ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51755

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.014, 0.026, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.016, 0.030, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.020, 0.040, 0.059, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.040 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.022
C4 B 0, 0.278, 0.503, 0.729, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.503 std_dev=0.225
C5 B 0, 0.300, 0.546, 0.791, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.546 std_dev=0.245
N9 B 0, 0.381, 0.678, 0.975, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.678 std_dev=0.297
N3 B 0, 0.333, 0.632, 0.931, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.632 std_dev=0.299
C6 B 0, 0.388, 0.722, 1.057, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.722 std_dev=0.334
N7 B 0, 0.286, 0.689, 1.093, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.689 std_dev=0.403
C3' B 0, 0.360, 0.765, 1.169, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.765 std_dev=0.404
C2 B 0, 0.384, 0.790, 1.197, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.790 std_dev=0.406
N1 B 0, 0.413, 0.833, 1.253, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.833 std_dev=0.420
C8 B 0, 0.355, 0.778, 1.200, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.778 std_dev=0.423
C1' B 0, 0.440, 0.898, 1.356, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.898 std_dev=0.458
O6 B 0, 0.461, 0.922, 1.383, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.922 std_dev=0.461
C2' B 0, 0.493, 0.982, 1.470, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.982 std_dev=0.489
N2 B 0, 0.591, 1.106, 1.621, 1.740 max_d=1.740 avg_d=1.106 std_dev=0.515
O5' B 0, 0.737, 1.260, 1.784, 1.790 max_d=1.790 avg_d=1.260 std_dev=0.524
C4' B 0, 0.282, 0.808, 1.333, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.808 std_dev=0.525
C5' B 0, 0.255, 0.802, 1.349, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.802 std_dev=0.547
O4' B 0, 0.261, 0.872, 1.484, 2.105 max_d=2.105 avg_d=0.872 std_dev=0.611
O4' A 0, 0.358, 1.142, 1.926, 1.840 max_d=1.840 avg_d=1.142 std_dev=0.784
O3' B 0, 0.514, 1.316, 2.117, 2.637 max_d=2.637 avg_d=1.316 std_dev=0.802
C2' A 0, 0.418, 1.246, 2.075, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.246 std_dev=0.829
OP2 B 0, 0.795, 1.649, 2.503, 2.770 max_d=2.770 avg_d=1.649 std_dev=0.854
O2' B 0, 0.822, 1.754, 2.686, 2.905 max_d=2.905 avg_d=1.754 std_dev=0.932
P B 0, 0.454, 1.398, 2.342, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.398 std_dev=0.944
O2' A 0, 0.457, 1.451, 2.446, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.451 std_dev=0.995
C4' A 0, 0.630, 1.683, 2.736, 2.654 max_d=2.654 avg_d=1.683 std_dev=1.053
OP1 B 0, 0.830, 2.045, 3.260, 3.314 max_d=3.314 avg_d=2.045 std_dev=1.215
C3' A 0, 0.709, 1.938, 3.166, 3.096 max_d=3.096 avg_d=1.938 std_dev=1.228
