ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51759

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4 B 0, 0.188, 0.353, 0.518, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.353 std_dev=0.165
N3 B 0, 0.182, 0.374, 0.565, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.374 std_dev=0.191
C5 B 0, 0.154, 0.351, 0.549, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.351 std_dev=0.198
C6 B 0, 0.178, 0.396, 0.614, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.396 std_dev=0.218
C2 B 0, 0.247, 0.473, 0.698, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.473 std_dev=0.226
N1 B 0, 0.270, 0.497, 0.725, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.497 std_dev=0.227
O4' A 0, 0.185, 0.415, 0.646, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.415 std_dev=0.231
C2' A 0, 0.167, 0.410, 0.653, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.410 std_dev=0.243
N9 B 0, 0.176, 0.431, 0.686, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.431 std_dev=0.255
O2' A 0, 0.249, 0.506, 0.762, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.506 std_dev=0.257
O6 B 0, 0.171, 0.436, 0.702, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.436 std_dev=0.265
N7 B 0, 0.158, 0.434, 0.711, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.434 std_dev=0.276
N2 B 0, 0.332, 0.636, 0.940, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.636 std_dev=0.304
O5' A 0, 0.207, 0.523, 0.838, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.523 std_dev=0.316
C8 B 0, 0.173, 0.496, 0.818, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.496 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.197, 0.534, 0.872, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.534 std_dev=0.337
C4' A 0, 0.416, 0.795, 1.174, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.795 std_dev=0.379
C3' A 0, 0.276, 0.682, 1.087, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.682 std_dev=0.406
O3' A 0, 0.321, 0.846, 1.370, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.846 std_dev=0.525
O4' B 0, 0.437, 1.069, 1.700, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.069 std_dev=0.631
C5' A 0, 0.861, 1.606, 2.352, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.606 std_dev=0.746
P A 0, 0.897, 1.732, 2.568, 2.358 max_d=2.358 avg_d=1.732 std_dev=0.835
C4' B 0, 0.514, 1.463, 2.412, 2.912 max_d=2.912 avg_d=1.463 std_dev=0.949
OP1 A 0, 1.303, 2.459, 3.615, 3.391 max_d=3.391 avg_d=2.459 std_dev=1.156
C2' B 0, 0.363, 1.576, 2.790, 3.696 max_d=3.696 avg_d=1.576 std_dev=1.213
C3' B 0, 0.449, 1.673, 2.896, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.673 std_dev=1.224
OP2 A 0, 1.508, 2.832, 4.155, 3.698 max_d=3.698 avg_d=2.832 std_dev=1.324
O3' B 0, 0.461, 1.884, 3.307, 3.639 max_d=3.639 avg_d=1.884 std_dev=1.423
C5' B 0, 0.816, 2.486, 4.156, 5.084 max_d=5.084 avg_d=2.486 std_dev=1.670
O2' B 0, 0.491, 2.323, 4.155, 5.580 max_d=5.580 avg_d=2.323 std_dev=1.832
O5' B 0, 1.347, 3.639, 5.930, 6.892 max_d=6.892 avg_d=3.639 std_dev=2.291
P B 0, 1.815, 4.704, 7.594, 9.837 max_d=9.837 avg_d=4.704 std_dev=2.890
OP2 B 0, 2.281, 5.214, 8.148, 10.052 max_d=10.052 avg_d=5.214 std_dev=2.934
OP1 B 0, 2.618, 5.929, 9.240, 11.252 max_d=11.252 avg_d=5.929 std_dev=3.311

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.24 0.62 0.21
C2 0.02 0.00 0.12 0.15 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.19 0.03 0.17 0.24 0.70 0.26
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.07 0.10 0.13 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.30 0.75 0.28
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.02 0.08 0.10 0.12 0.14 0.07 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.19 0.33 0.74 0.33
