.09 0.09 0.11 0.05 0.08 0.05 0.07 0.00 0.07 0.23 1.00 0.40 0.44
O4' 0.00 0.28 0.01 0.01 0.14 0.01 0.04 0.01 0.09 0.20 0.20 0.30 0.04 0.13 0.02 0.01 0.07 0.00 0.16 0.26 0.27 0.27
O5' 0.32 0.78 0.56 0.40 0.21 0.01 0.30 0.02 0.21 0.97 0.50 0.71 0.28 0.82 0.41 0.60 0.23 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.59 0.73 1.07 1.07 0.44 0.43 0.76 0.34 0.70 1.29 0.65 0.57 0.90 1.26 0.69 1.27 1.00 0.26 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.32 1.38 0.45 0.34 0.57 0.29 0.59 0.40 0.71 1.11 1.11 1.16 0.71 1.01 0.51 0.57 0.40 0.27 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.37 1.07 0.64 0.55 0.44 0.08 0.55 0.02 0.59 1.09 0.86 0.90 0.64 0.98 0.51 0.76 0.44 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.37 0.20 0.21 0.26 0.21 0.24 0.29 0.32 0.18 0.37 0.40 0.33 0.18 0.21 0.26 0.21 0.22 0.52 0.32 0.23 0.64 0.52
C2 0.11 0.37 0.14 0.11 0.12 0.12 0.08 0.19 0.07 0.22 0.29 0.49 0.30 0.26 0.10 0.23 0.10 0.12 0.35 0.11 0.41 0.64 0.34
C2' 0.22 0.37 0.32 0.49 0.40 0.34 0.58 0.48 0.62 0.55 0.49 0.33 0.31 0.72 0.37 0.18 0.49 0.23 0.84 0.73 0.29 1.05 0.90
C3' 0.24 0.25 0.20 0.25 0.20 0.26 0.31 0.27 0.40 0.21 0.34 0.25 0.21 0.34 0.18 0.27 0.26 0.30 0.53 0.52 0.35 0.71 0.56
C4 0.14 0.35 0.14 0.14 0.17 0.16 0.11 0.25 0.19 0.21 0.30 0.41 0.30 0.22 0.12 0.23 0.12 0.15 0.44 0.19 0.28 0.60 0.42
C4' 0.75 0.39 0.74 0.76 0.48 0.87 0.37 0.87 0.31 0.57 0.32 0.39 0.48 0.40 0.61 0.80 0.79 0.86 0.77 0.32 1.20 0.86 0.75
C5 0.08 0.26 0.09 0.12 0.08 0.17 0.14 0.28 0.13 0.29 0.19 0.34 0.22 0.30 0.12 0.20 0.08 0.17 0.45 0.17 0.24 0.53 0.42
C5' 1.05 0.40 1.07 1.21 0.52 1.43 0.39 1.52 0.46 0.71 0.44 0.39 0.51 0.41 0.76 1.18 1.30 1.32 1.28 0.66 1.89 1.30 1.33
C6 0.08 0.22 0.06 0.09 0.11 0.15 0.22 0.25 0.18 0.31 0.15 0.34 0.18 0.34 0.17 0.19 0.05 0.18 0.39 0.23 0.30 0.54 0.37
C8 0.14 0.26 0.14 0.18 0.16 0.21 0.18 0.35 0.22 0.24 0.25 0.30 0.23 0.25 0.12 0.22 0.15 0.17 0.54 0.24 0.15 0.47 0.51
N1 0.06 0.28 0.08 0.08 0.07 0.12 0.19 0.20 0.16 0.27 0.17 0.42 0.22 0.32 0.12 0.20 0.06 0.14 0.35 0.24 0.38 0.59 0.34
N3 0.16 0.41 0.17 0.15 0.20 0.15 0.11 0.22 0.20 0.20 0.37 0.48 0.34 0.20 0.14 0.24 0.13 0.15 0.40 0.17 0.37 0.67 0.39
N6 0.17 0.20 0.10 0.14 0.23 0.20 0.31 0.28 0.28 0.35 0.21 0.27 0.17 0.37 0.26 0.18 0.11 0.25 0.39 0.30 0.29 0.48 0.37
N7 0.11 0.21 0.10 0.17 0.11 0.22 0.17 0.35 0.17 0.31 0.18 0.27 0.18 0.29 0.15 0.19 0.12 0.22 0.50 0.19 0.17 0.45 0.46
N9 0.18 0.33 0.16 0.17 0.21 0.19 0.18 0.29 0.26 0.18 0.32 0.38 0.30 0.19 0.14 0.24 0.16 0.17 0.51 0.26 0.22 0.58 0.49
O2' 0.75 0.58 0.94 1.24 0.78 1.06 0.91 1.29 0.79 1.13 0.64 0.50 0.62 1.18 0.88 0.71 1.27 0.81 1.68 0.82 1.15 1.98 1.80
O3' 0.14 0.29 0.21 0.40 0.18 0.35 0.22 0.52 0.31 0.20 0.34 0.33 0.22 0.20 0.15 0.14 0.46 0.21 0.77 0.36 0.27 0.97 0.87
O4' 0.82 0.59 0.82 0.81 0.67 0.85 0.59 0.79 0.50 0.74 0.52 0.58 0.66 0.61 0.75 0.85 0.82 0.86 0.74 0.42 1.12 0.79 0.67
O5' 1.40 0.54 1.41 1.51 0.74 1.77 0.54 1.79 0.53 0.92 0.49 0.52 0.74 0.58 1.03 1.58 1.63 1.68 1.45 0.75 1.99 1.31 1.40
