ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51754

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.003, 0.026, 0.048, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.004, 0.027, 0.050, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.008, 0.033, 0.057, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.008, 0.034, 0.059, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.034 std_dev=0.026
C2 A 0, -0.001, 0.026, 0.053, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.026 std_dev=0.027
C4 B 0, 0.186, 0.540, 0.894, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.540 std_dev=0.354
N3 B 0, 0.198, 0.553, 0.907, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.553 std_dev=0.355
N9 B 0, 0.241, 0.607, 0.972, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.607 std_dev=0.366
C2' A 0, -0.004, 0.385, 0.774, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.385 std_dev=0.389
C2 B 0, 0.172, 0.567, 0.962, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.567 std_dev=0.395
O4' A 0, -0.009, 0.387, 0.783, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.387 std_dev=0.396
C1' B 0, 0.256, 0.694, 1.132, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.694 std_dev=0.438
C8 B 0, 0.246, 0.710, 1.175, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.710 std_dev=0.465
C5 B 0, 0.126, 0.602, 1.078, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.602 std_dev=0.476
N2 B 0, 0.171, 0.659, 1.147, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.659 std_dev=0.488
N1 B 0, 0.094, 0.584, 1.073, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.584 std_dev=0.489
N7 B 0, 0.204, 0.746, 1.289, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.746 std_dev=0.543
O2' A 0, 0.068, 0.613, 1.158, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.613 std_dev=0.545
C6 B 0, 0.067, 0.631, 1.195, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.631 std_dev=0.564
C4' A 0, 0.004, 0.617, 1.230, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.617 std_dev=0.613
C3' B 0, 0.325, 0.946, 1.566, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.946 std_dev=0.620
C2' B 0, 0.313, 0.982, 1.651, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.982 std_dev=0.669
C4' B 0, 0.288, 0.961, 1.634, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.961 std_dev=0.673
O4' B 0, 0.198, 0.896, 1.594, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.896 std_dev=0.698
O6 B 0, 0.098, 0.798, 1.498, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.798 std_dev=0.700
C3' A 0, 0.009, 0.711, 1.413, 2.143 max_d=2.143 avg_d=0.711 std_dev=0.702
O3' B 0, 0.398, 1.338, 2.277, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.338 std_dev=0.940
C5' A 0, -0.023, 0.967, 1.957, 3.390 max_d=3.390 avg_d=0.967 std_dev=0.990
O3' A 0, 0.025, 1.124, 2.222, 3.045 max_d=3.045 avg_d=1.124 std_dev=1.099
O2' B 0, 0.329, 1.487, 2.644, 3.523 max_d=3.523 avg_d=1.487 std_dev=1.158
