ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51752

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 2, 3, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.017, 0.035, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.035 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.019, 0.037, 0.056, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.037 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.008, 0.031, 0.055, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C2 B 0, 0.209, 0.391, 0.574, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.391 std_dev=0.182
N3 B 0, 0.229, 0.428, 0.626, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.428 std_dev=0.198
C4 B 0, 0.183, 0.424, 0.666, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.424 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.140, 0.386, 0.631, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.386 std_dev=0.245
N2 B 0, 0.252, 0.502, 0.752, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.502 std_dev=0.250
C6 B 0, 0.227, 0.486, 0.746, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.486 std_dev=0.259
C5 B 0, 0.214, 0.476, 0.738, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.476 std_dev=0.262
N9 B 0, 0.190, 0.522, 0.854, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.522 std_dev=0.332
O6 B 0, 0.309, 0.653, 0.997, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.653 std_dev=0.344
N7 B 0, 0.235, 0.603, 0.971, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.603 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.208, 0.596, 0.985, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.596 std_dev=0.388
C8 B 0, 0.204, 0.597, 0.989, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.597 std_dev=0.393
C2' B 0, 0.243, 0.880, 1.517, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.880 std_dev=0.637
O2' B 0, 0.230, 0.988, 1.746, 2.605 max_d=2.605 avg_d=0.988 std_dev=0.758
O4' A 0, 0.158, 1.086, 2.014, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.086 std_dev=0.928
O4' B 0, -0.084, 0.850, 1.785, 3.481 max_d=3.481 avg_d=0.850 std_dev=0.935
C2' A 0, 0.234, 1.176, 2.117, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.176 std_dev=0.941
O2' A 0, 0.273, 1.362, 2.451, 2.980 max_d=2.980 avg_d=1.362 std_dev=1.089
C4' B 0, -0.047, 1.089, 2.225, 4.141 max_d=4.141 avg_d=1.089 std_dev=1.136
C3' B 0, 0.152, 1.290, 2.429, 4.030 max_d=4.030 avg_d=1.290 std_dev=1.139
C4' A 0, 0.329, 1.631, 2.933, 3.639 max_d=3.639 avg_d=1.631 std_dev=1.302
C3' A 0, 0.374, 1.826, 3.278, 4.097 max_d=4.097 avg_d=1.826 std_dev=1.452
O3' B 0, 0.166, 1.737, 3.307, 5.292 max_d=5.292 avg_d=1.737 std_dev=1.571
C5' B 0, -0.547, 1.346, 3.240, 7.025 max_d=7.025 avg_d=1.346 std_dev=1.893
O3' A 0, 0.587, 2.534, 4.481, 5.667 max_d=5.667 avg_d=2.534 std_dev=1.947
O5' B 0, -0.608, 1.559, 3.726, 8.025 max_d=8.025 avg_d=1.559 std_dev=2.167
C5' A 0, 0.475, 2.797, 5.118, 6.348 max_d=6.348 avg_d=2.797 std_dev=2.322