C4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.02 0.16 0.22 0.68 0.26
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.25 0.45 0.15
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.19 0.25 0.67 0.30
C5' 0.05 0.15 0.02 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.19 0.19 0.18 0.13 0.21 0.21 0.13 0.03 0.04 0.03 0.01 0.11 0.18 0.02
C6 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.07 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.20 0.27 0.68 0.32
C8 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.03 0.19 0.21 0.62 0.27
N1 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.16 0.02 0.19 0.26 0.69 0.29
N3 0.02 0.00 0.13 0.14 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.18 0.02 0.15 0.23 0.69 0.24
N6 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.02 0.21 0.31 0.66 0.35
N7 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.03 0.22 0.27 0.63 0.32
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.14 0.20 0.65 0.23
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.07 0.05 0.10 0.11 0.06 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.09 0.34 0.68 0.23
O3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.09 0.01 0.07 0.04 0.11 0.12 0.16 0.18 0.10 0.10 0.04 0.05 0.00 0.02 0.20 0.43 0.77 0.37
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.09 0.27 0.47 0.19
O5' 0.07 0.17 0.15 0.19 0.16 0.03 0.19 0.01 0.20 0.19 0.19 0.15 0.21 0.22 0.14 0.09 0.20 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.24 0.24 0.30 0.33 0.22 0.25 0.25 0.11 0.27 0.21 0.26 0.23 0.31 0.27 0.20 0.34 0.43 0.27 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.62 0.70 0.75 0.74 0.68 0.45 0.67 0.18 0.68 0.62 0.69 0.69 0.66 0.63 0.65 0.68 0.77 0.47 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.21 0.26 0.28 0.33 0.26 0.15 0.30 0.02 0.32 0.27 0.29 0.24 0.35 0.32 0.23 0.23 0.37 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.16 0.83 0.92 0.24 0.77 0.30 1.19 0.30 0.31 0.23 0.16 0.16 0.34 0.25 0.88 0.89 0.68 1.41 0.34 2.84 1.27 1.79
C2 0.27 0.15 0.78 0.63 0.21 0.60 0.30 0.99 0.22 0.39 0.09 0.33 0.11 0.41 0.29 1.04 0.79 0.52 0.71 0.27 1.42 0.44 0.66
C2' 0.28 0.19 0.91 1.12 0.29 1.00 0.34 1.41 0.31 0.38 0.23 0.19 0.21 0.39 0.32 0.99 1.22 0.86 1.55 0.34 3.05 1.50 2.00
C3' 0.27 0.15 0.89 1.10 0.27 1.00 0.33 1.44 0.31 0.38 0.21 0.16 0.18 0.40 0.31 0.99 1.19 0.85 1.59 0.35 3.15 1.57 2.08
C4 0.21 0.09 0.78 0.72 0.20 0.63 0.28 0.99 0.25 0.33 0.11 0.31 0.10 0.36 0.25 0.92 0.78 0.57 0.95 0.31 2.00 0.52 1.06
C4' 0.18 0.17 0.83 0.98 0.23 0.86 0.29 1.33 0.31 0.29 0.25 0.16 0.16 0.33 0.23 0.92 0.95 0.74 1.60 0.36 3.24 1.66 2.14
C5 0.21 0.14 0.69 0.59 0.17 0.55 0.25 0.91 0.21 0.32 0.07 0.35 0.11 0.35 0.23 0.88 0.67 0.51 0.77 0.28 1.67 0.43 0.77
C5' 0.18 0.22 0.82 0.93 0.26 0.81 0.34 1.30 0.37 0.32 0.31 0.20 0.19 0.37 0.25 0.93 0.87 0.72 1.58 0.43 3.22 1.59 2.11
C6 0.22 0.21 0.63 0.47 0.16 0.49 0.24 0.88 0.16 0.34 0.13 0.38 0.14 0.36 0.24 0.90 0.60 0.45 0.57 0.25 1.20 0.66 0.42
C8 0.18 0.09 0.74 0.71 0.18 0.62 0.25 1.00 0.24 0.29 0.12 0.24 0.10 0.32 0.21 0.83 0.71 0.57 1.07 0.30 2.27 0.71 1.27
N1 0.25 0.20 0.66 0.47 0.16 0.51 0.25 0.93 0.16 0.38 0.13 0.37 0.13 0.40 0.26 0.98 0.65 0.44 0.56 0.24 1.05 0.73 0.43
N3 0.25 0.11 0.84 0.77 0.23 0.67 0.31 1.02 0.27 0.36 0.13 0.30 0.12 0.38 0.28 1.00 0.87 0.59 0.94 0.30 1.93 0.50 1.03
N6 0.22 0.24 0.56 0.36 0.15 0.43 0.21 0.84 0.14 0.32 0.19 0.39 0.17 0.34 0.22 0.87 0.51 0.39 0.48 0.21 0.89 0.96 0.29
N7 0.19 0.13 0.68 0.61 0.16 0.55 0.24 0.92 0.21 0.29 0.08 0.31 0.11 0.32 0.21 0.83 0.64 0.52 0.86 0.28 1.87 0.49 0.92
N9 0.19 0.09 0.79 0.79 0.20 0.68 0.28 1.06 0.27 0.30 0.16 0.23 0.11 0.34 0.23 0.88 0.80 0.61 1.16 0.32 2.40 0.83 1.39
