ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51764

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N9 A 0, -0.001, 0.024, 0.049, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.024 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.014, 0.050, 0.086, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.050 std_dev=0.036
C6 B 0, 0.145, 0.425, 0.705, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.425 std_dev=0.280
N1 B 0, 0.114, 0.396, 0.678, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.396 std_dev=0.282
C4 B 0, 0.190, 0.490, 0.790, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.490 std_dev=0.300
C2 B 0, 0.200, 0.507, 0.814, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.507 std_dev=0.307
C5 B 0, 0.192, 0.505, 0.818, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.505 std_dev=0.313
N3 B 0, 0.211, 0.528, 0.846, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.528 std_dev=0.318
O6 B 0, 0.178, 0.524, 0.870, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.524 std_dev=0.346
N9 B 0, 0.187, 0.600, 1.014, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.600 std_dev=0.413
C2' B 0, 0.138, 0.568, 0.997, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.568 std_dev=0.429
N2 B 0, 0.275, 0.707, 1.139, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.707 std_dev=0.432
N7 B 0, 0.235, 0.712, 1.190, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.712 std_dev=0.478
C8 B 0, 0.220, 0.728, 1.235, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.728 std_dev=0.507
O4' A 0, -0.206, 0.369, 0.944, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.369 std_dev=0.575
C1' B 0, 0.199, 0.782, 1.364, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.782 std_dev=0.582
C2' A 0, -0.194, 0.394, 0.982, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.394 std_dev=0.588
C3' A 0, -0.146, 0.542, 1.231, 1.893 max_d=1.893 avg_d=0.542 std_dev=0.689
O2' B 0, 0.164, 0.941, 1.719, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.941 std_dev=0.778
O3' A 0, -0.113, 0.668, 1.448, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.668 std_dev=0.781
C4' A 0, -0.185, 0.601, 1.388, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.601 std_dev=0.786
O5' A 0, 0.242, 1.039, 1.837, 1.977 max_d=1.977 avg_d=1.039 std_dev=0.797
O2' A 0, -0.259, 0.710, 1.680, 2.623 max_d=2.623 avg_d=0.710 std_dev=0.970
O4' B 0, 0.216, 1.222, 2.228, 2.852 max_d=2.852 avg_d=1.222 std_dev=1.006
OP2 A 0, 0.381, 1.392, 2.403, 2.456 max_d=2.456 avg_d=1.392 std_dev=1.011
P A 0, 0.306, 1.361, 2.416, 2.812 max_d=2.812 avg_d=1.361 std_dev=1.055
C5' A 0, -0.219, 0.936, 2.090, 3.198 max_d=3.198 avg_d=0.936 std_dev=1.154
C3' B 0, 0.190, 1.380, 2.570, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.380 std_dev=1.190
OP1 A 0, 0.268, 1.482, 2.697, 3.394 max_d=3.394 avg_d=1.482 std_dev=1.215
C4' B 0, 0.274, 1.732, 3.190, 3.966 max_d=3.966 avg_d=1.732 std_dev=1.458