OP2 B 0, 0.404, 2.886, 5.369, 9.621 max_d=9.621 avg_d=2.886 std_dev=2.483
P B 0, -0.514, 2.176, 4.866, 10.239 max_d=10.239 avg_d=2.176 std_dev=2.690
O5' A 0, 1.034, 3.875, 6.716, 7.117 max_d=7.117 avg_d=3.875 std_dev=2.841
OP1 B 0, -0.140, 2.859, 5.859, 11.810 max_d=11.810 avg_d=2.859 std_dev=2.999
P A 0, 1.230, 5.116, 9.001, 9.780 max_d=9.780 avg_d=5.116 std_dev=3.886
OP1 A 0, 1.206, 5.392, 9.577, 11.003 max_d=11.003 avg_d=5.392 std_dev=4.186
OP2 A 0, 1.381, 5.856, 10.331, 11.096 max_d=11.096 avg_d=5.856 std_dev=4.475

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.27 0.42 0.18 0.15
C2 0.02 0.00 0.30 0.62 0.02 0.83 0.02 1.45 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.56 0.55 0.66 1.42 1.77 1.76 1.72
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.15 0.02 0.07 0.02 0.13 0.18 0.23 0.31 0.10 0.13 0.04 0.01 0.01 0.01 0.20 0.72 0.44 0.34
C3' 0.01 0.62 0.00 0.00 0.26 0.00 0.10 0.02 0.22 0.33 0.45 0.62 0.14 0.24 0.06 0.02 0.00 0.02 0.38 0.81 0.47 0.46
C4 0.02 0.02 0.15 0.26 0.00 0.38 0.01 0.64 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.20 0.33 0.63 0.84 0.87 0.81
C4' 0.01 0.83 0.02 0.00 0.38 0.00 0.19 0.01 0.37 0.39 0.65 0.80 0.26 0.24 0.04 0.08 0.03 0.00 0.02 0.66 0.22 0.24
C5 0.02 0.02 0.07 0.10 0.01 0.19 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.07 0.14 0.52 0.62 0.94 0.77
C5' 0.03 1.45 0.02 0.02 0.64 0.01 0.38 0.00 0.68 0.60 1.16 1.31 0.52 0.40 0.12 0.08 0.04 0.01 0.01 0.43 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.22 0.01 0.37 0.01 0.68 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.26 0.17 0.28 0.72 0.96 1.21 1.04
C8 0.01 0.03 0.18 0.33 0.01 0.39 0.01 0.60 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.30 0.36 0.89 0.63 1.08 0.97
N1 0.02 0.00 0.23 0.45 0.01 0.65 0.01 1.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.44 0.39 0.50 1.15 1.49 1.58 1.48
N3 0.03 0.00 0.31 0.62 0.01 0.80 0.01 1.31 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.54 0.52 0.67 1.24 1.55 1.45 1.45
N6 0.03 0.01 0.10 0.14 0.02 0.26 0.01 0.52 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.19 0.11 0.19 0.63 0.87 1.26 1.02
N7 0.02 0.02 0.13 0.24 0.01 0.24 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.15 0.24 0.21 0.74 0.59 1.15 0.94
N9 0.01 0.03 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.39 0.31 0.52 0.43
O2' 0.03 0.56 0.01 0.02 0.27 0.08 0.14 0.08 0.26 0.25 0.44 0.54 0.19 0.15 0.04 0.00 0.04 0.05 0.17 0.98 0.72 0.55
O3' 0.02 0.55 0.01 0.00 0.20 0.03 0.07 0.04 0.17 0.30 0.39 0.52 0.11 0.24 0.05 0.04 0.00 0.03 0.60 1.13 0.97 0.85
O4' 0.00 0.66 0.01 0.02 0.33 0.00 0.14 0.01 0.28 0.36 0.50 0.67 0.19 0.21 0.02 0.05 0.03 0.00 0.39 0.35 0.20 0.20