O3' A 0, 1.059, 2.779, 4.499, 4.449 max_d=4.449 avg_d=2.779 std_dev=1.720
C5' A 0, 1.068, 2.934, 4.801, 4.615 max_d=4.615 avg_d=2.934 std_dev=1.867
O5' A 0, 1.479, 3.779, 6.078, 6.167 max_d=6.167 avg_d=3.779 std_dev=2.299
P A 0, 1.812, 5.065, 8.317, 8.214 max_d=8.214 avg_d=5.065 std_dev=3.253
OP2 A 0, 1.990, 5.402, 8.815, 8.718 max_d=8.718 avg_d=5.402 std_dev=3.413
OP1 A 0, 1.889, 5.787, 9.685, 10.412 max_d=10.412 avg_d=5.787 std_dev=3.898

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.47 0.30 0.26
C2 0.02 0.00 0.37 0.38 0.01 0.65 0.03 1.08 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.50 0.29 0.64 0.93 1.14 1.53 1.23
C2' 0.00 0.37 0.00 0.01 0.16 0.03 0.04 0.01 0.11 0.25 0.26 0.39 0.05 0.17 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.27 0.49 0.19
C3' 0.04 0.38 0.01 0.00 0.13 0.01 0.14 0.02 0.12 0.37 0.24 0.39 0.14 0.34 0.15 0.01 0.01 0.04 0.15 0.18 0.36 0.12
C4 0.01 0.01 0.16 0.13 0.00 0.27 0.01 0.40 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.09 0.32 0.29 0.62 0.52 0.47
C4' 0.02 0.65 0.03 0.01 0.27 0.00 0.10 0.01 0.21 0.42 0.47 0.65 0.13 0.32 0.07 0.12 0.02 0.01 0.03 0.15 0.31 0.11
C5 0.01 0.03 0.04 0.14 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.11 0.36 0.78 0.26 0.51
C5' 0.03 1.08 0.01 0.02 0.40 0.01 0.21 0.00 0.36 0.74 0.77 1.02 0.26 0.61 0.17 0.13 0.06 0.04 0.01 0.03 0.10 0.03
C6 0.01 0.01 0.11 0.12 0.01 0.21 0.01 0.36 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.14 0.24 0.31 0.79 0.62 0.58
C8 0.02 0.03 0.25 0.37 0.01 0.42 0.01 0.74 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.29 0.35 0.39 1.00 1.20 0.74 1.03
N1 0.02 0.00 0.26 0.24 0.02 0.47 0.02 0.77 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.37 0.17 0.48 0.63 0.95 1.21 0.94
N3 0.01 0.00 0.39 0.39 0.01 0.65 0.02 1.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.49 0.29 0.66 0.84 0.98 1.28 1.07
N6 0.02 0.02 0.05 0.14 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.21 0.14 0.38 0.90 0.49 0.62
N7 0.01 0.03 0.17 0.34 0.02 0.32 0.01 0.61 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.20 0.35 0.24 0.88 1.19 0.61 0.97
N9 0.00 0.02 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.13 0.03 0.40 0.65 0.10 0.41
O2' 0.01 0.50 0.00 0.01 0.22 0.12 0.08 0.13 0.18 0.29 0.37 0.49 0.11 0.20 0.04 0.00 0.07 0.09 0.19 0.53 0.82 0.46
O3' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.09 0.02 0.18 0.06 0.14 0.35 0.17 0.29 0.21 0.35 0.13 0.07 0.00 0.02 0.39 0.54 0.57 0.38
O4' 0.01 0.64 0.01 0.04 0.32 0.01 0.11 0.04 0.24 0.39 0.48 0.66 0.14 0.24 0.03 0.09 0.02 0.00 0.35 0.50 0.19 0.30
