ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51762

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.006, 0.028, 0.051, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.012, 0.037, 0.063, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.012, 0.040, 0.068, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.040 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.014, 0.049, 0.085, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.049 std_dev=0.036
N1 B 0, 0.166, 0.358, 0.549, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.358 std_dev=0.191
C4 B 0, 0.054, 0.269, 0.483, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.269 std_dev=0.214
C2 B 0, 0.136, 0.359, 0.583, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.359 std_dev=0.223
N3 B 0, 0.096, 0.343, 0.590, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.343 std_dev=0.247
C5 B 0, 0.116, 0.376, 0.636, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.376 std_dev=0.260
C6 B 0, 0.142, 0.418, 0.694, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.418 std_dev=0.276
N9 B 0, 0.050, 0.397, 0.743, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.397 std_dev=0.346
N2 B 0, 0.157, 0.559, 0.960, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.559 std_dev=0.401
N7 B 0, 0.155, 0.580, 1.005, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.580 std_dev=0.425
O6 B 0, 0.191, 0.619, 1.047, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.619 std_dev=0.428
C8 B 0, 0.117, 0.550, 0.983, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.550 std_dev=0.433
C1' B 0, 0.001, 0.516, 1.031, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.516 std_dev=0.515
O4' B 0, 0.107, 0.647, 1.187, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.647 std_dev=0.540
C4' B 0, 0.146, 1.091, 2.036, 2.934 max_d=2.934 avg_d=1.091 std_dev=0.945
C3' B 0, 0.134, 1.162, 2.190, 3.115 max_d=3.115 avg_d=1.162 std_dev=1.028
C2' B 0, 0.025, 1.075, 2.124, 3.144 max_d=3.144 avg_d=1.075 std_dev=1.050
O4' A 0, 0.035, 1.157, 2.280, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.157 std_dev=1.122
C2' A 0, 0.029, 1.263, 2.497, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.263 std_dev=1.234
O3' B 0, 0.166, 1.433, 2.700, 3.583 max_d=3.583 avg_d=1.433 std_dev=1.267
C5' B 0, 0.185, 1.513, 2.840, 4.132 max_d=4.132 avg_d=1.513 std_dev=1.327
O2' B 0, 0.199, 1.588, 2.978, 4.105 max_d=4.105 avg_d=1.588 std_dev=1.390
O5' B 0, -0.136, 1.290, 2.716, 4.399 max_d=4.399 avg_d=1.290 std_dev=1.426
O2' A 0, 0.113, 1.633, 3.154, 3.586 max_d=3.586 avg_d=1.633 std_dev=1.521
OP1 B 0, 0.306, 1.855, 3.404, 4.733 max_d=4.733 avg_d=1.855 std_dev=1.549
P B 0, -0.307, 1.278, 2.863, 4.746 max_d=4.746 avg_d=1.278 std_dev=1.585
C4' A 0, 0.062, 1.737, 3.413, 3.906 max_d=3.906 avg_d=1.737 std_dev=1.676
OP2 B 0, 0.337, 2.209, 4.082, 5.607 max_d=5.607 avg_d=2.209 std_dev=1.873
C3' A 0, 0.005, 1.906, 3.806, 4.453 max_d=4.453 avg_d=1.906 std_dev=1.900