O3' B 0, 0.231, 1.864, 3.497, 4.282 max_d=4.282 avg_d=1.864 std_dev=1.633
O5' B 0, 0.287, 2.190, 4.092, 5.244 max_d=5.244 avg_d=2.190 std_dev=1.902
C5' B 0, 0.366, 2.291, 4.216, 5.254 max_d=5.254 avg_d=2.291 std_dev=1.925
P B 0, 0.489, 3.131, 5.774, 6.923 max_d=6.923 avg_d=3.131 std_dev=2.642
OP2 B 0, 0.686, 3.670, 6.653, 7.483 max_d=7.483 avg_d=3.670 std_dev=2.983
OP1 B 0, 0.752, 4.098, 7.444, 8.346 max_d=8.346 avg_d=4.098 std_dev=3.346

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.29 0.01 0.08 0.14 0.20 0.06
C2 0.04 0.00 0.30 0.14 0.00 0.16 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.29 0.29 0.17 0.43 0.30 0.19
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.15 0.01 0.08 0.18 0.14 0.16 0.25 0.29 0.10 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.40 0.40 0.54 0.40
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.18 0.01 0.28 0.01 0.28 0.28 0.22 0.10 0.32 0.33 0.18 0.02 0.01 0.01 0.24 0.34 0.17 0.18
C4 0.02 0.00 0.15 0.18 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.18 0.14 0.17 0.49 0.27 0.19
C4' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.07 0.28 0.07 0.16 0.12 0.26 0.09 0.23 0.01 0.00 0.03 0.18 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.28 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.07 0.04 0.30 0.78 0.30 0.36
C5' 0.04 0.16 0.18 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.14 0.33 0.09 0.17 0.21 0.33 0.10 0.04 0.19 0.01 0.02 0.33 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.28 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.09 0.10 0.31 0.81 0.33 0.39
C8 0.02 0.01 0.16 0.28 0.01 0.28 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.44 0.12 0.21 0.36 0.80 0.25 0.37
N1 0.01 0.00 0.25 0.22 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.18 0.21 0.23 0.64 0.31 0.29
N3 0.04 0.00 0.29 0.10 0.00 0.16 0.00 0.17 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.32 0.30 0.14 0.32 0.28 0.14
N6 0.02 0.02 0.10 0.32 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.06 0.06 0.39 1.00 0.37 0.51
N7 0.02 0.01 0.08 0.33 0.00 0.26 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.42 0.12 0.14 0.42 0.99 0.30 0.49
N9 0.01 0.01 0.01 0.18 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.13 0.02 0.14 0.45 0.24 0.14
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.09 0.23 0.23 0.04 0.17 0.44 0.10 0.21 0.25 0.42 0.19 0.00 0.03 0.18 0.29 0.32 0.52 0.34
O3' 0.29 0.29 0.02 0.01 0.18 0.01 0.07 0.19 0.09 0.12 0.18 0.32 0.06 0.12 0.13 0.03 0.00 0.19 0.28 0.28 0.45 0.29
O4' 0.01 0.29 0.02 0.01 0.14 0.00 0.04 0.01 0.10 0.21 0.21 0.30 0.06 0.14 0.02 0.18 0.19 0.00 0.18 0.17 0.15 0.15