O5' 0.25 0.93 0.04 0.15 0.29 0.03 0.36 0.01 0.31 1.00 0.63 0.84 0.38 0.88 0.40 0.19 0.39 0.35 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.47 1.14 0.27 0.18 0.62 0.15 0.78 0.03 0.79 1.20 0.95 0.98 0.90 1.19 0.65 0.53 0.54 0.50 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 1.53 0.49 0.36 0.52 0.31 0.26 0.10 0.62 0.74 1.21 1.28 0.49 0.61 0.10 0.82 0.57 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 1.23 0.19 0.12 0.47 0.11 0.51 0.03 0.58 1.03 0.94 1.07 0.62 0.97 0.41 0.46 0.38 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 0.17 0.40 0.44 0.09 0.56 0.34 0.32 0.33 0.51 0.15 0.32 0.21 0.60 0.20 0.58 0.79 0.39 0.76 0.50 0.77 0.81 0.75
C2 0.43 0.26 0.36 0.29 0.21 0.46 0.25 0.32 0.32 0.34 0.22 0.35 0.31 0.43 0.30 0.46 0.55 0.53 0.16 0.51 0.40 0.62 0.20
C2' 0.70 0.22 0.65 0.64 0.54 0.54 0.68 0.79 0.53 1.07 0.32 0.12 0.30 0.98 0.77 0.94 0.33 0.65 0.53 0.59 0.21 0.70 0.48
C3' 0.81 0.58 0.83 0.87 0.93 0.69 1.24 1.10 1.12 1.62 0.80 0.42 0.58 1.66 1.11 0.92 0.62 0.73 1.18 1.27 0.70 1.75 1.36
C4 0.38 0.21 0.37 0.33 0.07 0.48 0.32 0.27 0.32 0.46 0.15 0.36 0.26 0.59 0.20 0.53 0.75 0.44 0.33 0.49 0.41 0.67 0.39
C4' 0.23 0.42 0.17 0.37 0.62 0.34 1.05 0.40 1.06 1.22 0.71 0.37 0.33 1.44 0.66 0.29 0.73 0.16 0.90 1.32 0.58 1.54 1.08
C5 0.28 0.26 0.32 0.28 0.07 0.37 0.33 0.21 0.31 0.47 0.17 0.42 0.27 0.56 0.19 0.51 0.83 0.28 0.29 0.43 0.28 0.63 0.34
C5' 0.32 0.65 0.38 0.68 0.82 0.60 1.38 0.59 1.44 1.46 1.01 0.59 0.53 1.82 0.80 0.20 1.15 0.30 1.12 1.81 0.80 2.10 1.42
C6 0.26 0.29 0.29 0.21 0.07 0.31 0.26 0.18 0.27 0.34 0.18 0.44 0.29 0.44 0.16 0.41 0.70 0.29 0.19 0.40 0.20 0.59 0.21
C8 0.26 0.24 0.35 0.45 0.16 0.44 0.38 0.29 0.33 0.60 0.18 0.41 0.24 0.63 0.28 0.63 1.04 0.20 0.58 0.45 0.46 0.71 0.57
N1 0.35 0.29 0.31 0.24 0.18 0.37 0.21 0.23 0.27 0.28 0.21 0.39 0.31 0.36 0.24 0.41 0.57 0.41 0.17 0.44 0.28 0.60 0.15
N3 0.45 0.22 0.40 0.32 0.16 0.52 0.28 0.34 0.33 0.38 0.18 0.33 0.28 0.52 0.27 0.51 0.61 0.56 0.23 0.52 0.47 0.66 0.32
N6 0.16 0.35 0.27 0.15 0.10 0.23 0.25 0.16 0.26 0.30 0.25 0.53 0.28 0.37 0.15 0.34 0.72 0.19 0.23 0.34 0.13 0.58 0.20
N7 0.23 0.28 0.32 0.37 0.18 0.36 0.37 0.26 0.32 0.56 0.21 0.46 0.27 0.59 0.28 0.58 1.02 0.18 0.44 0.42 0.33 0.65 0.45
N9 0.34 0.20 0.38 0.42 0.09 0.52 0.35 0.28 0.33 0.54 0.15 0.36 0.23 0.62 0.21 0.59 0.87 0.36 0.55 0.48 0.53 0.72 0.57
O2' 0.73 0.27 0.71 0.74 0.49 0.70 0.51 0.82 0.38 0.84 0.26 0.24 0.36 0.72 0.68 1.05 0.62 0.73 0.21 0.38 0.55 0.16 0.14
O3' 1.17 0.78 1.30 1.44 1.18 1.21 1.45 1.71 1.30 1.89 0.97 0.58 0.82 1.88 1.41 1.39 1.21 1.10 1.65 1.42 1.41 2.28 2.03
O4' 0.33 0.24 0.52 0.80 0.26 0.90 0.69 0.64 0.76 0.74 0.46 0.34 0.23 1.01 0.22 0.51 1.28 0.50 1.12 1.03 0.94 1.23 1.01
O5' 0.49 0.45 0.69 1.08 0.51 1.02 1.08 0.77 1.18 1.13 0.73 0.60 0.46 1.53 0.47 0.66 1.66 0.58 1.33 1.61 1.14 2.21 1.58
OP1 0.62 0.43 0.92 1.38 0.39 1.22 1.02 0.98 1.18 1.00 0.69 0.68 0.50 1.49 0.31 1.02 2.02 0.65 1.50 1.71 1.52 2.44 1.80
OP2 0.54 1.11 0.70 1.12 1.25 0.90 1.95 1.09 2.12 1.88 1.62 0.96 0.89 2.39 1.15 0.32 1.57 0.49 1.63 2.64 1.54 2.89 2.07
P 0.45 0.54 0.69 1.16 0.61 1.03 1.26 0.84 1.40 1.25 0.91 0.67 0.50 1.72 0.53 0.69 1.82 0.51 1.38 1.91 1.29 2.44 1.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.33 0.00 0.29 0.04 0.32 0.19 0.13