O3' A 0, -0.044, 2.627, 5.297, 6.269 max_d=6.269 avg_d=2.627 std_dev=2.671
C5' A 0, -0.004, 2.883, 5.770, 6.812 max_d=6.812 avg_d=2.883 std_dev=2.887
O5' A 0, -0.466, 3.085, 6.636, 8.267 max_d=8.267 avg_d=3.085 std_dev=3.551
OP1 A 0, -0.217, 4.480, 9.177, 11.321 max_d=11.321 avg_d=4.480 std_dev=4.697
P A 0, -0.771, 3.952, 8.676, 10.712 max_d=10.712 avg_d=3.952 std_dev=4.723
OP2 A 0, -0.271, 4.513, 9.297, 11.384 max_d=11.384 avg_d=4.513 std_dev=4.784

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.01 0.36 0.31 0.37 0.32
C2 0.03 0.00 0.38 0.60 0.01 0.86 0.00 1.54 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.57 0.24 0.69 1.52 1.57 1.48 1.55
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.19 0.03 0.07 0.20 0.15 0.21 0.28 0.39 0.10 0.13 0.02 0.00 0.01 0.02 0.58 0.92 0.56 0.71
C3' 0.01 0.60 0.00 0.00 0.38 0.01 0.34 0.02 0.44 0.19 0.55 0.55 0.42 0.22 0.17 0.03 0.01 0.02 0.40 0.75 0.54 0.54
C4 0.02 0.01 0.19 0.38 0.00 0.41 0.00 0.67 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.30 0.10 0.35 0.58 0.63 0.64 0.55
C4' 0.01 0.86 0.03 0.01 0.41 0.00 0.22 0.01 0.40 0.35 0.68 0.83 0.29 0.20 0.06 0.26 0.02 0.00 0.03 0.48 0.30 0.13
C5 0.01 0.00 0.07 0.34 0.00 0.22 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.09 0.13 0.44 0.50 0.54 0.39
C5' 0.09 1.54 0.20 0.02 0.67 0.01 0.35 0.00 0.69 0.59 1.21 1.40 0.50 0.35 0.10 0.10 0.20 0.02 0.01 0.41 0.35 0.02
C6 0.02 0.00 0.15 0.44 0.00 0.40 0.00 0.69 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.16 0.28 0.68 0.64 0.72 0.61
C8 0.01 0.01 0.21 0.19 0.00 0.35 0.00 0.59 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.39 0.11 0.37 1.02 1.08 0.99 1.06
N1 0.02 0.00 0.28 0.55 0.01 0.68 0.01 1.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.46 0.22 0.52 1.21 1.19 1.20 1.20
N3 0.03 0.00 0.39 0.55 0.00 0.83 0.01 1.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.55 0.21 0.71 1.30 1.38 1.25 1.31
N6 0.01 0.01 0.10 0.42 0.01 0.29 0.01 0.50 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.34 0.18 0.18 0.55 0.54 0.62 0.46
N7 0.01 0.01 0.13 0.22 0.01 0.20 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.09 0.21 0.78 0.97 0.85 0.87
N9 0.01 0.01 0.02 0.17 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.08 0.01 0.43 0.44 0.48 0.42
O2' 0.02 0.57 0.00 0.03 0.30 0.26 0.29 0.10 0.35 0.39 0.46 0.55 0.34 0.37 0.17 0.00 0.06 0.18 0.36 0.85 0.46 0.54
O3' 0.26 0.24 0.01 0.01 0.10 0.02 0.09 0.20 0.16 0.11 0.22 0.21 0.18 0.09 0.08 0.06 0.00 0.19 0.56 0.93 0.97 0.69
O4' 0.01 0.69 0.02 0.02 0.35 0.00 0.13 0.02 0.28 0.37 0.52 0.71 0.18 0.21 0.01 0.18 0.19 0.00 0.38 0.21 0.39 0.24