O5' A 0, -0.048, 1.129, 2.306, 3.806 max_d=3.806 avg_d=1.129 std_dev=1.177
C5' B 0, 0.138, 1.377, 2.617, 4.158 max_d=4.158 avg_d=1.377 std_dev=1.239
OP1 A 0, 0.080, 1.444, 2.808, 4.572 max_d=4.572 avg_d=1.444 std_dev=1.364
P A 0, -0.007, 1.358, 2.724, 4.560 max_d=4.560 avg_d=1.358 std_dev=1.366
OP2 A 0, -0.117, 1.382, 2.882, 4.987 max_d=4.987 avg_d=1.382 std_dev=1.499
O5' B 0, 0.176, 1.965, 3.755, 5.941 max_d=5.941 avg_d=1.965 std_dev=1.789
OP2 B 0, 0.813, 3.165, 5.518, 7.761 max_d=7.761 avg_d=3.165 std_dev=2.352
P B 0, 0.415, 2.799, 5.182, 7.807 max_d=7.807 avg_d=2.799 std_dev=2.383
OP1 B 0, 0.857, 3.522, 6.187, 8.062 max_d=8.062 avg_d=3.522 std_dev=2.665

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.18 0.01 0.07 0.19 0.36 0.16
C2 0.06 0.00 0.27 0.18 0.02 0.19 0.01 0.35 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.32 0.41 0.29 0.54 0.49 0.61 0.55
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.01 0.07 0.14 0.13 0.16 0.21 0.27 0.09 0.10 0.03 0.00 0.04 0.02 0.32 0.37 0.56 0.41
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.17 0.00 0.26 0.02 0.24 0.39 0.20 0.17 0.28 0.38 0.20 0.03 0.01 0.01 0.16 0.36 0.20 0.17
C4 0.02 0.02 0.14 0.17 0.00 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.19 0.14 0.46 0.41 0.47 0.41
C4' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.17 0.24 0.18 0.18 0.18 0.23 0.12 0.19 0.03 0.00 0.03 0.28 0.21 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.26 0.01 0.16 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.16 0.08 0.58 0.53 0.56 0.52
C5' 0.03 0.35 0.14 0.02 0.25 0.01 0.30 0.00 0.34 0.27 0.36 0.31 0.35 0.31 0.16 0.06 0.16 0.01 0.01 0.27 0.17 0.03
C6 0.02 0.02 0.13 0.24 0.01 0.17 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.18 0.13 0.64 0.60 0.68 0.62
C8 0.02 0.02 0.16 0.39 0.01 0.24 0.01 0.27 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.35 0.17 0.46 0.39 0.26 0.29
N1 0.05 0.01 0.21 0.20 0.02 0.18 0.01 0.36 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.25 0.30 0.23 0.61 0.57 0.69 0.62
N3 0.05 0.00 0.27 0.17 0.01 0.18 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.31 0.40 0.28 0.45 0.40 0.51 0.44
N6 0.01 0.02 0.09 0.28 0.01 0.18 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.21 0.17 0.09 0.68 0.67 0.74 0.68
N7 0.02 0.02 0.10 0.38 0.01 0.23 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.32 0.11 0.59 0.54 0.48 0.49
N9 0.01 0.04 0.03 0.20 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.12 0.12 0.03 0.32 0.30 0.33 0.23
O2' 0.03 0.32 0.00 0.03 0.17 0.19 0.17 0.06 0.19 0.26 0.25 0.31 0.21 0.24 0.12 0.00 0.11 0.17 0.31 0.40 0.61 0.42
O3' 0.18 0.41 0.04 0.01 0.19 0.03 0.16 0.16 0.18 0.35 0.30 0.40 0.17 0.32 0.12 0.11 0.00 0.12 0.08 0.66 0.24 0.30
O4' 0.01 0.29 0.02 0.01 0.14 0.00 0.08 0.01 0.13 0.17 0.23 0.28 0.09 0.11 0.03 0.17 0.12 0.00 0.14 0.19 0.27 0.06
