ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51757

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 4, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.019, 0.036, 0.053, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.036 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.016, 0.035, 0.053, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.017, 0.042, 0.066, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.025, 0.053, 0.081, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.053 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.014, 0.207, 0.400, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.207 std_dev=0.193
C2' A 0, 0.074, 0.292, 0.510, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.292 std_dev=0.218
N7 B 0, 0.302, 0.559, 0.817, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.559 std_dev=0.258
C5 B 0, 0.307, 0.566, 0.826, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.566 std_dev=0.260
C8 B 0, 0.285, 0.549, 0.813, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.549 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.279, 0.560, 0.841, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.560 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.344, 0.627, 0.910, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.627 std_dev=0.283
N9 B 0, 0.278, 0.568, 0.858, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.568 std_dev=0.290
C2 B 0, 0.369, 0.667, 0.965, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.667 std_dev=0.298
N3 B 0, 0.326, 0.627, 0.928, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.627 std_dev=0.301
N1 B 0, 0.365, 0.667, 0.968, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.667 std_dev=0.301
O6 B 0, 0.355, 0.677, 0.999, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.677 std_dev=0.322
C1' B 0, 0.399, 0.721, 1.043, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.721 std_dev=0.322
N2 B 0, 0.438, 0.761, 1.084, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.761 std_dev=0.323
O4' B 0, 0.491, 0.830, 1.170, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.830 std_dev=0.340
C2' B 0, 0.416, 0.807, 1.199, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.807 std_dev=0.391
C4' A 0, 0.079, 0.510, 0.940, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.510 std_dev=0.431
O2' A 0, 0.113, 0.561, 1.009, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.561 std_dev=0.448
O2' B 0, 0.656, 1.189, 1.721, 1.842 max_d=1.842 avg_d=1.189 std_dev=0.532
C3' B 0, 0.491, 1.043, 1.594, 1.772 max_d=1.772 avg_d=1.043 std_dev=0.552
C3' A 0, 0.082, 0.641, 1.200, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.641 std_dev=0.559
O5' B 0, 0.530, 1.119, 1.708, 1.909 max_d=1.909 avg_d=1.119 std_dev=0.589
OP2 A 0, 0.336, 0.943, 1.551, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.943 std_dev=0.607
C5' A 0, 0.120, 0.730, 1.340, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.730 std_dev=0.610