O5' 0.36 1.52 0.58 0.40 0.58 0.03 0.44 0.01 0.68 1.02 1.21 1.30 0.55 0.78 0.43 0.36 0.56 0.38 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.31 1.57 0.92 0.75 0.63 0.48 0.50 0.41 0.64 1.08 1.19 1.38 0.54 0.97 0.44 0.85 0.93 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 1.48 0.56 0.54 0.64 0.30 0.54 0.35 0.72 0.99 1.20 1.25 0.62 0.85 0.48 0.46 0.97 0.39 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.32 1.55 0.71 0.54 0.55 0.13 0.39 0.02 0.61 1.06 1.20 1.31 0.46 0.87 0.42 0.54 0.69 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.23 0.31 0.55 0.15 0.71 0.25 1.07 0.28 0.30 0.26 0.26 0.18 0.34 0.14 0.26 0.62 0.48 1.18 0.33 0.74 1.19 0.93
C2 0.16 0.23 0.09 0.30 0.04 0.48 0.19 0.87 0.18 0.35 0.21 0.34 0.15 0.41 0.17 0.10 0.28 0.43 1.09 0.29 0.98 1.70 1.04
C2' 0.86 0.43 0.82 0.96 0.53 0.99 0.42 1.14 0.29 0.66 0.31 0.45 0.54 0.50 0.69 1.08 0.95 0.97 1.82 0.24 0.75 1.74 1.65
C3' 0.74 0.61 0.73 0.87 0.77 0.83 0.88 1.07 0.81 1.06 0.68 0.53 0.63 1.05 0.85 0.85 0.83 0.75 1.86 0.86 1.14 2.12 2.05
C4 0.10 0.25 0.09 0.26 0.11 0.47 0.23 0.80 0.26 0.33 0.26 0.31 0.19 0.38 0.12 0.15 0.32 0.42 0.98 0.31 0.82 1.34 0.82
C4' 0.24 0.33 0.26 0.39 0.35 0.53 0.52 0.61 0.57 0.50 0.45 0.29 0.29 0.63 0.32 0.27 0.59 0.26 0.76 0.71 0.50 1.03 0.98
C5 0.06 0.28 0.14 0.06 0.12 0.29 0.24 0.56 0.26 0.28 0.26 0.35 0.23 0.36 0.09 0.32 0.17 0.33 0.71 0.31 0.74 1.16 0.56
C5' 0.73 0.48 0.76 0.81 0.56 0.96 0.83 0.74 0.94 0.81 0.72 0.41 0.47 1.01 0.61 0.85 1.05 0.83 0.40 1.21 1.11 0.99 1.01
C6 0.10 0.28 0.20 0.14 0.04 0.23 0.21 0.53 0.22 0.26 0.22 0.40 0.21 0.35 0.09 0.34 0.05 0.30 0.70 0.32 0.77 1.33 0.61
C8 0.08 0.27 0.11 0.21 0.23 0.42 0.30 0.61 0.30 0.32 0.27 0.29 0.25 0.36 0.20 0.37 0.40 0.37 0.61 0.32 0.70 0.75 0.36
N1 0.13 0.25 0.07 0.21 0.04 0.34 0.20 0.70 0.18 0.32 0.19 0.38 0.18 0.39 0.14 0.22 0.12 0.36 0.89 0.32 0.87 1.58 0.84
N3 0.16 0.23 0.18 0.36 0.06 0.56 0.19 0.94 0.22 0.35 0.23 0.31 0.15 0.39 0.15 0.08 0.38 0.46 1.17 0.29 0.98 1.62 1.08
N6 0.15 0.30 0.37 0.25 0.07 0.10 0.18 0.35 0.21 0.21 0.18 0.46 0.23 0.29 0.10 0.49 0.19 0.22 0.50 0.32 0.72 1.22 0.43
N7 0.14 0.29 0.27 0.11 0.22 0.27 0.28 0.42 0.28 0.28 0.27 0.33 0.28 0.33 0.17 0.48 0.29 0.29 0.48 0.30 0.73 0.81 0.29
N9 0.08 0.25 0.14 0.34 0.18 0.54 0.27 0.84 0.29 0.32 0.27 0.29 0.21 0.37 0.14 0.21 0.44 0.44 0.95 0.33 0.73 1.09 0.71
O2' 0.89 0.42 0.91 1.15 0.40 1.29 0.21 1.51 0.13 0.55 0.26 0.53 0.50 0.38 0.60 1.24 1.25 1.15 2.19 0.21 1.29 1.97 1.95
O3' 1.06 0.75 1.14 1.38 0.98 1.35 1.06 1.70 0.95 1.34 0.81 0.65 0.81 1.27 1.12 1.26 1.41 1.13 2.56 0.98 2.13 2.72 2.93
O4' 0.58 0.38 0.74 0.95 0.44 1.11 0.47 1.25 0.47 0.55 0.41 0.35 0.41 0.54 0.51 0.50 1.10 0.78 0.75 0.53 0.62 0.73 0.41
O5' 0.96 0.62 1.03 1.08 0.59 1.25 0.85 0.86 1.02 0.68 0.79 0.64 0.65 1.03 0.59 1.21 1.40 1.05 0.20 1.37 0.92 1.14 0.98
OP1 1.39 0.71 1.70 1.91 0.61 1.85 0.48 1.36 0.66 0.33 0.51 0.91 0.93 0.65 0.72 1.92 2.42 1.40 0.36 1.07 0.87 0.85 0.78
OP2 1.15 0.91 1.17 1.09 0.96 1.25 1.25 0.99 1.38 1.18 1.10 0.88 0.94 1.49 0.97 1.47 1.29 1.18 1.02 1.74 1.93 1.54 1.74
P 1.10 0.58 1.24 1.31 0.57 1.42 0.83 0.94 1.02 0.69 0.72 0.65 0.70 1.08 0.62 1.48 1.71 1.18 0.30 1.45 1.26 1.11 1.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.08 0.10 0.10 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.25 0.05 0.69 0.44 0.13
