ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51753

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 1, 2, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.030 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.015, 0.085, 0.156, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.085 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.015, 0.091, 0.166, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.091 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.044, 0.139, 0.234, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.139 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.069, 0.205, 0.341, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.205 std_dev=0.136
C3' A 0, 0.074, 0.216, 0.358, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.216 std_dev=0.142
C5 B 0, 0.096, 0.253, 0.410, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.253 std_dev=0.157
C4 B 0, 0.076, 0.262, 0.449, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.262 std_dev=0.187
O5' A 0, 0.112, 0.303, 0.493, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.303 std_dev=0.190
C6 B 0, 0.122, 0.324, 0.525, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.324 std_dev=0.202
C5' A 0, 0.109, 0.312, 0.515, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.312 std_dev=0.203
O3' A 0, 0.119, 0.337, 0.556, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.337 std_dev=0.219
OP1 A 0, 0.173, 0.417, 0.662, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.417 std_dev=0.245
N7 B 0, 0.134, 0.389, 0.645, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.389 std_dev=0.256
P A 0, 0.144, 0.405, 0.666, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.405 std_dev=0.261
N9 B 0, 0.116, 0.385, 0.654, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.385 std_dev=0.269
N1 B 0, 0.116, 0.389, 0.663, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.389 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.063, 0.351, 0.638, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.351 std_dev=0.288
O6 B 0, 0.156, 0.459, 0.762, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.459 std_dev=0.303
C8 B 0, 0.136, 0.443, 0.750, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.443 std_dev=0.307
C2 B 0, 0.071, 0.401, 0.731, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.401 std_dev=0.330
OP2 A 0, 0.132, 0.471, 0.809, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.471 std_dev=0.339
OP2 B 0, 0.181, 0.581, 0.981, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.581 std_dev=0.400
C1' B 0, 0.146, 0.551, 0.955, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.551 std_dev=0.404
C2' B 0, 0.176, 0.611, 1.047, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.611 std_dev=0.435
P B 0, 0.133, 0.596, 1.059, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.596 std_dev=0.463
C3' B 0, 0.175, 0.657, 1.139, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.657 std_dev=0.482
O4' B 0, 0.101, 0.600, 1.100, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.600 std_dev=0.500
O2' B 0, 0.214, 0.718, 1.222, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.718 std_dev=0.504
N2 B 0, 0.068, 0.577, 1.085, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.577 std_dev=0.508
C4' B 0, 0.134, 0.654, 1.174, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.654 std_dev=0.520
O5' B 0, 0.090, 0.617, 1.143, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.617 std_dev=0.527
C5' B 0, 0.097, 0.662, 1.227, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.662 std_dev=0.565
O3' B 0, 0.238, 0.812, 1.387, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.812 std_dev=0.575
OP1 B 0, 0.167, 0.774, 1.382, 1.893 max_d=1.893 avg_d=0.774 std_dev=0.607

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.01 0.11 0.09 0.10 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.10 0.07 0.10 0.06
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.13 0.10 0.12 0.09
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.11 0.10 0.07 0.12 0.12 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.01 0.14 0.11 0.13 0.10
C8 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.13 0.08 0.14 0.07
N1 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.14 0.01 0.13 0.11 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.01 0.09 0.07 0.09 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.01 0.15 0.13 0.15 0.12
N7 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.01 0.15 0.11 0.15 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.05 0.10 0.05
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03
O3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.02 0.12 0.11 0.14 0.13 0.12 0.12 0.06 0.02 0.00 0.00 0.06 0.08 0.15 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.04 0.13 0.11