O5' 0.08 0.17 0.40 0.24 0.17 0.03 0.30 0.02 0.31 0.36 0.23 0.14 0.39 0.42 0.14 0.29 0.28 0.18 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.14 0.43 0.40 0.34 0.49 0.18 0.78 0.33 0.81 0.80 0.64 0.32 1.00 0.99 0.45 0.32 0.28 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.30 0.54 0.17 0.27 0.20 0.30 0.33 0.33 0.25 0.31 0.28 0.37 0.30 0.24 0.52 0.45 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.19 0.40 0.18 0.19 0.03 0.36 0.02 0.39 0.37 0.29 0.14 0.51 0.49 0.14 0.34 0.29 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.29 0.08 0.35 0.07 0.56 0.15 0.80 0.13 0.35 0.20 0.42 0.25 0.34 0.13 0.35 0.69 0.40 1.05 0.17 1.21 1.50 1.16
C2 0.25 0.13 0.31 0.26 0.24 0.32 0.27 0.32 0.15 0.35 0.06 0.17 0.18 0.35 0.29 0.27 0.37 0.34 0.33 0.16 0.98 1.43 0.75
C2' 0.15 0.19 0.14 0.21 0.07 0.38 0.31 0.64 0.31 0.43 0.16 0.36 0.20 0.53 0.13 0.64 0.53 0.22 1.10 0.45 1.18 1.70 1.24
C3' 0.48 0.34 0.41 0.20 0.25 0.14 0.11 0.32 0.05 0.29 0.20 0.47 0.38 0.24 0.29 0.93 0.53 0.24 0.62 0.09 0.87 1.03 0.76
C4 0.22 0.19 0.25 0.32 0.14 0.57 0.22 0.69 0.11 0.42 0.13 0.34 0.10 0.39 0.29 0.24 0.60 0.54 0.68 0.17 1.04 1.36 0.88
C4' 0.71 0.60 0.59 0.31 0.54 0.21 0.41 0.37 0.38 0.48 0.48 0.69 0.64 0.39 0.56 1.10 0.62 0.45 0.52 0.29 1.02 0.80 0.81
C5 0.35 0.13 0.29 0.47 0.22 0.77 0.24 0.87 0.12 0.43 0.11 0.32 0.04 0.38 0.36 0.21 0.78 0.71 0.71 0.14 1.08 1.24 0.86
C5' 0.93 0.74 0.92 0.51 0.69 0.37 0.54 0.56 0.50 0.62 0.61 0.83 0.79 0.52 0.72 1.56 0.72 0.64 0.45 0.41 1.34 0.70 0.96
C6 0.38 0.04 0.33 0.44 0.27 0.70 0.26 0.74 0.12 0.40 0.03 0.19 0.16 0.35 0.37 0.21 0.73 0.66 0.52 0.11 0.97 1.19 0.71
C8 0.28 0.25 0.22 0.60 0.15 0.94 0.22 1.19 0.14 0.44 0.19 0.43 0.13 0.39 0.31 0.31 0.96 0.79 1.09 0.17 1.39 1.35 1.20
N1 0.33 0.11 0.33 0.35 0.28 0.50 0.28 0.49 0.16 0.36 0.06 0.11 0.20 0.34 0.34 0.26 0.55 0.50 0.32 0.13 0.94 1.30 0.67
N3 0.18 0.16 0.25 0.18 0.16 0.31 0.22 0.37 0.11 0.37 0.08 0.26 0.16 0.38 0.25 0.25 0.36 0.30 0.49 0.18 0.99 1.47 0.82
N6 0.44 0.07 0.34 0.52 0.30 0.80 0.26 0.83 0.12 0.39 0.01 0.10 0.23 0.33 0.39 0.20 0.86 0.74 0.54 0.08 0.97 1.10 0.69
N7 0.39 0.18 0.28 0.63 0.21 0.98 0.24 1.16 0.13 0.45 0.15 0.39 0.06 0.39 0.37 0.22 0.99 0.86 0.96 0.15 1.29 1.25 1.07
N9 0.14 0.26 0.17 0.39 0.07 0.67 0.19 0.89 0.13 0.41 0.19 0.42 0.18 0.37 0.23 0.31 0.72 0.58 0.93 0.18 1.19 1.39 1.06
O2' 0.26 0.11 0.33 0.65 0.31 0.85 0.57 1.14 0.49 0.81 0.21 0.30 0.10 0.88 0.45 0.19 0.88 0.64 1.73 0.65 1.76 2.36 1.89
O3' 0.72 0.60 0.56 0.39 0.60 0.35 0.51 0.07 0.45 0.61 0.49 0.66 0.65 0.54 0.62 1.00 0.61 0.52 0.43 0.39 0.71 0.75 0.51
O4' 0.46 0.59 0.31 0.17 0.47 0.31 0.36 0.68 0.38 0.30 0.50 0.68 0.60 0.27 0.39 0.74 0.63 0.09 0.78 0.31 1.05 0.99 0.92
O5' 0.68 0.56 0.84 0.45 0.45 0.63 0.34 1.30 0.30 0.52 0.44 0.71 0.57 0.39 0.52 1.43 0.11 0.52 1.05 0.22 1.87 1.12 1.46
OP1 0.39 0.48 0.66 0.50 0.15 0.80 0.10 1.43 0.26 0.32 0.44 0.66 0.34 0.17 0.23 1.27 0.18 0.50 1.13 0.26 2.00 1.17 1.52
OP2 0.65 0.80 0.85 0.34 0.57 0.56 0.44 1.33 0.47 0.48 0.66 1.01 0.76 0.40 0.53 1.58 0.23 0.41 1.22 0.38 2.45 1.55 1.85
P 0.72 0.60 0.99 0.56 0.48 0.74 0.37 1.38 0.34 0.54 0.49 0.76 0.60 0.41 0.56 1.67 0.07 0.59 1.09 0.27 2.09 1.18 1.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.26 0.01 0.08 0.03 0.93 0.65 0.48