C2 0.03 0.00 0.28 0.24 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.27 0.16 0.49 0.02 0.42 0.62 0.38
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.14 0.01 0.06 0.22 0.11 0.16 0.21 0.34 0.28 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.21 0.08 0.32 0.27 0.08
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.27 0.00 0.36 0.01 0.37 0.34 0.32 0.20 0.20 0.39 0.24 0.01 0.01 0.03 0.36 0.41 0.58 0.24 0.32
C4 0.03 0.01 0.14 0.27 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.25 0.13 0.09 0.59 0.01 0.51 0.57 0.43
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.11 0.20 0.06 0.07 0.05 0.19 0.10 0.32 0.02 0.01 0.01 0.14 0.26 0.25 0.03
C5 0.03 0.02 0.06 0.36 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.07 0.05 0.78 0.01 0.69 0.81 0.63
C5' 0.07 0.06 0.22 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.16 0.20 0.10 0.06 0.06 0.23 0.08 0.08 0.21 0.01 0.00 0.20 0.39 0.42 0.02
C6 0.03 0.02 0.11 0.37 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.37 0.06 0.09 0.78 0.01 0.69 0.92 0.66
C8 0.02 0.01 0.16 0.34 0.01 0.20 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.38 0.18 0.07 0.87 0.02 0.75 0.64 0.64
N1 0.03 0.01 0.21 0.32 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.12 0.13 0.65 0.02 0.56 0.80 0.53
N2 0.03 0.01 0.34 0.20 0.02 0.07 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.16 0.38 0.19 0.39 0.04 0.33 0.56 0.30
N3 0.03 0.01 0.28 0.20 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.32 0.15 0.43 0.02 0.38 0.48 0.30
N7 0.03 0.02 0.11 0.39 0.01 0.19 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.43 0.21 0.03 0.93 0.02 0.83 0.90 0.76
N9 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.10 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.24 0.09 0.02 0.59 0.02 0.52 0.42 0.39
O2' 0.02 0.19 0.01 0.01 0.25 0.32 0.37 0.08 0.37 0.38 0.28 0.16 0.15 0.43 0.24 0.00 0.05 0.24 0.35 0.42 0.53 0.21 0.19
O3' 0.33 0.27 0.03 0.01 0.13 0.02 0.07 0.21 0.06 0.18 0.12 0.38 0.32 0.21 0.09 0.05 0.00 0.22 0.37 0.13 0.79 0.47 0.46
O4' 0.00 0.16 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.07 0.13 0.19 0.15 0.03 0.02 0.24 0.22 0.00 0.14 0.07 0.24 0.24 0.07
O5' 0.29 0.49 0.21 0.36 0.59 0.01 0.78 0.00 0.78 0.87 0.65 0.39 0.43 0.93 0.59 0.35 0.37 0.14 0.00 0.86 0.01 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.08 0.41 0.01 0.14 0.01 0.20 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.42 0.13 0.07 0.86 0.00 0.79 1.06 0.76
OP1 0.32 0.42 0.32 0.58 0.51 0.26 0.69 0.39 0.69 0.75 0.56 0.33 0.38 0.83 0.52 0.53 0.79 0.24 0.01 0.79 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.62 0.27 0.24 0.57 0.25 0.81 0.42 0.92 0.64 0.80 0.56 0.48 0.90 0.42 0.21 0.47 0.24 0.02 1.06 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.38 0.08 0.32 0.43 0.03 0.63 0.02 0.66 0.64 0.53 0.30 0.30 0.76 0.39 0.19 0.46 0.07 0.01 0.76 0.01 0.01 0.00