C4' B 0, 0.493, 1.113, 1.732, 1.899 max_d=1.899 avg_d=1.113 std_dev=0.620
O5' A 0, 0.380, 1.060, 1.740, 1.808 max_d=1.808 avg_d=1.060 std_dev=0.680
P B 0, 0.655, 1.362, 2.069, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.362 std_dev=0.707
O3' B 0, 0.685, 1.478, 2.271, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.478 std_dev=0.793
P A 0, 0.154, 0.990, 1.827, 2.489 max_d=2.489 avg_d=0.990 std_dev=0.836
C5' B 0, 0.431, 1.341, 2.251, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.341 std_dev=0.910
O3' A 0, 0.013, 1.035, 2.058, 2.889 max_d=2.889 avg_d=1.035 std_dev=1.023
OP1 B 0, 0.592, 1.641, 2.690, 3.836 max_d=3.836 avg_d=1.641 std_dev=1.049
OP2 B 0, 0.814, 2.118, 3.422, 3.727 max_d=3.727 avg_d=2.118 std_dev=1.304
OP1 A 0, 0.145, 1.575, 3.005, 4.143 max_d=4.143 avg_d=1.575 std_dev=1.430

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.11 0.53 0.35 0.11
C2 0.05 0.00 0.17 0.20 0.03 0.09 0.03 0.12 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.42 0.34 0.05 0.21 0.80 0.37 0.29
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.14 0.09 0.10 0.14 0.17 0.08 0.08 0.04 0.01 0.02 0.02 0.32 0.54 0.53 0.29
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.19 0.01 0.28 0.01 0.28 0.34 0.23 0.17 0.33 0.36 0.20 0.02 0.01 0.02 0.21 0.44 0.44 0.09
C4 0.03 0.03 0.09 0.19 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.19 0.03 0.21 0.80 0.37 0.29
C4' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.13 0.19 0.10 0.08 0.15 0.19 0.09 0.21 0.03 0.01 0.02 0.30 0.26 0.05
C5 0.02 0.03 0.07 0.28 0.00 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.14 0.03 0.36 1.00 0.39 0.46
C5' 0.04 0.12 0.14 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.23 0.27 0.18 0.09 0.29 0.31 0.13 0.11 0.14 0.03 0.01 0.21 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.28 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.35 0.17 0.03 0.37 1.03 0.39 0.50
C8 0.02 0.03 0.10 0.34 0.01 0.19 0.01 0.27 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.20 0.05 0.39 0.97 0.42 0.43
N1 0.05 0.00 0.14 0.23 0.03 0.10 0.02 0.18 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.41 0.25 0.04 0.30 0.93 0.37 0.41
N3 0.04 0.01 0.17 0.17 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.39 0.36 0.04 0.14 0.73 0.37 0.22
N6 0.03 0.01 0.08 0.33 0.01 0.15 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.18 0.03 0.45 1.16 0.42 0.62
N7 0.01 0.03 0.08 0.36 0.01 0.19 0.00 0.31 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.22 0.04 0.46 1.13 0.44 0.57
N9 0.01 0.03 0.04 0.20 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.12 0.01 0.20 0.74 0.37 0.23
O2' 0.02 0.42 0.01 0.02 0.30 0.21 0.30 0.11 0.35 0.16 0.41 0.39 0.35 0.22 0.16 0.00 0.07 0.16 0.28 0.45 0.55 0.27
O3' 0.23 0.34 0.02 0.01 0.19 0.03 0.14 0.14 0.17 0.20 0.25 0.36 0.18 0.22 0.12 0.07 0.00 0.15 0.26 0.36 0.67 0.22
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.16 0.15 0.00 0.24 0.47 0.33 0.18