C2 0.09 0.00 0.34 0.38 0.01 0.15 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.43 0.27 0.09 0.22 0.01 0.73 0.95 0.03
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.16 0.03 0.09 0.14 0.16 0.16 0.26 0.40 0.33 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.60 0.12 0.74 0.38 0.56
C3' 0.03 0.38 0.01 0.00 0.31 0.00 0.37 0.03 0.40 0.33 0.40 0.40 0.34 0.37 0.25 0.02 0.02 0.02 0.42 0.43 0.42 0.24 0.36
C4 0.05 0.01 0.16 0.31 0.00 0.12 0.01 0.24 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.15 0.04 0.26 0.02 0.71 0.94 0.03
C4' 0.02 0.15 0.03 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.18 0.28 0.15 0.20 0.15 0.28 0.14 0.28 0.04 0.01 0.02 0.23 0.39 0.20 0.09
C5 0.03 0.00 0.09 0.37 0.01 0.19 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.27 0.02 0.33 0.02 0.68 1.21 0.16
C5' 0.07 0.15 0.14 0.03 0.24 0.01 0.39 0.00 0.39 0.48 0.27 0.11 0.11 0.53 0.25 0.12 0.22 0.03 0.01 0.48 0.22 0.18 0.02
C6 0.05 0.01 0.16 0.40 0.02 0.18 0.01 0.39 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.37 0.30 0.02 0.31 0.00 0.68 1.30 0.19
C8 0.02 0.01 0.16 0.33 0.01 0.28 0.01 0.48 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.32 0.07 0.43 0.03 0.68 1.10 0.18
N1 0.08 0.00 0.26 0.40 0.02 0.15 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.42 0.27 0.06 0.24 0.01 0.70 1.16 0.10
N2 0.10 0.00 0.40 0.40 0.01 0.20 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.48 0.34 0.11 0.22 0.01 0.74 0.88 0.07
N3 0.10 0.00 0.33 0.34 0.00 0.15 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.39 0.22 0.09 0.22 0.01 0.74 0.81 0.07
N7 0.01 0.00 0.10 0.37 0.01 0.28 0.00 0.53 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.36 0.05 0.44 0.03 0.66 1.34 0.27
N9 0.01 0.03 0.03 0.25 0.01 0.14 0.02 0.25 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.20 0.13 0.01 0.29 0.03 0.71 0.81 0.04
O2' 0.02 0.43 0.00 0.02 0.30 0.28 0.33 0.12 0.37 0.25 0.42 0.48 0.39 0.31 0.20 0.00 0.09 0.23 0.34 0.38 0.53 0.32 0.39
O3' 0.15 0.27 0.03 0.02 0.15 0.04 0.27 0.22 0.30 0.32 0.27 0.34 0.22 0.36 0.13 0.09 0.00 0.10 0.33 0.37 0.31 0.14 0.25
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.06 0.11 0.09 0.05 0.01 0.23 0.10 0.00 0.11 0.02 0.69 0.38 0.22
O5' 0.25 0.22 0.60 0.42 0.26 0.02 0.33 0.01 0.31 0.43 0.24 0.22 0.22 0.44 0.29 0.34 0.33 0.11 0.00 0.35 0.02 0.01 0.01
O6 0.05 0.01 0.12 0.43 0.02 0.23 0.02 0.48 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.38 0.37 0.02 0.35 0.00 0.65 1.45 0.29
OP1 0.69 0.73 0.74 0.42 0.71 0.39 0.68 0.22 0.68 0.68 0.70 0.74 0.74 0.66 0.71 0.53 0.31 0.69 0.02 0.65 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.95 0.38 0.24 0.94 0.20 1.21 0.18 1.30 1.10 1.16 0.88 0.81 1.34 0.81 0.32 0.14 0.38 0.01 1.45 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.03 0.56 0.36 0.03 0.09 0.16 0.02 0.19 0.18 0.10 0.07 0.07 0.27 0.04 0.39 0.25 0.22 0.01 0.29 0.01 0.00 0.00