O5' 0.07 0.54 0.32 0.16 0.46 0.03 0.58 0.01 0.64 0.46 0.61 0.45 0.68 0.59 0.32 0.31 0.08 0.14 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.19 0.49 0.37 0.36 0.41 0.28 0.53 0.27 0.60 0.39 0.57 0.40 0.67 0.54 0.30 0.40 0.66 0.19 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.61 0.56 0.20 0.47 0.21 0.56 0.17 0.68 0.26 0.69 0.51 0.74 0.48 0.33 0.61 0.24 0.27 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.16 0.55 0.41 0.17 0.41 0.07 0.52 0.03 0.62 0.29 0.62 0.44 0.68 0.49 0.23 0.42 0.30 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.37 0.19 0.56 0.50 0.14 0.43 0.14 0.71 0.24 0.15 0.27 0.25 0.18 0.12 0.21 0.81 0.63 0.35 1.14 0.30 2.13 1.29 1.41
C2 0.37 0.25 0.60 0.45 0.15 0.52 0.25 0.54 0.39 0.18 0.38 0.24 0.13 0.21 0.21 0.93 0.64 0.57 0.68 0.44 1.69 1.12 0.96
C2' 0.32 0.23 0.81 0.85 0.23 0.63 0.27 0.96 0.32 0.27 0.30 0.25 0.21 0.28 0.27 0.97 0.91 0.38 1.36 0.37 2.17 1.40 1.53
C3' 0.31 0.20 0.40 0.58 0.15 0.58 0.12 0.86 0.18 0.13 0.19 0.29 0.22 0.12 0.18 0.58 0.87 0.48 1.20 0.23 2.04 1.20 1.39
C4 0.36 0.12 0.57 0.44 0.17 0.43 0.18 0.53 0.26 0.19 0.24 0.12 0.18 0.18 0.24 0.79 0.54 0.43 0.87 0.33 1.97 1.18 1.16
C4' 0.64 0.35 0.35 0.36 0.42 0.51 0.31 0.64 0.24 0.40 0.25 0.37 0.47 0.31 0.48 0.67 0.81 0.60 1.03 0.21 1.97 1.09 1.30
C5 0.39 0.15 0.53 0.39 0.25 0.44 0.24 0.52 0.26 0.30 0.18 0.21 0.25 0.29 0.31 0.75 0.47 0.47 0.85 0.34 2.07 1.25 1.21
C5' 0.87 0.67 0.63 0.44 0.69 0.54 0.57 0.42 0.47 0.65 0.51 0.72 0.77 0.56 0.74 0.87 0.87 0.71 0.85 0.39 1.89 0.96 1.16
C6 0.42 0.19 0.52 0.38 0.25 0.48 0.25 0.52 0.26 0.37 0.25 0.27 0.22 0.34 0.35 0.79 0.48 0.54 0.80 0.36 2.00 1.27 1.17
C8 0.36 0.21 0.54 0.40 0.25 0.39 0.25 0.61 0.30 0.25 0.25 0.24 0.29 0.26 0.28 0.72 0.46 0.37 1.06 0.39 2.30 1.37 1.43
N1 0.41 0.23 0.55 0.40 0.19 0.52 0.23 0.57 0.37 0.32 0.38 0.26 0.15 0.27 0.31 0.88 0.56 0.59 0.77 0.46 1.87 1.25 1.12
N3 0.34 0.21 0.61 0.48 0.12 0.46 0.20 0.50 0.31 0.12 0.31 0.20 0.10 0.16 0.17 0.86 0.63 0.47 0.73 0.36 1.71 1.06 0.96
N6 0.43 0.23 0.49 0.37 0.28 0.49 0.29 0.55 0.24 0.44 0.24 0.33 0.25 0.42 0.39 0.76 0.43 0.56 0.83 0.34 2.07 1.34 1.25
N7 0.38 0.23 0.52 0.38 0.29 0.41 0.29 0.55 0.30 0.32 0.20 0.29 0.31 0.33 0.33 0.71 0.42 0.43 0.96 0.40 2.25 1.35 1.35
N9 0.36 0.16 0.57 0.45 0.18 0.40 0.18 0.61 0.26 0.18 0.25 0.16 0.22 0.17 0.24 0.77 0.54 0.36 1.03 0.33 2.15 1.28 1.34
O2' 0.55 0.37 1.13 1.16 0.41 0.83 0.40 1.19 0.41 0.44 0.41 0.36 0.40 0.41 0.47 1.33 1.09 0.49 1.61 0.44 2.26 1.60 1.74
O3' 0.54 0.25 0.52 0.99 0.34 1.04 0.30 1.30 0.27 0.40 0.24 0.29 0.33 0.34 0.41 0.53 1.30 0.87 1.50 0.29 2.07 1.34 1.59
O4' 0.69 0.29 0.46 0.28 0.42 0.42 0.29 0.48 0.21 0.44 0.21 0.29 0.46 0.32 0.52 0.79 0.67 0.58 0.92 0.20 2.01 1.10 1.26
O5' 0.90 0.92 0.80 0.50 0.84 0.49 0.76 0.29 0.72 0.76 0.79 1.04 0.94 0.73 0.84 0.92 0.70 0.67 0.85 0.66 1.97 1.07 1.17
OP1 0.89 0.92 0.81 0.52 0.84 0.48 0.75 0.33 0.72 0.75 0.81 1.03 0.92 0.71 0.83 0.92 0.72 0.66 0.90 0.65 2.02 1.08 1.23
OP2 0.95 1.10 0.73 0.64 0.94 0.67 0.85 0.41 0.86 0.80 1.00 1.27 1.05 0.77 0.89 0.72 0.88 0.82 0.80 0.77 1.82 0.98 1.00