O2' 0.28 0.23 0.93 1.24 0.29 1.07 0.33 1.49 0.31 0.35 0.25 0.22 0.24 0.36 0.31 0.96 1.34 0.88 1.72 0.33 3.32 1.89 2.27
O3' 0.34 0.18 0.95 1.26 0.31 1.16 0.36 1.61 0.32 0.43 0.22 0.18 0.22 0.43 0.36 1.05 1.42 0.96 1.78 0.35 3.40 1.91 2.34
O4' 0.18 0.19 0.82 0.88 0.23 0.72 0.29 1.18 0.31 0.28 0.26 0.17 0.18 0.32 0.23 0.88 0.76 0.64 1.49 0.35 3.01 1.45 1.95
O5' 0.24 0.19 0.87 0.92 0.27 0.77 0.35 1.22 0.36 0.37 0.27 0.15 0.19 0.41 0.29 0.96 0.88 0.68 1.45 0.43 2.97 1.31 1.88
OP1 0.21 0.17 0.81 0.90 0.19 0.80 0.22 1.22 0.22 0.23 0.17 0.20 0.18 0.25 0.20 0.88 0.92 0.69 1.42 0.28 3.00 1.35 1.90
OP2 0.53 0.51 1.06 0.93 0.48 0.59 0.45 0.84 0.44 0.47 0.45 0.59 0.53 0.45 0.49 1.20 0.89 0.46 1.02 0.45 2.38 1.11 1.41
P 0.15 0.14 0.82 0.83 0.15 0.66 0.21 1.07 0.23 0.21 0.17 0.20 0.14 0.25 0.16 0.91 0.78 0.56 1.28 0.30 2.79 1.20 1.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.16 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.24 0.03 0.50 0.66 0.27
C2 0.03 0.00 0.42 0.42 0.01 0.33 0.01 0.63 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.26 0.23 0.40 1.02 0.01 1.69 1.04 1.09
C2' 0.00 0.42 0.00 0.01 0.21 0.04 0.09 0.23 0.17 0.27 0.32 0.52 0.42 0.17 0.05 0.00 0.04 0.01 0.19 0.11 0.62 0.37 0.17
C3' 0.02 0.42 0.01 0.00 0.29 0.01 0.37 0.05 0.37 0.48 0.38 0.53 0.39 0.48 0.27 0.02 0.01 0.02 0.16 0.41 0.54 0.23 0.11
C4 0.02 0.01 0.21 0.29 0.00 0.09 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.16 0.20 0.54 0.01 0.75 1.07 0.50
C4' 0.02 0.33 0.04 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.05 0.35 0.19 0.46 0.33 0.29 0.10 0.26 0.05 0.01 0.06 0.07 0.64 0.29 0.25
C5 0.02 0.01 0.09 0.37 0.00 0.08 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.28 0.08 0.55 0.01 0.47 1.53 0.67
C5' 0.16 0.63 0.23 0.05 0.28 0.01 0.28 0.00 0.28 0.62 0.44 0.86 0.59 0.55 0.27 0.15 0.19 0.03 0.01 0.30 0.31 0.32 0.07
C6 0.02 0.01 0.17 0.37 0.01 0.05 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.32 0.16 0.58 0.00 0.70 1.47 0.64
C8 0.01 0.01 0.27 0.48 0.01 0.35 0.00 0.62 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.43 0.27 0.24 0.90 0.02 0.74 1.92 1.20
N1 0.02 0.00 0.32 0.38 0.01 0.19 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.27 0.30 0.79 0.01 1.28 1.16 0.81
N2 0.03 0.00 0.52 0.53 0.02 0.46 0.02 0.86 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.27 0.48 1.33 0.01 2.28 1.27 1.55
N3 0.03 0.00 0.42 0.39 0.01 0.33 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.19 0.39 0.95 0.01 1.50 0.93 0.96
N7 0.01 0.01 0.17 0.48 0.00 0.29 0.00 0.55 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.40 0.35 0.14 0.85 0.02 0.72 2.10 1.20
N9 0.01 0.02 0.05 0.27 0.00 0.10 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.10 0.01 0.43 0.02 0.34 1.16 0.52
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.10 0.26 0.22 0.15 0.18 0.43 0.15 0.41 0.27 0.40 0.18 0.00 0.13 0.18 0.16 0.25 0.52 0.35 0.08
O3' 0.20 0.23 0.04 0.01 0.16 0.05 0.28 0.19 0.32 0.27 0.27 0.27 0.19 0.35 0.10 0.13 0.00 0.17 0.23 0.38 0.67 0.11 0.23
O4' 0.01 0.40 0.01 0.02 0.20 0.01 0.08 0.03 0.16 0.24 0.30 0.48 0.39 0.14 0.01 0.18 0.17 0.00 0.26 0.11 0.55 0.59 0.31
O5' 0.24 1.02 0.19 0.16 0.54 0.06 0.55 0.01 0.58 0.90 0.79 1.33 0.95 0.85 0.43 0.16 0.23 0.26 0.00 0.60 0.01 0.04 0.01
O6 0.03 0.01 0.11 0.41 0.01 0.07 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.38 0.11 0.60 0.00 0.60 1.74 0.76
OP1 0.50 1.69 0.62 0.54 0.75 0.64 0.47 0.31 0.70 0.74 1.28 2.28 1.50 0.72 0.34 0.52 0.67 0.55 0.01 0.60 0.00 0.01 0.00
OP2 0.66 1.04 0.37 0.23 1.07 0.29 1.53 0.32 1.47 1.92 1.16 1.27 0.93 2.10 1.16 0.35 0.11 0.59 0.04 1.74 0.01 0.00 0.00
P 0.27 1.09 0.17 0.11 0.50 0.25 0.67 0.07 0.64 1.20 0.81 1.55 0.96 1.20 0.52 0.08 0.23 0.31 0.01 0.76 0.00 0.00 0.00