O5' 0.11 0.21 0.32 0.21 0.21 0.02 0.36 0.01 0.37 0.39 0.30 0.14 0.45 0.46 0.20 0.28 0.26 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 0.80 0.54 0.44 0.80 0.30 1.00 0.21 1.03 0.97 0.93 0.73 1.16 1.13 0.74 0.45 0.36 0.47 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.37 0.53 0.44 0.37 0.26 0.39 0.35 0.39 0.42 0.37 0.37 0.42 0.44 0.37 0.55 0.67 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.29 0.29 0.09 0.29 0.05 0.46 0.02 0.50 0.43 0.41 0.22 0.62 0.57 0.23 0.27 0.22 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.37 0.30 0.21 0.29 0.20 0.21 0.45 0.24 0.17 0.32 0.41 0.37 0.16 0.25 0.38 0.21 0.21 0.53 0.23 1.29 0.64 0.62
C2 0.19 0.29 0.22 0.24 0.16 0.25 0.16 0.59 0.16 0.22 0.25 0.37 0.24 0.23 0.17 0.23 0.24 0.18 0.47 0.21 1.29 0.54 0.64
C2' 0.35 0.35 0.35 0.23 0.29 0.18 0.26 0.34 0.28 0.23 0.30 0.39 0.36 0.28 0.28 0.46 0.23 0.26 0.53 0.32 1.22 0.79 0.57
C3' 0.42 0.29 0.44 0.39 0.32 0.34 0.31 0.27 0.28 0.36 0.25 0.30 0.32 0.36 0.36 0.56 0.37 0.39 0.77 0.31 0.95 1.20 0.78
C4 0.19 0.31 0.23 0.20 0.16 0.22 0.12 0.52 0.13 0.22 0.24 0.39 0.27 0.23 0.16 0.27 0.21 0.19 0.51 0.17 1.26 0.52 0.62
C4' 0.49 0.37 0.50 0.45 0.40 0.39 0.37 0.30 0.34 0.40 0.34 0.37 0.40 0.38 0.44 0.58 0.42 0.44 0.81 0.32 1.02 1.12 0.81
C5 0.19 0.25 0.21 0.20 0.13 0.23 0.17 0.50 0.14 0.26 0.17 0.38 0.21 0.28 0.18 0.25 0.21 0.24 0.54 0.22 1.21 0.50 0.62
C5' 0.52 0.28 0.59 0.60 0.33 0.61 0.28 0.55 0.23 0.38 0.23 0.29 0.34 0.32 0.40 0.71 0.58 0.54 1.02 0.22 0.99 1.26 1.02
C6 0.18 0.21 0.19 0.20 0.13 0.23 0.19 0.52 0.17 0.25 0.13 0.35 0.17 0.28 0.18 0.22 0.21 0.24 0.52 0.26 1.22 0.49 0.63
C8 0.21 0.28 0.26 0.22 0.14 0.25 0.15 0.45 0.13 0.28 0.19 0.37 0.26 0.27 0.18 0.33 0.24 0.28 0.59 0.17 1.18 0.57 0.62
N1 0.17 0.23 0.19 0.21 0.13 0.24 0.16 0.57 0.14 0.22 0.17 0.35 0.19 0.25 0.16 0.20 0.22 0.20 0.49 0.24 1.25 0.51 0.64
N3 0.21 0.32 0.24 0.23 0.20 0.25 0.16 0.58 0.18 0.21 0.28 0.39 0.28 0.21 0.19 0.27 0.24 0.18 0.47 0.19 1.30 0.54 0.62
N6 0.21 0.16 0.20 0.22 0.17 0.24 0.23 0.50 0.22 0.27 0.13 0.30 0.16 0.29 0.21 0.22 0.23 0.27 0.53 0.30 1.17 0.47 0.62
N7 0.22 0.24 0.25 0.23 0.16 0.27 0.21 0.46 0.17 0.30 0.16 0.36 0.20 0.31 0.22 0.30 0.24 0.31 0.58 0.22 1.16 0.52 0.62
N9 0.21 0.33 0.25 0.18 0.19 0.20 0.11 0.47 0.15 0.19 0.26 0.40 0.31 0.20 0.16 0.32 0.20 0.19 0.54 0.16 1.25 0.56 0.61
O2' 0.33 0.52 0.32 0.29 0.39 0.34 0.44 0.62 0.52 0.37 0.54 0.57 0.45 0.45 0.32 0.40 0.30 0.30 0.62 0.57 1.64 0.76 0.82
O3' 0.60 0.60 0.62 0.63 0.67 0.51 0.77 0.49 0.75 0.80 0.66 0.55 0.59 0.88 0.68 0.64 0.58 0.56 0.89 0.81 0.83 1.50 0.98
O4' 0.38 0.39 0.38 0.27 0.34 0.21 0.25 0.32 0.26 0.16 0.33 0.41 0.40 0.18 0.31 0.46 0.26 0.26 0.64 0.23 1.22 0.75 0.67
O5' 0.85 0.52 0.94 0.94 0.60 0.92 0.49 0.77 0.41 0.61 0.43 0.53 0.62 0.50 0.68 1.06 0.95 0.84 1.15 0.34 1.12 1.34 1.14
OP1 1.02 1.18 1.20 1.10 1.02 0.97 0.91 0.77 0.98 0.72 1.09 1.26 1.17 0.75 0.90 1.41 1.23 0.86 1.01 0.94 0.90 1.11 0.95
OP2 0.58 0.56 0.68 0.75 0.50 0.84 0.45 0.87 0.45 0.47 0.51 0.60 0.56 0.43 0.51 0.77 0.84 0.65 0.89 0.41 1.12 1.20 0.98