O5' 0.27 1.42 0.20 0.38 0.63 0.02 0.52 0.01 0.72 0.89 1.15 1.24 0.63 0.74 0.39 0.17 0.60 0.39 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.42 1.77 0.72 0.81 0.84 0.66 0.62 0.43 0.96 0.63 1.49 1.55 0.87 0.59 0.31 0.98 1.13 0.35 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 1.76 0.44 0.47 0.87 0.22 0.94 0.37 1.21 1.08 1.58 1.45 1.26 1.15 0.52 0.72 0.97 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 1.72 0.34 0.46 0.81 0.24 0.77 0.02 1.04 0.97 1.48 1.45 1.02 0.94 0.43 0.55 0.85 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 0.17 0.30 0.29 0.14 0.84 0.19 1.22 0.27 0.20 0.21 0.20 0.19 0.25 0.21 0.57 0.32 0.92 1.17 0.37 1.57 1.15 1.41
C2 0.35 0.21 0.17 0.26 0.20 0.47 0.16 0.66 0.20 0.34 0.19 0.28 0.23 0.33 0.30 0.24 0.19 0.53 0.67 0.37 1.15 0.85 0.73
C2' 1.01 0.39 0.70 0.93 0.57 1.42 0.42 1.77 0.27 0.75 0.28 0.37 0.54 0.49 0.80 0.94 0.76 1.54 1.98 0.24 2.02 1.83 2.14
C3' 0.88 0.57 0.69 0.81 0.77 1.26 0.84 1.70 0.74 1.10 0.62 0.48 0.62 1.03 0.91 0.94 0.68 1.37 2.03 0.77 2.27 2.27 2.51
C4 0.39 0.18 0.24 0.16 0.18 0.53 0.17 0.73 0.25 0.28 0.20 0.23 0.22 0.27 0.28 0.38 0.18 0.67 0.65 0.37 1.03 0.64 0.75
C4' 0.38 0.31 0.66 0.59 0.36 0.96 0.51 1.33 0.54 0.55 0.43 0.28 0.28 0.65 0.38 1.01 0.85 0.91 1.37 0.67 1.99 1.81 1.98
C5 0.39 0.16 0.29 0.20 0.19 0.35 0.21 0.43 0.26 0.28 0.18 0.22 0.24 0.29 0.29 0.36 0.28 0.52 0.30 0.36 0.68 0.51 0.33
C5' 0.57 0.49 1.04 1.00 0.52 1.12 0.83 1.26 0.94 0.77 0.73 0.44 0.41 1.02 0.50 1.43 1.43 0.91 1.15 1.19 1.91 1.89 1.91
C6 0.35 0.18 0.25 0.22 0.22 0.23 0.24 0.30 0.26 0.31 0.14 0.26 0.26 0.33 0.29 0.28 0.22 0.38 0.28 0.40 0.71 0.71 0.26
C8 0.41 0.16 0.42 0.31 0.15 0.54 0.20 0.63 0.25 0.23 0.20 0.20 0.20 0.26 0.24 0.58 0.50 0.74 0.45 0.34 0.66 0.41 0.54
N1 0.34 0.21 0.18 0.22 0.22 0.30 0.22 0.40 0.21 0.34 0.14 0.29 0.25 0.36 0.30 0.22 0.16 0.40 0.39 0.39 0.85 0.71 0.32
N3 0.36 0.20 0.19 0.25 0.19 0.59 0.15 0.86 0.24 0.31 0.21 0.26 0.23 0.27 0.29 0.32 0.17 0.67 0.86 0.38 1.34 0.95 1.00
N6 0.33 0.18 0.30 0.33 0.24 0.17 0.27 0.31 0.31 0.29 0.17 0.27 0.28 0.33 0.28 0.31 0.33 0.26 0.50 0.43 0.85 1.09 0.62
N7 0.41 0.15 0.41 0.35 0.18 0.36 0.21 0.39 0.26 0.25 0.19 0.20 0.22 0.26 0.28 0.49 0.50 0.55 0.30 0.34 0.57 0.57 0.38
N9 0.40 0.17 0.32 0.21 0.16 0.66 0.19 0.89 0.26 0.23 0.20 0.21 0.21 0.25 0.25 0.51 0.31 0.81 0.77 0.36 1.08 0.69 0.91
O2' 1.01 0.31 0.73 1.08 0.45 1.63 0.22 2.05 0.20 0.53 0.18 0.33 0.49 0.25 0.68 1.01 0.99 1.64 2.19 0.36 2.39 1.93 2.34
O3' 1.16 0.73 1.00 1.26 0.97 1.68 1.02 2.23 0.90 1.34 0.76 0.62 0.81 1.24 1.15 1.19 1.14 1.67 2.65 0.92 3.10 2.90 3.31
O4' 0.53 0.24 0.94 0.90 0.28 1.11 0.29 1.36 0.30 0.38 0.24 0.26 0.29 0.36 0.38 1.13 1.14 0.93 1.08 0.39 1.62 1.33 1.48
O5' 0.83 0.43 1.41 1.56 0.53 1.58 0.88 1.66 0.99 0.92 0.70 0.38 0.41 1.19 0.61 1.66 2.04 1.13 1.41 1.32 2.34 2.30 2.23
OP1 1.32 0.41 1.99 2.36 0.60 2.19 0.78 2.09 0.87 0.96 0.55 0.48 0.61 1.09 0.85 2.23 3.08 1.54 1.78 1.24 2.77 2.43 2.49
OP2 0.96 0.84 1.69 1.85 0.68 1.65 0.94 1.71 1.12 0.93 0.96 0.96 0.78 1.19 0.68 1.98 2.45 1.06 1.61 1.46 2.97 2.35 2.51
P 1.02 0.48 1.74 1.93 0.45 1.77 0.76 1.70 0.92 0.80 0.65 0.60 0.53 1.07 0.59 2.04 2.58 1.17 1.44 1.31 2.59 2.26 2.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.07 0.09 0.08 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.17 0.03 0.41 0.35 0.12
