ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51767

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.014, 0.050, 0.085, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.050 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.017, 0.073, 0.128, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.073 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.029, 0.087, 0.146, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.087 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.039, 0.125, 0.211, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.125 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.009, 0.105, 0.201, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.105 std_dev=0.096
C5' A 0, 0.027, 0.137, 0.248, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.137 std_dev=0.111
O3' A 0, 0.070, 0.214, 0.358, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.214 std_dev=0.144
P A 0, 0.085, 0.235, 0.385, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.235 std_dev=0.150
OP2 A 0, 0.119, 0.274, 0.429, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.274 std_dev=0.155
O5' A 0, 0.057, 0.214, 0.371, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.214 std_dev=0.157
OP1 A 0, 0.053, 0.214, 0.376, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.214 std_dev=0.161
C5 B 0, 0.153, 0.344, 0.535, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.344 std_dev=0.191
C6 B 0, 0.159, 0.352, 0.545, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.352 std_dev=0.193
C4 B 0, 0.179, 0.376, 0.574, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.376 std_dev=0.197
N7 B 0, 0.140, 0.341, 0.542, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.341 std_dev=0.201
N1 B 0, 0.186, 0.387, 0.588, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.387 std_dev=0.201
O6 B 0, 0.152, 0.356, 0.559, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.356 std_dev=0.203
C8 B 0, 0.167, 0.378, 0.588, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.378 std_dev=0.210
N9 B 0, 0.188, 0.399, 0.609, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.399 std_dev=0.211
N3 B 0, 0.196, 0.406, 0.617, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.406 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.195, 0.408, 0.620, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.408 std_dev=0.212
O2' B 0, 0.214, 0.443, 0.671, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.443 std_dev=0.229
C2' B 0, 0.216, 0.446, 0.676, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.446 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.219, 0.458, 0.697, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.458 std_dev=0.239
N2 B 0, 0.208, 0.453, 0.698, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.453 std_dev=0.245
OP2 B 0, 0.227, 0.491, 0.756, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.491 std_dev=0.264
C3' B 0, 0.238, 0.521, 0.804, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.521 std_dev=0.283
O4' B 0, 0.264, 0.558, 0.853, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.558 std_dev=0.295
O3' B 0, 0.239, 0.540, 0.840, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.540 std_dev=0.301
P B 0, 0.272, 0.580, 0.889, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.580 std_dev=0.309
C4' B 0, 0.264, 0.574, 0.885, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.574 std_dev=0.310
O5' B 0, 0.276, 0.623, 0.969, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.623 std_dev=0.346
C5' B 0, 0.278, 0.641, 1.004, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.641 std_dev=0.363
OP1 B 0, 0.314, 0.687, 1.060, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.687 std_dev=0.373

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.02
N1 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
O5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.09 0.06 0.06 0.06 0.05 0.09 0.06 0.13 0.05 0.12 0.09 0.07 0.09 0.04 0.06 0.07 0.05 0.07 0.17 0.08 0.11 0.08
C2 0.10 0.11 0.11 0.14 0.08 0.14 0.06 0.16 0.07 0.06 0.08 0.14 0.11 0.06 0.08 0.11 0.14 0.13 0.16 0.09 0.18 0.16 0.16
C2' 0.04 0.11 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.14 0.05 0.13 0.12 0.08 0.09 0.04 0.06 0.09 0.06 0.09 0.18 0.11 0.13 0.11
C3' 0.01 0.08 0.04 0.07 0.05 0.04 0.09 0.06 0.13 0.05 0.12 0.09 0.06 0.09 0.02 0.05 0.08 0.03 0.07 0.17 0.08 0.11 0.08
C4 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.13 0.13 0.08 0.13 0.11 0.11 0.10 0.08 0.10 0.12 0.12 0.14 0.15 0.15 0.15 0.14
C4' 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.07 0.02 0.11 0.04 0.10 0.07 0.04 0.07 0.01 0.06 0.05 0.02 0.04 0.16 0.04 0.08 0.05
C5 0.14 0.13 0.14 0.16 0.14 0.17 0.14 0.18 0.15 0.12 0.14 0.11 0.14 0.13 0.13 0.12 0.15 0.17 0.18 0.16 0.18 0.18 0.18
C5' 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.04 0.10 0.04 0.08 0.05 0.03 0.08 0.02 0.06 0.05 0.04 0.04 0.15 0.04 0.07 0.04
C6 0.15 0.12 0.15 0.19 0.13 0.20 0.11 0.22 0.12 0.11 0.11 0.11 0.14 0.11 0.13 0.13 0.18 0.20 0.22 0.12 0.22 0.20 0.21
C8 0.11 0.12 0.11 0.12 0.15 0.12 0.19 0.13 0.19 0.16 0.16 0.10 0.12 0.19 0.14 0.09 0.10 0.13 0.14 0.21 0.14 0.16 0.15
N1 0.12 0.11 0.13 0.17 0.09 0.18 0.07 0.20 0.08 0.08 0.08 0.13 0.12 0.07 0.10 0.12 0.17 0.17 0.20 0.09 0.21 0.19 0.20
N3 0.08 0.11 0.10 0.12 0.07 0.11 0.07 0.13 0.09 0.05 0.10 0.13 0.10 0.06 0.07 0.10 0.12 0.10 0.13 0.11 0.15 0.15 0.13
N6 0.19 0.12 0.18 0.24 0.14 0.25 0.13 0.28 0.12 0.14 0.11 0.10 0.15 0.13 0.16 0.16 0.22 0.24 0.27 0.12 0.27 0.23 0.26
N7 0.17 0.14 0.16 0.17 0.18 0.18 0.19 0.19 0.19 0.18 0.16 0.10 0.15 0.19 0.18 0.13 0.14 0.19 0.18 0.19 0.18 0.19 0.19
N9 0.07 0.11 0.08 0.09 0.10 0.09 0.13 0.10 0.16 0.09 0.14 0.10 0.09 0.13 0.08 0.08 0.09 0.09 0.11 0.19 0.12 0.14 0.12
O2' 0.03 0.11 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.13 0.04 0.14 0.13 0.08 0.07 0.03 0.06 0.08 0.04 0.08 0.17 0.10 0.14 0.10
O3' 0.01 0.09 0.04 0.07 0.05 0.04 0.08 0.06 0.13 0.04 0.12 0.09 0.06 0.08 0.02 0.05 0.08 0.02 0.07 0.17 0.08 0.11 0.08
O4' 0.03 0.06 0.04 0.03 0.03 0.03 0.07 0.02 0.11 0.04 0.09 0.06 0.04 0.08 0.02 0.06 0.04 0.02 0.03 0.16 0.04 0.08 0.05
O5' 0.06 0.03 0.05 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.06 0.03 0.03 0.09 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.13 0.05 0.06 0.05
OP1 0.06 0.02 0.06 0.06 0.04 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.02 0.03 0.10 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.13 0.06 0.05 0.05
OP2 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.14 0.09 0.14 0.14 0.11 0.06 0.08 0.16 0.11 0.08 0.11 0.10 0.09 0.17 0.09 0.08 0.09
P 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.06 0.11 0.10 0.08 0.03 0.04 0.12 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.15 0.06 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03 0.05 0.00 0.06 0.07 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.06
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.07 0.05
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.00 0.06 0.07 0.06
N2 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.04 0.06 0.00 0.08 0.09 0.08
N3 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.00 0.05 0.07 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.08 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04
O5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.09 0.08
OP1 0.02 0.06 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.06 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.03 0.03 0.06 0.02 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.03 0.06 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06 0.04 0.02 0.05 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00