P 0.94 0.97 0.82 0.62 0.88 0.59 0.78 0.37 0.75 0.78 0.85 1.11 0.98 0.74 0.86 0.87 0.86 0.74 0.87 0.67 1.94 1.03 1.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.29 0.01 0.33 0.01 1.09 0.56 0.51
C2 0.03 0.00 0.27 0.26 0.00 0.36 0.01 0.72 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.31 0.32 1.27 0.02 2.33 1.56 1.63
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.02 0.10 0.16 0.14 0.12 0.23 0.32 0.26 0.08 0.04 0.00 0.06 0.03 0.44 0.12 0.80 0.48 0.40
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.20 0.00 0.29 0.02 0.28 0.39 0.25 0.33 0.24 0.40 0.21 0.03 0.01 0.02 0.33 0.32 0.61 0.20 0.20
C4 0.02 0.00 0.14 0.20 0.00 0.13 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.22 0.17 0.79 0.01 1.66 1.05 1.02
C4' 0.01 0.36 0.02 0.00 0.13 0.00 0.09 0.00 0.11 0.33 0.25 0.48 0.35 0.26 0.09 0.26 0.03 0.00 0.01 0.09 0.58 0.35 0.19
C5 0.01 0.01 0.10 0.29 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.21 0.07 0.80 0.01 1.72 1.14 1.07
C5' 0.05 0.72 0.16 0.02 0.28 0.00 0.14 0.00 0.24 0.49 0.52 0.97 0.67 0.39 0.11 0.12 0.21 0.02 0.01 0.18 0.45 0.38 0.02
C6 0.01 0.02 0.14 0.28 0.00 0.11 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.24 0.14 0.91 0.00 1.93 1.31 1.23
C8 0.02 0.00 0.12 0.39 0.00 0.33 0.00 0.49 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.31 0.17 0.20 0.90 0.01 1.63 1.08 1.11
N1 0.02 0.01 0.23 0.25 0.01 0.25 0.01 0.52 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.27 0.24 1.11 0.01 2.21 1.47 1.48
N2 0.04 0.00 0.32 0.33 0.01 0.48 0.01 0.97 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.37 0.38 1.54 0.03 2.73 1.81 1.98
N3 0.04 0.01 0.26 0.24 0.00 0.35 0.01 0.67 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.31 0.31 1.16 0.02 2.01 1.36 1.42
N7 0.01 0.01 0.08 0.40 0.00 0.26 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.22 0.12 0.91 0.01 1.70 1.26 1.17
N9 0.01 0.01 0.04 0.21 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.16 0.02 0.58 0.01 1.39 0.76 0.76
O2' 0.01 0.15 0.00 0.03 0.12 0.26 0.22 0.12 0.20 0.31 0.13 0.23 0.15 0.31 0.17 0.00 0.11 0.18 0.24 0.24 0.59 0.48 0.28
O3' 0.29 0.31 0.06 0.01 0.22 0.03 0.21 0.21 0.24 0.17 0.27 0.37 0.31 0.22 0.16 0.11 0.00 0.19 0.35 0.26 0.59 0.21 0.29
O4' 0.01 0.32 0.03 0.02 0.17 0.00 0.07 0.02 0.14 0.20 0.24 0.38 0.31 0.12 0.02 0.18 0.19 0.00 0.37 0.10 1.06 0.61 0.55
O5' 0.33 1.27 0.44 0.33 0.79 0.01 0.80 0.01 0.91 0.90 1.11 1.54 1.16 0.91 0.58 0.24 0.35 0.37 0.00 0.91 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.02 0.12 0.32 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.24 0.26 0.10 0.91 0.00 1.94 1.38 1.26
OP1 1.09 2.33 0.80 0.61 1.66 0.58 1.72 0.45 1.93 1.63 2.21 2.73 2.01 1.70 1.39 0.59 0.59 1.06 0.01 1.94 0.00 0.02 0.00
OP2 0.56 1.56 0.48 0.20 1.05 0.35 1.14 0.38 1.31 1.08 1.47 1.81 1.36 1.26 0.76 0.48 0.21 0.61 0.02 1.38 0.02 0.00 0.00
P 0.51 1.63 0.40 0.20 1.02 0.19 1.07 0.02 1.23 1.11 1.48 1.98 1.42 1.17 0.76 0.28 0.29 0.55 0.00 1.26 0.00 0.00 0.00