C2 0.08 0.00 0.24 0.39 0.01 0.42 0.01 0.69 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.38 0.28 0.41 0.96 0.01 1.12 1.49 1.10
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.03 0.09 0.13 0.14 0.10 0.20 0.29 0.24 0.08 0.04 0.00 0.06 0.02 0.46 0.12 0.70 0.32 0.43
C3' 0.03 0.39 0.01 0.00 0.29 0.01 0.36 0.04 0.38 0.41 0.38 0.47 0.36 0.43 0.25 0.03 0.02 0.02 0.34 0.42 0.79 0.28 0.36
C4 0.04 0.01 0.13 0.29 0.00 0.16 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.23 0.20 0.38 0.01 0.60 0.74 0.28
C4' 0.01 0.42 0.03 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.15 0.38 0.28 0.57 0.41 0.32 0.12 0.29 0.04 0.00 0.02 0.17 0.38 0.31 0.08
C5 0.03 0.01 0.09 0.36 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.37 0.07 0.32 0.02 0.71 0.82 0.19
C5' 0.06 0.69 0.13 0.04 0.22 0.01 0.21 0.00 0.23 0.62 0.46 0.97 0.65 0.55 0.17 0.15 0.16 0.01 0.01 0.27 0.26 0.43 0.01
C6 0.04 0.01 0.14 0.38 0.01 0.15 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.40 0.15 0.35 0.00 0.69 0.94 0.21
C8 0.02 0.01 0.10 0.41 0.00 0.38 0.00 0.62 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.38 0.25 0.78 0.03 1.08 1.06 0.85
N1 0.07 0.01 0.20 0.38 0.02 0.28 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.34 0.29 0.66 0.01 0.85 1.23 0.72
N2 0.09 0.01 0.29 0.47 0.01 0.57 0.01 0.97 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.45 0.33 0.50 1.31 0.03 1.57 2.03 1.61
N3 0.08 0.00 0.24 0.36 0.00 0.41 0.01 0.65 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.35 0.23 0.41 0.89 0.01 0.98 1.25 0.95
N7 0.01 0.01 0.08 0.43 0.01 0.32 0.00 0.55 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.45 0.15 0.68 0.04 1.10 1.14 0.78
N9 0.01 0.02 0.04 0.25 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.20 0.02 0.29 0.01 0.59 0.56 0.22
O2' 0.03 0.38 0.00 0.03 0.23 0.29 0.25 0.15 0.29 0.27 0.34 0.45 0.35 0.28 0.14 0.00 0.08 0.23 0.23 0.30 0.56 0.30 0.29
O3' 0.10 0.28 0.06 0.02 0.23 0.04 0.37 0.16 0.40 0.38 0.34 0.33 0.23 0.45 0.20 0.08 0.00 0.09 0.27 0.47 1.06 0.29 0.43
O4' 0.00 0.41 0.02 0.02 0.20 0.00 0.07 0.01 0.15 0.25 0.29 0.50 0.41 0.15 0.02 0.23 0.09 0.00 0.10 0.10 0.20 0.40 0.21
O5' 0.17 0.96 0.46 0.34 0.38 0.02 0.32 0.01 0.35 0.78 0.66 1.31 0.89 0.68 0.29 0.23 0.27 0.10 0.00 0.34 0.03 0.03 0.01
O6 0.03 0.01 0.12 0.42 0.01 0.17 0.02 0.27 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.30 0.47 0.10 0.34 0.00 0.76 1.01 0.22
OP1 0.41 1.12 0.70 0.79 0.60 0.38 0.71 0.26 0.69 1.08 0.85 1.57 0.98 1.10 0.59 0.56 1.06 0.20 0.03 0.76 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 1.49 0.32 0.28 0.74 0.31 0.82 0.43 0.94 1.06 1.23 2.03 1.25 1.14 0.56 0.30 0.29 0.40 0.03 1.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 1.10 0.43 0.36 0.28 0.08 0.19 0.01 0.21 0.85 0.72 1.61 0.95 0.78 0.22 0.29 0.43 0.21 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00