P 0.60 0.52 0.75 0.76 0.47 0.78 0.40 0.69 0.40 0.42 0.46 0.57 0.54 0.37 0.47 0.91 0.83 0.63 0.99 0.38 0.99 1.20 1.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.31 0.04 0.45 0.40 0.32
C2 0.04 0.00 0.10 0.15 0.02 0.10 0.01 0.32 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.19 0.04 0.39 0.02 0.74 0.48 0.48
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.08 0.04 0.09 0.10 0.10 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.25 0.08 0.31 0.28 0.25
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.15 0.09 0.16 0.16 0.14 0.11 0.07 0.02 0.02 0.02 0.31 0.15 0.28 0.25 0.24
C4 0.02 0.02 0.07 0.12 0.00 0.11 0.01 0.35 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.40 0.02 0.75 0.49 0.47
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.16 0.18 0.13 0.08 0.08 0.19 0.12 0.09 0.02 0.01 0.01 0.18 0.19 0.18 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.16 0.00 0.45 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.13 0.04 0.47 0.02 0.93 0.55 0.58
C5' 0.12 0.32 0.04 0.02 0.35 0.01 0.45 0.00 0.46 0.47 0.39 0.27 0.27 0.51 0.33 0.08 0.14 0.03 0.01 0.50 0.23 0.37 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.15 0.02 0.16 0.01 0.46 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.09 0.17 0.04 0.48 0.01 0.98 0.57 0.62
C8 0.02 0.03 0.04 0.09 0.01 0.18 0.02 0.47 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04 0.47 0.04 0.89 0.54 0.55
N1 0.04 0.01 0.09 0.16 0.02 0.13 0.01 0.39 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.11 0.19 0.05 0.45 0.03 0.88 0.54 0.56
N2 0.06 0.01 0.10 0.16 0.03 0.08 0.02 0.27 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.14 0.21 0.06 0.37 0.05 0.69 0.46 0.45
N3 0.04 0.01 0.10 0.14 0.01 0.08 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.10 0.17 0.04 0.36 0.02 0.65 0.45 0.42
N7 0.02 0.02 0.05 0.11 0.01 0.19 0.01 0.51 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.05 0.50 0.04 1.03 0.58 0.63
N9 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.12 0.02 0.33 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.39 0.04 0.68 0.47 0.44
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.03 0.11 0.14 0.10 0.04 0.03 0.00 0.07 0.05 0.12 0.08 0.26 0.18 0.14
O3' 0.03 0.19 0.02 0.02 0.13 0.02 0.13 0.14 0.17 0.08 0.19 0.21 0.17 0.11 0.06 0.07 0.00 0.04 0.34 0.17 0.41 0.26 0.20
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.01 0.05 0.04 0.00 0.35 0.06 0.38 0.45 0.34
O5' 0.31 0.39 0.25 0.31 0.40 0.01 0.47 0.01 0.48 0.47 0.45 0.37 0.36 0.50 0.39 0.12 0.34 0.35 0.00 0.52 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.08 0.15 0.02 0.18 0.02 0.50 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.08 0.17 0.06 0.52 0.00 1.09 0.60 0.69
OP1 0.45 0.74 0.31 0.28 0.75 0.19 0.93 0.23 0.98 0.89 0.88 0.69 0.65 1.03 0.68 0.26 0.41 0.38 0.02 1.09 0.00 0.03 0.01
OP2 0.40 0.48 0.28 0.25 0.49 0.18 0.55 0.37 0.57 0.54 0.54 0.46 0.45 0.58 0.47 0.18 0.26 0.45 0.03 0.60 0.03 0.00 0.02
P 0.32 0.48 0.25 0.24 0.47 0.06 0.58 0.01 0.62 0.55 0.56 0.45 0.42 0.63 0.44 0.14 0.20 0.34 0.01 0.69 0.01 0.02 0.00