O5' 0.03 0.11 0.03 0.04 0.10 0.01 0.13 0.00 0.14 0.13 0.13 0.09 0.15 0.15 0.08 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.09 0.03 0.05 0.07 0.03 0.10 0.04 0.11 0.08 0.11 0.07 0.13 0.11 0.05 0.04 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.10 0.05 0.07 0.10 0.02 0.12 0.03 0.13 0.14 0.12 0.09 0.15 0.15 0.10 0.04 0.15 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.04 0.04 0.06 0.03 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.06 0.12 0.10 0.05 0.03 0.07 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.20 0.17 0.17 0.10 0.16 0.09 0.17 0.10 0.22 0.19 0.26 0.14 0.20 0.15 0.19 0.20 0.15 0.20 0.11 0.20 0.23 0.20
C2 0.17 0.29 0.23 0.25 0.14 0.24 0.11 0.25 0.16 0.10 0.20 0.42 0.26 0.15 0.12 0.24 0.26 0.21 0.26 0.25 0.28 0.28 0.27
C2' 0.15 0.22 0.17 0.17 0.10 0.15 0.10 0.17 0.10 0.22 0.19 0.30 0.16 0.20 0.14 0.18 0.20 0.14 0.20 0.10 0.21 0.25 0.21
C3' 0.14 0.19 0.15 0.15 0.08 0.13 0.08 0.14 0.10 0.20 0.18 0.27 0.13 0.18 0.12 0.17 0.19 0.13 0.16 0.11 0.16 0.20 0.16
C4 0.14 0.22 0.17 0.18 0.11 0.17 0.09 0.19 0.09 0.15 0.15 0.29 0.19 0.16 0.12 0.18 0.20 0.15 0.21 0.15 0.22 0.24 0.22
C4' 0.18 0.16 0.18 0.18 0.07 0.17 0.07 0.17 0.11 0.22 0.17 0.22 0.10 0.17 0.15 0.21 0.21 0.17 0.19 0.14 0.16 0.18 0.16
C5 0.17 0.17 0.20 0.21 0.12 0.20 0.11 0.21 0.11 0.14 0.11 0.22 0.18 0.15 0.14 0.22 0.21 0.17 0.23 0.17 0.23 0.23 0.23
C5' 0.19 0.14 0.20 0.19 0.08 0.19 0.08 0.19 0.13 0.20 0.16 0.18 0.09 0.15 0.15 0.23 0.23 0.19 0.19 0.16 0.16 0.15 0.13
C6 0.21 0.19 0.26 0.27 0.12 0.26 0.09 0.27 0.15 0.11 0.15 0.27 0.21 0.11 0.14 0.29 0.27 0.23 0.26 0.22 0.26 0.25 0.26
C8 0.19 0.12 0.19 0.20 0.14 0.19 0.16 0.21 0.12 0.24 0.11 0.14 0.12 0.23 0.19 0.18 0.23 0.18 0.24 0.14 0.23 0.24 0.23
N1 0.21 0.26 0.27 0.29 0.14 0.28 0.10 0.29 0.17 0.09 0.19 0.38 0.25 0.12 0.13 0.29 0.30 0.25 0.29 0.26 0.29 0.28 0.29
N3 0.14 0.27 0.18 0.20 0.12 0.18 0.10 0.20 0.12 0.13 0.20 0.38 0.23 0.16 0.11 0.19 0.21 0.16 0.22 0.19 0.24 0.26 0.24
N6 0.26 0.15 0.32 0.32 0.12 0.31 0.09 0.31 0.16 0.13 0.17 0.21 0.18 0.11 0.17 0.36 0.32 0.28 0.29 0.22 0.27 0.24 0.27
N7 0.19 0.10 0.19 0.20 0.14 0.19 0.15 0.21 0.12 0.21 0.09 0.13 0.13 0.20 0.18 0.19 0.22 0.18 0.24 0.14 0.24 0.23 0.23
N9 0.15 0.18 0.17 0.17 0.11 0.16 0.11 0.18 0.09 0.20 0.15 0.23 0.15 0.20 0.14 0.17 0.20 0.14 0.21 0.11 0.21 0.23 0.21
O2' 0.16 0.23 0.17 0.17 0.11 0.16 0.11 0.18 0.12 0.23 0.21 0.31 0.16 0.22 0.15 0.19 0.20 0.15 0.21 0.12 0.23 0.27 0.23
O3' 0.14 0.20 0.14 0.14 0.08 0.13 0.08 0.13 0.10 0.20 0.18 0.28 0.14 0.18 0.12 0.16 0.18 0.13 0.15 0.11 0.15 0.20 0.16
O4' 0.21 0.15 0.22 0.21 0.09 0.20 0.07 0.20 0.11 0.24 0.17 0.20 0.10 0.19 0.17 0.24 0.25 0.19 0.22 0.15 0.19 0.20 0.19
O5' 0.18 0.13 0.17 0.17 0.11 0.17 0.13 0.18 0.14 0.22 0.15 0.16 0.10 0.19 0.16 0.19 0.21 0.18 0.18 0.17 0.16 0.14 0.13
OP1 0.26 0.07 0.30 0.31 0.10 0.30 0.08 0.29 0.09 0.18 0.09 0.09 0.09 0.12 0.17 0.34 0.36 0.28 0.27 0.14 0.25 0.14 0.19
OP2 0.42 0.22 0.44 0.45 0.28 0.45 0.24 0.45 0.19 0.34 0.19 0.21 0.27 0.28 0.35 0.45 0.48 0.43 0.44 0.16 0.44 0.32 0.38
P 0.28 0.09 0.29 0.29 0.14 0.29 0.12 0.29 0.08 0.24 0.07 0.10 0.12 0.18 0.22 0.31 0.33 0.29 0.29 0.09 0.27 0.17 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.11 0.09
C2 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.22 0.00 0.23 0.22 0.21
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.08 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.07 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.07 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.16 0.00 0.13 0.14 0.13
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.09 0.08 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.16 0.00 0.13 0.15 0.13
C5' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.11 0.00 0.10 0.00 0.12 0.04 0.15 0.19 0.15 0.07 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.12 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.19 0.00 0.16 0.17 0.15
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.10 0.01 0.08 0.14 0.10
N1 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.21 0.00 0.20 0.21 0.19
N2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.04 0.23 0.01 0.30 0.28 0.27
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.04 0.20 0.00 0.19 0.16 0.17
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.13 0.01 0.10 0.14 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.11 0.01 0.08 0.12 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.04
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.03 0.10 0.11 0.08 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.08 0.13 0.08 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.14 0.12
O5' 0.05 0.22 0.03 0.02 0.16 0.01 0.16 0.00 0.19 0.10 0.21 0.23 0.20 0.13 0.11 0.02 0.06 0.04 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.18 0.00 0.15 0.17 0.15
OP1 0.05 0.23 0.04 0.07 0.13 0.03 0.13 0.04 0.16 0.08 0.20 0.30 0.19 0.10 0.08 0.05 0.13 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.22 0.08 0.06 0.14 0.06 0.15 0.02 0.17 0.14 0.21 0.28 0.16 0.14 0.12 0.07 0.08 0.14 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.21 0.05 0.03 0.13 0.04 0.13 0.01 0.15 0.10 0.19 0.27 0.17 0.11 0.10 0.04 0.06 0.12 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00