C2 0.07 0.00 0.26 0.25 0.01 0.14 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.29 0.15 0.24 0.03 1.11 1.11 0.69
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.12 0.01 0.06 0.17 0.12 0.12 0.20 0.35 0.25 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.09 0.96 0.41 0.40
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.25 0.01 0.32 0.04 0.34 0.30 0.30 0.27 0.22 0.35 0.22 0.02 0.01 0.02 0.32 0.37 0.33 0.21 0.08
C4 0.04 0.01 0.12 0.25 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.08 0.30 0.01 1.22 1.11 0.75
C4' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.08 0.23 0.07 0.21 0.15 0.21 0.09 0.28 0.03 0.00 0.02 0.11 0.28 0.21 0.13
C5 0.03 0.01 0.06 0.32 0.01 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.12 0.06 0.46 0.00 1.44 1.38 0.97
C5' 0.05 0.05 0.17 0.04 0.11 0.01 0.25 0.00 0.22 0.37 0.10 0.12 0.06 0.38 0.17 0.13 0.15 0.01 0.00 0.29 0.07 0.05 0.01
C6 0.03 0.02 0.12 0.34 0.01 0.08 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.31 0.16 0.08 0.48 0.01 1.45 1.48 1.00
C8 0.02 0.01 0.12 0.30 0.01 0.23 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.14 0.10 0.48 0.01 1.50 1.24 0.96
N1 0.05 0.01 0.20 0.30 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.22 0.21 0.12 0.37 0.02 1.30 1.34 0.87
N2 0.09 0.00 0.35 0.27 0.01 0.21 0.01 0.12 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.37 0.17 0.18 0.05 0.99 1.03 0.60
N3 0.07 0.00 0.25 0.22 0.01 0.15 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.30 0.15 0.18 0.01 1.04 0.96 0.60
N7 0.02 0.01 0.06 0.35 0.01 0.21 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.18 0.07 0.57 0.01 1.60 1.49 1.09
N9 0.01 0.01 0.01 0.22 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.21 0.06 0.02 0.27 0.01 1.22 0.97 0.71
O2' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.22 0.28 0.32 0.13 0.31 0.34 0.22 0.08 0.09 0.38 0.21 0.00 0.02 0.21 0.23 0.36 0.87 0.42 0.28
O3' 0.26 0.29 0.02 0.01 0.15 0.03 0.12 0.15 0.16 0.14 0.21 0.37 0.30 0.18 0.06 0.02 0.00 0.18 0.39 0.18 0.34 0.35 0.35
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.08 0.00 0.06 0.01 0.08 0.10 0.12 0.17 0.15 0.07 0.02 0.21 0.18 0.00 0.21 0.08 0.66 0.69 0.44
O5' 0.08 0.24 0.22 0.32 0.30 0.02 0.46 0.00 0.48 0.48 0.37 0.18 0.18 0.57 0.27 0.23 0.39 0.21 0.00 0.57 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.03 0.09 0.37 0.01 0.11 0.00 0.29 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.36 0.18 0.08 0.57 0.00 1.56 1.63 1.12
OP1 0.93 1.11 0.96 0.33 1.22 0.28 1.44 0.07 1.45 1.50 1.30 0.99 1.04 1.60 1.22 0.87 0.34 0.66 0.02 1.56 0.00 0.01 0.01
OP2 0.65 1.11 0.41 0.21 1.11 0.21 1.38 0.05 1.48 1.24 1.34 1.03 0.96 1.49 0.97 0.42 0.35 0.69 0.03 1.63 0.01 0.00 0.01
P 0.48 0.69 0.40 0.08 0.75 0.13 0.97 0.01 1.00 0.96 0.87 0.60 0.60 1.09 0.71 0.28 0.35 0.44 0.01 1.12 0.01 0.01 0.00