OP1 1.59 0.67 1.60 1.70 0.87 1.95 0.66 1.94 0.64 1.04 0.59 0.67 0.89 0.74 1.17 1.85 1.86 1.85 1.58 0.87 2.20 1.64 1.62
OP2 1.26 0.49 1.23 1.35 0.39 1.74 0.41 1.76 0.86 0.56 0.80 0.55 0.44 0.28 0.73 1.52 1.51 1.63 1.24 1.31 1.81 1.02 1.18
P 1.31 0.28 1.31 1.44 0.48 1.76 0.28 1.80 0.53 0.71 0.45 0.30 0.49 0.32 0.85 1.55 1.59 1.64 1.38 0.92 2.03 1.26 1.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.07 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.25 0.06 0.05
C2 0.06 0.00 0.10 0.12 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.15 0.04 0.11 0.03 0.62 0.34 0.18
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.08 0.12 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.20 0.12 0.09
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.10 0.07 0.11 0.14 0.11 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.18 0.13 0.08
C4 0.03 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.02 0.09 0.02 0.57 0.28 0.15
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.06 0.10 0.08 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.16 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.10 0.03 0.10 0.02 0.71 0.34 0.17
C5' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.11 0.21 0.28 0.02
C6 0.03 0.02 0.06 0.10 0.02 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.12 0.04 0.11 0.01 0.79 0.40 0.20
C8 0.03 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.12 0.03 0.55 0.24 0.12
N1 0.05 0.01 0.08 0.11 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.08 0.14 0.04 0.11 0.02 0.74 0.38 0.20
N2 0.07 0.00 0.12 0.14 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.18 0.06 0.12 0.03 0.60 0.34 0.18
N3 0.07 0.01 0.10 0.11 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.12 0.05 0.10 0.03 0.53 0.28 0.15
N7 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.05 0.00 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.06 0.11 0.03 0.72 0.33 0.16
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.03 0.46 0.19 0.10
O2' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.08 0.12 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.10 0.08 0.05
O3' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.09 0.02 0.10 0.03 0.12 0.07 0.14 0.18 0.12 0.09 0.04 0.03 0.00 0.02 0.09 0.12 0.33 0.18 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.05 0.17 0.12 0.05
O5' 0.04 0.11 0.07 0.08 0.09 0.01 0.10 0.01 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.08 0.04 0.09 0.08 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.03 0.05 0.09 0.02 0.04 0.02 0.11 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.12 0.05 0.11 0.00 0.86 0.44 0.21
OP1 0.25 0.62 0.20 0.18 0.57 0.11 0.71 0.21 0.79 0.55 0.74 0.60 0.53 0.72 0.46 0.10 0.33 0.17 0.02 0.86 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.34 0.12 0.13 0.28 0.16 0.34 0.28 0.40 0.24 0.38 0.34 0.28 0.33 0.19 0.08 0.18 0.12 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.18 0.09 0.08 0.15 0.02 0.17 0.02 0.20 0.12 0.20 0.18 0.15 0.16 0.10 0.05 0.08 0.05 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00